Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318502.2
Sequence Length
3414 nt
GC Content
0.6412
GCGGCGGCGGUUGCUGGGUCCCGGCCGGGCUGACUCCGCUUCUGGGCGGCCGGGCCUCCGCGAGUACCGGGUCGACUUCGGAGUCUGCGAGCCCAGCCAGGGGUGCCCGCUUCCCACCCCUCUCCCCGAGCGGCGUCCCCGUCGGGGUCGAACCUCCCCCGCGACAGGCGCCCAGCCGCCUGUUCCCCCAGGCCUUGCCUGCGGACCGCCCUGGGAACGGCGUCUGGGAGCCCCGAGGGGCUGGCGGGACUCGGGGCCCGGGCCAUGCGGCAGCCGCCCCCGCCCCUCCGCGACCAUCCCCGGCCCAAGCGGGAGCCGCAGCGGCGUUUCUGCUCCUCGCUGCGCCGGCGACCCCGGACCCGGCACCCGUGACCCCUCGCGCUGCCUGCGGCCUCGCGCCGAGGCCUGCCCCGGGAGAGACCGUCCAUGCCGUCCAAGGCGGAGAAUCUGCGGCCCUCCGAGCCGGCCCCGCAGCCGCCGGAAGGGAGGACGCUCCAAGGACAGCUUCCCGGCGCUCCGCCGGCCCAGCGCGCGGGGUCCCCACCCGAUGCUCCGGGCUCCGAGAGCCCCGCGCUUGCCUGCAGCACUCCGGCCACGCCCAGCGGCGAGGACCCGCCAGCCCGAGCAGCACCCAUCGCCCCGCGGCCCCCCGCCAGGCCUCGACUGGAGCGAGCCCUGUCCCUGGACGACAAGGGCUGGAGGAGGAGGCGUUUUCGAGGCAGCCAGGAGGACCUGGAAGCCCGGAAUGGGACCAGUCCCUCCAGGGGCUCAGUGCAGAGCGAGGGCCCCGGGGCCCCCGCCCACAGCUGCUCCCCGCCCUGCCUGAGCACCUCCUUGCAGGAAAUCCCCAAGUCCCGCGGGGUCCUGAGCAGUGAGAGAGGGAGCCCGUCCUCGGGGGGUAACCCUCUCUCUGGGGUGGCCAGCAGCUCCCCGAACCUCCCGCACAGAGACGCCGCCGUGGCGGGGAGCUCGCCCAGGCUGCCCAGCCUGCUGCCCCCGCGCCCACCGCCUGCCCUGAGCCUGGACAUCGCCUCCGACUCCCUGAGGACAGCAAACAAGGUCGACUCGGAUCUUGCAGACUACAAGCUCCGCGCGCAGCCGCUCCUGGUGCGGGCCCACAGCAGCCUGGGCCCCGGCCGGCCGCGGAGCCCCCUGGCCUGCGACGACUGUUCCCUUCGCUCGGCCAAAUCCUCCUUCAGCCUCCUGGCGCCCAUCCGCAGCAAGGACGUCCGCAGCAGGAGUUACCUGGAGGGCAGCCUCCUGGCCAGCGGGGCCCUGUUGGGGGCGGAUGAGCUGGCCCGCUACUUCCCAGACCGGAACGUGGCACUCUUCGUGGCCACCUGGAACAUGCAGGGCCAGAAGGAGCUCCCGCCCAGCCUGGACGAGUUCCUGCUCCCAGCCGAGGCCGACUAUGCCCAGGACCUGUAUGUCAUCGGGGUCCAGGAGGGCUGUUCUGACAGGCGGGAGUGGGAGACUCGUCUGCAGGAGACGCUGGGCCCGCACUAUGUGCUGCUGUCCUCGGCGGCCCACGGCGUGCUCUACAUGUCGCUCUUCAUCCGCAGGGACCUCAUCUGGUUCUGCUCAGAGGUGGAGUGCUCCACGGUGACCACACGCAUCGUGUCUCAGAUCAAGACCAAGGGGGCCUUGGGCAUCAGCUUCACCUUUUUUGGCACUUCCUUCCUCUUCAUCACGUCCCACUUCACCUGUGACGGGAAGGUGGCGGAGCGGCUGCUGGACUACACCAGGACUGUACAAGCCCUGGUCCUGCCCAGAAAUGUGCCCGACACCAACCCCUAUCGCUCCAGCGCAGCGGACGUCACCACCCGCUUCGAUGAGGUGUUCUGGUUUGGAGACUUCAACUUCCGCCUGAGUGGCGGGCGCACAGUCGUGGACGCCCUCCUGUGCCAGGGCCUGGUGGUGGACGUGCCGGCGCUGCUGCAGCACGACCAGCUCAUCCGGGAGAUGCGGAAAGGGUCCAUCUUCAAGGGCUUCCAGGAGCCGGACAUCCACUUCCUCCCAUCAUACAAGUUUGACAUCGGGAAGGACACGUACGACAGCACCUCCAAGCAGAGGACGCCCUCAUACACGGACCGCGUCUUGUACAGAAGCCGCCACAAGGGUGACAUCUGUCCUGUGAGCUACUCUUCCUGCCCCGGGAUCAAGACGUCCGACCACCGCCCUGUGUAUGGCCUCUUCCGGGUGAAAGUGAGGCCGGGGCGAGACAACAUUCCGUUGGCAGCUGGCAAAUUUGAUAGAGAACUGUACUUACUAGGAAUUAAAAGACGGAUUUCGAAGGAGAUUCAGAGGCAGCAAGCACUACAGAGUCAGAACUCCAGCACCAUCUGCUCCGUUUCUUGAAGUUUGCUGAACGAGGACUCACAGCUGCAACGUGGGGUGAUUGUAUUGAUCAAAACCCACUGGGAAGGACAAAGAGUUUGCCGCCUUUCGGGGAUCCGAGGGACUGUGGCGACCGUGCCUCUGUGCCAGCGUCCCAGGAAGGAAGCCAACCCUGAGCGAGCCUGUCCUCUGUGGCAGGUCCACACGGUGUGGGUGGGCAGGGCUUGGACCCCCGUCUCCAUGGCAGGUCCAUACAGCAUGGGUGGCAGGGUUUGGACCCGCCCAGCAGCACCACGGACCCCAGCCACUCUCGGGGGCAGACGUCAGAAUCCGUUCCUGAGCAGCUCCUGUGCCCUGGGGGCAGUCACAGAGCCCCCCAACACCCCCGUGCUCUGCACCAGCCUCUCCCUCCACACCCGAAGCAGGCGUCCAUCUGUGUCCUCCUGGCAGCCCCUCAAACACACACCACCCCAUGUCACACGGGUAUCCAGAGCAAGGCUGGAUCUGGGCUAGGUGACCCCUGGGGCCUCAGACCUCUGAGUGGGCCCCAGAGCCCAGCUGAGGAAGCCACACAGCCUCCAGGACGUGGCACGGUUCCCCUCCACUUGGCUGCAAGUCGCCUGCCAUGGGGCGAGGAGGCCUGCACCCCAGUAUAAGGGCCUCCCCAGCUGAGUAAGAAGCUGCUUCCCCUCCUCUCAUAGGCCAAGCCUAUUGUGUGAAACCAUCUCAUGGUCUUGGUGACGUAGACCAUUUUUGAAACCGUCUCAUGGUCUUGGUGACGUAGACCGUUUGCUUCUUUAACUCCAGCCGCGGAAUGACAUUAGUGGAACCGGGCUAGGGAACUGCUGGAAGUUCAGGAUGCCACCACCUUGAACACCUAGGCCAGGGAUCCCCACCAUGUCCCGGGUUUCUUUCUUCGAGAGUAUAGAACCGUUCAUUCUUGCUUUGUGUCCCAUUCCAUCUCUUGAAAAAAUGUAGUCUUUGAAUGUGUGAAAAUCUAGGGACAUUCAAUCUAGUCUUUUAAAUUAUUUUUCCAUAUUUAUAUUUUUAAAUAAAUGCAUAUAUUGAGUCUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1502.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1559.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 792.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.((((((((((.(((((((.......(((....((((((..(((((((((((.(..(((((((((((....))))..(((((((.((((((((((.........))))))((.((((((.(((.....)))))))))..)).....((((.((...(((.(((((.((((.((((((.(((((...))))).((.....)).)))))))))).))))).))).)).)))).))))))).)))).)))))))..).))))).))..))))))))))....)))......))))))).....(((.((((..((((((...........))))))..))))..))).)))))))))).))))((((((.(((((((((.((((....((((((.((.(((.((..((((....(((((.(.((.(((..(((((.....((((((....(((...)))..)))))))))))))).)).))))))))))..)).)))...)))))))).)))).)))..)))))).))))))..........((.(.((((((...)))))).).)).))))(((((..(((.((((.((((....)))).)).)).((((((((((..........(((((((((((....))))..((((((..(((((((((((((((((.......))).))))))((((..(((((((.(((((.(((..(((((....)))))..)))))))).((((....))))((((..(((((((.((((.(((.((((.(.(((((..((((((.(((((((((...(((((((..((.......((((..((....)).))))))..)))))))...)))))))(((((((((.((((.((...)).))))..)))))))))))))))))...(((((((((((......((((...(......)...))))))))))))).)).((((((....))))))..))))).).))))..))))))).)))))))))))...)))))))..))))((((((((((((.....(((((.(.((((.((((.......)))).)))).)))..)))((.(.(((((((((((((...((((..((((((((.(.(((((.((((.....(((((.((((.(........).))))..)))))..((((((......(((((((((..(.(((.......))).)..)))..))))))......))))))....))))))))).))))))))).)))).((((((..(((((.....(((((((((......)))).)))))..(((((.(((((..(((.......))))))))))))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((......(((...((((.((((((...........))))))....)))).)))......))))))))))))).)))))))..))))......))))))))))))).).)))))))))))))).......(((((((.....)))))))..........(((((.(((......))))))))(((.((((((((((...(((((((........))))))).....(((.((((..(((((((((..(((...........))).....))).).)))))..)))).)))......)))))))))).))).(((..((((.(((.(((....((((.(...((((((.((.....)).))))))...).)))).....)))))).))))..)))....))))))))((.(((((..........))))).)).((((((.(((......))).))))))((((.((((((((.((((((((..((....))..)))))....((((((((((..((((((((((((...((..(((..((((...((..((((((..((((((((((((...((((((..((((..((....)).))))..))))..))...(((((((.(((........)))....))).))))...(((.((..((.((((......))))..))..)).))).....))))))))...(((((.(.((((.....)))).).)))))))))))))))..))...))))..)))..))...)))))).)))))))))))).)))).))).))..)))))).)))))))))))))))))............))))..))))))..........)))..))))).......((((((((((((((((((((....))))))).....((((((((...((.(((.((((............))))))).))........))))))))...(((((((.(((..((..((((((((((..(((.((((..........((((((.(((((.(((...((((((..((((((.....((((((..(.(((....(((((((((((.(.((.(((((((.(((((.......((((.((...((((((((.(((((.(((((....(((((.(.(((((.(((.((((((((..(((((((((..............)))))).))).)))))))).)))))))).).)))))..)))))...)))))....)))))))).))))))......)))))..(((.......)))))))))))).).)))))))........(((....)))....))))..))).)))))))....)))))))).))))....))).))))))))))).......))))..)))...))))))))))..)).(((.((.((((((((((.((((((((((((.((....))((((((((((((....))))...)))))))))))))))....(((.((......)).))).((((((((..((((((((....(((((((((....((((((......))))))((((((((..............)))))))).)))))))))(((((((.((.............((((((...)))))).(((.((.....)).)))(((((..((.((..(((((((...((....))....)))))))..)).))..)))))))..))))))).......((((.(((....((....))....))))))).))))))))((((..(((((((.((....)).)))))))..))))....(((...))).))))))))..((((((((((...)))))....)))))))))).)))))))))).)))))......((....)).....))))))))))((((((.(..........).))))))......))))))))).......)))).((((((......))))))...))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((,(((((,,{,(((((.{.,(((((((((.(((((((.((((((((((((({{{,.((((((.,{(((,,..,{((((((((((.((((...,,,,((((((,,,{,,,..,,}}}},..,,,.|}}|||,},}}))|||(((((((......((((.((...(((.(((((.((((.((((((.(((((...))))).||....,},.)))))))))).))))).))).)).)))).|||((((,...(((((..((((...((....)).))))..))))))))})}.,,....(((((.{.{(((((((((((....))).....))))).))))).))))))))))))))}),|)},,,}}|,((((((.(((((((((.((((....((((((,((.(((.((..((((....(((((.(.((.(((..(((((.....((((((.{,.{{,...,))..)))))))))))))).)).))))))))))..)).))),,,)})))))).)))).))).,)))))).)))))).....,,,..))))))))))))))).)}))}).))))))..}.})}..,)))))}.,)))))).)))}.)}....},)}))))).)).}.}}))}})))))))),||,,.(((((((((((.{.(((((((((((((((((.......))),,))))}((((..(((((((.(((((.(((..(((((....)))))..)))))))).((((....))))((({.,(((((((.((((.(((.((((.(.(((((..((((((.({(((((((...(((((((..(({....,,{,||},||.....,.},,,,,..)))))))...)))))))(((((((((.((((.((...,),))))..)))))))))})))))))...(((((((((((..,,..,,((...,....||,,..},))))))))))).)).((((((....))))))..))))).).))))..))))))).)))))))))))...)))))))..))))((((((((((((.....(((((.(.((((.((((.......)))).)))).)))..)))((.(.(((((((((((((,.{((((..((((((({,(.(((((.(((({....(((((.((((.(........}.))))..)))))...{((((...,,.(((((((((..(.(((.......))).)..)))..))))))......)))))}..).))))))))).))))))))).)))).((((((..(((((.....(((((((((......)))).)))))..{((((.(((({.{(((.......))))))))))))})))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((..,.,.(({...((((.((((((,........,,))))))....)))),)})}.,...)))))))))))))}}))))))..))))......))))))))))))).).)))))))))))))).,,....(((((((.....)))))))..........(((((((((......))))))))(((.((((((((((...(((((((........))))))).....(((.((((..(((((((((..((({....}},...}},.....))).)}}))))..)))).)))......)))))))))).))).(((..((((.(((.(((....((((.(...((((((.((.....)).))))))...).)))).....)))))).))))..)))....))))))))((.(((((..{....,..))))).)).((((((.(((......))).))))))...{(((((.....)))))|.((((((..{.((...,))..))))))}.))))))))))){||.((({{||({,.,}}})}.))))).}}}{(((((((((((.(((.{(...((((((........(((((.(((((({..(({{..,,.,,(((({{{.(((........)))....))))})||...{,..,,..|{.,,,,...{{{||||{{||{.,(((((((((..{((((((((.{((((.(.((((.....)))).).))))|((((.(.((..........)).}))))}.)))))))}.,,.....})..)))))))))|{{,(((,{(((((..,(.(((({.(({(({,,.((((.....))))((((((({{{,,{{{.{.{({{{.{|{|.{{{...,,...,,...,,,,{|{||||....}}|}}||.,,{{({({{,{|.,,.,.((({{,{,,},,.{{,,...,}))))}.}}}}}}}.,}))))))}},...,,,.,}).))))))).,,(((((,(({((,....}}}}}...}}}}}.((({((((,...(,(((((((.((,,(((({,.,||}}(((((..{(((,.,.{.,,,.}.))}))},.))))){|||{((..{{,,...|||,}||..}|||||||,.(((((.(((((....(((((.(.(((((.(((.((((((((..(((((((({,{..,,....,).})))))).))).)))))))).)))))))).).)))))..)))))...)))))....))|)))))}),}},,..})}.)))))||{{{,,....|||,..,((((((.........)))))),,.)}}.,,.})}))).)).)}.)))))..,)),..))))))))).,))))))}.))))))))))))))).)))))..............{{((,.,,....,.)))}((((((.......))))))((((.((((((.....((((((((((((....)))}..,)))))))).,.((((({(((((((({{{,{,{{{.{,,{{,,{{((,,.(({,.,|,.,,|{,{({{{{|..|((((({|||{|||||||,((((((((,,,.....}}....)))))))).(((((........)))))..............((((((...)))))),}}}}}..........{((((((.,{{.{|..|||||||...,|,...}}}}},))))))).,)),))..))}))))..))))))))}.,{({((((.(((..,.((....)).,..))))))).)))....)))))..(((((((.((....)).))))))))))))).)))))))))).).,))).)))))))}....,,.((((((((.{{.(((..{..(((.........)))..}..))).}})))))))).,||{{{{,...,((((((({,{{{{{,..{{{{||,,,,.....,))))}}........}}}}}}}|||}}},,,,,....,,},,}},......,)))).......
Back