Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318798.2
Sequence Length
3246 nt
GC Content
0.6038
GAGCGCCCCGUCCCGCCGGCGGCCGCGAGACCAGAGCGAGCGAACGAACCGCGGCGGUCCGGAGAGCCCCGAGCGCAGCGCAGGACCUGGGACCACCUCCCGGCCACGCCCCGGGUCCGGCUCUCAUUCAAAGAGCUGAAGGCCACAGGCACCGCCCACUUCUUCAACUUCCUGCUCAACACAACCGACUACCGAAUCUUGCUCAAGGACGAGGACCACGACCGCAUGUACGUGGGCAGCAAGGACUACGUGCUGUCCCUGGACCUGCACGACAUCAACCGCGAGCCCCUCAUUAUACACUGGGCAGCCUCCCCACAGCGCAUCGAGGAAUGCGUGCUCUCAGGCAAGGAUGUCAACGGCGAGUGUGGGAACUUCGUCAGGCUCAUCCAGCCCUGGAACCGAACACACCUGUAUGUGUGCGGGACAGGUGCCUACAACCCCAUGUGCACCUAUGUGAACCGCGGACGCCGCGCCCAGGAUUACAUCUUCUACCUGGAGCCUGAGCGACUCGAGUCAGGGAAGGGCAAGUGUCCGUACGAUCCCAAGCUGGACACAGCAUCGGCCCUCAUCAAUGAGGAGCUCUAUGCUGGUGUGUACAUCGAUUUUAUGGGCACUGAUGCAGCCAUCUUCCGCACACUUGGAAAGCAGACAGCCAUGCGCACGGAUCAGUACAACUCCCGGUGGCUGAACGACCCGUCGUUCAUCCAUGCUGAGCUCAUUCCUGACAGUGCGGAGCGCAAUGAUGAUAAGCUUUACUUCUUCUUCCGUGAGCGGUCGGCAGAGGCGCCGCAGAGCCCCGCGGUGUACGCCCGCAUCGGGCGCAUUUGCCUGAACGAUGACGGUGGUCACUGUUGCCUGGUCAACAAGUGGAGCACAUUCCUGAAGGCGCGGCUCGUCUGCUCUGUCCCGGGCGAGGAUGGCAUUGAGACUCACUUUGAUGAGCUCCAGGACGUGUUUGUCCAGCAGACCCAGGACGUGAGGAACCCUGUCAUUUACGCUGUCUUUACCUCCUCUGGCUCCGUGUUCCGAGGCUCUGCCGUGUGUGUCUACUCCAUGGCUGAUAUUCGCAUGGUCUUCAACGGGCCCUUUGCCCACAAAGAGGGGCCCAACUACCAGUGGAUGCCCUUCUCAGGGAAGAUGCCCUACCCACGGCCGGGCACGUGCCCUGGUGGAACCUUCACGCCAUCUAUGAAGUCCACCAAGGAUUAUCCUGAUGAGGUGAUCAACUUCAUGCGCAGCCACCCACUCAUGUACCAGGCCGUGUACCCUCUGCAGCGGCGGCCCCUGGUAGUCCGCACAGGUGCUCCCUACCGCCUUACCACUAUUGCCGUGGACCAGGUGGAUGCAGCCGACGGGCGCUAUGAGGUGCUUUUCCUGGGCACAGACCGCGGGACAGUGCAGAAGGUCAUUGUGCUGCCCAAGGAUGACCAGGAGUUGGAGGAGCUCAUGCUGGAGGAGGUGGAGGUCUUCAAGGAUCCAGCACCCGUCAAGACCAUGACCAUCUCUUCUAAGAGGCAACAACUCUACGUGGCGUCAGCCGUGGGUGUCACACACCUGAGCCUGCACCGCUGCCAGGCGUAUGGGGCUGCCUGUGCUGACUGCUGCCUUGCCCGGGACCCUUACUGUGCCUGGGAUGGCCAGGCCUGCUCCCGCUAUACAGCAUCCUCCAAGAGGCGGAGCCGCCGGCAGGACGUCCGGCACGGAAACCCCAUCAGGCAGUGCCGUGGGUUCAACUCCAAUGCCAACAAGAAUGCCGUGGAGUCUGUGCAGUAUGGCGUGGCCGGCAGCGCAGCCUUCCUUGAGUGCCAGCCCCGCUCGCCCCAAGCCACUGUUAAGUGGCUGUUCCAGCGAGAUCCUGGUGACCGGCGCCGAGAGAUUCGUGCAGAGGACCGCUUCCUGCGCACAGAGCAGGGCUUGUUGCUCCGUGCACUGCAGCUCAGCGAUCGUGGCCUCUACUCCUGCACAGCCACUGAGAACAACUUUAAGCACGUCGUCACACGAGUGCAGCUGCAUGUACUGGGCCGGGACGCCGUCCAUGCUGCCCUCUUCCCACCACUGUCCAUGAGCGCCCCGCCACCCCCAGGCGCAGGCCCCCCAACGCCUCCUUACCAGGAGUUAGCCCAGCUGCUGGCCCAGCCAGAAGUGGGCCUCAUCCACCAGUACUGCCAGGGUUACUGGCGCCAUGUGCCCCCCAGCCCCAGGGAGGCUCCAGGGGCACCCCGGUCUCCUGAGCCCCAGGACCAGAAAAAGCCCCGGAACCGCCGGCACCACCCUCCGGACACAUGAGGCCAGCUGCCUGUGCCUGCCAUGGGCCAGCCUAGCCCUUGUCCCUUUUAAUAUAAAAGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAAAUAUCUAUAUUCUAUACACACCCUGCCCCUGCAAAGACAGUAUUUAUUGGUGGGUUGAAUAUAGCCUGCCUCAGUGGCAGCAUCCUCCAAAACUUAGACCCAUGCUGGUCAGAGACGGCAGAAAACAGAGCCUGCCUAACCAGGCCCAGCCAGUUGGUGGGGCCAGGCCAGGACCACACAGUCCCCAGACUCAGCUGGAAGUCUACCUGCUGGACAGCCUCCGCCAAGAUCUACAGGACAAAGGGAGGGAGCAAGCCCUACUCGGAUGGGGCACGGACUGUCCACCUUUUCUGAUGUGUGUUGUCAGCCUGUGCUGUGGCAUAGACAUGGAUGCGAGGACCACUUUGGAGACUGGGGUGGCCUCAAGAGCACACAGAGAAGGGAAGAAGGGGCCAUCACAGGAUGCCAGCCCCUGCCUGGGUUGGGGGCACUCAGCCACGACCAGCCCCUUCCUGGGUAUUUAUUCUCUAUUUAUUGGGGAUAGGAGAAGAGGCAUCCUGCCUGGGUGGGACAGCCUCUUCAGCCCCUUCUCCCCUCCCCGCCUGGCCAGGGCAGGGCCACCCCACUCUACCUCCUUAGCUUUCCCUGUGCCACUUUGACUCAGAGGCUGGGAGCAUAGCAGAGGGGCCAGGCCCAGGCAGAGCUGACGGGAGGCCCCAGCUCUGAGGGGAGGGGGUCCGUGGUAGAGGCCUGGGGCCGGUAGAGGCUCCCCAGGGCUCCCUUAUGUCCACCACUUCAGGGGAUGGGUGUGGAUGUAAUUAGCUCUGGGGGGCAGUUGGGUAGAUGGGUGGGGGCUCCUGGUGGCCUUCUGCUGCCCAGGCCACAGCCGCCUUUGGGUUCCAUCUUGCUAAUAAACACUGGCUCUGGGACUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1375.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1425.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 648.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((......))).)).)))....(((((((.((.(..((.((((...)))).))(((((((....(((...))).(((((((((.(..((....))....).))))))))))))))))........(((.((((((((((((..((.(((((((..........(((((((((........((((((......(((((.((((((((.(((((((.....)).)))))((((((.((((..(((((.(((....)))..))))).............((((.............)))).((((.......((((((......))))))......)))).(((((.((...((((((((.(((....(((((((((((.((((....)))).(((.(((((......))))).)))...((((((..(((......)))))))))........(((((...)))))..((((.............)))))))))))).)))....(.(((((((((((((((((((((((.((((....(.((.(((((((((.((((((((....))))).)))..))))).)))).)))...)))).))))))))))..))).((((((((..(((((...((..(((((((((((.(.(((((.(.((((.....(((...((((.(((((((....))))))).))))...))).......))))).))))).)((((..(.(.((...((((((((....((.((((.(.((.((((((((.(((((((........))))))).((((((...))))))..)))))).)).)).).)))).))....(((((......)))))))))))))....)).).)..)))))))).)))))))..(((((((((((((.(((((..(((.((((......)))))))..(((((....))))).........((((.(((((((....(((.....)))...))))))).))))(((((..(((((....((((((....(((((((.(.((.(((((((((((....(((((((((((((((((((((((.........))))))))).((((((((.((.((((((.(..((((.....(((........))).((((....))))(((((((..(((((.........))))))))))))((((...)))).(((((((.....)))))))((((.(((....((....))....))).)))).))))..).)).)))).)).))))))))(((....(((((......((((((..((((.......))))...))))))..))).))..)))(((((....)))))...((((((...((..((..(((.((((((((.......)))))))))))..)).)).))))))))))))))...))))))((((((((((((.((((((...((.........))...))))))....))))))))))))((((.......)))).......)))))))))))))).)))))))..))))))))).))..)))))..(((((((....)))))))....))))))))))))))))))))....)))))..))))))))...(((((((((((((((((.((((.(((((...((((....))))((((........((((.((((((((.....(((...)))..)))))....)))..))))........)))).)))))...)))).)))))))).))..))))).))..)))))))))).).....)))))))))))...(((((((....)))))))........)).)))))((((.(((((.((.((.....(((((((..((.((((..((((((((.((((((......)))))).))))...))))...)))).))(((((...............)))))...............((((.((((...))))))))..)))))))..)))))))))..)))))))).))))))))))...........)))).)))))(((.((((.......))))..))).(((((..(((((.......(((....(((((.((.(((((...))))).)))))))....))).........(((((.....)))))((((((.((((((...((((..((((.((...(((((..((((....((((.(((((.((((.((.....((((((...(((..(((....(((((((((((...(.(((..((((((((((.....)))))).))))...)))).)))))((((((...))))))((((((((((....)))))))))).......((((((((.(..(.((((......(((......)))........)))))..))))))))).(((((.....)))))..............((((((((.(((((((......(((((..........)))))...((.(((((.(((....))).))))).))...((((......))))...))).)))))))..)))))((((.(((((.((....))...).))))))))......)))))).....))).....))).)))))).....))))))......((((...((((((.(((((((.((..(((((((((....(((.(((((((.......(((((.(((((((((((............((((((((....((((((((((....))))...))))))(((((((..((((((..((......))...)))))).)))))))..((((((((........))))))))..((((((((.((((((....))))))..))))))))...))))))))((((..((....))..))))..))))))))))).))).))))))).))..)))))))))))).......)).))))))).)))))).)))))))))))))..(((......))).))))..)))))))))))..)))).)))))).)))))).))))).))))).))))))..(((((((((((((...((((((((((.(((.((.....)))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))..)))))))))..))).))))))))).)))((((((((.......)))..))))).................).)).))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((......))).)),})).,{.(((((((.((,(,..(((((,.((((({..{(.(,(((..,.(,({{{||,.(((((((((.,..((....))....,.)))))))))|(((({.......}))))}((((((((((((..((.((((((,..........(((((((((........((((((......(((((.((((({((.{((((((.....)).))))|((((((.((((..(((,({(,(((.{|,{{(((((((.{((....{{,.((((.............)))}.||,,.,,,...{(((((....,.})))))|,{,.,||||..(((({||...((((((((,{{,.,},|||||,{{{,},|||,,.},)))}.(((.{((((......))))).)))..,((((((..(({......)))))))))..,,,...{{(((.{{|||,|{((((({,.......{{,.,|||||||,|||{||,({.{(.(((((((((((((((((((((((.((((....,.((.(((((((((.((((((((....))))).))},.)))))}}))).)),...)))).))))))))))..))).((((((((..(((((...((..(((((((((((.{.(((((.{.((((.....(((...((((.(((((((....))))))).))))...))).......))))}.))))).}((((..{.{.((...(((((((({..,{{.((({.{.{{..{((({{|,(((((((.,......))))))).((((((...))))))..,}}))}.}|.||.||||}}.}),}}.}||||.,.},.))},)))))))))....)).}.}..)))))))).)))))))..(((((((((((((.(((((..(((.((((......)))))))..(((((....))))).((((.(((((((.(((((((.,..{((.....)))..,))))))).)))}(((((..(((((....((((((....(((((((.{,((.(((((((((((...,(((((((((((((((((((((((.........))))))))).((((((((.((.{(((((.(..((((.....(((........))}.((((....))))(((((((..(((((.........))))))))))))((((...)))).(((((((.....)))))))((((.(((....{{....))....))).)))).})))..).)).)))).)).))))))))(((....({(((..,...((((((..((((.......))))...))))))..))},)}..)))(((((....)))))...((((((...({..((..(((.((((((({.......}))))))))))..)).)).)))))))))))))}.,}})))))((((((((((((.((((((...((.........))...))))))....))))))))))))((((.......))))..,.,,.)))))))))))))).)))))))..)))))))))),)..))))).....,})).))))..||....,,))))))))))))))))))))....)))))..))))))))...(((((((((((((((((.((((.(((((...((((....))))((((........((((.((((({(({{,..(((...))))})))))....)))..))))........)))).)))))...)))).)))))))).))..))))).))..)))))))))).).}.)),,,)))))),,...(((((((....)))))))}}}}}}}.})}))))))),}.,}))))))}.}.)})))||||||{{({.,,,.}}||{,(({(.((((((......)))))).}))),,(((((({..,...,,(((((..........}....))))).||,...........((((.((((...))))))))})))))),)).).))),))).))),.)))).))))))))}}...........)))).)))))(((.((((.......))))..))).(((((..(((((.......(((....(((({,((.(((((...))))).}))))))....)))....,,...(((((.....)))))((((((.((((((...((((..((({{((...(((((..((((,,.(((((.....))))).........({{{(({.....||||......{{{|}|}.....,),))}((((((((((.(((((((.{((({,{(((..{((({{{(((((((((...}))))){(((((((((,...,))))))))),......{{{{{{{{.,..{.{{((,{,...(((....,.}}}.......,|||||||||}}}}}}|.(((((.....)))))|....{{{,.....((((((((.(((((((......(((((..........)))))...((.(((((.(((....))).))))).))...((((......)))).,.))).)))))))..))))),{{{.|||||,||...,)),,,}.)))}))))....,|))||||.,...,))}}.,,,))}))))))..)).)))))),,,.,,((((...((((((.(((((((.((..(((((((((....(((.(((((((.......(((((.(((((((((((............({({((((.,{{((((((((((....))))...||||}|{((((((..((((((..{{......}}...)))))}.)))))))..((((((((........)))))))),.((((((((.((((((....))))))..)))))))).}}))))))))||||,.{,{{{{,,..,)))}.))))))))))).))).))))))).))..)))))))))))).......)).))))))).)))))).))))))))}})))).)))))}.,)))).))))..)))))))))))..)))).)))))).)))))).))))).))))).))))))..(((((((((((((...((((((((({,(({{({.....}))))))))))))))..))))))))))))).))))))))),.)))))))))..))),})))))))).)))}}}}.}))}...))))))....)))))....,}},.......,.}).)))))))..},...
Back