Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318800.2
Sequence Length
3543 nt
GC Content
0.5961
CUGACUGGUGCUCCCUCUCUUCCAUCUUGGGCUGUCUGCAUGUGUCUCAUUCCCCCACUCUCUCCUGUGCCUCCCCUCUACCGUAAUAAUCAGGUCCAGGUUUCUCUGUACUGGGAGAAGACCUGUGGCUGGAGCAGGCAGGGAUGCACCCUAUCUGUUCCCCAUUCCUCCAGGUGGGAGGGAGAAGGAGUAACCCACUUUAUUGGCCACAGAUGCAGGGGAGAAAGGAGAAAGCAUGCUGGGAGCUGGAAAGAGCCCUAAGAUCACCUGGUUUCUAGAGAGUGGAGCCUGCUUCCUGGGCCCUAGGCCCCUCCCACAAUGCUUGUCGCCGGUCUUCUUCUCUGGGCUUCCCUACUGACCGGGGCCUGGCCAUCCUUCCCCACCCAGGACCACCUCCCGGCCACGCCCCGGGUCCGGCUCUCAUUCAAAGAGCUGAAGGCCACAGGCACCGCCCACUUCUUCAACUUCCUGCUCAACACAACCGACUACCGAAUCUUGCUCAAGGACGAGGACCACGACCGCAUGUACGUGGGCAGCAAGGACUACGUGCUGUCCCUGGACCUGCACGACAUCAACCGCGAGCCCCUCAUUAUACACUGGGCAGCCUCCCCACAGCGCAUCGAGGAAUGCGUGCUCUCAGGCAAGGAUGUCAACGGCGAGUGUGGGAACUUCGUCAGGCUCAUCCAGCCCUGGAACCGAACACACCUGUAUGUGUGCGGGACAGGUGCCUACAACCCCAUGUGCACCUAUGUGAACCGCGGACGCCGCGCCCAGGAUUACAUCUUCUACCUGGAGCCUGAGCGACUCGAGUCAGGGAAGGGCAAGUGUCCGUACGAUCCCAAGCUGGACACAGCAUCGGCCCUCAUCAAUGAGGAGCUCUAUGCUGGUGUGUACAUCGAUUUUAUGGGCACUGAUGCAGCCAUCUUCCGCACACUUGGAAAGCAGACAGCCAUGCGCACGGAUCAGUACAACUCCCGGUGGCUGAACGACCCGUCGUUCAUCCAUGCUGAGCUCAUUCCUGACAGUGCGGAGCGCAAUGAUGAUAAGCUUUACUUCUUCUUCCGUGAGCGGUCGGCAGAGGCGCCGCAGAGCCCCGCGGUGUACGCCCGCAUCGGGCGCAUUUGCCUGAACGAUGACGGUGGUCACUGUUGCCUGGUCAACAAGUGGAGCACAUUCCUGAAGGCGCGGCUCGUCUGCUCUGUCCCGGGCGAGGAUGGCAUUGAGACUCACUUUGAUGAGCUCCAGGACGUGUUUGUCCAGCAGACCCAGGACGUGAGGAACCCUGUCAUUUACGCUGUCUUUACCUCCUCUGGCUCCGUGUUCCGAGGCUCUGCCGUGUGUGUCUACUCCAUGGCUGAUAUUCGCAUGGUCUUCAACGGGCCCUUUGCCCACAAAGAGGGGCCCAACUACCAGUGGAUGCCCUUCUCAGGGAAGAUGCCCUACCCACGGCCGGGCACGUGCCCUGGUGGAACCUUCACGCCAUCUAUGAAGUCCACCAAGGAUUAUCCUGAUGAGGUGAUCAACUUCAUGCGCAGCCACCCACUCAUGUACCAGGCCGUGUACCCUCUGCAGCGGCGGCCCCUGGUAGUCCGCACAGGUGCUCCCUACCGCCUUACCACUAUUGCCGUGGACCAGGUGGAUGCAGCCGACGGGCGCUAUGAGGUGCUUUUCCUGGGCACAGACCGCGGGACAGUGCAGAAGGUCAUUGUGCUGCCCAAGGAUGACCAGGAGUUGGAGGAGCUCAUGCUGGAGGAGGUGGAGGUCUUCAAGGAUCCAGCACCCGUCAAGACCAUGACCAUCUCUUCUAAGAGGCAACAACUCUACGUGGCGUCAGCCGUGGGUGUCACACACCUGAGCCUGCACCGCUGCCAGGCGUAUGGGGCUGCCUGUGCUGACUGCUGCCUUGCCCGGGACCCUUACUGUGCCUGGGAUGGCCAGGCCUGCUCCCGCUAUACAGCAUCCUCCAAGAGGCGGAGCCGCCGGCAGGACGUCCGGCACGGAAACCCCAUCAGGCAGUGCCGUGGGUUCAACUCCAAUGCCAACAAGAAUGCCGUGGAGUCUGUGCAGUAUGGCGUGGCCGGCAGCGCAGCCUUCCUUGAGUGCCAGCCCCGCUCGCCCCAAGCCACUGUUAAGUGGCUGUUCCAGCGAGAUCCUGGUGACCGGCGCCGAGAGAUUCGUGCAGAGGACCGCUUCCUGCGCACAGAGCAGGGCUUGUUGCUCCGUGCACUGCAGCUCAGCGAUCGUGGCCUCUACUCCUGCACAGCCACUGAGAACAACUUUAAGCACGUCGUCACACGAGUGCAGCUGCAUGUACUGGGCCGGGACGCCGUCCAUGCUGCCCUCUUCCCACCACUGUCCAUGAGCGCCCCGCCACCCCCAGGCGCAGGCCCCCCAACGCCUCCUUACCAGGAGUUAGCCCAGCUGCUGGCCCAGCCAGAAGUGGGCCUCAUCCACCAGUACUGCCAGGGUUACUGGCGCCAUGUGCCCCCCAGCCCCAGGGAGGCUCCAGGGGCACCCCGGUCUCCUGAGCCCCAGGACCAGAAAAAGCCCCGGAACCGCCGGCACCACCCUCCGGACACAUGAGGCCAGCUGCCUGUGCCUGCCAUGGGCCAGCCUAGCCCUUGUCCCUUUUAAUAUAAAAGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAAAUAUCUAUAUUCUAUACACACCCUGCCCCUGCAAAGACAGUAUUUAUUGGUGGGUUGAAUAUAGCCUGCCUCAGUGGCAGCAUCCUCCAAAACUUAGACCCAUGCUGGUCAGAGACGGCAGAAAACAGAGCCUGCCUAACCAGGCCCAGCCAGUUGGUGGGGCCAGGCCAGGACCACACAGUCCCCAGACUCAGCUGGAAGUCUACCUGCUGGACAGCCUCCGCCAAGAUCUACAGGACAAAGGGAGGGAGCAAGCCCUACUCGGAUGGGGCACGGACUGUCCACCUUUUCUGAUGUGUGUUGUCAGCCUGUGCUGUGGCAUAGACAUGGAUGCGAGGACCACUUUGGAGACUGGGGUGGCCUCAAGAGCACACAGAGAAGGGAAGAAGGGGCCAUCACAGGAUGCCAGCCCCUGCCUGGGUUGGGGGCACUCAGCCACGACCAGCCCCUUCCUGGGUAUUUAUUCUCUAUUUAUUGGGGAUAGGAGAAGAGGCAUCCUGCCUGGGUGGGACAGCCUCUUCAGCCCCUUCUCCCCUCCCCGCCUGGCCAGGGCAGGGCCACCCCACUCUACCUCCUUAGCUUUCCCUGUGCCACUUUGACUCAGAGGCUGGGAGCAUAGCAGAGGGGCCAGGCCCAGGCAGAGCUGACGGGAGGCCCCAGCUCUGAGGGGAGGGGGUCCGUGGUAGAGGCCUGGGGCCGGUAGAGGCUCCCCAGGGCUCCCUUAUGUCCACCACUUCAGGGGAUGGGUGUGGAUGUAAUUAGCUCUGGGGGGCAGUUGGGUAGAUGGGUGGGGGCUCCUGGUGGCCUUCUGCUGCCCAGGCCACAGCCGCCUUUGGGUUCCAUCUUGCUAAUAAACACUGGCUCUGGGACUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1482.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1537.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((..((.....))..))..(((.....((((((..((((((.((((.(((((((..((((((((((((....(((..(((..........)))..))).......)))).))))).))).((((((((((((((((.((((.....)))).))))))))...(((((((.....)))))))...(((((.....)))))...)))))))).....)))).)))..))))..))))))(((((((((((..((((((..(((....(((((..(.((...((((((..........(((((...))))))).))))....)).)..)))))......)))..)))))).........(((((((.(((((.((((.........)))).........))))).))))))).))))))))))).......(((.((((((((((((..((.(((((((..........(((((((((........((((((......(((((.((((((((.(((((((.....)).)))))((((((.((((..(((((.(((....)))..))))).............((((.............)))).((((.......((((((......))))))......)))).(((((.((...((((((((.(((....(((((((((((.((((....)))).(((.(((((......))))).)))...((((((..(((......)))))))))........(((((...)))))..((((.............)))))))))))).)))....(.(((((((((((((((((((((((.((((....(.((.(((((((((.((((((((....))))).)))..))))).)))).)))...)))).))))))))))..))).((((((((..(((((...((..(((((((((((.(.(((((.(.((((.....(((...((((.(((((((....))))))).))))...))).......))))).))))).)((((..(.(.((...((((((((....((.((((.(.((.((((((((.(((((((........))))))).((((((...))))))..)))))).)).)).).)))).))....(((((......)))))))))))))....)).).)..)))))))).)))))))..(((((((((((((.(((((..(((.((((......)))))))..(((((....))))).........((((.(((((((....(((.....)))...))))))).))))(((((..(((((....((((((....(((((((.(.((.(((((((((((....(((((((((((((((((((((((.........))))))))).((((((((.((.((((((.(..((((.....(((........))).((((....))))(((((((..(((((.........))))))))))))((((...)))).(((((((.....)))))))((((.(((....((....))....))).)))).))))..).)).)))).)).))))))))(((....(((((......((((((..((((.......))))...))))))..))).))..)))(((((....)))))...((((((...((..((..(((.((((((((.......)))))))))))..)).)).))))))))))))))...))))))((((((((((((.((((((...((.........))...))))))....))))))))))))((((.......)))).......)))))))))))))).)))))))..))))))))).))..)))))..(((((((....)))))))....))))))))))))))))))))....)))))..))))))))...(((((((((((((((((.((((.(((((...((((....))))((((........((((.((((((((.....(((...)))..)))))....)))..))))........)))).)))))...)))).)))))))).))..))))).))..)))))))))).).....)))))))))))...(((((((....)))))))........)).)))))((((.(((((.((.((.....(((((((..((.((((..((((((((.((((((......)))))).))))...))))...)))).))(((((...............)))))...............((((.((((...))))))))..)))))))..)))))))))..)))))))).))))))))))...........)))).)))))(((.((((.......))))..))).(((((..(((((.......(((....(((((.((.(((((...))))).)))))))....))).........(((((.....)))))((((((.((((((...((((..((((.((...(((((..((((....((((.(((((.((((.((.....((((((...(((..(((....(((((((((((...(.(((..((((((((((.....)))))).))))...)))).)))))((((((...))))))((((((((((....)))))))))).......((((((((.(..(.((((......(((......)))........)))))..))))))))).(((((.....)))))..............((((((((.(((((((......(((((..........)))))...((.(((((.(((....))).))))).))...((((......))))...))).)))))))..)))))((((.(((((.((....))...).))))))))......)))))).....))).....))).)))))).....))))))......((((...((((((.(((((((.((..(((((((((....(((.(((((((.......(((((.(((((((((((............((((((((....((((((((((....))))...))))))(((((((..((((((..((......))...)))))).)))))))..((((((((........))))))))..((((((((.((((((....))))))..))))))))...))))))))((((..((....))..))))..))))))))))).))).))))))).))..)))))))))))).......)).))))))).)))))).)))))))))))))..(((......))).))))..)))))))))))..)))).)))))).)))))).))))).))))).))))))..(((((((((((((...((((((((((.(((.((.....)))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))..)))))))))..))).))))))))).)))((....)).)))))).....)))((((((....((((........))))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{((((((((((({{{{{.....{,,{((,,{{{,((((((.((((.((({(((..{,{({{(((((({{{{({({{(((..........|||{{|||(((((((......)))))))}}|||,||||((((((((.((((.....)))).))))))))...,,,,,,,.}}}})))))))},.{{{{,...,.,}}}}...))}}))))..}.,)))).)))..))))..)))))){((({(((,,,..{|||||,,|||,..}|,||,..,.}|}}}|.||||}.........(((((...))))),,..,||,...,},},.))))))}....,,,,{||||,,.......{,(((((((.(((((.,,,,.........,))}.........))))).))))))),))}||||||,......}}|||,((((((((((((..((.((((((,..........(((((((((........((((((......(((((.((((({((.{((((((.....)).))))|((((((.((((..(((,({(,(((.{|,{{(((((((.{((....{{,.((((.............)))}.||,,.,,,...{(((((....,.})))))|,{,.,||||..(((({||...((((((((,{{,.,},|||||,{{{,},|||,,.},)))}.(((.{((((......))))).)))..,((((((..(({......)))))))))..,,,...{{(((.{{|||,|{((((({,.......{{,.,|||||||,|||{||,({.{(.(((((((((((((((((((((((.((((....,.((.(((((((((.((((((((....))))).))},.)))))}}))).)),...)))).))))))))))..))).((((((((..(((((...((..(((((((((((.{.(((((.{.((((.....(((...((((.(((((((....))))))).))))...))).......))))}.))))).}((((..{.{.((...(((((((({..,{{.((({.{.{{..{((({{|,(((((((.,......))))))).((((((...))))))..,}}))}.}|.||.||||}}.}),}}.}||||.,.},.))},)))))))))....)).}.}..)))))))).)))))))..(((((((((((((.(((((..(((.((((......)))))))..(((((....))))).((((.(((((((.(((((((.,..{((.....)))..,))))))).)))}(((((..(((((....((((((....(((((((.{,((.(((((((((((...,(((((((((((((((((((((((.........))))))))).((((((((.((.{(((((.(..((((.....(((........))}.((((....))))(((((((..(((((.........))))))))))))((((...)))).(((((((.....)))))))((((.(((....{{....))....))).)))).})))..).)).)))).)).))))))))(((....({(((..,...((((((..((((.......))))...))))))..))},)}..)))(((((....)))))...((((((...({..((..(((.((((((({.......}))))))))))..)).)).)))))))))))))}.,}})))))((((((((((((.((((((...((.........))...))))))....))))))))))))((((.......))))..,.,,.)))))))))))))).)))))))..)))))))))),)..))))).....,})).))))..||....,,))))))))))))))))))))....)))))..))))))))...(((((((((((((((((.((((.(((((...((((....))))((((........((((.((((({(({{,..(((...))))})))))....)))..))))........)))).)))))...)))).)))))))).))..))))).))..)))))))))).).}.)),,,)))))),,...(((((((....)))))))}}}}}}}.))}))))))),}.,}))))))}.}.)})))||||||{{({.,,,.}}||{,(({(.((((((......)))))).}))),,(((((({..,...,,(((((..........}....))))).||,...........((((.((((...))))))))})))))),)).).))),))).))),.)))).))))))))}}...........)))).)))))(((.((((.......))))..))).(((((..(((((.......(((....(((({,((.(((((...))))).}))))))....)))....,,...(((((.....)))))((((((.((((((...((((..((({{((...(((((..((((,,.(((((.....))))).........({{{(({.....||||......{{{|}|}.....,),))}((((((((((.(((((((.{((({,{(((..{((({{{(((((((((...}))))){(((((((((,...,))))))))),......{{{{{{{{.,..{.{{((,{,...(((....,.}}}.......,|||||||||}}}}}}|.(((((.....)))))|....{{{,.....((((((((.(((((((......(((((..........)))))...((.(((((.(((....))).))))).))...((((......)))).,.))).)))))))..))))),{{{.|||||,||...,)),,,}.)))}))))....,|))||||.,...,))}}.,,,))}))))))..)).)))))),,,.,,((((...((((((.(((((((.((..(((((((((....(((.(((((((.......(((((.(((((((((((............({({((((.,{{((((((((((....))))...||||}|{((((((..((((((..{{......}}...)))))}.)))))))..((((((((........)))))))),.((((((((.((((((....))))))..)))))))).}}))))))))||||,.{,{{{{,,..,)))}.))))))))))).))).))))))).))..)))))))))))).......)).))))))).)))))).))))))))}})))).)))))}.,)))).))))..)))))))))))..)))).)))))).)))))).))))).))))).))))))..(((((((((((((...((((((((({,(({{({.....}))))))))))))))..))))))))))))).))))))))),.)))))))))..))),})))))))).},,|||||||(...,|,,},}..,}|||{(({....((((........))))..)))))))}}.
Back