Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318470.1
Sequence Length
2223 nt
GC Content
0.5254
GUCAUAUCCCAGUGCUGACUCCCGGGCGUGCAGACCGCUAACUAGCUCACUCGCUCUCAGCUCCUGCCACCGCUCAGCCGUCACAGCCCAGGGGAGCCCGAGAGCCUGAGAGCCUGCAAACCGGGGAGGGAGGGAGCAAAGGAGGGAGGGAGCAAGGGCGCGCCCUGGCUCUCCCUCUGCCCUGCUGCCCGCCCUUCCUGCCUCCACAGGCACCCUGGAGUCCCCUCAGGCCAGCUCGGUGGGCGCGCACCUGCCAGCCGCCCCUGACCUCGCAGGCCAGGCGACCUCCGAGCCUGAGAAGAUGGCCCAGUCCAAGCUCGAUUGCCGCUCACCUGUCGGCCUCGACUGCUGCAACUGCUGCCUGGACCUGGCCCAUCGGAGUGGGCUCCAGCGAGGCAGCAGCGGGGAGAACAACAACCCGGGCAGCCCUACAGUGAGCAACUUUCGGCAGCUGCAGGAAAAGCUGGUCUUUGAGAACCUCAAUACCGACAAGCUCAACAGCAUAAUGCGGCAGGAUUCGCUAGAGCCGGUGCUGCGGGACCCCUGCUACCUGAUCAACGAGGGCAUCUGCAACCGCAACAUCGACCAGACCAUGCUCUCCAUCCUGCUCUUCUUCCACAGUGCCUCCGGAGCCAGCGUGGUGGCCAUAGACAACAAGAUCGAACAGGCCAUGGAUCUGGUGAAGAAUCAUCUGAUGUAUGCUGUGAGAGAGGAGGUGGAGAUCCUGAAGGAGCAGAUCCGAGAGCUGGUGGAGAAGAACUCCCAGCUAGAGCGUGAGAACACCCUGUUGAAGACCCUGGCAAGCCCAGAGCAGCUGGAGAAGUUCCAGUCCUGUCUGAGCCCUGAAGAGCCAGCUCCCGAAUCCCCACAAGUGCCCGAGGCCCCUGGUGGUUCUGCGGUGUAAGUGGCUCUGUCCUCAGGGUGGGCAGAGCCACUAAACUUGUUUUACCUAGUUCUUUCCAGUUUGUUUUUGGCUCCCCAAGCAUCAUCUCACGAGGAGAACUUUACACCUAGCACAGCUGGUGCCAAGAGAUGUCCUAAGGACAUGGCCACCUGGGUCCACUCCAGCGACAGACCCCUGACAAGAGCAGGUCUCUGGAGGCUGAGUUGCAUGGGGCCUAGUAACACCAAGCCAGUGAGCCUCUAAUGCUACUGCGCCCUGGGGGCUCCCAGGGCCUGGGCAACUUAGCUGCAACUGGCAAAGGAGAAGGGUAGUUUGAGGUGUGACACCAGUUUGCUCCAGAAAGUUUAAGGGGUCUGUUUCUCAUCUCCAUGGACAUCUUCAACAGCUUCACCUGACAACGACUGUUCCUAUGAAGAAGCCACUUGUGUUUUAAGCAGAGGCAACCUCUCUCUUCUCCUCUGUUUCGUGAAGGCAGGGGACACAGAUGGGAGAGAUUGAGCCAAGUCAGCCUUCUGUUGGUUAAUAUGGUAUAAUGCAUGGCUUUGUGCACAGCCCAGUGUGGGAUUACAGCUUUGGGAUGACCGCUUACAAAGUUCUGUUUGGUUAGUAUUGGCAUAGUUUUUCUAUAUAGCCAUAAAUGCGUAUAUAUACCCAUAGGGCUAGAUCUGUAUCUUAGUGUAGCGAUGUAUACAUAUACACAUCCACCUACAUGUUGAAGGGCCUAACCAGCCUUGGGAGUAUUGACUGGUCCCUUACCUCUUAUGGCUAAGUCUUUGACUGUGUUCAUUUACCAAGUUGACCCAGUUUGUCUUUUAGGUUAAGUAAGACUCGAGAGUAAAGGCAAGGAGGGGGGCCAGCCUCUGAAUGCGGCCACGGAUGCCUUGCUGCUGCAACCCUUUCCCCAGCUGUCCACUGAAACGUGAAGUCCUGUUUUGAAUGCCAAACCCACCAUUCACUGGUGCUGACUACAUAGAAUGGGGUUGAGAGAAGAUCAGUUUGGGCUUCACAGUGUCAUUUGAAAACGUUUUUUGUUUUGUUUUGUAAUUAUUGUGGAAAACUUUCAAGUGAACAGAAGGAUGGUGUCCUACUGUGGAUGAGGGAUGAACAAGGGGAUGGCUUUGAUCCAAUGGAGCCUGGGAGGUGUGCCCAGAAAGCUUGUCUGUAGCGGGUUUUGUGAGAGUGAACACUUUCCACUUUUUGACACCUUAUCCUGAUGUAUGGUUCCAGGAUUUGGAUUUUGAUUUUCCAAAUGUAGCUUGAAAUUUCAAUAAACUUUGCUCUGUUUUUCUAAAAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 404.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..((((((.(((((.(((((((((((((.(..((((.......((((.(((((.((((((((((...(((..((((((...(((.((((((..((.((.(((((.(((.........(((((((((.(((((((..((((((((((....((((....))))..))))))))))....)))).))).))))))))).)))..)))))...))))..))))))..)))....((((.(((((.((........)))))))))))..((.(((((..((......))..))))).)).))))))..)))...((.((((..(((((......).)))).))))))(((((..(((((((((.(....(((((((....)))))))....).)))))))))((((...........)))).)))))(((.((((..((........)).)))).)))...((((.(((.(((((...)))))....))).)))).....(((...))))))))))...)))))))).))))..(((((...)))))((((((((((((((((((...((((.(((((..(((.(((((.......((((((.(((.((((.((..(((((((.(..(((((((((..(.((((((...((........)).....)))))).)..))))).........))))..)..))))))))))))).)))))))))(((....)))...(((.((.((((((((((((.....))))..(((((.(.((...((((...))))....))))))))..((.((((.((((((((.....)))))..))))))).))........)))))))).)).))).........(((...)))..))))))))..)))))))))(((((((((((((.......)))))))))))))..(((((.((((......(((((((.((((((.....(.(((((..((.((((...((((((((((..........(((((((.((((.....(((((((((...(((.((((....(((((.....))))).((((((((((((((....((((..(..((((((((.(.(.((.(((............))).)).).).))))))))..)...))))((((((((....))))))))((((((((((.((((((..((..(......)..))))))))...((((...)))))).)))).))))...)))..)))))))))))..)))).)))..)))))))))......(((((...((((.....))))....)))))..)))).)))))))...((.(((((...))))))).)))))))).))...))))..)).)))))))))))).))))))).)))).)))))..)))))).))))))))....)))).......))))..).))))).)))).....)))).).)))).)))))))))).....(((((.(((..((((((.(((...(((((((((.....((.(((((((((..(.(((...........((((((((.((.((((((((((((((.(((((.((....)).)))))...))))))......((((.......))))))))).))).)))))).))))))))..))))))))).))....))))))))).))).))))))..))...).))))).(((((..((.((.(((((...(((((((((((((((....(((((.((........)))))).).....)))))).(((((...(((....(((...(((((((.....(((((((((....((((...((.(((((..(((((..((((....))))....))))))))))..).)....))))...)))))))))))))((((((((((..(((((((.....(((....)))......)))))))))))))))))((((.(((((...))))).))))((((((((......(((((((..((((((........))))))(((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))..)))))))))))))))))...)))))))).)))...)))....)))(((((((.........))))))))))))((((....))))....)))))))))))))).)).))..)))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({.,((((((.((((,.(((((((((((((.(..((({...,{{.{(((.(((((.((((((((((..{((({,{(((.,...(((.((((((..(({.(.(((((.(((...{,....,((((((((.(((((((..(((((((((((((.((((....)))).)))))))))))....)))).))).)))))))))})))..)))))...,)))..))))))..))).....)))}}|}}|.|..((((,,(({.(({{{{{......)))),,,(({,....,|,,)}})).|,.},,|||..||||,..||}|||},|}}((((({,(((.((........(((((..(((((((((.(....(((((((....)))))))....).)))))))))((((..,.....,..)))).))))))).))))))))).......))).))))))))...{(((,(({.(((((...))))).,,,)}}.}))).....((,...})))))))))...)))))))).)))),,(((((...)))))((((((((((((((((((...(((,,(((((..{{(.(((((..,..,.((((((.(((.(((((((,.(((((({{,,.(((((((((..{.((((((...({........}).....)))))).}..))))).........)))),.}}.,))))))}))))),))))))))),{{....||}|,,(((.((.((((((((((((.....))))..(((((.(.((...((({...})))....})})))))..((.((((.((((((((,...,))))),.})))))).))........)))))))).)).))).......,.(((...)))..)))))})}..)))))))))(((((((((((((.......)))))))))))))..(((((.{{,....,{.(((((((.((((((.....{.(((((..((.((((..,({((((((({,,,..((((.(((...)))))))..,,|((((((((...(((.((({....(((({.....})))).((((((((((((((....((((..{..((((((((.(.(.((.(((,.........,.))).)).).).))))))))..}...))))((((((((....))))))))((((((((((.{(((((..((..{......}.,},)))))}...((((...))))}),}))).))))...))}..)))))))))))..}))).)))..))))))))}.....{((((,...{(((.....})))....,)}})}}}},..,||,}},...||.(((((...))))),,.)))))))),)}...))))..)).)))))})))))).))))))),}})).}))))..)))))).))))))))....))))....,,.))))..).))))).)))).....)))).,.)))).))))))))))..,..(({{{.,{{..((((((.{({...(((((((((.....,,.(((((((((..(.(({...,|.{,{,.,(((((((.{{.,{,((,,.((((((.(((((.{,....}}.)))))...))))))...,,,{({{......,)))))}}}|,})}.,))}}||))}.,}))..))))))))).},....))))))))).))}.))))))..)),,.|,}}}}}.{{{{{,,||.{{.{((({...(((((((((((((((....{((((.((........)))))).).....)))))).((((({.((((((((((...,((((((......(((((((((....((((.,.{,.(((({.{(((((..((((....))))....))))))))))..}......))))...))))))))).}|,((((((((((..(((((((,....({{....})}.....,)))))))))))))))))||((.(((((...))))).))))))))}.)))}.....}))))...((((((........))))))(((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))..))))))))))..........{{..{(((((,......,.,.)))))|{{||{....,....}})))}))))))((((....))))....))))))))))})}}.}}.,,..},,,,....................
Back