Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318187.2
Sequence Length
2817 nt
GC Content
0.4121
GUUUUCUGUCUAGCUCCGACCGGCUGAGGCGGCGCGGCAGCGGAGGGACGGCAGUCUCGCGCGGCUACUGCAGCACUGGGGUGUCAGUUGUUGGUCCGACCCAGAACGCUUCAGUUCUGCUCUGCAAGGAUAUAUAAUAACUGAUUGGUGUGCCCGUUUAAUAAAAGAAUAUGGAAACUGAACAGCCAGAAGAAACCUUCCCUAACACUGAAACCAAUGGUGAAUUUGGUAAACGCCCUGCAGAAGAUAUGGAAGAGGAACAAGCAUUUAAAAGAUCUAGAAACACUGAUGAGAUGGUUGAAUUACGCAUUCUGCUUCAGAGCAAGAAUGCUGGGGCAGUGAUUGGAAAAGGAGGCAAGAAUAUUAAGGCUCUCCGUACAGACUACAAUGCCAGUGUUUCAGUCCCAGACAGCAGUGGCCCCGAGCGCAUAUUGAGUAUCAGUGCUGAUAUUGAAACAAUUGGAGAAAUUCUGAAGAAAAUCAUCCCUACCUUGGAAGAGUACCAACACUAUAAAGGAAGUGACUUUGACUGCGAGUUGAGGCUGUUGAUUCAUCAGAGUCUAGCAGGAGGAAUUAUUGGGGUCAAAGGUGCUAAAAUCAAAGAACUUCGAGAGAACACUCAAACCACCAUCAAGCUUUUCCAGGAAUGCUGUCCUCAUUCCACUGACAGAGUUGUUCUUAUUGGAGGAAAACCCGAUAGGGUUGUAGAGUGCAUAAAGAUCAUCCUUGAUCUUAUAUCUGAGUCUCCCAUCAAAGGACGUGCACAGCCUUAUGAUCCCAAUUUUUACGAUGAAACCUAUGAUUAUGGUGGUUUUACAAUGAUGUUUGAUGACCGUCGCGGACGCCCAGUGGGAUUUCCCAUGCGGGGAAGAGGUGGUUUUGACAGAAUGCCUCCUGGUCGGGGUGGGCGUCCCAUGCCUCCAUCUAGAAGAGAUUAUGAUGAUAUGAGCCCUCGUCGAGGACCACCUCCCCCUCCUCCCGGACGAGGCGGCCGGGGUGGUAGCAGAGCUCGGAAUCUUCCUCUUCCUCCACCACCACCACCUAGAGGGGGAGACCUCAUGGCCUAUGACAGAAGAGGGAGACCUGGAGACCGUUACGACGGCAUGGUUGGUUUCAGUGCUGAUGAAACUUGGGACUCUGCAAUAGAUACAUGGAGCCCAUCAGAAUGGCAGAUGGCUUAUGAACCACAGGGUGGCUCCGGAUAUGAUUAUUCCUAUGCAGGGGGUCGUGGCUCAUAUGGUGAUCUUGGUGGACCUAUUAUUACUACACAAGUAACUAUUCCCAAAGAUUUGGCUGGAUCUAUUAUUGGCAAAGGUGGUCAGCGGAUUAAACAAAUCCGUCAUGAGUCGGGAGCUUCGAUCAAAAUUGAUGAGCCUUUAGAAGGAUCCGAAGAUCGGAUCAUUACCAUUACAGGAACACAGGACCAGAUACAGAAUGCACAGUAUUUGCUGCAGAACAGUGUGAAGCAGUAUGCAGAUGUUGAAGGAUUCUAAUGCAAGAUAUUUUUUCUUUUUUAUAGUGUGAAGCAGUAUUCUGGAAAGUUUUUCUAAGACUAGUGAAGAACUGAAGGAGUCCUGCAUCUUUUUUUUUUUAUCUGCUUCUGUUUAAAAAGCCAACAUUCCUCUGCUUCAUAGGUGUUCUGCAUUUGAGGUGUAGUGAAAUCUUUGCUGUUCACCAGAUGUAAUGUUUUAGUUCCUUACAAACAGGGUUGGGGGGGGGAAGGGCGUGCAAAAACUAACAUUGAAAUUUUGAAACAGCAGCAGAGUGAGUGGAUUUUAUUUUUCGUUAUUGUUGGUGGUUUAAAAAAUUCCCCCCAUGUAAUUAUUGUGAACACCUUGCUUUGUGGUCACUGUAACAUUUGGGGGGUGGGACAGGGAGGAAAAGUAACAAUAGUCCACAUGUCCCUGGCAUCUGUUCAGAGCAGUGUGCAGAAUGUAAUGCUCUUUUGUAAGAAACGUUUUAUGAUUUUUAAAAUAAAUUUAGUGAACCUAUUUUUGGUGGUCAUUUUUUUUUUAAGACAGUCAUUUUAAAAUGGUGGCUGAAUUUCCCAACCCACCCCCAAACUAAACACUAAGUUUAAUUUUCAGCUCCUCUGUUGGACAUAUAAGUGCAUCUCUUGUUGGACAUAGGCAAAAUAACUUGGCAAACUUAGUUCUGGUGAUUUCUUGAUGGUUUGGAAGUCUAUUGCUGGGAAGAAAUUCCAUCAUACAUAUUCAUGCUUAUAAUAAGCUGGGGAUUUUUUGUUUGUUUUUGCAAAUGCUUGCCCCUACUUUUCAACAAUUUUCUAUGUUAGUUGUGAAGAACUAAGGUGGGGAGCAGUACUACAAGUUGAGUAAUGGUAUGAGUAUAUACCAGAAUUCUGAUUGGCAGCAAGUUUUAUUAAUCAGAAUAACACUUGGUUAUGGAAGUGACUAAUGCUGAAAAAAUUGAUUAUUUUUAUUAGAUAAUUUCUCACCUAUAGACUUAAACUGUCAAUUUGCUCUAGUGUCUUAUUAGUUAAACUUUGUAAAAUAUAUAUAUACUUGUUUUUCCAUUGUAUGCAAAUUGAAAGAAAAAGAUGUACCAUUUCUCUGUUGUAUGUUGGAUUAUGUAGGAAAUGUUUGUGUACAAUUCAAAAAAAAAAAAGAUGAAAAAAGUUCCUGUGGAUGUUUUGUGUAGUAUCUUGGCAUUUGUAUUGAUAGUUAAAAUUCACUUCCAAAUAAAUAAAACACCCAUGAUGCUAGAUUUGAUGUGUGCCCGAUUUGAACAAGGGUUGAUUGACACCUGUAAAAUUUGUUGAAACGUUCCUCUUAAAAGGAAAUAUAGUAAUCUUAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-789.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -849.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 986.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((..((.(((.((......))))).))))))).((((((((((((((..(.....)..))))).(((((((((((((((((((((((((....((((((......))))))........))))...))))))))))).(((.((((.(((((..................))))).((((((((....)))).....(((((((((((((.(((....(.((((.((..((.(((......((((((((((.((.((((((.......((.((((..((((((.(.(((((.......((((((((((....))).)))))))(((((..((((((......((((((............)).))))...((((........(((((((((((((......(((((.(((..((((.......))).)..))).)))))..)))))))).)))))......)))).....)))))))))))((((.....(((......)))...)))).(((..((((((((.((((((....((((((((((....))))).)))))....)))..))).))))))))..)))................(((......))).)))))))))).))..)))).))))))))))))))).)))))..((((....))))((((((((.(.....)))))))))..((((...))))..(((((((....)))))))...((((((.(((.(((((((.(.(((....((((((((((((.....(((((...))))).....)))))))).)))).....))).).)))))))((((((.(((.(((((.(((((....)))))..((((..((((((((((((((((...(((....))).((.(((((...))))).))..((((.............)))).........)).))))).)))))))))))))(((....))).).)))).))).))))))....))))))))).(((((((((((((((.((..(........)..)))))).((....)).........))))))))))).))).))..)))))).)...))).)))))))))))))((((.......((((.((((.............))))))))))))..))))((((.((((((((.((((.....(((((((.(((.((....)).))).)..)))))))))).))))).))).)))).)))).))).....(((((.....))))).......(((((((((.((((.((((..((((((((....(((((.(((((((.....)))))))........(((..(.(((((....))))).)..))).......(((((((...)))))))....((......)).......))))).........))).))))).....(((((((((.((((((((((...(((((((..(((((((........((((.......)))).(((((...)))))((((.(((((....((((((((..........))))))))...))))).)))))))))))......))))))).........................))))))))))..)))))))))....)))).)))).)))))))))....(((((((((((((.(........).)))))....((..(((((((((((((((((((((.......((((((...(((((((.(((..((..((.((((((((((((((((((.((.(((((................(((((((.....((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))...))))).)).)))))))))....)))))))...)).)).))..))))))))))))))))......))).))))))))).((((((....))))))...((((((((.(((...((((((((.......)))..)))))))).))))))))((((((((.......))))))))..........))).))))))..))....(((((((((........((((((.((((.((((...............)))).)))).)))...........))))))))))))))))))))....(((((((((((..(((((((.(.((((((((((((((............((.(((((...)))))))))))))))).((((((....))))))(((.((((((((((((((.(((((.........))))))))......))))))))).)))))....(((...((((..(((((((....)))))))..))))...))).((((((((.(((((......))))).)))(((((((....))))))).)))))........((((((((.....))))))))))))).).))))))))))))))))))...))))))))))....(((((((..((((((........(((((.(((.((((((.(((.......))).))))))..)))))))).((((((.(((..(((........))).))))))))).(((.(((((..((((................((((..(((...)))..))))((.(((((((.(((.((((((.(((..(((........)))..))))))))).......))).))))))).))))))..))))).))).....))))))..))))))).....................))))))))).........((((((.....)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{(((((({..(({(((.((,,{,,.}}))),})|||.|||||(((((....)))}},|||.||,.}})).|},|,((((((((((((((((((((,,..((((((......)))))).,,.,...))))...)))))))))}|(((({{..{{(({{.,,,......,)),,,,}}.,.,},|}}}((((....)))).....,,{{{,,(((((,.,,,...}}}}}..|||})||}||}}}},,.,,,((((((((({{((((((....{{((({(,,(,,({(({({({(((({,......((((((((((....))),,)))))),(((({{(((,(({.{{{{(,(((({{{{,.....,{||{||||{..{.(({{{{..{{((((((,{{,(({.{{{{.{{{{,.|{({{((((.{,....||,{{{{|||.,,,))})))),)),,..,,||{{..{{||||...{{|||||||}||.{((({{...,{{.||,.((((........)))).((((((((.{{||||,,,,((((((((((....))))).)))))....||,.,|||,|||||}||||}||............{{{{{{{{{{{{,|||.,,}}},}},,..|..||}}.|||||||}}}}},,),)))),.,}|,}}}},}}}||||.||||}}...{((((....))))},,...{{||{{.(((((((....)))))))...,,,{,(,(({.{,{{,,,}|,|||}}}}{|||||{|||||}}}}|,{||....,||||,,...}}}}}}}},)|}|.,,|,,,,.}|}|})}}}||||||,{||.{{(({.(((((....)))))..||||.,|{|||||||||{{|}||,,,,|||},},}}||}||((({,,,,,))}))|{{(((,....{|{{{{{,,||,,{{{|{||{{||}}}))))||||||||}}||{((,{..||,.},))}),}})})))))).{{,||||||||..(((((((((((((((.((..(........)..)))))).,,{{{{|,..,}}},..))))))))))),}},,}}.{|||,,}.}}}}}}},)}}|||||||,,,....}}}}}}}||}}.||||}}..,.,...,.{(((({{{(((,...,{{,.|||,||}||}|..|||,..)))|}||||{{(((.,,.,,,))})}),},})))))))}))}))))}},)}}}}|||||}||,.......{((((.....)))))..,,..{(({,,,,|}}}}})}|,}}..}}}}}}}}...}}}))).(((((((.....)))))))...,,||||||,||||||{({{....)))})}})}}}...,..(((((((...)))))))...{(({{{{,((((({,{,{,{{((((({{.,..,,,.|.}|}}}}}.(((((((((.((((((((((...{,,(((({{({((((,,{{.....,|||.,,,,,,}}}|.,,,,,,,.,,{{,((((.(((((....((((((((..........))))))))...))))).)))).)),,,,.,|,,.}}}}}||,,..,,.,,,,})}.}))))}}...))))))))))..)))))))))....,{||{||||,|,,,,))))}}},{||||{({{{{{,,(,,,,,{,.|,|}},,...,|{{,(((({{(((((((((((((((.......((((((...(((((({{(((..((((.(,({((((((((((((((((.({.(((((................(((((((.{{..((((.((({.(((........))).}))).)))).},.)))))))...))))).}).)))))))))....))))))).},}),)),|}..))))))))))))))))......))),})))))))|{((((((....))))))},.((((((((.{((...((((({((.......}},},)))))})}.))))))))((((((((.......)))))))).....,,,..))),))))}}},}|||,,,{{{{||||..,.{{{{({.,,,.,|||}||{{.....{,.||.},..})}),}))}.,})|||,...,,)})}}},,))}}))))))))),,}}}||||||||,({,{({((({{.{.{{(((|||,,||||,..........,(,.(((((...))))),}))))}))))}||||,|}}}},))),)}}|||||||,,,((((({{(((((..{...,..})))))}}}}}.,||||)|))||{||||{{{{.{,...,||||,.(((((({....}))))))..{((((((((({.{,...,,.,|.}))))))))))..,,.{(((((((....)))))))}}}||{{,{{{{,..,,,||||}}.,})),},}})))))),),,)))}}}}}},}}}}|||,{|||}||||||},,,}}}||,...,|,.{{||,,,,,..,,,,,.{{|,||||{,,|{{||,,|||}}},)},}},..,,}}},,},||||||}|,},,}},,.}}}}}}},},,},}}})))}})}}|||||..{{{{................{{,,,,|||,,,)}},,|}}}((.(((((((.(((.{(((((.(((..(((........)))..))))))})),......))).))))))).))})))..))))).||,{{{.,{{{{{{{{|,...}}),))).......}}}}}.}}}})}))))))}...,,,,.{{{{{{.....}}}}}}.
Back