Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001318396.2

Sequence Length

2289 nt

GC Content

0.4386

AGUGCCACAUUAGAACAGCUUGAAGACCGUUCAUUUUUAAGUGACAAGAGACUCACCUCCAAGAAGCAAUUGUGUUUUCAGAAUGAUUUUAUUCAAGCAAGCAACUUAUUUCAUUUCCUUGUUUGCUACAGUUUCCUGUGGAUGUCUGACUCAACUCUAUGAAAACGCCUUCUUCAGAGGUGGGGAUGUAGCUUCCAUGUACACCCCAAAUGCCCAAUACUGCCAGAUGAGGUGCACAUUCCACCCAAGGUGUUUGCUAUUCAGUUUUCUUCCAGCAAGUUCAAUCAAUGACAUGGAGAAAAGGUUUGGUUGCUUCUUGAAAGAUAGUGUUACAGGAACCCUGCCAAAAGUACAUCGAACAGGUGCAGUUUCUGGACAUUCCUUGAAGCAAUGUGGUCAUCAAAUAAGUGCUUGCCAUCGAGACAUUUAUAAAGGAGUUGAUAUGAGAGGAGUCAAUUUUAAUGUGUCUAAGGUUAGCAGUGUUGAAGAAUGCCAAAAAAGGUGCACCAGUAACAUUCGCUGCCAGUUUUUUUCAUAUGCCACGCAAACAUUUCACAAGGCAGAGUACCGGAACAAUUGCCUAUUAAAGUACAGUCCCGGAGGAACACCUACCGCUAUAAAGGUGCUGAGUAACGUGGAAUCUGGAUUCUCACUGAAGCCCUGUGCCCUUUCAGAAAUUGGUUGCCACAUGAACAUCUUCCAGCAUCUUGCGUUCUCAGAUGUGGAUGUUGCCAGGGUUCUCACUCCAGAUGCUUUUGUGUGUCGGACCAUCUGCACCUAUCACCCCAACUGCCUCUUCUUUACAUUCUAUACAAAUGUAUGGAAAAUCGAGUCACAAAGGCGAGUAUGCAUGGAAAAUCGCAUCACAAAGAAAUGUUUGUCUUCUUAAAACAUCUGAAAGUGGCACACCAAGUUCCUCUACUCCUCAAGAAAACACCAUAUCUGGAUAUAGCCUUUUAACCUGCAAAAGAACUUUACCUGAACCCUGCCAUUCUAAAAUUUACCCGGGAGUUGACUUUGGAGGAGAAGAAUUGAAUGUGACUUUUGUUAAAGGAGUGAAUGUUUGCCAAGAGACUUGCACAAAGAUGAUUCGCUGUCAGUUUUUCACUUAUUCUUUACUCCCAGAAGACUGUAAGGAAGAGAAGUGUAAGUGUUUCUUAAGAUUAUCUAUGGAUGGUUCUCCAACUAGGAUUGCGUAUGGGACACAAGGGAGCUCUGGUUACUCUUUGAGAUUGUGUAACACUGGGGACAACUCUGUCUGCACAACAAAAACAAGCACACGCAUUGUUGGAGGAACAAACUCUUCUUGGGGAGAGUGGCCCUGGCAGGUGAGCCUGCAGGUGAAGCUGACAGCUCAGAGGCACCUGUGUGGAGGGUCACUCAUAGGACACCAGUGGGUCCUCACUGCUGCCCACUGCUUUGAUGGGCUUCCCCUGCAGGAUGUUUGGCGCAUCUAUAGUGGCAUUUUAAAUCUGUCAGACAUUACAAAAGAUACACCUUUCUCACAAAUAAAAGAGAUUAUUAUUCACCAAAACUAUAAAGUCUCAGAAGGGAAUCAUGAUAUCGCCUUGAUAAAACUCCAGGCUCCUUUGAAUUACACUGAAUUCCAAAAACCAAUAUGCCUACCUUCCAAAGGUGACACAAGCACAAUUUAUACCAACUGUUGGGUAACCGGAUGGGGCUUCUCGAAGGAGAAAGGUGAAAUCCAAAAUAUUCUACAAAAGGUAAAUAUUCCUUUGGUAACAAAUGAAGAAUGCCAGAAAAGAUAUCAAGAUUAUAAAAUAACCCAACGGAUGGUCUGUGCUGGCUAUAAAGAAGGGGGAAAAGAUGCUUGUAAGGGAGAUUCAGGUGGUCCCUUAGUUUGCAAACACAAUGGAAUGUGGCGUUUGGUGGGCAUCACCAGCUGGGGUGAAGGCUGUGCCCGCAGGGAGCAACCUGGUGUCUACACCAAAGUCGCUGAGUACAUGGACUGGAUUUUAGAGAAAACACAGAGCAGUGAUGGAAAAGCUCAGAUGCAGUCACCAGCAUGAGAAGCAGUCCAGAGUCUAGGCAAUUUUUACAACCUGAGUUCAAGUCAAAUUCUGAGCCUGGGGGGUCCUCAUCUGCAAAGCAUGGAGAGUGGCAUCUUCUUUGCAUCCUAAGGACGAAAAACACAGUGCACUCAGAGCUGCUGAGGACAAUGUCUGGCUGAAGCCCGCUUUCAGCACGCCGUAACCAGGGGCUGACAAUGCGAGGUCGCAACUGAGAUCUCCAUGACUGUGUGUUGUGAAAUAAAAUGGUGAAAGAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-647.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -692.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 486.69

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((..(((..((..(((.((((((((((((.....((((((.(.(..((((((((.((((((.....((((((((((((((....))))).(((((((((..............)))))))))((((....))))(((.((........))))).)))))))))))))))..))))))))..).).((((((.(((.(((((((.((((((......((((((((.....(((((((((......((((((((.......((((((.(((....(((.....)))....)))))))))......((((((((....(((..((((((.(((((((((((................))))....))))))))))))).)))))))))))...((((((..(((((((((((....)))).)))))))....))..))))..((((((.((...((((...((((((.......((((.(((..(((((((((....((((((.(((..(((((((.(((((.............(((...)))............))))).(((..((((.....(((((((((((....((((..(((..((.(((.((((.....(((((((..(((((......((((((....(((.........)))....)))))).....))))).((((..((((((....(((...)))......))))))..))))(((((((((...(((((((((.((((((.((((((...((((.((((((((.(((....(((..((((((((((((((((((((....))))))))......(((.....)))..((((((((.....)).)))).))............(((((((..........((((((.(((.....(((((.(((.((((..(((..(((.(((....))).......(((((.......))))).......((((........................)))).)))..))).)))).))).)))))...))).))))))......((((((((.........(((((((.(.(((..((....))..))))))))))).........)))))))).))))))))))))))))))).)))....)))........(((((((....))))))).......))))..)))).)))))))))).)))))))))))...((((((((((((((((((((..(((.....)))))).)))))))....(((((((....)).)))))((((.......)))))))))))))))))))))))))))..(((((.(((((......))).)))))))..)))))))..)))))))))..)))...))))..((((((((..........)))))))))))))))))))))))..))).)))))))))).))))))....))))))))).))))))).))))))...))))...)).))))))............((((((.((((...........))))))))))..((((((.((((...(((((((.((......)).))))(((((((.....((((...((((........(((.(((((((((...)))))).....((((((......((((.(((((((((....((((...(((((((....))))..)))...))))................((((....(((.((((....)))).)))...))))..........................))))))))).)))).))))))))))))........))))..)).))....))))))))))....)))))))))).....))))))))..))))))))).)))))))))))))).......)))))))..(((...))).)))))))))....(((((....)))))..))))))......)))))).)).)))).)))..(((((...(((((.(((((....(((((.(((....(((.((((......((((((...((...(((...........(((.((((((..........)))).)).))).(((((....(((((((....((((......))))))))))).....))))).......(((.((..(((((.....)))))..)).)))...(((((((.....)))))))..)))...))...))))))...))))..))).))).)))))...))))).))))))))))))....)))..)))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((..{{{..,{..(((,((({((((((((.,,,.((((((...{..((((((((.((((((.....((((((((((((((....})))).(((((((((...,..........))))))))){(((....)))}|||.{,.,,.....,,}},.)))))))))))))))..))))))))..),|.((((((.(((.(((((((.((((((......((((((({..,,.(((((((((......((((((((.,..,..((((({{(((....{{{.....,,),...))))))))},{,,{,((((((((..,.{{(..{(((((.(((((((.,(({{..............,.))}}..))))))))))))).)}})))))))),,,{,,,,{..(((((((((((....)))).)))))))...{{{{(({{{.,,(((((,({|..||||..,((((((...{{..((((.,(({,{((((((((....((((((.(((..{((((((.(((((.............(((...)))............))))).(((..((((.....(((((((((((....((((..(((..((.(((.((((.....((((((({.(((((..,...((((((....(((.,.....,.)))....)))))).....)))))},,...,((((({..,,((({{{,|,.....,))))))}})))){((((((((,,{({(((((((.((((((.((((((...((((.((((((((.(((....(((..((((((((((((((((((((....))))))))......(((.....}|},,{,{(((,,.....,}.)))}.||.......,,|,,(((((({...,,,,...{(((((.(((...,.{((((.(({.((((..{((..{{{.{{,....,||.....,.{((({.......}}}))..,,...,,.,,.,{{{{.................}))).)))..))).)))).})}.))))),..))),)))))}},....((((((((.{...,...(((((({,(.(((..((....))..))))))))))).....,..,)))))))).))))))))))))))))))).)))....)))...,...,{{..,||,.,||}}||,,.,}}}..))))..}))).)))))))))).)))))))))))...((({{{{{{{{((((({{|{,.(((,....))}})).))))))}....(((((((....)).)))))((((.......})))))))))))))))})))))))))}..(((({{(((((......))).)))))))..}))))))..)))))))))..)))...))))..((((((((.,.....,..)))))))))))))))))))))))..))).)))))))))).))))))....))))))))),),,)))).,))),}.....,}}}}}),||||||{...........((((((.((((...........)))))))))),}|||||.,{{,,,..{{{{{{{,||,.....}}.,)))||||||{|,,|...,|.}))}}|....,,,.,,,.{((((((((...}))))).....((((((......((((.(((((((((....((((...{((((((....)))),.)})...))))....,,,{,{......(({{....{{{.((((,,,.}}}}.}}}...)))),,,....,,.................))))))))).)))).))))))))),}}....,,|}}}},...|.,,{||.|||||||},,,,..,,,,)))))),....))))))))..))))))))),)))))))))))))).......)))))))..(((...))).))))))))).,,.(((((....)))))..))))))..,...)))))).)).)))}.)}}..,((((,..(((((.(((((....(((((.(((.,..(((.((((......((((((...((...(((...........(((.{(((((.(.......,))))),),))}.(((((....(((((((...{(({{......)))}))))))).....))))).......(((.((..(((((.....)))))..)).)))..,(((((((.....}))))))..)))...))...))))))...))))..))),))).)))))...))))).)))))))))))),...}}}..)))),........