Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318468.1
Sequence Length
2237 nt
GC Content
0.5248
GUCAUAUCCCAGUGCUGACUCCCGGGCGUGCAGACCGCUAACUAGCUCACUCGCUCUCAGCUCCUGCCACCGCUCAGCCGUCACAGCCCAGGGGAGCCCGAGAGCCUGAGAGCCUGCAAACCGGGGAGGGAGGGAGCAAAGGAGGGAGGGAGCAAGGGCGCGCCCUGGCUCUCCCUCUGCCCUGCUGCCCGCCCUUCCUGCCUCCACAGCUUGUCUUUUCCAGGCACCCUGGAGUCCCCUCAGGCCAGCUCGGUGGGCGCGCACCUGCCAGCCGCCCCUGACCUCGCAGGCCAGGCGACCUCCGAGCCUGAGAAGAUGGCCCAGUCCAAGCUCGAUUGCCGCUCACCUGUCGGCCUCGACUGCUGCAACUGCUGCCUGGACCUGGCCCAUCGGAGUGGGCUCCAGCGAGGCAGCAGCGGGGAGAACAACAACCCGGGCAGCCCUACAGUGAGCAACUUUCGGCAGCUGCAGGAAAAGCUGGUCUUUGAGAACCUCAAUACCGACAAGCUCAACAGCAUAAUGCGGCAGGAUUCGCUAGAGCCGGUGCUGCGGGACCCCUGCUACCUGAUCAACGAGGGCAUCUGCAACCGCAACAUCGACCAGACCAUGCUCUCCAUCCUGCUCUUCUUCCACAGUGCCUCCGGAGCCAGCGUGGUGGCCAUAGACAACAAGAUCGAACAGGCCAUGGAUCUGGUGAAGAAUCAUCUGAUGUAUGCUGUGAGAGAGGAGGUGGAGAUCCUGAAGGAGCAGAUCCGAGAGCUGGUGGAGAAGAACUCCCAGCUAGAGCGUGAGAACACCCUGUUGAAGACCCUGGCAAGCCCAGAGCAGCUGGAGAAGUUCCAGUCCUGUCUGAGCCCUGAAGAGCCAGCUCCCGAAUCCCCACAAGUGCCCGAGGCCCCUGGUGGUUCUGCGGUGUAAGUGGCUCUGUCCUCAGGGUGGGCAGAGCCACUAAACUUGUUUUACCUAGUUCUUUCCAGUUUGUUUUUGGCUCCCCAAGCAUCAUCUCACGAGGAGAACUUUACACCUAGCACAGCUGGUGCCAAGAGAUGUCCUAAGGACAUGGCCACCUGGGUCCACUCCAGCGACAGACCCCUGACAAGAGCAGGUCUCUGGAGGCUGAGUUGCAUGGGGCCUAGUAACACCAAGCCAGUGAGCCUCUAAUGCUACUGCGCCCUGGGGGCUCCCAGGGCCUGGGCAACUUAGCUGCAACUGGCAAAGGAGAAGGGUAGUUUGAGGUGUGACACCAGUUUGCUCCAGAAAGUUUAAGGGGUCUGUUUCUCAUCUCCAUGGACAUCUUCAACAGCUUCACCUGACAACGACUGUUCCUAUGAAGAAGCCACUUGUGUUUUAAGCAGAGGCAACCUCUCUCUUCUCCUCUGUUUCGUGAAGGCAGGGGACACAGAUGGGAGAGAUUGAGCCAAGUCAGCCUUCUGUUGGUUAAUAUGGUAUAAUGCAUGGCUUUGUGCACAGCCCAGUGUGGGAUUACAGCUUUGGGAUGACCGCUUACAAAGUUCUGUUUGGUUAGUAUUGGCAUAGUUUUUCUAUAUAGCCAUAAAUGCGUAUAUAUACCCAUAGGGCUAGAUCUGUAUCUUAGUGUAGCGAUGUAUACAUAUACACAUCCACCUACAUGUUGAAGGGCCUAACCAGCCUUGGGAGUAUUGACUGGUCCCUUACCUCUUAUGGCUAAGUCUUUGACUGUGUUCAUUUACCAAGUUGACCCAGUUUGUCUUUUAGGUUAAGUAAGACUCGAGAGUAAAGGCAAGGAGGGGGGCCAGCCUCUGAAUGCGGCCACGGAUGCCUUGCUGCUGCAACCCUUUCCCCAGCUGUCCACUGAAACGUGAAGUCCUGUUUUGAAUGCCAAACCCACCAUUCACUGGUGCUGACUACAUAGAAUGGGGUUGAGAGAAGAUCAGUUUGGGCUUCACAGUGUCAUUUGAAAACGUUUUUUGUUUUGUUUUGUAAUUAUUGUGGAAAACUUUCAAGUGAACAGAAGGAUGGUGUCCUACUGUGGAUGAGGGAUGAACAAGGGGAUGGCUUUGAUCCAAUGGAGCCUGGGAGGUGUGCCCAGAAAGCUUGUCUGUAGCGGGUUUUGUGAGAGUGAACACUUUCCACUUUUUGACACCUUAUCCUGAUGUAUGGUUCCAGGAUUUGGAUUUUGAUUUUCCAAAUGUAGCUUGAAAUUUCAAUAAACUUUGCUCUGUUUUUCUAAAAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-797.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -842.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..((((((.((((.(((((.((..(((((...(((....)))......((((((((((((.((..((.((..((.......))..))))..))..).))).)))))))))))))..)).)))))((((((((....(((((.((((((...(((((.((...(((.........)))..)))))))...)))))).)))))..((((((((((((((((((....(((((((.(((..((((.((((((.(((((.((........)))))))))))....)).))))))).)).))))).))))).)))))(((......))).((.(((..(..((((((.(((.((........(((((..(((((((((.(....(((((((....)))))))....).)))))))))((((...........)))).))))))).)))))))))..)..)))))((((........))))(((..(((((...))))).))))))))))).....(((...)))((((((((.....((((((((((.(((((......(((..(((........)))))).......))))).)))))..........)))))..))))))))))))))))...((((...(((((((((((((((((((((((...........((((((......(.((.(((((((........(((((...(((((.((((.((((.(.(((((((...(((((((((.((.((((((((((((.....))))..(((((.(.((...((((...))))....))))))))..((.((((.((((((((.....)))))..))))))).))........)))))))).))........(((((((((.(((((((..(((((((.(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))...............(((((((((.((..(((..((((....)))))))....))...)).))))))).))))))..((((.....))))......((((((...))))))((((.....))))..((((((....(((((.((......))..))))))))))))).)))))))..))))))).......((..((((((..((..((((((((...(.((((((((....)))))))))..))))..))))..)).))))))...))....))))).)))).((((...)))).)))))))))...........))))))).).)))).))))))))))))))........))))))).))).....))))))))))).....)))))).(((((...(((((((((...(((((((.((((((((((((.....))))))))))....)).)))))))..(((......)))))).))))))....)))))......)))).)))))))).))))..((((...))))....)))).)))))))))).....(((((.(((..((((((.(((...(((((((((.....((.(((((((((..(.(((...........((((((((.((.((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...))))))......((((.......))))))))).))).)))))).))))))))..))))))))).))....))))))))).))).))))))..))...).))))).(((((..((.((.(((((...(((((((((((((((....(((((.((........)))))).).....)))))).(((((...(((....(((...(((((((.....(((((((((....((((...((.(((((..(((((..((((....))))....))))))))))..).)....))))...)))))))))))))((((((((((..(((((((.....(((....)))......)))))))))))))))))((((.(((((...))))).))))((((((((......(((((((..((((((........))))))(((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))..)))))))))))))))))...)))))))).)))...)))....)))(((((((.........))))))))))))((((....))))....)))))))))))))).)).))..)))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({.,((((((.((((,.(((((((({((((,,..(((....|||,,....((((((,((((({,{..,,{((..{,......,))...})))}))..)})))).})}}||||||||..,{{({(((((.(((((((..(((((((((((((.((((....)))).)))))))))))....)))).))).)))))||||,,.....((((((((((((((((((....{((((((.(((..((((.((((((.(((((.((........)))))))))))....)).))))))).)),,)))).))))).))))),((,...,,|},.((,(((..(..((((({,(((.((........(((((..(((((((((.(....(((((((....)))))))....).)))))))))((((..,.....,..)))).))))))).)))))))))..}..))))){|||...,,...})))(((..(((((...))))).))))))))))).....(({...}))}))))),.,,||||||||||||||,|{|{{...))))}((((((((((((((((((...(((,,(((((..{{(.(((((..,..,.((((((.(((.(((((((,.(((((({{,,.(((((((((..{.((((((...({........}}.....)))))).}..))))).........)))),.}}.,)))))),))))),))))))))),{{....||}|,,(((.((.((((((((((((.....))))..(((((.(.((...((({...))))....))})))))..((.((((.((((((((,...,))))),.})))))).))........)))))))).)).))).......,.(((...)))..)))))})}..)))))))))(((((((((((((.......)))))))))))))..(((((.{{,....,{,(((((((.((((((.....{.(((((..((.((((..,({((((((({,,,..((((.(((...)))))))..,,|((((((((...(((.((({....(((({.....})))).((((((((((((((....((((..{..((((((((.(.(.((.(((,.........,.))).)).).).))))))))..}...))))((((((((....))))))))((((((((((.{(((((..((..{......}.,},)))))}...((((...))))}),}))).))))...))}..)))))))))))..}))).)))..))))))))}.....{((((,...{({(.....}))}....,)}})}}}},..,||,}},...||.(((((...)))))},.}))))))),)}...))))..)).)))))})))))).))))))),}})).}))))..)))))).))))))))....))))....))}})))}}),}))}}.)))}....,)))).,.)))).))))))))))..,..(({{{.,{{..((((((.{({...(((((((((.....,,.(((((((((..(.(({...,|.{,{,.,(((((((.{{.,{,((,,.((((((.(((((.{,....}}.)))))...))))))...,,,{({{......,)))))}}}|,})}.,))}}||))}.,}))..))))))))).},....))))))))).))}.))))))..)),,.|,}}}}}.{{{{{,,||.{{.{((({...(((((((((((((((....{((((.((........)))))).).....)))))).((((({.((((((((((...,((((((......(((((((((....((((.,.{,.(((({.{(((((..((((....))))....))))))))))..}......))))...))))))))).}|,((((((((((..(((((((,....({{....})}.....,)))))))))))))))))||((.(((((...))))).))))))))}.)))}.....}))))...((((((........))))))(((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))..))))))))))..........{{..{(((((,......,.,.)))))|{{||{....,....}})))}))))))((((....))))....))))))))))})}}.}}.,,..},,,,....................
Back