Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318087.2
Sequence Length
2430 nt
GC Content
0.5996
AGUCAGCCGACUACAGAGAAGGGUAAUCGGGUGUCCCCGGCGCCGCCCGGGGCCCUGAGGGCUGGCUAGGGUCCAGGCCGGGGGGGACGGGACAGACGAACCAGCCCCGUGUAGGAAGCGCGACAAUGCCCCGCUACGGAGCGUCACUCCGCCAGAGCUGCCCCAGGUCCGGCCGGGAGCAGGGACAAGACGGGACCGCCGGAGCCCCCGGACUCCUUUGGAUGGGCCUGGUGCUGGCGCUGGCGCUGGCGCUGGCGCUGGCGCUGGCUCUGUCUGACUCUCGGGUUCUCUGGGCUCCGGCAGAGGCUCACCCUCUUUCUCCCCAAGGCCAUCCUGCCAGGUUACAUCGCAUAGUGCCCCGGCUCCGAGAUGUCUUUGGGUGGGGGAACCUCACCUGCCCAAUCUGCAAAGGUCUAUUCACCGCCAUCAACCUCGGGCUGAAGAAGGAACCCAAUGUGGCUCGCGUGGGCUCCGUGGCCAUCAAGCUGUGCAAUCUGCUGAAGAUAGCACCACCUGCCGUGUGCCAAUCCAUUGUCCACCUCUUUGAGGAUGACAUGGUGGAGGUGUGGAGACGCUCAGUGCUGAGCCCAUCUGAGGCCUGUGGCCUGCUCCUGGGCUCCACCUGUGGGCACUGGGACAUUUUCUCAUCUUGGAACAUCUCUUUGCCUACUGUGCCGAAGCCGCCCCCCAAACCCCCUAGCCCCCCAGCCCCAGGUGCCCCUGUCAGCCGCAUCCUCUUCCUCACUGACCUGCACUGGGAUCAUGACUACCUGGAGGGCACGGACCCUGACUGUGCAGACCCACUGUGCUGCCGCCGGGGUUCUGGCCUGCCGCCCGCAUCCCGGCCAGGUGCCGGAUACUGGGGCGAAUACAGCAAGUGUGACCUGCCCCUGAGGACCCUGGAGAGCCUGUUGAGUGGGCUGGGCCCAGCCGGCCCUUUUGAUAUGGUGUACUGGACAGGAGACAUCCCCGCACAUGAUGUCUGGCACCAGACUCGUCAGGACCAACUGCGGGCCCUGACCACCGUCACAGCACUUGUGAGGAAGUUCCUGGGGCCAGUGCCAGUGUACCCUGCUGUGGGUAACCAUGAAAGCACACCUGUCAAUAGCUUCCCUCCCCCCUUCAUUGAGGGCAACCACUCCUCCCGCUGGCUCUAUGAAGCGAUGGCCAAGGCUUGGGAGCCCUGGCUGCCUGCCGAAGCCCUGCGCACCCUCAGAAUUGGGGGGUUCUAUGCUCUUUCCCCAUACCCCGGUCUCCGCCUCAUCUCUCUCAAUAUGAAUUUUUGUUCCCGUGAGAACUUCUGGCUCUUGAUCAACUCCACGGAUCCCGCAGGACAGCUCCAGUGGCUGGUGGGGGAGCUUCAGGCUGCUGAGGAUCGAGGAGACAAAGUGCAUAUAAUUGGCCACAUUCCCCCAGGGCACUGUCUGAAGAGCUGGAGCUGGAAUUAUUACCGAAUUGUAGCCAGGUAUGAGAACACCCUGGCUGCUCAGUUCUUUGGCCACACUCAUGUGGAUGAAUUUGAGGUCUUCUAUGAUGAAGAGACUCUGAGCCGGCCGCUGGCUGUAGCCUUCCUGGCACCCAGUGCAACUACCUACAUCGGCCUUAAUCCUGUCAGCCCCACAUCCUUGCAGGUUACCGUGUGUACCAAAUAGAUGGAAACUACUCCGGGAGCUCUCACGUGGUCCUGGACCAUGAGACCUACAUCCUGAAUCUGACCCAGGCAAACAUACCGGGAGCCAUACCGCACUGGCAGCUUCUCUACAGGGCUCGAGAAACCUAUGGGCUGCCCAACACACUGCCUACCGCCUGGCACAACCUGGUAUAUCGCAUGCGGGGCGACAUGCAACUUUUCCAGACCUUCUGGUUUCUCUACCAUAAGGGCCACCCACCCUCGGAGCCCUGUGGCACGCCCUGCCGUCUGGCUACUCUUUGUGCCCAGCUCUCUGCCCGUGCUGACAGCCCUGCUCUGUGCCGCCACCUGAUGCCAGAUGGGAGCCUCCCAGAGGCCCAGAGCCUGUGGCCAAGGCCACUGUUUUGCUAGGGCCCCAGGGCCCACAUUUGGGAAAGUUCUUGAUGUAGGAAAGGGUGAAAAAGCCCAAAUGCUGCUGUGGUUCAACCAGGCAAGAUCAUCCGGUGAAAGAACCAGUCCCUGGGCCCCAAGGAUGCCGGGGAAACAGGACCUUCUCCUUUCCUGGAGCUGGUUUAGCUGGAUAUGGGAGGGGGUUUGGCUGCCUGUGCCCAGGAGCUAGACUGCCUUGAGGCUGCUGUCCUUUCACAGCCAUGGAGUAGAGGCCUAAGUUGACACUGCCCUGGGCAGACAAGACAGGAGCUGUCGCCCCAGGCCUGUGCUGCCCAGCCAGGAACCCUGUACUGCUGCUGCGACCUGAUGCUGCCAGUCUGUUAAAAUAAAGAUAAGAGACUUGGACUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-992.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1028.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 742.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....)))).........((((.((((((.(((((((((((....(((((((((.((((((((.(((((..(((((((((((((((((.(.(......).).)))))...((((((..((((.....(((...)))(((((((...((((((.(((((.(((((((((.((((((((.(((......(((.....))).....))).).)))))..)).))))))))).)).))).)))))).))))))).((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.((((...(((((.((((..................))))...)))))(((((((((.((((((((....(((...(((((((((.((((((((.........))))))))((((....)))).......(((((((((.((((.....(((((.((....(((((((((.((((((((......(((......)))((((.((((.....)))).))))..)))).)))).))))...)))))....))))))))))).)))..))))))(((((.(((((.(((((((((((((((((....(((((...))))).....)))))))........))))))))).).))))).))))).)).)))))))...)))))))))))......((((((............((((.((((.(((((.(((....(((((.................)))))..))))))))...........)))).)))).(((..((((...((((((.....))))))....((((((((.(.(((.....))).).))))))))))))..)))......))))))..........)))))))))))))..))))))))..)))))((((((.((((.((((((((.....))))).........))).)))).))))))(((((((.........))))))).....)))))..((((((.((......))..))))))...(.(((((.....))))).)........)))))))))))))))))....((((((((....))))...))))....))))....))))))..))))))......(((((.......)))))..((((((((.((((.(((..((((..((..((((.....((((.....)))).(((...(.((.((((((....)))))))).)...))).....))))..))..))))..))).))))...(((((....((((....))))...)))))..(((((((((.........(((.(((...)))..)))(((((((((((.((..((((((((((((((....))))))..............(((((......))..))).)))))))))).)))))......)))))))))))))))........((((((((((((((..((....)).)))))))))..)))))(((..(((((....)))))..)))...(((.(((((......)))))..))).))))))))((((((..((.(((.....))))))))))).............))))))..)))))))))))))))....(((((.((((.((((.(((.....))).)))).((((((...((.((((((((..(((((...))))))))))((((((((..(((.((..((((((((.......((((.((....(.((((.(((((.......(((((((((((((((((...((((((..........(((....(((((.(((.....((........))))).)))))....))).......))).)))...)))))))).......((((.......))))..)))))))))((((.....))))(.((((.(((.....))).)))))...))))).)))).)...)))))).....)))).(((.(((....))).)))..(((((...))))).((((((..(((((....))))).))))))...(((((....))))).....))))..)))))..))))))))...((((......))))....))).)))))))).))))..))))).......(((......))).......)))))))..)).)))))))))....(((((..((((......))))..))))).(((((......((((.(((((((((.((((....))))))))))))).))))..(((((.((......)))))))..(.((((.((((((..(.(((((..((((((...........)))).))))))).)..)))))).)))).))))))((((...))))...(((....))))))))))))).(((((((.(((.........))).)))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((....)))).......,{(((..(((((({(((((((((((....(((((((((.(((((((({((((,..,((,,{(((((((((((.{.,......}.}.)))}|(({(({,({(,{....,{{,{{|,..|||((||,,.}}}|(((,({,(((,.,|||,||,|||{{||{||,(((,.,,,,.(({,{{((((((((((..(((||(|.{{((({(((((.{(((((((((((((({....)))))))))))))))})))|)|})))}}.....)))|})|..)))))))))),{,||.|,.,).))),..}}}}...|))}.}}))))},((((,{,{{((((((((....(((...((((((({{,{((((((({{,...||.)))||||}|,{{....}||{,....{{{{{((,,{,.,,,,,}},,},,,..(((.((({{((((...)))))))).))).(((((({..,(.,((((.((((.....)))).)))).,,,},..))).))))..{{{{{(((..((((...))))..)))))))}}|{((((.(((({.(((((((((((((((((...,(((((...))))).,...)))))))........))))))))).}.))))).))))),}),}))))))...))))))))))},}}}}}},||||}}...}}}}}}}|||,.{{||}||||}},||}}}.((((({{{..,{{{{{...,{,,||||{{},,,}))).}},,},....,,))}))),.}))...|||}}.({((((.....}}))}),|,.((((((((.(.(((.....))).).))))))))|,))}})))}},,},(((((|..{(({....,))))..,)))))),))||))))}{{{{,,((((((.((((.((((((((.....))))).........))).)))).))))))(((((((.........))))))){((,.(((,,..((((((.((......}),.))))))...,{((,((({,..,||||{|..{{{{|||||||},{{|||||||{((((......))))}.,}})....)))}..,||||{{,,((|||,{{({||{{,,....|||||......,{||||{{((((((((.,{{{.(((..((((..((,.{(({{{{..,{||,.,,.)))}.,||,..|,||.((((({....})))))}|.,...)}},....}}}}..}}..)))),,))),))},...(((((....((((....))))...)))))..,{{{|||{{,.,......(((.({(...}}}..))}{{{{{{|{|||}{|.,|||||{{|((((((....)))))).,|..,,,}},...({{{,,,....}}},}}).,}}}}}}})),)))))..,,,,))))))))))}||},......,,((({,(((((((((..,,....,}.))))))))).,)))))|||,,(((({....}))))..,},...(((.(((((......)))))..))).))))))))((((((..((.(((.....))))})))))).......,,..,,||||}}..,||||||,,,||||.{{{{((((..((((.((((.(((.....))).)))).}))}.,.{((({{{{((((.,,(((((...)))))))})}((((((((..(((.((..((((((({.{((...((((.((....{.((((.(((((.......(((((((((((((((((..,((({{(,,,.......(((,...{{{{{,|||....,((,......,|||||.}}})).,},))}......,))).}}}...))))))))..,,...{(((,..,,,.}}))..)))))))))((((.....)))){.((((.{((.....))).))))}...))))).)))).}...)))))).,.}})))).(((.(((....))).))){.(((((...))))).((((((..(((((....))))).))))))...(((((....))))).....))))..)))))..))))))))...((((......))))....,,|{||,||||...)))}}))},},...,,.(((......))),|,.,}})))}},)}}))})),,)))),.}}}||(((..((((......))))..))),,.|||||....}}||||,|((((((((.((((....))))))))))))).))}}..(((((.((......)))))))..|}||{{}||||{{..|}|||||..|||((({{{{{.,....||||.}||}}}}.,.,))}))),)))),))))))||||}}}))),,,}.{,}}}}),)))))),)))).(((((((.(((.........))).))))},)).)})}.
Back