Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001318941.3

Sequence Length

1123 nt

GC Content

0.3802

AGACAGCAGCGACUUUAGGCUGGAUAAUAGUCAAAUUCUUACCUCGCUCUUUCACUGCUAGUAAGAUCAGAUUGCGUUUCUUUCAGUUACUCUUCAAUCGCCAGUUUCUUGAUCUGCUUCUAAAAGAAGAAGUAGAGAAGAUAAAUCCUGUCUUCAAUACCUGGAAGGAAAAACAAAAUAACCUCAACUCCGUUUUGAAAAAAACAUUCCAAGAACUUUCAUCAGAGAUUUUACUUGAACAGCAGUCUCAGCGGUUAGCAGCACAAGAGAUGAUUUACACAAUGAAGAAAGUACAUGCACUUUGGGCUUCUGUAUGCCUGCUGCUUAAUCUUGCCCCUGCCCCUCUUAAUGCUGAUUCUGAGGAAGAUGAAGAACACACAAUUAUCACAGAUACGGAGUUGCCACCACUGAAACUUAUGCAUUCAUUUUGUGCAUUCAAGGCGGAUGAUGGCCCAUGUAAAGCAAUCAUGAAAAGAUUUUUCUUCAAUAUUUUCACUCGACAGUGCGAAGAAUUUAUAUAUGGGGGAUGUGAAGGAAAUCAGAAUCGAUUUGAAAGUCUGGAAGAGUGCAAAAAAAUGUGUACAAGAGAUAAUGCAAACAGGAUUAUAAAGACAACAUUGCAACAAGAAAAGCCAGAUUUCUGCUUUUUGGAAGAAGAUCCUGGAAUAUGUCGAGGUUAUAUUACCAGGUAUUUUUAUAACAAUCAGACAAAACAGUGUGAACGUUUCAAGUAUGGUGGAUGCCUGGGCAAUAUGAACAAUUUUGAGACACUGGAAGAAUGCAAGAACAUUUGUGAAGAUGGUCCGAAUGGUUUCCAGGUGGAUAAUUAUGGAACCCAGCUCAAUGCUGUGAAUAACUCCCUGACUCCGCAAUCAACCAAGGUUCCCAGCCUUUUUGUUACAAAAGAAGGAACAAAUGAUGGUUGGAAGAAUGCGGCUCAUAUUUACCAAGUCUUUCUGAACGCCUUCUGCAUUCAUGCAUCCAUGUUCUUUCUAGGAUUGGAUAGCAUUUCAUGCCUAUGUUAAUAUUUGUGCUUUUGGCAUUUCCUUAAUAUUUAUAUGUAUACGUGAUGCCUUUGAUAGCAUACUGCUAAUAAAGUUUUAAUAUUUACAUGCAUAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-267.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -289.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 293.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((....(((((((((....)))....((((((...((.........))..)))))).....(((((((.((((((((..(((..((.((((((....((((((((((((((......)))))))))(((((((.....)))))))(((((((((..(......)...((((((((((((((((((((............((((((.((((....))))..)).))))....((((...(((.((((((((((.........................(((((......)))))((((........))))))))).))))))))...)))).((((..(((....)))..))))..(((((...........))))).)))).))))))))((((.(((((......((((((.......))))))......))).)).)))).((((.........))))..........(((((...(((((((.((((...((.......(((((((.......)))))))......))...))))..)))))))...)))))(((((........))))).....(((((.(.....).)))))...((((..(((.((....(((((((.((....)))))))))(((......))))).))).))))))))))))....))))))))).....(((..(((.((......)).)))..))))))))..)))))).))..((..((...))..)).....)))..)))))))))))))))...(((((....)))))(((((..(((...)))..)))))......((((((((((.....))))............(((........))).....))))))))))))..))))).....((((((((((.....(((.((.(.((((((((((((.................)))..)))....)))))).).)).)))))))))))))(((..((((......))))..)))((((.((((((...(((((.((((((......((((....))))......)))))).....(((((...)))))..)))))...)))))).))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

....,((((,((,...(((((((......{{{....((((((.{.((.........)).}))))))...}}|(((({((((((((((..(((..{{.{(((((....((((((((((((((......)))))))))(((((((.....)))))))(((((((((..{......,...((((((((.{{{{{(((((....))))).{((({{(,{((((((...{,((((({.{{{..,,,((((...(((.((((((((((,..,{,,.{{,,,{,{.........,{{||..,,.,))))){(((........)))))))))},)))))))...)))){((((.,,,{,,,{|||{,||||{{((((({{{,.......,||||...}},,,}}.,,,((((.(((((......((((((.......))))))......))).)).)))).((((.........))))....,,,,.||||||}.,{|||||.}|||,,,}},.,}}}},,........))))},})),}))}}}}}},}}}))....))))))))))))}..(((((........))))).....(({{(.{...,,|,|||,,.....|,..,|}}|,....(((((({{((....))))))))){{{....,,)))}),}.,.,)),)))))))).,,.))))))))).....{{(..(((.((......)).)))..))})))))..)))))}.||{.,{.,||...,}..,,.....)))..)))))))))))))),,..(((((....))))),||{{..((({{.||,.{||||...{{,.{{{,,{((((.....)))).}......}}}.}|}.}}}}}..,,|||},.,}}},}}}}||}.,||}}}.....{{{{{{{{{{.....{||,||.{.((((((((,{{{.....,....,,.....)))..}}}..,,)))))),|,||,|||}}||||}}}}|||,.{|||,.,,,.}))).,))){(((.{({({{.,,((({{.((((((.,....((((....}})),,..}.)))))).....{(((|...))))}..}})))...}))))}.))}})}...,,...