Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318900.1
Sequence Length
2946 nt
GC Content
0.4077
GUAUAUGCUGAUCUUGCAUGCAGAGUAGACGCUGCACCGGUCUCCUUUUGGUCCCGGUGUCUGUGUCACACACGGCGGGUCCUGCCGAAAUGCACUUCUAGGAAAGGGAAUGACCUGCCCGUGUGAUAAUGCCUCGUCAGUGUUCUUGGGCUUUUGUAUCCGUUACAGCACUGAUGUGAGUGUAGAUGAAGUAAAAGCUUUGGCUUCUCUGAUGACAUACAAGUGUGCAGUGGUUGAUGUGCCGUUUGGGGGUGCUAAAGCUGGUGUUAAGAUCAAUCCCAAGAACUAUACUGAUAAUGAAUUGGAAAAGAUCACAAGGAGGUUCACCAUGGAGCUAGCAAAAAAGGGCUUUAUUGGUCCUGGCAUUGAUGUGCCUGCUCCAGACAUGAGCACAGGUGAGCGGGAGAUGUCCUGGAUCGCUGAUACCUAUGCCAGCACCAUAGGGCACUAUGAUAUUAAUGCACACGCCUGUGUUACUGGUAAACCCAUCAGCCAAGGGGGAAUCCAUGGACGCAUCUCUGCUACUGGCCGUGGUGUCUUCCAUGGGAUUGAAAAUUUCAUCAAUGAAGCUUCUUACAUGAGCAUUUUAGGAAUGACACCAGGGUUUGGAGAUAAAACAUUUGUUGUUCAGGGAUUUGGUAAUGUGGGCCUACACUCUAUGAGAUAUUUACAUCGUUUUGGUGCUAAAUGUAUUGCUGUUGGUGAGUCUGAUGGGAGUAUAUGGAAUCCAGAUGGUAUUGACCCAAAGGAACUGGAAGACUUCAAAUUGCAACAUGGGUCCAUUCUGGGCUUCCCCAAGGCAAAGCCCUAUGAAGGAAGCAUCUUGGAGGCCGACUGUGACAUACUGAUCCCAGCUGCCAGUGAGAAGCAGUUGACCAAAUCCAACGCACCCAGAGUCAAAGCCAAGAUCAUUGCUGAAGGUGCCAAUGGGCCAACAACUCCAGAAGCUGACAAGAUCUUCCUGGAGAGAAACAUUAUGGUUAUUCCAGAUCUCUACUUGAAUGCUGGAGGAGUGACAGUAUCUUACUUUGAGUGGCUGAAGAAUCUAAAUCAUGUCAGCUAUGGCCGUUUGACCUUCAAAUAUGAAAGGGAUUCUAACUACCACUUGCUCAUGUCUGUUCAAGAGAGUUUAGAAAGAAAAUUUGGAAAGCAUGGUGGAACUAUUCCCAUUGUACCCACGGCAGAGUUCCAAGACAGGAUAUCGGGUGCAUCUGAGAAAGACAUCGUGCACUCUGGCUUGGCAUACACAAUGGAGCGUUCUGCCAGGCAAAUUAUGCGCACAGCCAUGAAGUAUAACCUGGGAUUGGACCUGAGAACAGCUGCCUAUGUUAAUGCCAUUGAGAAAGUCUUCAAAGUGUACAAUGAAGCUGGUGUGACCUUCACAUAGAUGGAUCAUGGCUGACUUCCUCACUAUCCUCUUCACAUGUAACUUCUGCAGACCUAUCACAAGUUUACAUGUAACCACAGAAAUCCCUUUCUCUCCUGACUCAUUAAUAAUGGAUACCAUUCUCAACAAGUCAAUCCAAGUCAGCCCGUUAAGGAGAAAGAAAUUAAGGUUAGCGGAUCAUGUACAAGCUGAGUGUGAAAGUAGAAAUCACCUACACCAGAGAGCCAUUUUGGUAUUUUGCCUUUAAAUAAAAAGCCUCCUUUAUCUGGCUGUGCAGCCUUGCUCUGUGGCUUUUCCCAACACAAUCAGUGCUAGUGCUGGGGAGGAACAGUCAAGAGCAGUCAGUUGCUUGCUUAUUUUUUCUGGAUGAGUCUGGGACACACUGUAACUUUAACACAUUUAAGAAGUAGGUGUGUGGCCUUUUCAGAAGGUGGCAUGGUCCUCAAGUGAGUUCUUAGUAUUUUAUAUCAGCAAAAUAAUUCAAUUUUGCAGGUUGCAAACAAAUAUAAAACCUGUUUCUGUUUAUGAAUAUUAUUCUUUUAGAAUAGAAUAAGUACAUGCUGCUGUAAUAAAAUUGCCUUUAAUCACUUAACAAGCCUAACCUUGACUCAAACAGUGAAUGCCUAUAGAAAUAAUAAAUGAAAAAAACUAGUAUUUUUAUAUCAUAAAACAAUGUCAUUUAUAGCUUAUCAUUCAUGUAUUGUCCAGCAGACAUUAAAAGCCCUGUGGAUAAUUAAGUUAUCUUCAUACCUGCAAAAUGGUGGAGGCUAUUUUCAUUAAAACUGUCAGAAUUUGCUUACUAUAAUUAUGAUACAGUCCAAAGAAUGCAGUCACUUUUUAUCAUGUUAACUAAUUGUUCUCUUUUGAAGAUCUAUGGUUGACUAAUUAAACAAUAAUUCAAGUAGAGUGUCCCAGAAAAAAACCACUUGGGCUCCCUGUUUGGAGUCUGGCUGGCUCUGAGCAUUGCCAAUGGCCCCUACUCACCUGACUUUGUAUCCUCUCCUUUUAGAGGCUUUGCAUUCUGCACCCAGCUUCACUAACAGUGGGCUGAAAACAUCCUUGGGUUGAGUGUUUCAUUUGGGAGUUAUUUGGCCAGGGCCUUUUGAACAGUAGUGUCCCCAUGAAGUGCUAGAUAAUAUAUGUGUAAGAGUCAGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUCUAACACCCUUCAGAAAUUUCUAACUACUUUGUAACUGCAUGGCUUAACCUGGUGAUAAAAGCAGUUAUUAAAAGUCUACGUUUUCCAAAACUUACGUUUCUUUUCUGUGUUUUUACAUGUGGUAGUUUCUCUUUUCAUAAGUUAUAAUACUGCAAUUGGAUUUCUGAAAUGUUUAUAGCGACCACCUGUAUAACAUUUCCUUCCACUUUAUUGUGAGCUGCCCAGAUUUUAUUCUUGAAUUGUUUUUUUUUUUUUUGUUCGGUGCUUUACACGUUCAGAGAAACUUCCCGAGUAACGAACUAUAGAAAUGAUCCCUGAAAGCAUAGUCUUUAUUCUCGAAUUAUUUUGUAUUUUAUUAAAUAAUAUGAACAGCUAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-817.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -875.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 737.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((......((((((..(((((.(((((((...((....))..)))))))..))))).(((((((((((((...((....................))...)))))).)))))))...(((((.((((((((((..((((........))))....)))))))))).).))))(((.(((((..........))))))))..(((((((...(((((((.(((((.(((((((.(.....((((((...((.(((((((.((((....((((...................))))......((((......(((((...((((((.........((((((.....))))))(((((....))))).))))))....)))))....)))).(((((....)))))))))..)))))))...)).))))))..).))))).)).).)))).)))))))...)))))))(((((......)))))(((.(((....))).)))......))))))..(.((((.(((((((((((((((((((...)))))))).......((((.......))))......)))).))))))).)))).)((((((((.....((((.(((((((((((((.((((((((((((((((.((((..(((((((((((.....)))).)))))))...((((((((((((.....((((.(((...((((((((((..(....((((((..(.((.((((....))))..)).)....)))))))..)))))).)))).....(((((((((((.((((((.((...(((((((.(((((((..(.(((((...........))))).)..))))))).))...))))).))...(((((((..(((.((.....)))))..(((((.....((((((....(((((((((((....))..))).))))))..........(((((.(((..(((((((((((((((..((((((((((((.((((....(((((.((((..(((((...........(((((((((((((((((..((((((....)).))))..((((((((....((((..((....))..))))..)).))))))..............((((((((...((.(((.((.(((((((......((..(((......)))..)))))))))..)).))))).))))))))..(((.(..((((((..(((..((((((((((.(((((....((((((...((....))..))))))))))).)..........)))).))).))..)))..)))))).).))).((.(((((..........))))))).((((((...)))))))))))).))))))))))).............)))))(((((((((((.((.(......))).))).))))))))..))))........((((((((.((((((.........(((((..................)))))))))))........)))))))).(((((.(((.(((((((..((.(((........((((((((((...(((((...(((((((.....)))))))(((((((............((((..........))))..(((((.(((((((.((((((((((((.(((...........))).)))))))....))))))))))))...))))).........(((.(((..((((((.((((((((((...(((((...........))))).))))))).((((((...))))))(((.((......((((((.........(((((((..(((((...............(((((((..............))))))).......((((....(((((((........)))))))...)))).)))))..))))))).........))))))..)).)))...))).))))))..))).)))....((((((((((..................))))))))))...................((((((((..........((((((((.(((............)))))))))))))))))))..........))))))))))))...))))))))))......)))))..))))))).))).)))))...........))))).)))).)))))))))).....((((((((..(.(((......))).)....))))))))........))...)))))))))))).)))...)))...)))))....(((....(((((((((((.....)))))))))))..)))..)))))).....)))))))))))).......))))))))).))))))))....))).))))..)))))))))))).((((((((((.((((.....(((.....)))...))))))).))))))).((((((..........)).)))).)))).)))).))).........((((.(((((....................))))).)))).....(((....))).........((((((((((.(((......))).))....)))))))).....)))))))))..)))((((....))))..(((((((((((((((.((.((.(((((((((.......(((......)))(((((((((.....(((((((((((((.(....)))))).))))))))..))))....)))))((((.(((.(((......))).((((................))))))))))).........))))))))).)))).)))).)))).))))))).)))))))))))))).....)))).))))..(((((((.(((...))).)))))))..)).))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((.((....{((((((((((((((.(((((((...((....))..)))))))..))))).(((((((((((((.,.((......,.......,....,)}...))))))))}))))).....{{({((((((((((((((((...,((,(,{,,.|||}{((((......))))).|||,...,...(((((((((,(((({((((.(((((((.(,.....,}.))).)))).))}}.))))).))))))))),,|,....,)))},.)))))))))...))))))...,..{{|,......}},},,.}}}||(((...((((((.........((((((.....))))))(((((....))))).))))))....))))).{,{||,{(((((({{(((((((((({((((((.....((((((.,.(((((((({.{{......)).))).....)))))).,.)))))).....)))))).......}.})))).)))}},})))))))),}}|(((.(((((((((((,(((((({...,}}}))})....,,.(({{{......)))).,,,,.)))).))))))).)))|(.((((((((,..,.((((.(((((((((((((.((((((((((((((((.((((.,(((((((((((,...,)))).)))))))..,((((((((((((,{,,.{(((.(({...((((((((((,{(....((((((..{,{,.({((....}))}..}}.}....)))))))},}))))).)))).....(((((((((((.((((((.((...(((((((.(((((((..(.(((((...........))))).)..))))))).))...))))).))...(((((((..(({,({.....}})))..{((((.....((((((....((((((((({(....}}..))),}))))).....,,...(((((.(((..(((((((((((((((..,{((((((((((.(((({{{.{{{((,((((,{({,{,.,,,...{{{{((((((((((((((((({{(((({,....,|||{||{{((((,,{,.,,,{{{(,,({..,.|}..}})),}}},,|}},..,......||||.,{|||||||,..{,.{{|||{,((((({(..,,,.((..(((......)))..))|||||||,.||,,,,,,.,,))))))}}}}|,{{{(((((.{,,(...,,,|,||,,|}|||||}...{{{{{{.,.{{||||||,.}}}}},}|}}|,...,,.,}},,},.|{|||.}}..|||..||||,,{{{{{...,.|}}}},.)}}}})}.,}.))))}((((((...)))))),}}})}.)))))))))}}........,,..,}}}},(((((((((((.((.{......})).)))}}}))))))......||||},,,||})}((({((((((........,((({{.,,,|,.......}}},.}}}}},}}}}}...,,,.,))))),,,.,,{{|}|||}|||||{|}}|{.,,.,|}|}}.,||||,,(({{...,,,.}}}},{({{{{.{{{,.,,}))},,||||,.,,,,,..,{{,(((({{{.......|||,..(((((.(((((((.((((((((((((.(((...........))).)))))))....))))))))))))...)))))..}||.,,,{,,.(((..((((((.((((((((((...{((((...........))))).))))))).((((((...))))))(((.{(,,....((((((.......{,(((((((..(((((..,.......,,...(((((((..............))))))).,,.||,{,{|||,.{((((((........)))))}},,.,,,}.)))))..))))))).},......))))))..)}.)))...))).))))))..))).}}|{|..((((((((({.{{..{.........,,.}))))))))).,,,......,,,..,,,,|{((((({..........((((((({,(((............)))))))))))})))))))......{{{........)))))))))),)))),,),,,,,||||||..|||,,,,.,,,.,)))}.}}},,}})}.,,))),}))).)))))))))).....((((((((...,{(({{....))}})....))))))))........,,...)))))))))))).)))...)))...)))))..,}(((....(((((((((((.....)))))))))))..)))..)))))).....)))))))))))).......))))))))).))))))))....))).))))}|}}))))))))))}((((((({({.((({,,{{.{{{{...}))).,.))))))).))))))).((({{{.,,.....,.)).)))),)))).)))).))).........((((.(((((....................))))).)))).....{{{....}))......{{,((((((((((.(((......))).))....)))))))).,},.)))))))))..)))||{{....}},|{.(((((((((((((((.((.((.(((((((((.......(((......))},.,,.((((.....(((((((((((((.{....}))))).))))))))..))))....,,|||((({.(((,{((......,,,.(((......,..........},},))})),,,})}.,...))))))))).)))).)))).)))).))))))).)))))))))))))).,},.)))),}))).)}.)))))))))}..,,,.....,,,,.)).))))...........
Back