Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320151.2
Sequence Length
2458 nt
GC Content
0.4825
AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGGCAGUUCUGUUGCCACUCUCUCUCCUGUCAAUGAUGGAUCUCAGAAAUACCCCAGCCAAAUCUCUGGACAAGUUCAUUGAAGACUAUCUCUUGCCAGACACGUGUUUCCGCAUGCAAAUCAACCAUGCCAUUGACAUCAUCUGUGGGUUCCUGAAGGAAAGGUGCUUCCGAGGUAGCUCCUACCCUGUGUGUGUGUCCAAGGUGGUAAAGGGUGGCUCCUCAGGCAAGGGCACCACCCUCAGAGGCCGAUCUGACGCUGACCUGGUUGUCUUCCUCAGUCCUCUCACCACUUUUCAGGAUCAGUUAAAUCGCCGGGGAGAGUUCAUCCAGGAAAUUAGGAGACAGCUGGAAGCCUGUCAAAGAGAGAGAGCAUUUUCCGUGAAGUUUGAGGUCCAGGCUCCACGCUGGGGCAACCCCCGUGCGCUCAGCUUCGUACUGAGUUCGCUCCAGCUCGGGGAGGGGGUGGAGUUCGAUGUGCUGCCUGCCUUUGAUGCCCUGGGUCAGUUGACUGGCGGCUAUAAACCUAACCCCCAAAUCUAUGUCAAGCUCAUCGAGGAGUGCACCGACCUGCAGAAAGAGGGCGAGUUCUCCACCUGCUUCACAGAACUACAGAGAGACUUCCUGAAGCAGCGCCCCACCAAGCUCAAGAGCCUCAUCCGCCUAGUCAAGCACUGGUACCAAAAUUGUAAGAAGAAGCUUGGGAAGCUGCCACCUCAGUAUGCCCUGGAGCUCCUGACGGUCUAUGCUUGGGAGCGAGGGAGCAUGAAAACACAUUUCAACACAGCCCAGGGAUUUCGGACGGUCUUGGAAUUAGUCAUAAACUACCAGCAACUCUGCAUCUACUGGACAAAGUAUUAUGACUUUAAAAACCCCAUUAUUGAAAAGUACCUGAGAAGGCAGCUCACGAAACCCAGGCCUGUGAUCCUGGACCCGGCGGACCCUACAGGAAACUUGGGUGGUGGAGACCCAAAGGGUUGGAGGCAGCUGGCACAAGAGGCUGAGGCCUGGCUGAAUUACCCAUGCUUUAAGAAUUGGGAUGGGUCCCCAGUGAGCUCCUGGAUUCUGCUGGUAAACCUCACACUGGUUGGCAGAAGGAACUAUACCAAUAAUUAGUGAACAUGCGGUGAAUUUGCAACAGACAAGAGGAGCCUCAUUAUCCUAUAGUUUCCAGGUUGCUUAGGGAGGCAGAAAUCACAGCAAGGAAAACCUUCAAUAAUAAACAGACGUCUCAUAAAAUUAAUUGCAACCCAACCUCUCUCUCUACUUAAAAUUAGCAUCUAUUUCCAGCUCUGCUUUCAAUGCCCCAUAUGAAUACAUGUGAACUCCCUCCCUCUCUUCCUCCCUGUCUCCUUCUCUCUCUCUCUGUCCCUCAUUAAAAAAUAAAAUUUAAGAAAAAAAUACAAGGUAGAUUUACACAAAUAGUGGGAUCUCAGUCUUGAGUUAGCUGUGUAUGACUGAAAAGGAUGCUGUGGUUAAUAAUUAUCAUAAAAACAAUGACAUGGCCGGGCACAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGAACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCAGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACUGCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUCAAUGGCCAGCCCCUGUAAUCCCAGCUAAUCAGGAGUCUGAGGCAGGCGAAUCACUUGAACCUGGGGGCUGGUGGUUGCAGUGAGCCGAGCUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGUGAGACUACAUCUCAAAAAAACAAAAACAAACAAGCAAAAAAAACCCCACAGUAACACAAAAGUAAUAAAACUGCUGCUAUUUACUCAGUGCUUAUCUGAUGCCAGCCACUUUGCUAAGCCUAUGAAUGCAUUAUUUCCCCGUUGCUACAGAUGAGAGAAUUGAGGUUCAGACAGGUUGAAAUCAUUGCUCCCAAAGUCACACAACUGGUGAGUGGCAGAGCUGGGAUGCAAACCCUAAACUGCCAGCCCUCAAAGCCUGUGCUCUUAAUCUCCACCCUGCUGUGCUUCCUUGUCCAUUUAAUUAAGCUCCACAGGCACACAUUCCACGCCCUCCUUUGCUGUACAAUCCCAGGCAAGUCGCUCAGCUUCUCUGAGCCUCAGUUUCAUAAUCUGUCAAAUGGAGGUAACACAAAUAAUUCCUAGUUGUGACCAAGAAUCAUCAUAGAAAUCUGCCAUUUCCAGCCUAUUGUGCAAUUCCUCAAGCACUGUGACUCCAAGUGGCAUCAGCUCCUGGAAGAACACACUGUCUUACUGUUGUUUCCUCCUUUGUCAACUGAUCCCCCCUUGAACCUCACUCUACCUCUGCUCUCAAUGCCCCAUCUACUGCCACCUGAUUAAAUAAAAUCUUUUUUGAAAAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-723.59 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -769.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 698.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((...(..((((((((((.......(((((..(((((((((((((.....))))).((((((((((((((...)))))...((((....(((((((.......(((((.((((.................)))))))))...(((((...(((((.........)))))....)))))...))).))))..))))..((..((.((((((.((.(..((((((.((((.(((..(.(((..((((((..(((((((.((((......))))..)))))))((((......))))..((((((((((............................))))).)))))...))))))..))).)...))).))))....))))))..).)))))))))).))...))))))))).......((((.((((((.....)))))).))))..((((....))))(((.((((((.......)))))).)))..((((..((((((((.(((((((....(((((((.((((((((...((((((((((((((((((((.((.((......)).)).))).......))).))))......((((.((..((.(((........))).)).)).))))..((((((((..(((((......))..))).))))))))....(((((..(((((((..(((..((((((....(((((.((..(((.......)))...))..)))))(..(((((((..(((((....((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......))))))(((((((......))))))).(((((((((((.((((..............))))....))).)))))))).............((((....)))).)))))..)))))))..).....(((((........)))))....))))))......)))...)))))))))))).)))))..))))).)))))))).)))))))(.(((((((((.(((((....(((((((((..((((..(((((..(((.(((((((.(....))))).(((((((....((((.......)))))))))))))).)))..)))))..))))....)))).)))))....(((((((((...((((.........))))...))))....))))).((((((((.((........((((........................................))))........)).))))))))..........(((((.....(((((((((((..........((((((....))))))..................(..(((((((((((...(((((((((((...((.(((((........)))))))........(((((.((((((.(((.....)))))))))...)))))(((((........)))))((((..(((((((((((........))))))..........((((((..((((.(((((((...((((....((((((....)))))).....))))..((((.(((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..)).)))))..)))).....................((((((.(((...((..((....))..))....))).))))))((((.(((((...))))).............((((((((.((((((....((((((...)))))))))))))).))))))))))((((.((((.(((((.....))))).................(((((............(((((..................)))))............))))).)))).))))))))))).))))..))).)))...))))).)))).........))))).))))))...))))...)))))))..)........(((((((............))).))))))))))))))))))))............))))).))))..))))).)...............((((.((.((((..(((......)))..))))..)))))).....))))))).)))))))).)))).....))))))))..)).((((((.....)))))).(((((.........((.((((.(((((.((((((........(((...((((.......))))..))).....((((((((..((..(((.((((..........)))).))).))..)))))))).(((...))).((((........))))..)).)))).))))))))).))))))).......))).......))))...))))))..)...))................(((((...(((((....)))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,,,,.,,{{{,..,((((,(((({.....{({,{({{(,(((,,,,,|||..}}})))),.,{{|||||,||||,,,}|||||,|.((((({,.,{,((((.......{((((.((((......,..,,,.,,,.))))))))}...(((((...(((((.........)))))....))))}...}}},}|||{.{|||.((..,(({((({({{{{{.|||,|||{{||{.,{.{....,,|,,{|{|||,.,|||{||}||||}.||...}))}})).))})|||{||,,.,,,{((,(((,,{{,(({{{{{,,{{|.,,{{{{......{{{{{({.((,{,,,,......,}}..)))})}|.,.,.,}))}....}))))}})})})},})},|}||,..}}))}))}),......{(((.((((((.....)))))).)))|,,((((...,}}}}(((,({{{{{....,.,)})})),})),,||||..((((((((,(((((((,,..(((((((.((((((((,..{((((((((({(((((((((.((.{{......}}.)).))).......)))}}})}......((((.((..((.(((........))).)).)).)))).{((((((((..(({{{......,}..))).)))))))).,..(((((,.{((((((..(((..((((((..{{({(((,{{,.{,{,,....,}},...,,..}})))(,.(((((((..((((({{{.((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......)))))),{{{{((..,{{.||}}},,.(((((((((((.((((,,....,,,.....})))....))).))))))))......,.,,|....,}}....))).)))))..)))))))..,.....{{{{|,...,,..}))})}}..))))))......)))...)))))))))))).)))))}.,)})),}))))))).,)))))}..{((((((((.(((((.({,(((((((((,,((((..(((((.{(((.(((((((.(....})))).(((((((....((((.......)))))))))))))}.))),.)))))..)))}.,..)))).)))}}.,}}((({{{(((...((((.........))))...))))....))))),{(((((((,{{........{,((((....)))},...........,.....,,..........,})}.......,)).))))}}},..........({{{{.....{((((((((({.,,,..,...((((((....))))))...............,,,...{((((((|||{,,.(((({((((((..,{{.{(({{........}))}},,........(((((,((((({.(((.....)))})))))...))))){((((.,...,,,|}}}}|,,..|{{{((,(((((........,||||,......,},,{({(((..((((.(((((((...((((,...((((({....}))))).,,.,|||}..((((.(((((,{.(((((((.{{(...,}}...)))))))..},.)))))..))))..,,,..,,,............,}}}||{|{|.,(({{.(((((((((({,..{(((.(({..((((....))))))).)).)}.,.....,....,)))))))))),|}||,,((((((...)))))),,}})}))},})},)}}}}||{|.||||,{((({.....})))}.................(((((............(((((.......,{{........)))))............))))).,})),}))}})))))).))))..))).}}}...|||}}.,,,,...,,|,..})))).)))))}...))))...))))))),,||.......(((((({..{{......}}))).))))|)))))))))))))))..........,.))))).)))),..)))||||,......,...,,,|||{.,{.(({{..{{{......}})..)))}..}}))))),,,.}}}}}}).))))))}},}||}.....,,,}}))),,},.{{{{{|,,..,)))))).|{{{{,.......,||.{(({.(((((.,{((((........,||.|||||{.......}}}},,}}).....((((((({..{{.,.{,.((((..........)))).))).)}..}))))))),|||.,,)))}|{||||{...,}}}},..}),,))}.))))))))).})))))),,,...,,}},,,.,},},}}...}}))))..,...))..,,,},..,}},,,}}((({....,,||,,..})))),..,,,.
Back