Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320352.3
Sequence Length
1580 nt
GC Content
0.6361
GUCUUCCUGACUGUCCCCAGCCUCCCAGAAGGCCGCGGAGGAGCCGGAUGCUGAGCCGGGAGGCAGGAAGAAGACGGAGGAGCCGGGCGACAGCUACCACGUGAAUGCCCGGCACCUCCUCUACCCCAACUGCCCUGUCACGCGCUUCCCCGUGCCCAACGAGAAGGUGCCCUGGGAGAGAGGAAGGACGCGGCCGCCAUGGACCCCAUGGGAGAGAACCCCAUGGGCCGCACAGGACUGCGUGGGCGCGGGAGCCUCAGCUGCUUCGGACCCAACCACACGCUGUACCCCAUGGUCACGCGGUGGAGGCGGAACGAGGAUGGAGCCAUCUGCAGGAAGAGCAUAAAGAAGAUGCUGGAAGUGCUGGUGGUGAAGCUCCCUCUCUCCGAGCACUGGGCCCUGCCUGGGGGCUCCCGGGAGCCAGGGGAGAUGCUACCUCGGAAGCUGAAGCGGAUCCUCCGGCAGGAGCACUGGCCGUCUUUUGAAAACUUGCUGAAGUGCGGCAUGGAGGUGUACAAAGGCUACAUGGAUGACCCGAGGAACACGGACAAUGCCUGGAUCGAGACGGUGGCCGUCAGCGUCCACUUCCAGGACCAGAAUGACGUGGAGCUGAACAGGCUGAACUCUAACCUGCACGCCUGCGACUCGGGGGCCUCCAUCCGAUGGCAGGUGGUGGACAGGCGCAUCCCACUCUAUGCGAACCACAAGACCCUCCUCCAGAAGGCAGCCGCUGAGUUCGGGGCUCACUACUGACUGUGCCCUCAGGCUGGGCGGCUCCAGUCCAUAGACGUUCCCCCCAGAAACCAGGGCUUCUCUCUCCUGAGCCUGGCCAGGACUCAGGCUGUUCCUGGGCCCUGCACAUGAUGGGGUUUGGUGGACCCAGUGCCCCUCACGGCUGCCGCAAGUCUGCUGCAGAUGACCUCAUGAACUGGAAGGGGUCAAGGUGACCCGGGAGGAGAGCUCAAGACAGGGCACAGGCUACUCAGAGCUGAGGGGCCCCUGGGACCCUUGGCCAUCAGGCGAGGGGCUGGGCCUGUGCAGCUGGGCCCUUGGCCAGAGUCCACUCCCUUCCUGGCUGUGUCACCCCGAGCAGCUCAUCCACCAUGGAGGUCAUUGGCCUGAGGCAAGUUCCCCGGAGAGUCGGGGUCCCCUGUGGCCCCCUCAGGCCUAUGUCUGUGAGGAAGGGGCCCUGCCACUCUCCCCAAGAGGGCCUCCAUGUUUCGAGGUGCCUCAACAUGGAGCCUUGCCUGGCCUGGGCUAGGGGCACUGUCUGAACUCCUGACUGUCAGGAUAAACUCCGUGGGGGUACAGGAGCCCAGACAAAGCCCAGGCCUGUCAAGAGACGCAGAGGGCCCCUGCCAGGGUUGGCCCCAGGGACCCUGGGACGAGGCUGCAGAAGCUCUCCCUCCCUACUCCCUGGGAGCCACGUGCUGGCCAUGUGGCCAGGGACGGCAUGAGCAGGAGGCGGGGACGUGGGGGCCUUCUGGUUUGGUGUCAACAGCUCACAGGAGCGUGAACCAUGAGGGCCCUCAGGAGGGGAACGUGGUAAAACCCAAGACAUUAAAUCUGCCAUCUCAGGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-731.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -758.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 243.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......(((((((.((((((.....((.(((((.((((((((((.........((.(((((.....(((.(((((.((((((((...((......))...)))))))).)))))))).......)))))))))).)).))))).))))).))...((((.((.((((((((((.((((..(..(((.(((((((((((.((((((((.......))))))))((((.((....)).))))..(((((.(((.(((.((((.(((((((..((((.(((((.(((....))))).)))))))..).))...((((..(..((((((.(((.....(((((.......))))).....))).))))))....)..))))..))))))))))))))))))).((((((((((((((.(((.(((((..((((...((((...))))))))..))))).)))((.....)).(((((((((.(........).)))).)))))..(.((((((.....((((((.((..(((.((.(((.............))))).)).)..)))))))).(((((.(((((.((............)).)))))))))).((((.((.....)).)))).)))))).)..))))))))))))))))).))))).))).)))..).(((((((........)))))..)).......))))))))....((.(((((((.((((.(((((.((........)).)))))..)))).))))))))).(((....))).(((......)))..)))))).))))))(((((.((...)))))))((((.(((((((((((.((....(((((...((((((...))))))......((((((((((((.(((....))).))))(((((((((((....((((((((((((((.(.((((((......((((......))))...((((.((((....)))).)))))))))).)))))))))....(((.(((((((.(((.......))).))))))).))).(((....))))))))).((((((.((.....)))))))).......))).)))))))).(((((((((...(((((((((....))))))........)))..))))))))).....)))))))).((((((((((((.((((.....)))))))(((((((((..(((....)))))))))))).((((.(.((((((((((........((((((..(((((((((.((((((.....))).))).))).))))))..)))))).)))))))))).).))))........)))))))))(((((.(.((((((((((((....((((.((((((.....))).)))..))))...)))))))).))))..).))))))))))))))))))))))).))))..)))))))))))))(((((((((((((((((.......((.((((....)))))))))))).)))))))))))...(((.............)))))))).........(((......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((({,,{((((((.((((((.....((.(((((.((((((({{{,,,,...,{((.(((((...{.(((.(((((.((((((((...((......))...)))))))).)))))))).,.,...)))))))))).)).))))),)))))}),...((({,((.((((((((((.((((..(..(((.(((((((((((.((((((((.......))))))))((((.({....}).))))|.(((((.(((.(((.((({{(((((((..((((.(((((.(((....))))).)))))))..).))...((((..(,,((((((.(((.....(((((.......))))).....))).))))))....),,)})),.))))))))))))))))))).((((((((((((((.(((.(((((..((((...((((...))))))))..))))).))),{.....}}.(((((((((.{........}.)))).))))).,(.((((((.....((((((.{(..(((.((.{((.............))))).)),,..}})))))).(((((.(((((.({.,..........)}.)))))))))).((((.{,........)))).)))))).)..))))))))))))))))).})))).))).)))..).(((((((........)))))..)).......))))))))....((.(((((((.((((.(((((.((........)).))))},.)))).))))))))).(((....))).{{{......}},.})))))).))))))(((((.((...)))))))((((.((((((((((({((...,(((((.,.((((({...,}}))),,..,.((((((((((((.(((....))).))))(((((((((((...((((.{((((({.,,||}|||((((((.({({({..,.(,{{((,{((({{.((({,.((({{.{|||{{,,,||.(((((.(((....))).)))))}}}))))),),)}})))||||,,,)))).}}))}..))))))))),{(((((.|{.....)}))))))}.)))).)))}}))))))).((((((((({,.(..((((({....}))))).....,..},...))))))))).....)))))))).((((((((((((.((((.....)))))))(((((((((..(((....)))))))))))).((((.,.((((((((((.,.....,((((((..(((((((((.((((((.....))).))).))).))))))..)))))).)))))))))).}.)))).,......)))))))))(((((.{.((((((((((((....((((.((((((.....))).)))..))))...)))))))).))))..}.))))))))))))))))))))))).))))..))))))))))))},{(((((((((((((((.......|{.((((....)))),))))))).)))))))))))))}}||.....,{{,....,)),,},,.........(((......)))
Back