Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001318099.2

Sequence Length

2849 nt

GC Content

0.6378

GAGCUGGGCAGGCUGCCAGAAAGAGGAGGAGGCUCUCGGUGCCCCAGGAGGCAGGGAUCAGGGCAAGGCCAGAGGAGGGGGCUCUGCUGGGGAGAGGGGCUCAGUCUGUUCUUGUGAGGCUGAGGGUCUGGGGUCGCCUGCGAGGCCGCUGGCCAGGCCUGAGCCUCUGCCACCAUGGCCAUUGUGCAGACUCUGCCAGUGCCACUGGAGCCUGCUCCUGAAGCUGCCACUGCCCCACAAGCUCCAGUCAUGGGUAGUGUGAGCAGCCUUAUCUCAGGCCGGCCCUGUCCCGGGGGGCCAGCUCCUCCCCGCCACCACGGCCCUCCUGGGCCCACCUUCUUCCGCCAGCAGGAUGGCCUGCUACGGGGUGGCUAUGAGGCACAGGAGCCGCUGUGCCCAGCUGUGCCCCCUAGGAAGGCUGUCCCUGUCACCAGCUUCACCUACAUCAAUGAGGACUUCCGGACAGAGUCACCCCCCAGCCCAAGCAGUGAUGUUGAGGAUGCCCGAGAGCAGCGGGCACACAAUGCCCACCUCCGCGGCCCACCACCAAAGCUCAUCCCUGUCUCUGGAAAGCUGGAGAAGAACAUGGAGAAGAUCCUGAUCCGCCCAACAGCCUUCAAGCCAGUGCUGCCCAAACCUCGAGGGGCUCCGUCCCUGCCUAGCUUCAUGGGUCCUCGGGCCACCGGGCUGUCUGGGAGCCAGGGCAGCCUGACGCAGCUGUUUGGGGGCCCUGCCUCCUCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCUUCAGCUGCUGACAAACCCCUGGCAUUUAGUGGCUGGGCCAGUGGCUGCCCAUCAGGGACGCUAUCCGACUCUGGCCGAAACUCACUGUCCAGCCUGCCCACCUACAGCACCGGAGGUGCCGAGCCAACCACCAGCUCCCCAGGCGGGCACCUGCCUUCCCAUGGCUCUGGGCGAGGGGCACUGCCUGGGCCAGCCCGAGGGGUCCCUACUGGGCCCUCCCACUCAGACAGUGGCCGGUCCUCCUCCAGCAAGAGCACAGGCUCCCUAGGGGGCCGUGUGGCUGGGGGGCUUUUGGGCAGUGGUACUCGGGCCUCCCCUGACAGCAGCUCCUGUGGGGAGCGCUCACCACCACCCCCGCCUCCACCUCCUUCGGAUGAGGCCCUGCUGCACUGUGUCCUGGAAGGAAAGCUCCGAGACCGGGAGGCAGAGCUUCAGCAGCUGCGGGACAGUCUGGACGAGAAUGAGGCUACCAUGUGCCAGGCAUACGAGGAGCGGCAGCGGCACUGGCAGCGAGAGCGUGAGGCCCUGCGAGAGGACUGUGCGGCCCAGGCACAGCGGGCACAGCGGGCCCAACAGCUGCUGCAGCUGCAGGUGUUCCAGCUGCAGCAGGAGAAGCGGCAAUUGCAGGACGACUUCGCACAGCUGCUGCAGGAGCGCGAACAGCUGGAGCGGCGCUGCGCCACCUUGGAGCGGGAGCAGCGGGAGCUCGGGCCGAGGCUUGAGGAGACCAAGUGGGAGGUGUGCCAGAAAUCAGGCGAGAUCUCCCUGCUGAAGCAGCAGCUGAAAGAGUCUCAGGCAGAGCUGGUGCAGAAGGGCAGCGAGCUGGUGGCUCUGCGGGUGGCGCUGCGGGAGGCCCGUGCUACGCUGCGGGUCAGUGAGGGCCGUGCGCGGGGUCUACAGGAGGCCGCCCGAGCUCGGGAGCUGGAGCUGGAAGCCUGUUCCCAGGAGCUGCAGCGACACCGCCAGGAAGCUGAGCAGCUGCGGGAGAAAGCUGGGCAGUUGGAUGCUGAGGCGGCCGGACUCCGGGAGCCCCCUGUGCCACCUGCCACCGCUGACCCAUUCCUCCUGGCAGAGAGUGAUGAGGCCAAAGUGCAGCGGGCAGCAGCCGGGGUUGGGGGCAGCUUGCGGGCCCAGGUGGAGCGAUUGCGGGUGGAGCUGCAGCGGGAGCGGCGGCGGGGUGAGGAGCAGCGGGACAGCUUUGAGGGGGAGCGGCUGGCCUGGCAGGCAGAGAAGGAGCAGGUGAUCCGCUACCAGAAGCAGCUGCAGCACAACUACAUCCAGAUGUACCGGCGCAACCGGCAGCUAGAGCAGGAGCUGCAGCAGCUCAGCCUGGAGCUGGAGGCCCGGGAGCUCGCUGACCUGGGCCUGGCCGAGCAGGCCCCCUGCAUCUGCCUGGAGGAGAUCACUGCUACUGAGAUCUAGGGCCCUCAGCAACCAGCUCUGUAGGGAGCUCUGCCAGAGGGGCAGCAGCUGCAGAUCCACUUAGGCCCCAGGGUCCACGGAUGGCCCCAAAGGCUGAGGGCCCCAAAGCCACUUGUCUCCUAGGAUCCAGGCCUCUGGGCUUCUGCCAAGAACUCAGGGUGGCCCUAUGACUUGGAGGAGCAAGAUCAGACCGCUCAAAGGUCCCCGUGUUCACUGUUACCCAGAGGCUCUUGUUACUACCCACUUCAUUCCCCACCGCUGCCAGUGCCACUGCCAACCCUGUUCACAGGCGCUUCCAGCCCACUCCAGCCAGGGGAGCAGGGAAGAAGAAGGGGCUCCCUCCUCUUCACAUUCCCCCCGACCCCAAAGCCAGAGAAAGCCAGAUGGCACCAGCUGCUCCGGAUGUGCCUGCCCACAUUGGGGGACAGGGCCGGGCCUGGGCUCGGUUCCCAGGUUUGAGCUCUGCAGCCUCUCUCCUGGAGUGAGGGGGCUGAAGUCAGACCAAAGGAAGAACUCAGAAAUGUCUUGUUUAUUUGUGUUUGUGACCAAGCAGCCUCUCCCUUCACCCAGGUUUAUGGCCUCGUUUUCACUUGUAUAUUUUUCACACUGUAAAUUUCUUGUACAAACCCAAAGAAAAAAUUAAAAAAAAUUUUUUUGUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1336.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1381.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 541.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((.(((.((((((((((((.....((......((((((((((((((((((...((((.(.(((((((((...(((((((...(((((((.(((((((((((((((((((..((.(.((((.((((((((....))).((((.((((((((.....((((...))))(((((.((((...))))))))).....((((....))))(((.(((((((((((((.((........))...))))))))...))))).))).))))))))))))...(((.((((((((((((.......((((((..(((((....))))).........(((..((((((....)))))).))))))))).....(((((((......))))))).))))).))))))).))))))).).)))))))..)))))))))..........))))))....)))).))))).)))))))))((.((((....))))..)).((((((.......))))))......)))).))))).)))))...........((..(((.(((((((((....)))))))....)).)))..)).)))))))((.(((((((((......(.(((.(((((((........((((((...))))))(((((......))))).....(((..((((.....))))..))).)))))))))).)...)))).))))))))))))))))))......))....))))))))))))((((((((((....((...))...))))))))))((((((((((..(((....)))..)))).......))))))........)))..)))))))))))......(((((...))))).((((.........))))(((((((((((.(((((((............)))).))).)).)))))))))((((((((.((((.(((....))))))).(((((.....))))).......(((((((((....((((.((((((....)))))))))).))))))))).....(((..(((((....((((((((((..((((......)))))))))).))))...))))).)))(((((..((......))..))))).(((((((.((((.((((((..(((....)))....)))))).)))).))...)))))...)))).....))))..(((((((((((((..(((((.((((((((...((((((((((.(((((((((((((...((.((.(((((.(((((.(((..((.(((((...((.((((((((.......))))..((((((((.(((((((((((.((((((((.((((........((((..((((..((.(((((....((((((((((...((((......(((.((((..((((((.((..((...))..)).))))))...)))).)))....(((((.(....))))))(((((((.((((........))).).)))))))))))...))))))))))...)))))))..)))).)))).(((......))).((((((((((((.((.(..(((((.(((((.(.(((((.((((((.(...).)).)))).))))).).))))).).)))).).))))))))..))))))...)))).))))))))))))))((((.(.(((((((((....((....))..)))..)))))).)))))...)))))))))))))...))))..))))))).)))))....((((((..(.((..((((..((((((((.....((((.(.((.....)).).)))).....)).))))))...))))..)).)..))))))..)))))))))))).))((((.((..(.((((((.(((((.((....)).))))).((((((((((((..(((((..(((((((.((..(((((((((((...))))(((...(((((((.(((((..((.((((..((((.(((((......(((((....)))))((((.((..(((((..((((.((..((((((...)))))).)))))).)))))..))))))..............(((((((......))))))).))))).))))))))))..)))))))))).))....)))..(.(((((.(((...((((((....)))))).)))..))))).)..)))))))....(((...(((((...((((((..(((.(((......((((..((...))..))))....))))))..)))))).))))).)))((((((.(((((..(..((((...))))..).))))))))))).........)).))))))))))))..))))).))..)))))...(((....))).)))))).).)).))))....))))))))))))).)))))...((((....)))).(((...)))...(((..((..((((.(..(((((...(((((((......)))))))...)))))..)..))))...))..)))...(((....))).......)))))...))))))))..))))).(((((.((((((((((((((((.......)))))))))).))))))...)))))..(((((.((((((((((((..(((((((((((.(((.((..((....))..)).))).)))).)))..))))....))))....)))))))))))))....)))))))))))))..(((((((.....................))))))).......(((((((((......))))))))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((((((((((((.(((.((((((((((((.....((.,....((((((((((((((((({...((((.{.(((((((((...(((((((...(((((((.(((((((((((((((((((..((.{.((((.{(((((((.,,,})).((({.((({{{{|,,...|||,,,,(((|{((((.((((...)))))))))))).,||{(,,,,}}}}{{{.(((((((((((((.((........))...))))))))...))))).))}.}}))))))))))...(((.((((((((((((.......((((((..(((((....))))).........(((..((((((....)))))).)))))))))...|.(((((((......))))))),))))).))))))).))))))).),)))})))..)))))))))..........))))))....)))).))))).))))))))){{.((((....))))..}}.((((((.......))))))..,...)))).))))).}))))...........{(,.(((.(((((((((....))))))}....)).))),.}).}))))))|(.(((((((((......(.(((.(((((((......,,((((((.,,||}}}}((,,,,,....)))))|||}|(((..{{{(|...,)})).,))).)))))))))).}...))))))})))}))))))))))))....,.))....))))))))))))((((((((((....((...))...))))))))))((((((((((..(((....)))..)))).......))))))........)))..))))))))))).,,.,,(((((,,.||||}.((((.........|||}(((((((((((.((({(((.{{,........)))},})).)).))))))))),,|||{{({((((.(((....))))))),(((((.....))))),,|||,|{((((((((....{(((.((((((....))))))}))),))))))))},....(((..(((((....((((((((((..((((......)))))))))).))))},,))}}),)},(((((..((......))..))))).(((((((.((((.((((((..(((....)))....)))))).)))).)}..})))))}},,))),|,|,}|||,.(((((((((((((,,(((((.((((((((...((((((((((.(((((((((((((.,.,,,((.((((.,((,,{....}}|}}|))))},{||.{(({((((.{....}))))....((((((.((((((...(((((((.((.(((((.(,.((((((,{....,,....)).)))).,.}.))))).)).)))))))...)))))).)))))))))).)))....(((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((((({,(((((((((((.((((........))),}.)))))}((((((...))))))(((..((((((((..(((((((((((((.({,(((({{(((((({(.(,({{{((((,,,,,.}}}}|||}}.)))),))),)}))))(((((((((..(((.((((((((((.((.,.(((((((((((.(((((.{....,.}}|||.}.(((...(((((.(.(((((({((....{|,,,,|}..})),.)))))).))))))...))).{{||,,....}))),.)))))))...,))).,.)).}))),)))},))..)))..)))))))))..{(((((.((((((..{{...,.{(({....(((..{{(,(,{,.||{.{{{({(({(({{((((,((((((({({{..{((,.,{.(((((.(((((((..(((..(((.((({.(((((((..((.((((....(((((...{{..(((((.(.(((((.,..............))))).).))))).)).)))))..)))).))....)).))))).,.....))).)))..)))((((((........)))))).))))))).))))).}))),,.}))))).))))))})),))))})))))).))),)),,))))}},)).)))))).)))))|((((.,.......}.))))}...}))))).)),,)))))))))).}))}}))))..))).(((((.,{{||||}....{{.{{,.({((...{||}|{..,,.)})|}},...))))).}}))))}....}))))))))))))......)))))))).))((((((.(((((..{,,((((...)))}..}.)))))))))))..,....((((.......))))....}}.}}...,...))).)))})))))))).)).))).)))))........))))))))))))).)))))...((((....)))).(({...}))...(((..((..((((.(..(((((...(((((((......)))))))...)))))..)..))))...))..)))...(((....))).......)))))...))))))))..))))}.||(((.((((((((((((((((.......)))))))))).))))))...)))},..(((((.((((((((((((..(((((((((((.{((.((..((....))..)).))}.)))).)))..))))....))))}...}))))))))))))....)))))))))))))..{{({{{{...,,,,...,},........})))}}}.....,.{((((((((......))))))))))))}.....