Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001319999.2
Sequence Length
3106 nt
GC Content
0.4482
GUUUUCAAACCGGAGCUGUGGGCGCGGCGCUGCUCUGCCGUUGGGUGAGGCGCGGAGCGAAGUGAAGGGUGGCCCAGGUGGGGCCAGGCUGACUGAAAAAGAUGGAUACUAUGAUGCUGAAUGUGCGGAAUCUGUUUGAGCAGCUUGUGCGCCGGGUGGAGAUUCUCAGUGAAGGAAAUGAAGUCCAAUUUAUCCAGUUGGCGAAGGACUUUGAGGAUUUCCGUAAAAAGUGGCAGAGGACUGACCAUGAGCUGGGGAAAUACAAGGAUCUUUUGAUGAAAGCAGAGACUGAGCGAAGUGCUCUGGAUGUUAAGCUGAAGCAUGCACGUAAUCAGGUGGAUGUAGAGAUCAAACGGAGACAGAGAGCUGAGGCUGACUGCGAAAAGCUGGAACGACAGAUUCAGCUGAUUCGAGAGAUGCUCAUGUGUGACACAUCUGGCAGCAUUCAACUAAGCGAGGAGCAAAAAUCAGCUCUGGCUUUUCUCAACAGAGGCCAACCAUCCAGCAGCAAUGCUGGGAACAAAAGACUAUCAACCAUUGAUGAAUCUGGUUCCAUUUUAUCAGAUAUCAGCUUUGACAAGACUGAUGAAUCACUGGAUUGGGACUCUUCUUUGGUGAAGACUUUCAAACUGAAGAAGAGAGAAAAGAGGCGCUCUACUAGCCGACAGUUUGUUGAUGGUCCCCCUGGACCUGUAAAGAAAACUCGUUCCAUUGGCUCUGCAGUAGACCAGGGGAAUGAAUCCAUAGUUGCAAAAACUACAGUGACUGUUCCCAAUGAUGGCGGGCCCAUCGAAGCUGUGUCCACUAUUGAGACUGUGCCAUAUUGGACCAGGAGCCGAAGGAAAACAGGUACUUUACAACCUUGGAACAGUGACUCCACCCUGAACAGCAGGCAGCUGGAGCCAAGAACUGAGACAGACAGUGUGGGCACGCCACAGAGUAAUGGAGGGAUGCGCCUGCAUGACUUUGUUUCUAAGACGGUUAUUAAACCUGAAUCCUGUGUUCCAUGUGGAAAGCGGAUAAAAUUUGGCAAAUUAUCUCUGAAGUGUCGAGACUGUCGUGUGGUCUCUCAUCCAGAAUGUCGGGACCGCUGUCCCCUUCCCUGCAUUCCUACCCUGAUAGGAACACCUGUCAAGAUUGGAGAGGGAAUGCUGGCAGACUUUGUGUCCCAGACUUCUCCAAUGAUCCCCUCCAUUGUUGUGCAUUGUGUAAAUGAGAUUGAGCAAAGAGGUCUGACUGAGACAGGCCUGUAUAGGAUCUCUGGCUGUGACCGCACAGUAAAAGAGCUGAAAGAGAAAUUCCUCAGAGUGAAAACUGUACCCCUCCUCAGCAAAGUGGAUGAUAUCCAUGCUAUCUGUAGCCUUCUAAAAGACUUUCUUCGAAACCUCAAAGAACCUCUUCUGACCUUUCGCCUUAACAGAGCCUUUAUGGAAGCAGCAGAAAUCACAGAUGAAGACAACAGCAUAGCUGCCAUGUACCAAGCUGUUGGUGAACUGCCCCAGGCCAACAGGGACACAUUAGCUUUCCUCAUGAUUCACUUGCAGAGAGUGGCUCAGAGUCCACAUACUAAAAUGGAUGUUGCCAAUCUGGCUAAAGUCUUUGGCCCUACAAUAGUGGCCCAUGCUGUGCCCAAUCCAGACCCAGUGACAAUGUUACAGGACAUCAAGCGUCAACCCAAGGUGGUUGAGCGCCUGCUUUCCUUGCCUCUGGAGUAUUGGAGUCAGUUCAUGAUGGUGGAGCAAGAGAACAUUGACCCCCUACAUGUCAUUGAAAACUCAAAUGCCUUUUCAACACCACAGACACCAGAUAUUAAAGUGAGUUUACUGGGACCUGUGACCACUCCUGAACAUCAGCUUCUCAAGACUCCUUCAUCUAGUUCCCUGUCACAGAGAGUCCGUUCCACCCUCACCAAGAACACUCCUAGAUUUGGGAGCAAAAGCAAGUCUGCCACUAACCUAGGACGACAAGGCAACUUUUUUGCUUCUCCAAUGCUCAAGUGAAGUCACAUCUGCCUGUUACUUCCCAGCAUUGACUGACUAUAAGAAAGGACACAUCUGUACUCUGCUCUGCAGCCUCCUGUACUCAUUACUACUUUUAGCAUUCUCCAGGCUUUUACUCAAGUUUAAUUGUGCAUGAGGGUUUUAUUAAAACUAUAUAUAUCUCCCCUUCCUUCUCCUCAAGUCACAUAAUAUCAGCACUUUGUGCUGGUCAUUGUUGGGAGCUUUUAGAUGAGACAUCUUUCCAGGGGUAGAAGGGUUAGUAUGGAAUUGGUUGUGAUUCUUUUUGGGGAAGGGGGUUAUUGUUCCUUUGGCUUAAAGCCAAAUGCUGCUCAUAGAAUGAUCUUUCUCUAGUUUCAUUUAGAACUGAUUUCCGUGAGACAAUGACAGAAACCCUACCUAUCUGAUAAGAUUAGCUUGUCUCAGGGUGGGAAGUGGGAGGGCAGGGCAAAGAAAGGAUUAGACCAGAGGAUUUAGGAUGCCUCCUUCUAAGAACCAGAAGUUCUCAUUCCCCAUUAUGAACUGAGCUAUAAUAUGGAGCUUUCAUAAAAAUGGGAUGCAUUGAGGACAGAACUAGUGAUGGGAGUAUGCGUAGCUUUGAUUUGGAUGAUUAGGUCUUUAAUAGUGUUGAGUGGCACAACCUUGUAAAUGUGAAAGUACAACUCGUAUUUAUCUCUGAUGUGCUGCUGGCUGAACUUUGGGUUCAUUUGGGGUCAAAGCCAGUUUUUCUUUUAAAAUUGAAUUCAUUCUGAUGCUUGGCCCCCAUACCCCCAACCUUGUCCAGUGGAGCCCAACUUCUAAAGGUCAAUAUAUCAUCCUUUGGCAUCCCAACUAACAAUAAAGAGUAGGCUAUAAGGGAAGAUUGUCAAUAUUUUGUGGUAAGAAAAGCUACAGUCAUUUUUUCUUUGCACUUUGGAUGCUGAAAUUUUUCCCAUGGAACAUAGCCACAUCUAGAUAGAUGUGAGCUUUUUCUUCUGUUAAAAUUAUUCUUAAUGUCUGUAAAAACGAUUUUCUUCUGUAGAAUGUUUGACUUCGUAUUGACCCUUAUCUGUAAAACACCUAUUUGGGAUAAUAUUUGGAAAAAAAGUAAAUAGCUUUUUCAAAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-929.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -992.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 816.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.((((((.(((.......))).)))))).....((((((((..(((.(((((((.(((.(((((((.....)))))(((((((((((..((((((((.((((.((((((((((..((.(((((((((....((((((...((((((.((((((((.(((..........))))))).......)))).))))))((((((((((...((((((.((....(((((((....))).))))....)).)))))).))))).)))))........((((((.((.(((....(((((((..((.....((...((((.(((........))).))))..))..))..))))).))....))).)).))..))))...))))))....))))))))).))..))))(((.(.((((.(((((...)))))..)))).).))).....)))...((((........))))((((((((......)))))))).....((((((....))))))...........((((((...)))))).))))))))))))))).))))...)))))))..(((.(((....((((((((((((((((.(((((((((((((((....)))..))))))))))))((((..((((((((.....)))(((((...)))))..(((((....)))))............(((((((.((((.((((...)))))))).))))))).....(((((.....))))).((((((((((......(((((.....)))))...((.((((((((.((((...((((..((..((((.((((..(((..(((.....((((........))))((((........)))).)))........)))..))))..))))....))..)))).)))))))))))))).(((((((.(((.(((......))).))).)))))))......))))))))))...((((((((((.((((((....)))).((.((......)).))......((((.((....)))))).......((((((((.(((.....)))..))))))))((((((((((((.((.((((((((((((((((....)))))))..((((((((((.....((((..(((.....))))))).)))))))))).....((((..(((((...((((.....))))......))))).))))......((((((((((.....((((..((((.((((((....))))))...))))......(((......)))(.(((....))).).(((((((((((((...(((((...))))))))).(((((.((.(((((((((.((((.(((((((..(((((((...)))).)))..)))))....)).)))).)))).))))))).)))))((((((((.........((((((((((((...(((.((...((((((((...(((...))))))))))))))))...)))))...(((.(((.((((((.....)))))).))))))...............((((...((((...))))....))))..(((((((...))).)))).)))))))..(((((((((((((.(((((...)))))((((...((.(((((((((......)))))).))).))...))))(((((((((((((((((((...((((.(((.((((((((..(((((...((((.........))))(((((((..(....)..)))))))...(((((...((((....((((.....))))))))...))))).......((((...)))).)))))..(((((((.....(((....)))....)).))))).)))))))).)))....))))..((((((..((((..(((..........)))..)))).)))))).....((((((.....)))))))))))))))))....((.(((.((((((...((....((((((((.(((((((((....(((((((.....(((((........)))))((((.(((((..((((..((((..(((.........))).......)))).)))).))))).))))(((((...)))))................))))).))....)))))........((((((...)))))))))).))))))))))...)))))).))).))....))))))))...)))))....))).)))))))))))))......)))).)))))((((((((...(((((((...))))))).....(((((.((..((((....(((((......)))))...)))))).)))))))))))))......))))...((((....))))..))))))))))))))))))))))))))))..)))))...............)).))))))))))..))))).))))..(((((.(((((((......((((((((((...(((((.........))))))))))...)))))(((((((((((((..((.((..(((.(((((.......))))).)))....)).))..))))))))).))))(.(((((((((.(...((((((((((.........))))))))))....).))))))))).)..))))))).)))))....((((((((.(((((((((......))))))).............))))))))))......)))).....)))))))).((((..(((((((((((............)))))))...................)))).))))....(((((((...(((.(((((.(((..((((((((..........))))))))..)))...))))).)))...)))))))((((((...((((((((((....))))))).))).....)))))).......)))).....))))))...........(((.....))))).))).))))))).)))..))))))))........((.....)).......)))))))(((((((.....))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{({{,..,((((({((,,,,{||||,,,||||||||||((((((((((((((((((.((((.{(((((.,(,.(((((,(((((((((.((.(((.((((...{{{.,,....,...,,}}),,..)))).))).))))))))).)).))((((((((((((((.(((({(({{,(({{.((((((...(((((..((((((((((((((...((((((.((....(((((((....))).))))....)).)))))).))))).))))}},,.((((((((...(,((((....|)))).|..(((((((((({.((((.(((........))).))))...{,{,|,,.{||,.{{{{{((({{{.{{|..|{}((((.(((((((.(....).)))))))..)))},{.{,(((({(((((...))))).,}}}}}},}},......||.,,||||.....}}}))))|(((((({......}))))))}....,((((((....)))))),..........((((({...}))))).,||||{{}}}.,,,.)))}}}}.}))))|}}}))}...,|{{{{.....((((((((((.(((((((((((({{,....,))..}))))))))))).....,,,(,,.}},,....}}|((({...})))}..(((((....)))))(((((((...{((.{((((.(((((((,.,,{{.{,,{{{(((({{,...,..(((((.....)))))..},,|,|))))))..,(((((.....))))),...|||.|||{{,|||,|...,,,..|||,,.)))}})))))))))).))},..,.}}}.))))))}..{((({..,,,|..(((({{((((.....))))..}.))))))))}}..|||...}},(((((((((((.((((((({..((((((((((,,,.{{(,(((((((...(((({......((((....))))...((((.((.{(((....)))}.)))))).......((((..(({....}))..))))))))}.)))))))))},.,{(({..((((.((((((((((,,(((...,{{((,{{{((((,.,({(((((((....))))))).,...))})})))))})}.)),})}}..}).))))).)))))))...))))..)))))))))))))))((((.....))))((((((.(((,{.(((((((.......))))))).}...(((.(((((((((((....)))))).......{{{{..(({....,.}))|}(((....)))...,(,(({{((.(({{{((((((.{{.....,({(,(((((.(,{(((((((((.((((.{{(((((..(((((((...)))).)))..)))))....}}.)))).)))).))))))).)))))..{{,..,.}},...,..((((...|}}}...{({.{{...((((((((...{((...}})))))))))))}}),..)))),......}).)))))))))).))))).))..)))))))){(({.(,....,),}))))))))))))(((((({...}))))))........)))))))))))))).))))))))))..((.(((((...))))).)).}}}}}.(((((((((......)))))).))))))))))).}}))).)))))..)))))).)},.,},..(((((.(((((..(((((...((((.........)))){((((((..{....)..))))))}...(((((...((((..{,{......,,}.},))))...))))).......((((...)))).)))))..).)))).)))))...,,,)}}.)))).)))))))...))))))).})))..,....,{{{{{,..,|(({{(((,{,..,,{{.|||{...,..,,,}},......|||||}},,})))))),,.(((((((...(.(((((.(((......))).)))))}.))))))).,,.......,,...)).},),))).)))).)))))))).)))))....}}}}}..,,,{((({{{{{{(..,,,((({{{...,,,||||},....}|||,|||||||,.,,...,..........,,(({((((((((,((({{{......,{{{({((((((((...)))))))).}))||||{{{|||...,(((({,.}||||||,||||||{}},|||(((..{,((((,,{((((,{{{,,,,..{{({((((((((((({(({{,,,(((((((...})))))}.,.,|{(({{.{{,.,{||,}}}||||{......}))})},,))}))).)))})}),..,},...,,,||{{(((..,,((((((.....))))))...))))))).,|{|||,||}|}|||||.,{,,.{{,{{,{,|||{{((|...,,|},,))))}}}||,,(((((.{((((((.,....((((((((((,..(((((.,....,,.)))))))))),..}))))|,{{(((((((((..{,,{{..(((.(((((.......))))).))).,,.,,.}}..))))))))).))||{.(((((((((.,...((((((((((.........))))))))))....,.))))))))),},.))))))}.)))))....{{||||,,,{{(((((((......)))))))}},}|.,,}),.,))))))))))}},.,,)))}}}},,.}}}},,,,})))),}))}}|||||||,,.....}}}})||||))}.}}||}||..........}}|||}}...,|}|||,|||}.(((((((((((((((.(((((((.{(((((.((({.,,||,..((({....).))).}}|{{{{{,.,,..((((...((((((((((....))))))).)))..})))..,}..}}}}}}......}))).))))).....}.}))))))))})))))))))})))...}}}}}})))))}}|.|}|,.....,,.})}}))),},,..}|}}}}||{{{{{{.....))))))},,,..,,,.
Back