Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001319067.2
Sequence Length
4210 nt
GC Content
0.4021
GCAGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGCCCCGGAGGGGCGGCAAGGCGGGCGGCCGCGGGCCGUUUCCUUGCCUCUUCCUCUGCCCCGCUUCGGCCGCCUCCCGCCUCUCAGGGUCGGGGUUGUCUGUCCCCUUCGCUGUCACAUCCUCCGCACCCAGCGCUUGGAAGGUGCUCCAUCACGGUGACAGACAGGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAUGUUUUGCACAGGCAUGCUCUCUACUUAAUAAUCCGGAUGGUGUGUUACGAUGACGGUCUGGGGGCGGGAAAAAGCUUACUGGCUCUGAAGACCACAGAUGCAAGCAAUGAGGAAUACAGCCUGUGGGUUUAUCAGUGCAACAGCCUGGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCAUGUCCAUUUAAAAGUAUUUUAUUUUUUUCCAGUCAAAUGACUAGUUAACAAGAAGAGUAAACUUAUUAAACAUGCUCUAAUUAUAAAUCACUGCAUUAAGGACAAUGAAAAUAAUCAAUUUCGGUUAUACAAUAUAUACAGUUGUGCUGCAACCAAAGUAAUCAGGUGAAUGAACUGAAUAUCAUACAUCUCAAAAUAGCAUCCUAAGCUGCAUAUUAUGUUAUCCACCCCUUAACAGAUCACACAGUUACUCUUAGUCUGUGUACAUGUUCUGAGCCAUCAUCCCAGAUCUGAUGGAGAAUGGCAUGCAAAAUGCCAGAAUCCUGCAGCUGCAGUUCAUGAAACAUAAACUUUAAAUAUAAAUAGAUAUCUACAAUGUUUUUCUUUCUCUUAGUUGCUUUUUUAAUUUGCAAGGAGCAAAUAACUAAGAAAGGAUAUUAGCAGGGUCGUUAAUAUAAUUUCUCCUCUGGUAAGAGUACUAUUAGUUACUGCACAAUAGCACCAAAUUGUAGACUGGAAAAAUAUUUCCUAGGUAUUUAUGUACCAGUGAACCUGACAGAUUAGUUUGGGACUGGAGUUCUAAUGUUGAUAUGAAUCAACUUUAUUCCUUAUAUAGCUGGCACCAGGUGGUCAAAAGGCUGACUAUAAAAUACAGAUGCAGGAGGAUUGUUAAAAUAGACAUAAGUGCACUGUGCAAAAUACAUCUGUUUACUUAAAUCUAUGAGAAAAUUAAAUGAAGGGUUCAAACAGAAAUUAACAAUUAGUGAAAACAGAUGUAGUGCUUUAAAAAAAAACAAAAACAAAAAACUACAGAUAUAACACAUUUUUACCCGGAACUUUGAAAGGUAAAAAGCGAUUGCUAUACAACAUCAUAAAACAUUCCAGUUUGUUCUGUCUUCCUUUAUAACAAAAACAAAAAGUACAAUGCCAAAAAAAAAAAAAACUCUACACAGUCUUGCAUAAUAAAGACAAGCUGCUUCAAUCAAAUGCACCAUCACAACAAAUGCAGUUAACAGCAUUGCUGCCUCACUUUCCAAGCCUAUAUGCAAAUUUAUUCCUUUACUUUUGUUAAAAGUCCAAGUGGGUAUCAUAUGCCUAUUUAUUCUCAGAGUGCCAAAAUUUCCAAUAUUCCUACUAUGAAUCUUACCCUCGCAAUUACUAAAUAGAGGUAUGACAGUCAAGUUCAUUAAACGAAUGAGUUUUGGUUUUAUAAUAGACAACCUAAUCCUCUACUACCACCCCAAGUAGCUUAAGAAUGAUAUGAUGGCCUGAAACAGUAAAAAGUGGGAUGUUUGGGAGUAUUACCUGGGACCUAUAUAUUUCUGAUAUGUUCUUGAUUAUAAACAGAUGGACAGAUUCAAUUUCAAGACAGUGUGACUACCAUUCCUGUUGGAGUAUUAUAGAAAUACAAGACACUAAACUGAGUAAACAUUCUCCUGGGCUAGAAGGGAAGGCAGUGGUACACUCAGUAGGAAACAGCAAGUGAUGUGUUAAUACAGCAUGGUCUGCGCCACAGAAUUCUACUGUGUACAGUUGCUUUCUGUGUGACUCAGGAAGUUCAAGAAGGCAAAUUCCAAAACACCUAAAGCAUAUAAACUAAUUUAAAAGAACUGUUUUGCAAUCCAUCAUCCUUAGUUUUUAACCAAAUUCAGGAAAUGCAGUUUUAUAUAACCUGGAACAGAAUGAACUGUAGUUACCCUACGUUGUCAUAAACCAUCAGUAGUUUUGUUAAGUAUGAUUGUUCACAACAGGUUAUACAUACAUGCAGAAUAUAAUGAUAGCUGCAACCUCACAAAUUAGGGCUAGAAAGUACAAUGCUAAUGUGUAAAUUUCCAAGUUGCUUUUUAAACACUGGGUGGAUUUCAAAGGAAUGUGUGUCUUUAAAGGUGAACUGAUGGCAUUUUAUCGAGAAAGUUCAGAGCUGGGCUAUGGACUUCUGAAGCAGCAGUUCACUGGCCGCCUAAAAUAAUAAUUGUGAUAAAGGUCACCAACUCCAGAACUGGGCCAAGGAAUGCAGGAAGAAUUUAUUCAUUAAUGCAAACAUUUUUAGGUUUAGCUAAUUCCGUAGAGGCAGGAUCUUGAUUAUGUAUAAUAGUUAAAAUAACUUUUCAGUUCACCUGUUGGGAAAUUCAGUUUUUCCUAAUAAAUGCAUAGCAAUGUUUCAUGAAAACCACAAAUUAUAAAAACAAUUACUGAUAUGUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1110.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1189.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 1115.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((.....((((((.(((........)))))))))..(((((((((...)))))))))(((((((((((((((((.((..................)).)))))...))))))...))))))..(((((((((((((....(((((((...(((((((.......(((((...(....)...))))).........)))))))..)))))))..((((.(((((((((((.(((((((.(((((.((..((((((((.......((..(((((..(((..(((((.((((((..............((((((((((((((((..((.(((..(((((((......)))))....))..))).))..))..)))))))).........(((........)))................((((((((((((.(((........(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........))))))..........))).))))))))))))..)))))))))))).....(((((((.((...........)).)))))))...)))))...))))))))..))......((((((..((.................))))))))((((.((((.((....))))))...))))....))).))))))).)))))...))))))).))).)).)).......))))))))))))))).))))))...(((.((.((((....)))))).)))...(((((((((.........)))..)))))).(((((((((....((((((((.......((((((((...)))).((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........))))))))))))))).....))))))))(((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).))))))))))))))))..((((((.(((.....))).)))))).(((((((((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))...(((((((((((((((...........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))......((((((...................))))))(((((.(........))))))........(((((.((((((..............((((((...(((((((....((((((.........)))))))))))))((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))..........(((((((.......(((..(((((..((....((((....))))...........((((((.............))))))))..)))))..))).......)))).)))...((((((......))))))............(((((...)))))....))))))(((((.((((........)))).)))))......(((.......)))(((.((((((((.........((((((.(((((((((((.(((((.((((((((.......(((.((((.(.(((((((.((((((((...((((((.....))))))...))).....(((((((((((...(((((.................((((((((.(((((((((((.(((.....(((((((((........))))))))).(((((((((((..((((((((......))))))))..))))).((((....))))......)))))).(((......))).........)))..)))))))))))...)))))))))))))....))))).))).)))))))))))))))..(((((......((((((....))))))...))))).......).))))..)))(((((((......)))))))...))))))))..)))))))))))....(((((..((((((.((.(((.......)))..)).))))))..)))))...........((((((((.....((((((...........(((........((((((..........................)))))).......)))..(((((((.............)))))))(((....))).............((((......)))).))))))..))))))))...............................................(((((........)))))..((((.(((.......((.(((.........(((((........)))))(((((((..(((((..((((((........(((((((.((((.((((((.........((((((((((...))))))))))..((((((.(((.....((((((((...(((((((.(((.((.((((.((..............)))))).))...)))...(((((.....)))))((((((((((((((.(((.....))).....(((((.........)))))...........))))).)))).))))).......)))))))...))))))))..))))))))).((((((((((((((..(((((................)))))...))).......(((((.(((.....)))..))))))))))).)))))....))))))...))))..)))))))........)))))).)))))..)))))))))).))........))).))))..))))).))))))...)))))))).)))..(((((((..(.((((....)))).)..)))))))))))))))))).....(((((((((.....(((((((....(((((...............((((((((.((...........((((.(((((......))))).)))))).)))))))).((((((((((((((.....(((.((((.....)))))))((((((......(((.....))).....)))))))))))....)))))))))......(((((..(((....))).))))).(((........)))(((....)))...)))))...))))...))).....)))))))))...))))))))))))))).......)))))))......(((((((((((..((((...(((((((..((((((..((((((((((((((.(((...))).)))))).)))))................(((((....)))))......)))..)))))).......((((..(((((....))).))..)))).......((((......)))).(((((....)).)))))))))).)))).....(((((...)))))..)))))))))))(((((((((.......)))))))))...))))))))).(((((.((((..........))))..)))))....))))).))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((,,{{{((((((.(((........))))))))),,(((((((((...)))))))))(((((((((((((((((|,{.................,,)}}}})}..,)))))}|.,}))))}..(((((((((((((....(((((((...(((((((.......(((((...{....},..))))).........)))))))..)))))))..((((.(((({{(((((.(((((((.(((((.((..((((((((...........(((((..{((..(((((.,(((({.........,,,,.((((({,(((((((((.,((.(({.{(((((((......)))))....}}},))}.))..))..})))))}),,.,.....(((........)))................((((((((((({.{{{.......,(({(({(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,}}}}|||,,........))),))))))))))))..))))))}}}}},.....{((((((.((,{......,,.)).))))))}...)))))...)))))))){{,|{{{{{{((((((.,(,...,......,....,,,}))))))||}}.}|||.||....||,||,..,,.})....))).))))))).)))))...))))))).))).)).}}.......)})})))))))))))},)))))...{{{.{{.((((....)))),,,))}...{((((({((.........)}}..)))))}.{((((((({...,((((((((.......((((((({...}))).((((((((((((((((({...,..((((((((........))))).))).,.))))))),{(((......)))}........))))))))))))))).....))))))))|((((((((((,.(((((.....(((({...})))).....))))).,{,{,((((((.(((.....))).)))))}........{{..((((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)}..,.|....((((((.(((.....))).)))))}........||..||||||..||..,,,....((((((.(((.....))).))))))........||..||||||..||..,,,....{(((((.(((.....))).)))))}........}}..||||||..||..,,,,...((((((.(((.....))).)))))}........||..||||||.,||..,,,....((((((.(((.....))).))))))........||..||||||..||..,.,....((((((.(((.....))).)))))}........||..||||||..({..,......((((((.(((.....))).))))))........))..)))))}..}}..(((,...|}}}(((((((((((.{((((({.{(.{(,(({..,,(({.({{{{((((((........))))))...,.)))))))))}})))).)))))))..))))))))))),,||||,,}}|||}||{{{.(((((((........))))))),...}}|}||||||||,...,.{((((((((,.........,,.....{((,.((((({.{,.....,.}))))))..))).,|||{,.,.,{((((.....))))}..(((({{...,((((((...,|||||,...,.....}}|||||}||}}|{|{|||||,,(((((((((...(((......)))...))))))))).........,,,..........{{(((((.......(((..(((((,,{{..,.((((....)))).}......,..((((({.............})))))....}}}}}..}}},,.,...))))}.}}...{(((((......)))))},,,.,.....,.{||||,,||}}}}....}}}}}}(((((.((((........)))).)))))....,{{(({......}|))|,},,,.{(..({{{{{{{...,|{{,...{((((({,{{,..|}||||||}},..,|||{({.{{{{{{.(((((((.((({{(((...((((((.....))))))...)))..,,.(((((((((((,..(((({,,.............,,{{{{((((,((({{{{{(((,{,({(((((((((((((........)))))))),..,))))))|||},{(((((((......))))))))..},,,,.{{{(....))}|,.{{{,,,|{,..{((......))}....}}}))))),,||||}}}}})),,,})))}})))))))..,.)))))}})).)))))))))))))))..(((({..,{{.((((((....)))))).}})})))........{{|,,..}}}(((((((......)))))))......}}},}}}}},)}}),|||,...,,,))},.,})))})))))|{,...{((((((((((.(({{..,,..|}}}...,{{,,.{{.....|||.....}}}.,,..,,.}}))),.})))))))))){||}{{{,,,,,..,,,...{{{{,,,{(((((.({{........,(((((((,,,.....,,...)))))))|((....))}.,{{{{{.......,,,....{((((((((((({.,{((.{{{{{...,,,{{.....,,..,,{{{........................(((((........))))).{(((((..........,{...,.........,,,||}}},....)))))|((((((..(((((..((((((...,.,..{{(({{{..,|{,{|||||..,.,|{,,((((((((((...)))))))))}..((((((.(((.....((((((((...(((((((.,,,.((.(({((((..............)))))).)}..,|||.,,(((({.....}}}||({{{{((({{,.,..{{||..,,}.,...,}|||(({,.......,)))),.......,}.,}),,}))}||}...},,.....)))))))...)))))))).,)))))))))...,,,{{{{{{{{|||(({{{,,,........}}},,)))),...,,....||,.|{{{(,(({.....}}},,|}}}})))}}|,,.,}}.,}})).,},...,.,...)))))}}....,...)))))).)))))..))))))}.(((((,.,(((((({..,.{{.,||,{((({{....}}},))).},|}|,,...,,,..}))))))))))))..{((((((((.{{.{{{{.....))))}}}))))))}}.{,.{{{{(({.....,,,,................,|,,,||}}}}}.,,.......((((.(((((......))))).)))).,,)},))))).}}}}}...)))))))))))))))|,||},...,,,,))))}.,,.....})).))))))))))}..(((((((((({...})))}})))))).....(((((..(((....))).))))).(((........)))|,{,{{{|||{,.,||},.,|,})}...)),..,.}))}})))))},,)))})))))))),,),.,}},,)))))))}},...(((((((((((.,((((...(((((({.,{{{,.,,{{{{(((((((((((.(((...))).)))))).))))){{{{,...........(((((....)))))....,{{,,..||||||,.,{{,,((((..(((({....})).))..))))....}}}}}|}}}}}}}||...{{{,,...,)).})}})))))}.))))...,.{(({|...})))}..)))))))))))(((((((((.......)))))))))...})))))))).||||{.,|{,..........,,.....,,,,....))))}.))).....
Back