Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320821.2
Sequence Length
4669 nt
GC Content
0.5596
AACUGGCGGUCUUGCAGGCGGGCGGACCCUCGGCCGCGCUCGGGGCUCCGGCGCCGCCGCUCCUCCUGCUCGGCCUGAGCUGCCCGGGCUCGGCGCGCGCUUGGGGCGAGGCUCGGCGGGCGCGGACGCGCAGCAUGGCGGUGGAGGACGAGGGGCUCCGGGUCUUCCAGAGCGUGAAGAUCAAGAUCGGUGAAGCCAAAAACCUUCCCUCUUACCCGGGGCCGAGCAAGAUGAGGGAUUGCUACUGCACGGUGAACCUGGACCAGGAGGAGGUUUUCAGGACCAAAAUUGUGGAAAAGUCACUCUGAGACUGGCUCCAGCUUUCCUUGAAAUCCUGCAGAGCCUUCAUUAAAAUGAGUGCAAGGCCUGUAGCACGGCCGCCUCUCCGGACCCCACUGCCCUGCAAUGCCUUCUGCUCGUCCAGCUCGUGGGAAUGAAGCUUGGUCACAGUGGUUGGUGGCUCAGAGCUCCGUUGAUAAGGCUGGCCGGCCGCCUGCAGAUGUCCUGCCUGGUUUCCUGAAAGACUUGAGGUGACCCGCAGGAAACAAACACCUCAAUUUCCACGGACAGCUGUCAGCACCACCAGAAGCCUCACGGGACCCUCCCAGGUGCCCAGCCAGCACGGGCCUCCCCCCACCGAGCCCCCCACUGCCAAGCAGAGUUACAGAGAGAGGAGCCACUUGUGCAGAGCCUUUGGCAGAGCAACUGAACACCCCGCUACCGGGCAGCGCCCAGGGACGCCGCACUCUCAGCCCUGCUGCCCAAGCCCUGGGCCCGUUUUACGGAGAAGACUUUUACUGUGAAAUUCCUCGGAGCUUUCGUCACCUGUCCUUCUACAUUUUCGAUAGAGACGUUUUCCGGAGGGAUUCCAUCAUAGGGAAGGUGGCCAUCCAGAAGGAGGACUUGCAGAAGUACCACAACAGGGACACCUGGUUCCAGCUGCAGCACGUGGACGCUGACUCGGAAGUGCAGGGCAAAGUGCACCUGGAGCUGCGGCUGAGCGAGGUCAUCACAGACACUGGGGUCGUCUGCCACAAGCUCGCCACACGCAUCGUCGAGUGCCAGGGCCUCCCCAUCGUGAAUGGGCAAUGUGACCCCUACGCCACCGUGACGCUGGCAGGACCCUUCAGAUCAGAAGCAAAGAAGACGAAAGUGAAGAGGAAGACCAACAAUCCCCAGUUCGAUGAAGUGUUUUAUUUUGAGGUGACCCGGCCCUGUAGCUACAGCAAGAAGUCCCACUUUGACUUUGAGGAGGAAGACGUGGACAAGCUCGAAAUCAGAGUUGACCUCUGGAAUGCCAGUAACCUGAAGUUUGGAGAUGAAUUCCUGGGAGAACUAAGGAUCCCGUUGAAAGUCCUGCGGCAGUCCAGCUCCUACGAGGCGUGGUACUUCCUCCAGCCCCGGGACAAUGGUAGCAAGAGCCUAAAGCCAGACGACCUGGGCUCCCUGCGGCUGAACGUGGUAUACACGGAAGACCACGUGUUUUCUUCUGACUAUUACAGCCCUCUGCGGGACCUGCUGUUGAAGUCUGCGGAUGUGGAGCCCGUGUCAGCGUCUGCGGCCCACAUCCUGGGCGAGGUUUGCCGGGAGAAGCAGGAGGCGGCCGUCCCGCUGGUGCGGCUCUUCCUACACUAUGGCAGGGUGGUGCCAUUCAUCAGUGCCAUCGCCAGCGCGGAGGUGAAGCGGACCCAGGACCCCAACACCAUCUUCCGAGGAAACUCACUGGCGUCCAAGUGCAUCGACGAGACCAUGAAGCUGGCGGGGAUGCAUUACCUGCAUGUCACCCUGAAGCCCGCCAUCGAGGAGAUAUGCCAGAGCCACAAACCCUGUGAAAUCGACCCUGUGAAGUUGAAAGACGGAGAAAACCUUGAAAACAACAUGGAGAACCUACGGCAGUAUGUGGACCGCGUCUUCCACGCCAUCACUGAGUCUGGGGUGAGCUGCCCGACCGUCAUGUGUGACAUCUUCUUCUCCCUCCGGGAGGCGGCGGCCAAGCGCUUCCAGGAUGACCCGGACGUCAGGUACACUGCAGUGAGCAGCUUCAUCUUCCUGAGGUUCUUUGCGCCCGCCAUUCUCUCCCCCAACCUCUUCCAGCUCACGCCGCACCACACGGACCCCCAGACGUCCAGGACGCUGACAUUGAUCUCCAAGACCGUUCAGACCCUCGGCAGCCUGUCCAAGUCCAAAUCUGCGAGUUUUAAGGAGUCCUACAUGGCUACAUUUUAUGAAUUCUUCAAUGAGCAGAAAUAUGCUGAUGCGGUGAAGAACUUCUUGGAUCUGAUUUCGUCCUCGGGGAGAAGAGACCCCAAGAGUGUUGAGCAGCCCAUCGUGCUUAAAGAAGGGUUCAUGAUCAAGAGGGCCCAAGGACGGAAGCGCUUUGGGAUGAAGAAUUUUAAGAAGAGAUGGUUUCGCUUGACCAACCAUGAAUUUACCUACCACAAAAGCAAAGGGGACCAGCCUCUCUACAGCAUUCCCAUCGAGAACAUCCUGGCAGUGGAGAAGCUGGAGGAGGAGUCUUUCAAAAUGAAAAACAUGUUCCAGGUCAUCCAGCCAGAGCGUGCGCUGUACAUCCAGGCCAACAACUGCGUGGAGGCCAAGGACUGGAUCGACAUUCUCACCAAAGUGAGCCAGUGCAACCAGAAGCGCCUCACCGUCUACCACCCGUCCGCCUACCUGAGCGGCCACUGGCUGUGCUGUAGGGCGCCAUCCGACUCGGCUCCGGGCUGCUCGCCCUGCACUGGCGGCCUCCCAGCCAACAUCCAGCUGGACAUUGAUGGGGACCGUGAGACGGAGCGUAUCUACUCCCUCUUCAACUUGUACAUGAGCAAGCUGGAGAAGAUGCAGGAGGCCUGUGGGAGCAAAUCUGUGUAUGACGGCCCGGAGCAGGAGGAGUAUUCGACGUUCGUCAUUGACGACCCCCAGGAGACCUACAAGACGCUAAAGCAAGUCAUCGCUGGGGUUGGGGCUUUGGAGCAGGAGCACGCCCAGUAUAAGAGGGACAAGUUCAAGAAGACGAAAUAUGGAAGCCAGGAGCACCCCAUCGGAGACAAGAGCUUCCAGAACUACAUCCGGCAGCAGUCCGAGACCUCCACUCAUUCCAUUUAAAGUCUGCGGGACGCGCCCAGUGGCGCCAGCAAGCUGCCCAUGCAAAGCCGCAGCCUUUGGGAGGGAGAAGAGAAGGAAGAGCGCAGAGCCGGCAAAGUGAGAUGCACGCCGUCCCGGCCCAUAGACAAGUGGCGCUGGGGUUUCCCUCUCCCAGAACCGCUGCCACCACCGCCACGCCCUCCGCAGAAAGCCCACCUGGCCCUGUGGAACGUGUCGUCAUUUGAUUCUGUGCUUUUUGCUCCUUGUUUGUGGGGAUCUGGGGAUCAGCUGAAGGAUCAGGAAGUGUGGGCUGUGCCCUAGCCACACCACAGCCAGCCUCAGGGAGCCACGGCCCGUCUAGUCGACUGUGACAUGCACCUCCGGCCGUGUGUGCGUCAGUCUCGUGCACGUCUGUCUUGCGUGCACGGUGCGUGUGACGCUGGGCUCUGUGGCUCUGUGCCCGGGAGGCCUGCUGGCCCCGCCUCGGCUUUCGGCUUCAUCACAUUGGGAGGUUCAGAGCAUUACUCUCCCACUGUGCCUGCCAUCCAGGCAGCCAUGGGAGGCGGCCUCCCUGUUCCACUUUCGAGGUUCGUUUGAUUCCUGGCUGAGGGGUCAGUUUUAUGGCUGGGAGGUGCAGAAUUACACAGAAGUCCCAGUCUGAGGAUGUCCUUGGUGCUUGGGGGAUACGGGUUCUGUCCACAGAGUCCCUUGGAGGGAAAGGUGUGGGCUCCAGCUUCUCCAGGCGUCUGCGGAGCCCACAGUUGAAGCCCACAUCGUUUUGCUGUUGAAUGGGGUUUAAAAUCAGAAUUAACAUUUGCCACCCCCCGUGGAAGUUUGAAGAUUUUAAAAAUAGAAAUGUACAUUUUUCAAGCUGUUUUUCUUUAUGUUUUUGAAGGACCAUUUUUAAUUAGCUCUUUGAUACAAAGUAACUCAGAACGUCAAAACCUAUACCCACUAAAGGGAAGGCUGCCGGGAAGGCAAAUGGAACAGGAAUGGAGCCUGUCUCAGGAAGGCCAGCUGCAGGUCCUCCAGAAAAUCAAAGAAGGGAAGAAACUCUGAGUUUGAGGUACAGGGGCUUCGGGGUGCAGACGUCCCUCCAGGGCCCAUGGUCAGUAUUGCACCUGUGUUAUGAACCCCCAGAUGCUGUGCAGGGCAGGGGCGGGGGCUGCUGUUUUAUUGGGGAGGGGAGCAUCCUAAAAAUGGGGUCCAGGCAGACCCCUCCAGACCUCACACUGCCGAGGAGGCCUUUCCCAAAGGGCGUCCUCCCGGGAUGCAGACGGCAGGUGUGUGGGAAGCGCCGUUUAAAUACACAGCACGACGUAUCCUUGUACCGACUUCUCCCGGUUCUUGUUUGAAAAUACUGUAGUUCAGGCUCUUGAUCUAGAUGGCAGAUAGGAACUUUCUUGUCACAAAAAUACUGGAGGAAAAUGUUGUAAAAAUAGACUUUUGGACACACAGCUGUUGGGGCUGCACUGAGCUGCAAUUUUUAACAUGGAUUUAUAACUUAAUGUUUCUGUUUAUAAAAUACUAAUGAUUUGCAAUGUAUUUUACUGGCCAAUUAAAACAGAUGUUUUAUUCUUUCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1743.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1829.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1148.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.((..((((((((((((....((((.((((.(((....))))))).))))....))).)))).)))))))))))).((((((((........(((((.((((((((((((((..(((((.((((((.((((((((.(..((((((((.((((((((((........))))...((((..((.((((........))))))))))))))))((((((((((.........)))))....((.((.(((.((((((((((((((..((((((.((......)).))))))..)).))).....)))).))))).))))).)).....((((((.(((((((((......)))).)))))))))))..))))))))))).))..).)))))))).))).........))).))))).))))))...((((.(((((((((((........))))))..))))).))))......((((((.((.((((((.....((((((...((((((.((......((((((((................)))))))).......((...(((...))).))..))))))))...)))))).....)))))).)).)))))).)))))))).)))))))))))))....((((...)))))))).(((((((((.((((.(((((.(...(((((..(((.((((.(((.....((((....))))....((((((((((((.(((((((.((((((..(((((((((.(((((.((((...)))).....(((((..((((((((((((((((((....((((..(((((.............))))).))))..)))).))))))))...))))))..))))).....)))))..((((((((((((((((((((....((((....))))((((.(((((((((.......((((........))))(((((((...))).))))..)))))))))))))((((.((((.(((((..(((((.(.((((((....(((((....(((...))))))))....))(((((((..(((((((.(((((...)).)))....((((.((...)).))))..((((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.(((.((.((((....((((((..((((((..((((((((((((((((..((.(((((((((((.(((((..((((((.......))))))..((.((.(((((.(((....(((.(((((((.((((....((((....))))))))))))..))).)))......)))((((((((.....(((((.......((((((..(((..((((((........(((.((((((((((((((((((.((.....((((.((....)).....)))).....)).)))))((((...(((....((((((.(((((........)))))((((((((..........(((((((...((((..((((((((.((((((((...(((((..((((((((((((((((((.......(((((.((((((....((((((...((((((.((((((.((...)).))))))))))))........((..(((((((.((((....)))).))))))).))((((..((((((..(((((((((.................(((....))).(((((((((.((((((((..((...(((......)))))..))))))))..(((((((((.((.(((.........))).)).)))))).)))...((((.....))))...(((((........))))).....((((((.....((...(((.(((((.(.......((((((..(((((........)))))....(((((........)))))))))))....).))))))))..)).....)))))).(((.(((((((.(......)))))))).)))......))))))))).....((((.....))))........))))).))))))))))..)))).....))))))..)))))).))))).....))))).......((((........)))).))))))))))).))..)))))...)))..)))))..))))))))..))))((.((((....)).)).))......((((......)))).....(((((((((((((..((((((.........(((((.(((....((((((((((.(((..((((.((...)).))))..)))..))))))).))).....))))))))))))))..)))))))))))))...)))))))((((((.((....))))))))..............))))))))(((((......)))))..............))))))...)))...)))).(((((.(((((((.((.....................)).))))))).))))).)))))))..(((((...)))))..(((((((..(((......))).)))))))....)))...))).))).......)).)))).))).)))))))))))....))))).)))..(((((...((((........)))))))))))))).)).)).(.(((((.....).)))).)....)))))))))))))))....(((..((..(((((((((((..(((.(((..((.((((.(.((((..(((..(((....)))..))).))))).)))).)).))).)))......(((((((((((.(((((......))))).))))))....(((((...))))))))))...............)))))))))))))..)))...........(((((...)))))....).))..)))).)))))...)))))))..))))))))))))))))((((.(((.(((((.(((((((((((....(((((....((((.......(........).......))))..))).))....))....((((((.((......(((..((((..(((.(((.((((((((.((((.(((((((.((((((...(((((....)))))........(((....)))...)))))).))))))).))))))(((.((((((((((((((((((((....(((.....)))......))))).........(((((..((((((........))))))..)))))........((.((((...(((((((...(((.....))).))))))).)))).)).........))))))))))....))))).))))))))).))).)))....))))..))))).)))))).))))).))))))).))....))).))))..(((((.((((((((((((((.......(((((((.(((((((........))))))))).)))))((((((((((.......)))))))))).((((...))))))))))..)))))))).))...))).((((....))))(((((((((((...)))).........((((((((..........)).))))))(((((.(((((.....))))).)))))))))))).)).))).)).))))))))...))).)))).)).))))))))))))))...)))))))..)))))))...........)))).)))))))))))..)))).)))))))))))....((.(((((((((((((......(((((...)))))..((((((((((.(((((......(((.((....)))))...))))).))))))))))((((((...((((((...))))))...))))))...((((((((...(((.((((.((((((((((......................))))))))))(((((((...........)))))))............((..((((((((...)))..)))))..)).....(((...(((......))).))))))).)))..)))))))).....)).))))))))))).)).((....))..))))))))))))).............((((......))))..))))).))))..))))))..))))))).).)))))))...))))....(((..(((.(((....))).)))..)))..))).)))).))))))))..).))))))))).(((((((((((((((((((.((((((((....))))))....))...)))))))...............(((((.((((((....)))))).)))))((((((....((.((..((((...((((.(((.(((.............))).))).))))..))))..))))))))))(((.((((.((((((..(((((((((((((.((......)).))).(((((((....))))))).........(((((((....((((.....))))..))))))).....(((((.....)))))..)))))))))))))))))))).))).....(((.....)))........((((((((..............))))))))....)))).))))))))........))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{((((((,({..((((((((((((....((((.((((.(((....))))))).))))....})),))))}}))))})))))).((((((((........(((((.((((((((((((((..(((((.((((((.((((((((.(,.((((((((.((((((((((,.....,.))))},,{{({..((,({((,,...,,,||}}||||||.}||||(((((.(({,....,,...,}|}}..,}}.,||}.,.}||||{{{|||||||||||((((.({......,}.)))},,.,||.}}},..,,)))),))))},,}))),}}.....((((((.(((((((((......)))).)))))))))))..)))}}))))))},)..),)))))))).)))........,))).))))).))))))...((((.(((((((((((........)))))},.))))).))))......((((((.((.((((((..{..((((((...((((({,((...,,.((((((((..,....,,.......)))))))).,},..,{{,,.{{|,},,}}.,,..}}))))))...))))))..},.)))))).)).)))))).)))))))).)))))))))))))....((((...))))}}}}.(((((((({.((((.(((((.(...(((({..(((.((((.(((.....((((....))))..{.((((((((((((.(((((((.((((((..(((((((((.({((({((((...}))}.....(((((,.((((((((((((((((((....((((..(((((.............))))).))))..))))}})))))))...)))))).,))))).,,..,))}}..((((((((((((((((((((,...((((....))))(((,{(((((((((.,.....((((........)))}(((((({...))).))))..))))))))))))){(((.((((.((((,.{(((((.(.((((,,....(((((....,,,...,)})))))....|}(((((((..(((((({.((({,...,}.)))....((((.((...)).))))..((((((((((.((((({.(((((((..((((((((((.(((.((.((...{(((((((((..((((((((........((((((((....((({,,(({{{,,|,|,..((((((.......)))))},.(((((((({({{{(.{,,,(((.{{{((((,((({....((((....))))}}}})))}.,))),)}}.,...,||,((((({..|,..{{{{.((((.{.....,}.))))..))))}})))))}.}}}}}}},}|.)))))))).,,((((((,({..(({.((,{(((((((..((.(((((..((((((((((((.(((((..,(((((..,{{{{....,}},)))||{{(((((({{,,.,.....(((((((((((.(.{((((((((.((((((((...(((((..{(((((((((((((((((.......(((((.((((((.(..((((((.{.((((((.((((((,((...)).)))))))))))).,....{{((..((((((({{{{.....,)))}))))))),}}((((..((((((.{(((((((((.................(((....))).(((((((((.((((((((..((...(((......)))))..))))))))..(((((((((.{(,(((.,.....,.))}.)).))))))},))...((((.....))))...(((((........))))).....((((((.....((...((,{(((((.{.......((((((.,(((((........))))),...(((((........))))))))))).,..}.))))))))..)).....)))))),(((.(((((({{(......)))))))).))).,....))))))))).....((((.....))))........))))).))))))))))..)))),....)))))).,)))))).))))).....))))),......((((........)))).}))))))))))).)..)))))...)))..)))))..)))))},|((((((((((((.......((((((....((.((((((({.((({.....(((((((((((((..((((((.........(((((.(((,...((((((((((.(((..((((.((...,)}))))..)))..))))))).)))...,,})))))))))))))..)))))))))))))....,.|||}|...((((((..(((((((((((((..({{{.,..{{|{(((.(((((((,{((|........,,................,.,),},,)))))))..))))}}..,|.}}}}.))}},,.....,,(((((..{(((,.{.((((((.(...((.(((({...})))).)).).)))))).)..)))}))))),,,,|{{|||{..,.{(({{(({..{,...,..)),,)))}..|,|{||{.........(((((....))))),))))}),.)))}}}))))....)))))}....,}}{||((({.....}.)))||{..,))}))}},)))))))).))....))))))(((((((((((,,(((.,(((.((.(((((((((,,{{,,...((({{{{|},,,|||{|||||.||||,||{}||,{,,......}}}}||||||{.|||||..,,,.})}))})))),,....}},))}}})),)),)).)}}.....}}}...),))))))))))).{{,|,,...,}}..|..{((((...))))},(((((((((((,,.............},..))).)).))))))}}}))))}}}))},))))}}}}.}))).)}...})))))...})}}},}))))),......{{{,,((.,{(.{({(({{{{.,,........||||||.{,.....,(((..((((.,(((.(((.(((((({{.((((.(((((((.((((((...(((((....)))))..{,..,}|||...,))....)))))).))))))).))))}}(((.(((((((((((((((({(((,...(((.....)})}},,..})))).........{((((..((((((........))))))..)))))},......,{.((((...(((((((...(((.....))).))))))).)))),}}|,....},.)))))))))),...))))).))})))))).))).)))....))))..))))}.))}}}}}}})),,)}})))).))..,)))))...))))).))))))))).)))..))))).)}.(((((((.(((((((........))))))))).))))){(((((((({,......)))))))))}.((((...)))))))))))))).)))})}),)))))).||||,}}.)))).)))))))}......))))))))..)))))).))))....,......{((((((.{(,({((({{...,,)))))})}))))))}.)).)).))).)),})))))))...))).)))).}),})))))))))))))...})))))).,))))))).,.........)))).)))))))))))..)))).))))))))))).,({({.{((((((((((((......(((((...})))}.,({((((((((,({(({......{{{.,,.},}))))),,,)}))},|}|||}}}||{{{||,.,.,|||||}}})))),,...,,,,,,...((((((((..,(({.((((.((((((((((......................)))))))))),,,,((({{{{......})))))),............,...(((({{.|...},,..,,}}}..}},....(((...(((......))).))))))).)))..)))))))).....))},))))))))))))).((....))..))))))))))))).......,..,..{({{......)))),.))))).))))..))))))..))))))).).)))))))...)))).,..(((,.({(.{((....))}.)})..}))..))).)))).)))}))))..).))))))))).{((((((({(({(((((((.((((((({....})))))....))...)))))))...,{.{,{,{|{{{(((((.((((((....)))))).))))),,{{{,,,,.|.|||},|||||},|||{.{,{,(({,.,,{{|||..|||}}.||}.}}},.},{(((........)))}{{.{({{{((((((..(((((((((({{{{(,..,{{|||,,,,.(((((((....))))))).......,.|||||||....((((,{..{||,...,}))),,}}},,(((((.....))))),.)))))))))))))))))))).)}},,,,,{({.....,,,...}}},}||||{{{{...,,...,}}..}))))))}}.,}))))},|)))))))........,)))))))).
Back