Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318398.2
Sequence Length
2188 nt
GC Content
0.6079
ACUGCCUUGCGUGUGUGCACACGUGUGAGGAUGUCAGCGCCUGUGUGGCCGCGGGACUCAAGGCUGGCCUGGCUCAAGUGAACAGCACGUCCAGGAGGCGACCUCGUCCGCGGGUUUGCAUUCUGGGGUGGACGAGCUGGGGGUUCGGUCCGAGCCCGGUGGGAGGCUCCCGGAGCGCAGCCUGGGCCCAGCCCACCCCGCGCCGGCGGCCAUGGCAGGCACCCUGGACCUGGACAAGGGCUGCACGGUGGAGGAGCUGCUCCGCGGGUGCAUCGAAGCCUUCGCUGGCGGCCAAGCUGCUCCACAUCUACCAACAAUCCCGGAAGGACAACUCCAAUUCCCUGCAGGUGAAAACGUGCCACCUGGUCAGGUACUGGAUCUCCGCCUUCCCAGCGGAGUUUGACUUGAACCCGGAGUUGGCUGAGCAGAUCAAGGAGCUGAAGGCUCUGCUAGACCAAGAAGGGAACCGACGGCACAGCAGCCUAAUCGACAUAGACAGCGUCCCUACCUACAAGUGGAAGCGGCAGGUGACUCAGCGGAACCCUGUGGGACAGAAAAAGCGCAAGAUGUCCCUGUUGUUUGACCACCUGGAGCCCAUGGAGCUGGCGGAGCAUCUCACCUACUUGGAGUAUCGCUCCUUCUGCAAGAUCCUGUUUCAGGACUAUCACAGUUUCGUGACUCAUGGCUGCACUGUGGACAACCCCGUCCUGGAGCGGUUCAUCUCCCUCUUCAACAGCGUCUCACAGUGGGUGCAGCUCAUGAUCCUCAGCAAACCCACAGCCCCGCAGCGGGCCCUGGUCAUCACACACUUUGUCCACGUGGCGGAGAAGCUGCUACAGCUGCAGAACUUCAACACGCUGAUGGCAGUGGUCGGGGGCCUGAGCCACAGCUCCAUCUCCCGCCUCAAGGAGACCCACAGCCACGUUAGCCCUGAGACCAUCAAGCUCUGGGAGGGUCUCACGGAACUAGUGACGGCGACAGGCAACUAUGGCAACUACCGGCGUCGGCUGGCAGCCUGUGUGGGCUUCCGCUUCCCGAUCCUGGGUGUGCACCUCAAGGACCUGGUGGCCCUGCAGCUGGCACUGCCUGACUGGCUGGACCCAGCCCGGACCCGGCUCAACGGGGCCAAGAUGAAGCAGCUCUUUAGCAUCCUGGAGGAGCUGGCCAUGGUGACCAGCCUGCGGCCACCAGUACAGGCCAACCCCGACCUGCUGAGCCUGCUCACGGUGUCUCUGGAUCAGUAUCAGACGGAGGAUGAGCUGUACCAGCUGUCCCUGCAGCGGGAGCCGCGCUCCAAGUCCUCGCCAACCAGCCCCACGAGUUGCACCCCACCACCCCGGCCCCCGGUACUGGAGGAGUGGACCUCGGCUGCCAAACCCAAGCUGGAUCAGGCCCUCGUGGUGGAGCACAUCGAGAAGAUGGUGGAGUCUGUGUUCCGGAACUUUGACGUCGAUGGGGAUGGCCACAUCUCACAGGAAGAAUUCCAGAUCAUCCGUGGGAACUUCCCUUACCUCAGCGCCUUUGGGGACCUCGACCAGAACCAGGAUGGCUGCAUCAGCAGGGAGGAGAUGGUUUCCUAUUUCCUGCGCUCCAGCUCUGUGUUGGGGGGGCGCAUGGGCUUCGUACACAACUUCCAGGAGAGCAACUCCUUGCGCCCCGUCGCCUGCCGCCACUGCAAAGCCCUGAUCCUGGGCAUCUACAAGCAGGGCCUCAAAUGCCGAGCCUGUGGAGUGAACUGCCACAAGCAGUGCAAGGAUCGCCUGUCAGUUGAGUGUCGGCGCAGGGCCCAGAGUGUGAGCCUGGAGGGGUCUGCACCCUCACCCUCACCCAUGCACAGCCACCAUCACCGCGCCUUCAGCUUCUCUCUGCCCCGCCCUGGCAGGCGAGGCUCCAGGCCUCCAGAGAUCCGUGAGGAGGAGGUACAGACGGUGGAGGAUGGGGUGUUUGACAUCCACUUGUAAUAGAUGCUGUGGUUGGAUCAAGGACUCAUUCCUGCCUUGGAGAAAAUACUUCAACCAGAGCAGGGAGCCUGGGGGUGUCGGGGCAGGAGGCUGGGGAUGGGGGUGGGAUAUGAGGGUGGCAUGCAGCUGAGGGCAGGGCCAGGGCUGGUGUCCCUAAGGUUGUACAGACUCUUGUGAAUAUUUGUAUUUUCCAGAUGGAAUAAAAAGGCCCGUGUAAUUAACCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-913.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -949.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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