Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318394.2
Sequence Length
2187 nt
GC Content
0.4463
AGUGCCACAUUAGAACAGCUUGAAGACCGUUCAUUUUUAAGUGACAAGAGACUCACCUCCAAGAAGCAAUUGUGUUUUCAGUUUCCUGUGAGGGAGUUUUCUCUGUGUCCCCACAAGGCAUGAUUCUGGGUCUAUGGUGACUUAAGAGGGCCACACAACAAUGAGUAUUUAAUUUUCCUCAGAUGUAUGGCUACAAUAAACAUCUAUAGGAUGUCUGACUCAACUCUAUGAAAACGCCUUCUUCAGAGGUGGGGAUGUAGCUUCCAUGUACACCCCAAAUGCCCAAUACUGCCAGAUGAGGUGCACAUUCCACCCAAGGUGUUUGCUAUUCAGUUUUCUUCCAGCAAGUUCAAUCAAUGACAUGGAGAAAAGGUUUGGUUGCUUCUUGAAAGAUAGUGUUACAGGAACCCUGCCAAAAGUACAUCGAACAGGUGCAGUUUCUGGACAUUCCUUGAAGCAAUGUGGUCAUCAAAUAAGUGCUUGCCAUCGAGACAUUUAUAAAGGAGUUGAUAUGAGAGGAGUCAAUUUUAAUGUGUCUAAGGUUAGCAGUGUUGAAGAAUGCCAAAAAAGGUGCACCAGUAACAUUCGCUGCCAGUUUUUUUCAUAUGCCACGCAAACAUUUCACAAGGCAGAGUACCGGAACAAUUGCCUAUUAAAGUACAGUCCCGGAGGAACACCUACCGCUAUAAAGGUGCUGAGUAACGUGGAAUCUGGAUUCUCACUGAAGCCCUGUGCCCUUUCAGAAAUUGGUUGCCACAUGAACAUCUUCCAGCAUCUUGCGUUCUCAGAUGUGGAUGUUGCCAGGGUUCUCACUCCAGAUGCUUUUGUGUGUCGGACCAUCUGCACCUAUCACCCCAACUGCCUCUUCUUUACAUUCUAUACAAAUGUAUGGAAAAUCGAGUCACAAAGAAAUGUUUGUCUUCUUAAAACAUCUGAAAGUGGCACACCAAGUUCCUCUACUCCUCAAGAAAACACCAUAUCUGGAUAUAGCCUUUUAACCUGCAAAAGAACUUUACCUGAACCCUGCCAUUCUAAAAUUUACCCGGGAGUUGACUUUGGAGGAGAAGAAUUGAAUGUGACUUUUGUUAAAGGAGUGAAUGUUUGCCAAGAGACUUGCACAAAGAUGAUUCGCUGUCAGUUUUUCACUUAUUCUUUACUCCCAGAAGACUGUAAGGAAGAGAAGUGUAAGUGUUUCUUAAGAUUAUCUAUGGAUGGUUCUCCAACUAGGAUUGCGUAUGGGACACAAGGGAGCUCUGGUUACUCUUUGAGAUUGUGUAACACUGGGGACAACUCUGUCUGCACAACAAAAACAAGCACACGCAUUGUUGGAGGAACAAACUCUUCUUGGGGAGAGUGGCCCUGGCAGGUGAGCCUGCAGGUGAAGCUGACAGCUCAGAGGCACCUGUGUGGAGGGUCACUCAUAGGACACCAGUGGGUCCUCACUGCUGCCCACUGCUUUGAUGGGCUUCCCCUGCAGGAUGUUUGGCGCAUCUAUAGUGGCAUUUUAAAUCUGUCAGACAUUACAAAAGAUACACCUUUCUCACAAAUAAAAGAGAUUAUUAUUCACCAAAACUAUAAAGUCUCAGAAGGGAAUCAUGAUAUCGCCUUGAUAAAACUCCAGGCUCCUUUGAAUUACACUGAAUUCCAAAAACCAAUAUGCCUACCUUCCAAAGGUGACACAAGCACAAUUUAUACCAACUGUUGGGUAACCGGAUGGGGCUUCUCGAAGGAGAAAGGGAGAUUCAGGUGGUCCCUUAGUUUGCAAACACAAUGGAAUGUGGCGUUUGGUGGGCAUCACCAGCUGGGGUGAAGGCUGUGCCCGCAGGGAGCAACCUGGUGUCUACACCAAAGUCGCUGAGUACAUGGACUGGAUUUUAGAGAAAACACAGAGCAGUGAUGGAAAAGCUCAGAUGCAGUCACCAGCAUGAGAAGCAGUCCAGAGUCUAGGCAAUUUUUACAACCUGAGUUCAAGUCAAAUUCUGAGCCUGGGGGGUCCUCAUCUGCAAAGCAUGGAGAGUGGCAUCUUCUUUGCAUCCUAAGGACGAAAAACACAGUGCACUCAGAGCUGCUGAGGACAAUGUCUGGCUGAAGCCCGCUUUCAGCACGCCGUAACCAGGGGCUGACAAUGCGAGGUCGCAACUGAGAUCUCCAUGACUGUGUGUUGUGAAAUAAAAUGGUGAAAGAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -673.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..(((..(((((.((((.....)))).........((((((((((((.((((((.(((((.............))))).)).)))))))...))))).))))....(((((((((((((((((((......))))))....(((((.(((....((((.(........).))))..))).))))).........((((....(((((((((((((......)))....(((((.....)))))((((.((((.(......))))))))).......(((((((((..(((.....(((((((.((((...))))...((((..(..((((((.(((....(((.....)))....))))))))).)..))))((((((....(((..((((((.(((((((((((................))))....))))))))))))).)))))))))(((....)))...(((((((((((....)))).)))))))...(((((((((.........)))))))))))))))).....))).))))))))).(((((((((....((((((.(((..(((((((.(((((.............(((...)))............))))).(((..((((.....(((((((((((....((((..(((..((.(((.((((.....(((((((..(((((......((((((....(((.........)))....)))))).....))))).((((..((((((....(((...)))......))))))..))))(((((((((...(((((((((.((((((.((((((...((((.((((((((.(((....(((..((((((((((((((((((((....))))))))......(((((..(((..(((((.........))))))))....)))))....((.((((.(((.((((((.........(((....))).......(((((.......))))).........(.(((((((.................)))).))).).....)))))).)))...)))).)).((((((.....((((((((.........(((((((.(.(((..((....))..))))))))))).........))))))))))))))..)))))))))))).)))....)))........(((((((....))))))).......))))..)))).)))))))))).)))))))))))...((((((((((((((((((((..(((.....)))))).)))))))....(((((((....)).)))))((((.......)))))))))))))))))))))))))))..(((((.(((((......))).)))))))..)))))))..)))))))))..)))...))))..((((((((..........)))))))))))))))))))))))..))).)))))))))).))))))....)))))))))......)))))))))).....))))....((((((...........((((((.((((...........)))))))))))))))))))))))......))))))......((((((((((....(((((..(((((((((.....(((((.(((((.((.(((((...(((...(((((........((((........)))).((.....))...((((....))))((((((...........)))))).)))))....)))..))))).))))))))))))(((((....(((((........))))))))))..(((......)))((((....))))(((((.(((.((.((.(((((((..((((............((((............))))..((((........))))))))..)))))))..)))).))).)))))........)))))).)))..))))).)))))))))).(((((....(((((((....((((......))))))))))).....))))).....((((((((..(((((.....)))))..)..((((..(((((((.....)))))))..(((.(.....).))).))))(((.((((((........))))))))).))))))))))))....)))..)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((,.(((..,,..{{{{((((({{{{(((,{{{.{(((((.{(((((((.((((((.(((((...,{......}}))))).)).)))))))}},}}},|,{({{{{||||{(((,...,{{((((((......)))}},|||,(((((.(((.,..((((,{........|,||}|,,|||.}}}}}.......||||||..,)))}}}..,,.||,.,,,..}}},,,,||}}||,,.,}}}))||||,|{{,{(,{{{.{||,||||||{.,{({{(,.....((({{{({.,,,,(((((((((.....,{{(({{((....{..((((({{(((....{{{.....,,),...))))))))).|,,}}|{((((((..,.{{{,.,(((({.(((((((,{(({{..........,...|,))}},.)))))))}))))),),,))))))}|{{{{{,{{{,.{({({(((({(,,..}}|},|||}}}}...{{{((({{{.,,,,,,{.||}}}||||.,,||{|||..|||.,|||(,{({|.{{{((((((....((((((.(((,.,((((((.(((((.,...........(((...))}............))))).(((..((((.....(((((((((((,...((((.,(((,.{(.(((.((((.....{((((({,.{{{{{,,|,..((((((....(((.{.....,.)))....)))))}...,,))}))}}|,,.,{{{{{{....{({|||,|,,,,,..}))))))}))))|((((((({|||(,{{(((((.((((({.{(((((,,.((((,(({{{{{{.{{{....(((..((((((((((({((((((((....))))))))......|{{{{..,||.,||{{{||||||...,}}},},}||,.||}||||.{{,,((((.(((.((((,,,{{..,,,.{{,....}||.,,.,{.(((({.....,,|||}}.....,,||,|{,{(({{,................|))},)}}..|}},|)))|})||))||||,.}})||||||||.....((((((((.{,.,,...{((((({,(.({{..((....))..)))))))))))....,,..,}))))))),}}}}),,)))))))))))).))),,,,|}}...,...,{{..,{|,.,{|}|||,..,}}}..)))),.}})}.)))))))))}.}))))))))}|...((({{{{{{{{((((((,|{,.(((,.,..}}}})),)}))}},....(((((((....)).)))))((((,,.....}))))))}}}))})))}}))))))))},.{(({||(((((,.,...||}.}}})))),.}}))))),,))))))))),.)))...))))..((((((((.|.....,..)))))))))))))))))))))))..))).))))))}))).))))))....))))))))),,,,})))})))))),....,}||},,.||||||{,..........((((((.({((...........))))))))))}}|||||,,,,.....,{{{{{{,||,....{{||}}}|||||||{{,,|...,|,,,|||,.....,,,,..,{{{,,{||{||,,}}{{|.,.,,,||},........,|,,,},}}}))),,,,))),})}}}{{{||,,,,)))}},|))|,.})})))))))))))}..,,,)))}})))..))))))))),)))))))|||}}}},,,|,..}}))))),,|||,}})})|}}})))}}}.,}.(((((....)))))..))}))),,}.,.)})))),)).||||,,,,..{{(((,..(((((.(((((....(((((.(((.,..{((.((((......((((((...((...(((...........(((,{(((({,{.......,)))))}),))}.(((((....(((((((...{(({{......)))}))))))).....))))).......(((.((..(((((.....)))))..)).)))..,(((((((.....})))))).,)))...}}...))))))...))))..)))}))).)))))...))))).))))))))))})....))}..)))),........
Back