Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320878.2
Sequence Length
1244 nt
GC Content
0.4188
CUCACCUGCUGUGCUCUUGCUUGCACAGUGUCCUGGAGCUGGACCUGGCUCUGGGUUUCCAGGAAGCAGUUUGACUAAAGGCAGCAAGCUGCUUCCUCUGCUGCCUGAGAUACCAGAUUCCCAAUGGCGAAGAUUGAGAAAAACGCUCCCACGAUGGAAAAAAAGCCAGAACUGUUUAACAUCAUGGAAGUAGAUGGAGUCCCUACGUUGAUAUUAUCAAAAGAAUGGUGGGAAAAAGUAUGUAAUUUCCAAGCCAAGCCUGAUGAUCUUAUUCUGGCAACUUACCCAAAGUCAGGUACAACAUGGAUGCAUGAAAUUUUAGACAUGAUUCUAAAUGAUGGUGAUGUGGAGAAAUGCAAAAGAGCCCAGACUCUAGAUAGACACGCUUUCCUUGAACUGAAAUUUCCCCAUAAAGAAAAACCAGAUUUGGAGUUCGUUCUUGAAAUGUCCUCACCACAACUGAUAAAAACACAUCUCCCUUCACAUCUGAUUCCACCAUCUAUCUGGAAAGAAAACUGCAAGAUUGUCUAUGUGGCCAGAAAUCCCAAGGAUUGCCUGGUGUCCUACUACCACUUUCACAGGAUGGCUUCCUUUAUGCCUGAUCCUCAGAACUUAGAGGAAUUUUAUGAGAAAUUCAUGUCCGGAAAAGUUGUUGGCGGGUCCUGGUUUGACCAUGUGAAAGGAUGGUGGGCUGCAAAAGACAUGCACCGGAUCCUCUACCUCUUCUACGAGGAUAUUAAAAAAAAUCCAAAACAUGAGAUCCACAAGGUGUUGGAAUUCUUGGAGAAAACUUGGUCAGGUGAUGUUAUAAACAAGAUUGUCCACCAUACCUCAUUUGAUGUAAUGAAGGAUAAUCCCAUGGCCAACCAUACUGCGGUACCUGCUCACAUAUUCAAUCACUCCAUCUCAAAAUUUAUGAGGAAAGGGAUGCCUGGAGACUGGAAGAACCACUUUACUGUGGCUUUGAAUGAGAACUUUGAUAAGCAUUAUGAAAAGAAGAUGGCAGGGUCCACACUGAACUUCUGCCUGGAGAUCUGAGAGGAACAACAACAAACUAGGUGACAGAGACUAUGCCAACUAUUUCGCCUUUUAUUCUGUUGAGCAAGGAACUGUGACUGAAUGUGGAGCUUAUGAGCUUCAGUCCAUCUCCUAUAGUGUGGCUAGUUUGCUAUAAUAUUAAAACAUGAUUUAAAAUAUCAACAAACCAGUUACUCCAGUAAAUAAAAUAAGAGAAUUAGAGAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-324.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -348.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 356.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....(((((((........)))))))..(((((((((......)))))))))(((((.((((((((((((.((......))))))))))))))(((..((((((.((........)).))..)))).)))...........(((.(((.((((..(((..((......)).)))..)))).))).)))((((((((((((..((((..............))))..)))....((((((...((((((((((((((((...((((((((((((((....((((........))))..(((((((((((......((((((......)))))).(((((((((((((((........((((((...((((((((((..................(((...((((........))))...))))))))))))).))))))....................(((........)))...))))))))).......))))))..(((....)))....))))......))))))).))))))(((((...)))))..((((((((((((((.(.(((((((((((.....))))(((.(((.((((((((((((((...(((....(((((.....))))))))....))))).)))).)))))..))).)))....)))))))).))))))).............)))))))((((((............))))))...................))))))))....)))).))))....))))))))....(((((((((...((((...)))).((((((((..(((((.((....)).)).)))..)))))))))).))))))).))))))((((...))))..............)))))))))............))))).......(((((((((((.....((((......))))((((..((((...(((....)))..))))..))))...((((((((.((((((((((.((((.....)))).)).(((((((......(((.....(((.((((...((.(((((((..................)))).)))))...)))).)))...)))((((((....))))))..))).))))....)))))))..).))))))))............((((.......)))).....)))))..))))))............)))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((...,(((((((........)))))))|.((((((((({,,,{{||||}||||{,{{{(((((((((((((.((......))))))))))))))|{{..{{(({(.{{...,,,..||.|}..}}}}.}},.,|,|......,||}(((.{{{|,.{{,..{(,,,,..}}.}}}..}}||,|||.}||({(((({{({{(..{{(({{{...,}}}....}}||,{}|}|...,{{{{{,..|||||{{{{{{,{(((|,||{{{{{{|||{{||....,|||,,.,}}}}))),...(((({{,,||}|....{(((((......})))}}.(((((((((((((((........((((((...((((((((((........,{{,...,..,{(...,{{{......,.))))...}}})))))))))).)))))),...|{|..,,..,,.....|,,........}}}...)}))))))}......}))))))..{{|,,,.}},....,,,..{{{{|}}|||||{|||||,(((((...)))))..||||{(((((((((.{.(((((((({{{.{{..,,,.{{{.{{(.(((((((({(((((...(((....(((((,...,))))))))....))))).)))).)))))..))}.}})}},))))))))}.))))))),.......,,,,,)))}}}|(((({{..,,,,......))))}}...........,,,.....,}|}}}}|,,,.,})).}))),.,,)))))))}....,{((({{{(,,,||||...,,},.((((((((..(((((.((....)).))}}))..))))))))}).)))))}},))},},{{{{...)))).}}}}}}..},,,,,})))}}||{,.......}}})},.,|}},.,}|((((((((((.....((((......))))((((..((((...(((....}))..))))..))))...{(((((((,{(((((({{,.{{{{,,,,.|}}}.||,,,,,|||.{..,,.......,(((,({({...{{.{{{{{{{....,,,,,,.......,)))).})}||{,.}||},|||,,..,|{(((((....)))))))})))}}}))},.,}))))))|...,}})))))............|{{|.......)))}.....)))))..))))))..............,.....,,}....
Back