Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320409.2
Sequence Length
3088 nt
GC Content
0.4715
AGCCCAGCCAGGCUGCCCUUCUUCCCUGCGGAGGGAGGGCCUGGGCGGUCGCGUUGGCGGGAGGGAGGUUACCUUUCCCAGUCUCGCUCUGGCCGCCUGAGCCAGGAGGAAGCAGCGGCGAGGUCUGCGGGAGGCAUGGCGGGAGCUCCGGACGAGCGCCGGCGGGGCCCCGCGGCAGGGGAGCAGCUGCAGCAGCAACACGUCUCUUGCCAGGUCUUCCCCGAGCGUCUGGCCCAGGGGAAUCCCCAGCAAGGGUUCUUCUCCAGCUUCUUCACCAGCAACCAGAAGUGCCAGCUUAGGCUCCUGAAGACGCUGGAGACAAUGCUGUUAACAAAGAUAGACACUUUUCUUGCGAAGACUGUAAUGGAAAUGUCAGUGGAGGUUUUGAUGCUUCAACAUCUCAGAUAGUUUUGUGCCAGAAUAAUAUCCAUAAUCAGGCCCAUAUGAACAGAGUGGUCACACACGAGCUUAUUCAUGCAUUUGAUCAUUGUCGUGCCCAUGUCGACUGGUUCACCAACAUCAGACAUUUGGCGUGCUCAGAGGUUCGAGCUGCUAACCUUAGUGGAGACUGCUCACUUGUCAAUGAAAUAUUCAGGUUACAUUUUGGAUUAAAACAACACCACCAGACUUGUGUGCGAGACAGAGCCACUCUUUCUAUCCUGGCUGUUAGGAAUAUCAGCAAAGAAGUAGCUAAAAAGGCUGUUGAUGAAGUUUUUGAAUCUUGUUUCAAUGACCAUGAACCUUUUGGAAGGAUCCCACAUAACAAGACUUAUGCAAGAUAUGCUCACAGAGACUUUGAAAACCGUGAUCGGUAUUAUUCAAAUAUAUGAGCACAAUGACAUUUUUAUAUUACAGAGCUUCCAUCAUCAUGAAGAAAAAAAAAUUUGGUUCUCAAGUGAACAAACAUAUAAAAUGUAAACAAUCCCUACAAUCCAGAUAAAACAGAGAAGACUGUGAUUCUAGCAUAUUAUCAGAAAAAGUAACUAUGGCAAAAAAUGAAACUGCUUUAAACUCCAAGGCAGAAAUUGUAUCUUUAUAGCUAACCAUUUAGUAAAUAAAUACAUUACAUUUUUGUAUUUUAGUCAUUUGUUUUUAUUACAUGUGAUUAUUUUAAAAUUUGAUUAUGAAACCUGUGAAGUGUGCUCUUCCAUGAUGUUGAUAGGUGACCACUGUUGGUAUUUACAUUAAAUGUAAAGAAAUGUGUACUGAUCUCAUUGUAGGAUACUUAUUGAGCUGUUGUUAUGAUGAAAAUUGGAAAUAAUUCAUUCAGUGGUCAAUGCUAUCCUCUCCCUAUUCUUCUUUUAUCAUAUAUGUGGGACCCAUAUGGCCUAAUUUUCUGGGGACAGUCCUGGUUAGAUCUUUUUCUUUUUAAUAAAGGCAGUGCUCGAAUUUUAGCUCCAGAUCGACUGCAAGAACAAACCAGCAAUACUGAGAGGACCCACAGACCCUCUGAAGGAAGCGACUGCUCCUACAGUGCCCAGGAGACACCCCAAAUACUGUGAGUGCCCAACUGCAGAAGUGGGAAAGGGAGACCCUCCUCUCCCACACACACCCCCCCACUGGAGAAACUGAAGGUCUGUUUGUGGGAGAAGUUUCCGACCUUACCUGGAGCUGAGUUAAUUUAGAGAGCCGAGCGAAAUACAGGGGUAGAGCAAGCAGCAGGAAGGCCCAGGGAGCUCGCUGGGUCCCCAAGCAGCCCAUUCCUGCCUGUCACCACAGAGAUCCAUUGCAAGGGCAGCCAGAAGAGCAGCGGGUAAAACUCCACAGGGAGAAGGACAUCUCUAGCUGAACUUUGUAACUAUUUCAAUGGGGCAAGAAGCCUCCCGGCCAGAACUUGGGAGAGGGCACAAAUCCCAUGUGCAGAAUCCACAGAGGGGAAGAACCAAGCUCUUUUCUUUCACAGCUGGGAGGUGGGUAGCCUGGGGCAAGUUUUCAAGCCUGUCUCACCCACCACCUGGAAGCAGACUUGGGGCUGUGGUGGGGGGCAUGGUGGGAGUGAGACUGGCCCUUCGGCUUGUGUGGGAGCUGGGUGAGGCCUGUGACUGCCGGCUUUCCCCUACUUCCCUGACAACCUGCAUGACUCCCCAGAGGCAGUCAUAAUCCUCCUAGGGACACAACUCCAGUGACCUGGGAAUCUCACCCUCAUCUCCCACAACAGUCACAGCAAGACCUGCCCAAGGAGAGUCUGAGCUCAGACAUGUCUAUCCCUGCCCCGACCUGAUGUUCCUUCCCUACCCACCCUGGUAUCUGAACAAAAAGGGCAUACAAUCUUGGGAGUUCUAGGGCCCCACUCACCACAAGUUCUUCUCCAUACUACCACAACUGAUGCUCUCUGGAAAGCGCUACCUCCUGGCAGGAGGCCAGCCAGCACAAAAAUAGAGCCUUCAACCACCAAAGCUAAGAACCCUCAUGGAGUCCAUUGCACCCCCCCUGCCACCUCCACUGGAACAGGUGCUGGUAUCCACAGCCGAGAGACCCAUAGACGGUUCACAUCACAGGAUUCUGUGCAGGCAACCCCCAGUACCAGCAUGGAGCUGGGUAGACUCACUGGGUGGCUAGACCCAGAAGAGAGACAACAAUCACAGCAGUUUGGCUUACAGGAAGCCACAUCCAUCGGAAAAGGGGGAGGGUAUACAUCAAGGGAACACCCUGUGGGACAAAGGAACCUGAACAAUGGCCUUCAGCCCUAGACCUUCCCUUUGACAGAGACUACCCAAAUGAGAAGGAACCAGAAAACUAACCCUGGUAAUAUGACAAAACAAAAGCUCUUUAACACCCACAAAAAAAUCACACUAGUUCACCAGCAAUGGAUUCAAACCAAGAAGAAAUCCCUGAUUUACCUGAAAAAGAAUUCAGGAGGUUAGUUAUUAAGCUAAUCAGGGAGGCACCAGAGAAAGGCAAAGCCCAGUGCAAGGAAAUCCAAAAAAUGAUAUAAGAAGUGAAGGGAGAAAUAUUCAAGGAAAUGGAGAGCUUAAAGAAAAAAGAAUAAAAAAUUCAGGAAACUUUGGACACACUUUUAGAAAUGCAAAAUGCUCUGGAAAAUCUCAGCAAUAGAAUUGAACAAGUAGAAGAAAGAAAUUCAGAGCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-935.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -992.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 754.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((...))))((((((((((....))))))))))(((((((.(..(((((.(.(((((((......((((((.(((((((((((((.((.((((...)))).))...))).))))))).))).))))))....(((((.((((((..((.....)).)))))))))))(((((((((...(.(((....))).)...)))))))))...)))))))).))))).).)))))))(((((((.......)))))))((((((((.((((((..(((......((((....))))..)))..)))))).)))))))).....(((((......))))).((.((((.((((..((((((((((((((((((((...(((((.((((....)))).)))))........(((((((((((((((.(((.((((..((((.(((.(((.((((((((....(((((......(((......)))......)))))...(((((((.(((....)))...)).)))))((((((.((((........))))))))))((.....))....(((.(((..(((..((((...))))(((......(((........)))....))).)))..))).))).......))))))))))))))...)))))))))))..(((((((........(((.....))))))))))((((((((((..(((((((...(((.....((.((((....)))).))...)))))))))).....(((.....)))...))))))))))....((((....))))))))))).......)).)))))))))))))))..))))))))((((((((((((((((((((............((((......))))..((((.....)))).........(((.(((((((...............))).)))).)))((((((((........)))).)))).............(((((((.......))))))).....((((((((((((.....(((....((((((((((((.........)))))))(((((((.(((.......))).))))))).......)))))...)))....)))))))).)))))))).)))))))..(((((.(((((((((......(((((((...)))))))(((.(((...(((((.((((((((.(((((((...))).))))..))))))))..)))))..))).)))...)))))))))...))))).(((((((...((((((.((((((.(((((((...)))))))((((..((((((((.(.(..((((((((((.....(((((((((.....(((.((((((.....(((((((((((......(((............))).((((((((((..........)))))..((((.((....)))))).)))))....((((((..((((....((((.(((.....)))))))...))))..((((...))))..(((((((((.(((..((..((.(......).))..))..))).))))))))).))))))........)))))))))))....((((((((((..((.........((((.(((((.....((.((..(((((((.(....).))))))).))..))..((((..(((((((.(((((((((....((((((.((.((..((..((((..((((((((....((((....))))......))))...))))..))))))..)).)).))))))(((.....((((((((((..(((...((((((((((.....((((.((((.......))))...))))........)))))))))))))...)))))))))).....)))(((((((.(((....))).)))))))((((....(((....)))...)))).))))))))).))))).)))))).(((((...((((((..((((..((((((((..((((((((..((((((((((((......)).......(((..................))).))))))))))....(((((((..(((.......))).))))))).))))))))....))))))))..))))......(((.((.((((((((.((((((....))))).).))......(((((........(((((......((((......))))...)))))....)))))......)))))))).)))))))))...))))).....))))).))))............))...)))))))))).)))))).))).(((((.((...)).)))))..........(((..(((...............)))..)))...((((((((((((((((((((......(((..((((.....((.((((.(((..(((((((............((((..(..(((((....)))))..)..))))((((((.(((...))).))))))....(((.((((((......))))))..)))..................)))))))....))).))))))))))..)))...))))).))))........((((....))))(((((....(((...(((((........))))).)))...((((((.((((............)))).).))))).(((((..........)))))............................))))).......................))))))))))).....)))))))))...(((((((.((((((......)))))))))))))........))))))))))..)).))))))))))))...((.....))..((....)).....)))))).))))))...))))))).............))))).))))(((((......((((.....))))......))))).......(((((((...(((...))))))))))..)))..)))).)))).))........(((........)))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({{{{{..,||||((((((((((....))))))))))|(((((({(.{(({(({(.(((((({......{((((({(((((((((((((.((.((((...)))).))...))).))))))).))).))))))....(((((.((((((..((.....)).)))))))))))(((((((((...{,(({..,,))}.,...)))))))))...}))))))),)))),,}.))))))}(({{,{||......))}}}}}((((((((.((((((..(((......((((....))))..)))..)))))).))))))))...{{(((((......))))).}}.{{{{{{{{,{{((.(((((((((((((((((.{{(((((.((((....)))).)))))..,,,{((((({,,||||||..,.{((.{{{,{{(({{.{{{.(((.(((((((((.(((((((({,...{{{.,,,..|||{{,,{{,||||{,.(((((((.(((....)))...)).))))),{||{{.((((.,......))))}))}}},,..{{{||,{.,.,}})}},,},},,|||...,||||{|,.....||||},,.............,.}).)))))))).),......}))))))))))}}},,,)||||}}}}}}.||{||||........{(((.....))))|||,||{..(((.(((((......))))).}))},,,|,|{{{..,,}}}}.}}...|{{||}}}}},}}}}},...,..{(((((.,.,...{{((({.((((....)))).,,.)))}}}....)))))))).)))))))))},}})))))).,|||||{{{{{{{{{{{{{,........,,.((((......))))..{{((.....}}}|..........,,....,,(((....((((......))))...}}}.{(((((({{,,......}}}}.}}}}||,.....,,...(((((((.......)))))))....(((({.,{{{{.(((({....}))))..}}}}))))}.,,||,}||)))||,,(((((((.(((.......))).)))))))..,,,...,.,,,,,,}},...|||.{{|||||||||||{{||||||,,(((((.(((((((((,{({{{({(((((,..,}}}}},..|,|||,}}||||,.(((((((({(((((({...))).)))).}))))))))..|}|||,..,,.))),..)))))))))...))))).(((((((...((((((.((((((.(((((((...)))))))((((..((((((((.,.{..((((((((((...,,((((((({{.....{((.{(((((..,,,(((((((((((......{{,..,.......,,|,,...}|}(((((.......,..)))))..(((,,((....)))))).}}|||....((((((..((((....((((.(((.....)))))))...))))..,((({{.,,))}}(((((((((.(((..((..({.,,......,})..))..))).))))))))).))))))........))))))))))}....{{((((((((,.,|.........((((.(((((..,{.((.{(..(((((((.(....).))))))).}}..)).}|{{{,,{,(((((.(((((((((....((((((,{{{{{,,{(.,((((,.({{({({,....{{|{....||||,...,,.}))}}.))))..)))))}..},.,,.)}))))(((.....((((((((((..({{...((((((((((.....((((.((((.......))))..,)))}........)))))))))))))...)))))))))),,,,.}}}{((((((.(({....})).))))))}((({,,..(((....)))...)})),))))))))).))))).))||||,((({(...((((((..((({,{((((((((..((((((({..((((((((((((.....,},.......,,{.....,,,...,......}}).))))))))))....(((((((..(((.......))).))))))).,)))))))....)))))))},}))))......{((.((.(((((({{.{(((((....))))).}.))......{((((.....,..(((((......((((......))))...)))))....))))}......)))))))).)}})))))),,,)))}),,...))))).))))............,},..)))))))))}.}))})).))|,(({{{.{{,,|}}.))}})..........{{|},|||...............}}}..}}}...((((((((((({((((((((....,,(((..{{|{...||{(,((({.{{{..{{{({{,....,.......((((..(..(((((....)))))..)..))))((((((.(({...})).))))))....(((.((((((......))))))..))).,........,.......})|||||,...}}),)))),,))}}..)))...))))).)))}........((((....)))}(((((...,(((...(({{{....,,..))}}),)}}...((((({,((((............)))).).))))).(((((..........)))))...................,,},,....))))).......................))))))))))).....)))))))}}...(((((((.((((((......)))))))))))))........))))))))))..,}.))))))))))))...{(.....))..((....)).....)))))).))))))...))))))).....,,,..,..)))))))))|{{{{{......((((.....))))......)))))}..}}}}}}}|}}|..,|||...,||||||||...|||,.||,...,.,,},........,.,........)))}}})),.
Back