Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321041.2
Sequence Length
1941 nt
GC Content
0.5739
GAACCGCCCGCUGCCAGCCCGGCCAGGCACCCCUGCAGCAUGGCCUGGAACACCAACCUCCGCUGGCGGCUGCCGCUCACCUGCCUGCUCCUGCAGGUGAUUAUGGUGAUUCUCUUCGGGGUGUUCGUGCGCUACGACUUCGAGGCCGACGCCCACUGGUGGUCAGAGAGGACGCACAAGAACUUGAGCGACAUGGAGAACGAAUUCUACUAUCGCUACCCAAGCUUCCAGGACGUGCACGUGAUGGUCUUCGUGGGCUUCGGCUUCCUCAUGACUUUCCUGCAGCGCUACGGCUUCAGCGCCGUGGGCUUCAACUUCCUGUUGGCAGCCUUCGGCAUCCAGUGGGCGCUGCUCAUGCAGGGCUGGUUCCACUUCUUACAAGACCGCUACAUCGUCGUGGGCGUGGAGAACCUCAUCAACGCUGACUUCUGCGUGGCCUCUGUCUGCGUGGCCUUUGGGGCAGUUCUGGGUAAAGUCAGCCCCAUUCAGCUGCUCAUCAUGACUUUCUUCCAAGUGACCCUCUUCGCUGUGAAUGAGUUCAUUCUCCUUAACCUGCUAAAGGUGAAGGAUGCAGGAGGCUCCAUGACCAUCCACACAUUUGGCGCCUACUUUGGGCUCACAGUGACCCGGAUCCUCUACCGACGCAACCUAGAGCAGAGCAAGGAGAGACAGAAUUCUGUGUACCAGUCGGACCUCUUUGCCAUGAUUGGCACCCUCUUCCUGUGGAUGUACUGGCCCAGCUUCAACUCAGCCAUAUCCUACCAUGGGGACAGCCAGCACCGAGCCGCCAUCAACACCUACUGCUCCUUGGCAGCCUGCGUGCUUACCUCGGUGGCAAUAUCCAGUGCCCUGCACAAGAAGGGCAAGCUGGACAUGGUGCACAUCCAGAAUGCCACGCUCGCAGGAGGGGUGGCCGUGGGUACCGCUGCUGAGAUGAUGCUCAUGCCUUACGGUGCCCUCAUCAUCGGCUUCGUCUGCGGCAUCAUCUCCACCCUGGGUUUUGUAUACCUGACCCCAUUCCUGGAGUCCCGGCUGCACAUCCAGGACACAUGUGGCAUUAACAAUCUGCAUGGCAUUCCUGGCAUCAUAGGCGGCAUCGUGGGUGCUGUGACAGCGGCCUCCGCCAGCCUUGAAGUCUAUGGAAAAGAAGGGCUUGUCCAUUCCUUUGACUUUCAAGGUUUCAACGGGGACUGGACCGCAAGAACACAGGGAAAGUUCCAGAUUUAUGGUCUCUUGGUGACCCUGGCCAUGGCCCUGAUGGGUGGCAUCAUUGUGGGGCUCAUUUUGAGAUUACCAUUCUGGGGACAACCUUCAGAUGAGAACUGCUUUGAGGAUGCGGUCUACUGGGAGAUGCCUGAAGGGAACAGCACUGUCUACAUCCCUGAGGACCCCACCUUCAAGCCCUCAGGACCCUCAGUACCCUCAGUACCCAUGGUGUCCCCACUACCCAUGGCUUCCUCGGUACCCUUGGUACCCUAGGCUCCCAGGGCAGGCUCCACAGACUGUCCUGGGGCCCAGAGGAGCUGGUGCUGACCUAGCUAGGGAUGCAAGAGUGAGCAAGCAGCACCCCCACCUGCUGGCUUGGCCUCAAGGUGCCUCCACCCCUGCCCUCCCCUUCAUCCCAGGGGGUCUGACUGAGAAUGGAGAAGGAGAAGCUACAAAGUGGGCAUCCAAGCCGGGUUCUGGCUGCAGAAGUUCUGCCUCUGCCUGGGGUCUUGGCCACAUUGGAGAAAAACAGGCUCAAAGUGGGGCUGGGACCUGGUGGGUGAACCUGAGCUCUCCCAGGAGACAACUUAGCUGCCAGUCACCACCUAUGAGGCUCUUCUACCCCGUGCCUGCACCUCGGCCAGCAUCUCCUAUGCUCCCUGGGUCCCCCAGACCUCUCUGUGUUGUGUGCGUGGCAGCCUCCAGGAAUAAACAUUCUUGUUGUCCUUUGUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-761.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -795.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((.(((((((((..(((((.((.........)).)))))(((....)))......))))))))).((((.((((((((........))))))))...))))((......)).((((((.((.((.((.((....))))))))))))))...)))))))(.((((((((.((((((((((((((((..(((((((....)))).))))))))...)))).((((...((((.((((((((((((((.(((((..(((((..((((((((.......(((((((..(.(((.....((((.((((((((((.....))))).))))).))))....))).))))))))))))).)))))))).))))).......)))))).....)))).)))).))))((((((..((((..((((........))))((((...........))))....((((((((.((((..........))))...))))))))...))))..))))))..(((((......)))))..(((((....)))))(((((.((((.....)))).)))))....((((((((((((..........(((((((.(((((...)))))))).))))...(((........)))(((((((.(((((..(((((((((((.((((....))))....(((((((((((...(((((....))))).......((((.(((((...((((..((......))..))))...........(((((.((((((((....((((((.......(((.(((((....)))))((((((.((........((((((...(((((((((((........)))))..))))))..(((.......)))...)))))))).))))))))))))))).(((((....(((((((((((((((((...((...((((.(((.........))).))))..)))))))))))))...(((((((..((((..((.(((.(((....))).)))..)).)))).)))))))...(((((((.(((...))))))))))(((((((((((....(((((((((((((((((((((...))))(((....)))((((((((((((...((((..((........))..))))...))).))))))))).....((((((.((((((((....(.(((((..(((((((......(((((((..(((((.(((.((.(((((((....)))).....))).)).))).)))))..)))))))....(((((((.....))))))))).))))).))))).)..))))))))((((((.(.(((.(((.(((.(((....))).......(((((((...............))))))).))))))))).)))))))(((...)))))))))...))))))((((.((((((((((...))))))...(((.((((((((((.((....)).)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))...........))))))...))))).)))))))).(((.....((((....))))...))).)))))..))))))))))))))))))))...((((.(.((((((.(((.....(((((......((((((...))))))(((((.((...)).)))))...(((((((((((.((((.(((.........)))..)))).)))))))))))(((((.((...(((((.((((....))))...)))))....)).))))).)))))..))))))))).).))))(((........))).....)))))).))))).(((((...)))))....))))).))))))).))))).))))))).))))......))))))))))))))).)....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,{(((((.(((((((((..(((((.((.........)).))))),((....,,,....,,))))))))).((((.((((((((........))))))))...)))){{......}},((((({,((.((.((.((....)))))))))))))).,.))))))}{.((((((((.((((((((((((((((..(((((({....}))).))))))))...))))..{(({.{((({.,,,(((,(((((((.(((((..(((((..((((((((.......((((((({.(.(({...,.((((.((((((((((.....))))).))))).))))....})),))))))))))))).)))))))).))))).......))))))}.,,}.,))}),))})}}|((((({..(({{..((((........))))((((.,.......}.))))....((((((((.((((,.......},))))...))))))))...}}||..|}}||||.(((((......)))))..|||{|,,..)))}}(((({.((((.....)))).}))))....((((((((((((......,.,.(,,,{((.(((({...}))))})}.})))...(((........)))(((((((.(((((..(((((((((((.((((....)))).,..(((((((((((,..(((((....))))).......((((.(((((...((((..((......))..)))).......,..,(((({.{(((((({..{.(({(((...........(((({....)))))((((((.((........((((((...(((((((((((........))))),.})))))..{{{.,,.,..))),..}))))))).)))))),|||||||},{{(((,,.,({{(({(((((((((({...((...((({.(((.........))).})))..)))))))))))))...(((((((..((((..(,.(((.(({....))).)))..)}.)))).)))))))...(((((((.(({...})))))))))(((((((((((....(((((((((((((((((((((,..,,))((|.,||)),((((((((((((...((((..({........)),.))))...))))})))))))).....(((({{,{(((((((....{.(((((..{((((({,,....(((((((..((((({(((,((,({{((((....)))}}}}..}},.}),))).)))))..))))}}}.||,|{{((((.....)}}}})}}}.)}})).))))).}..)))))))}((((((.(.(({{((,,(((.{({....})}.......(((((((...............))))))).))))))))),}))))))|||,..)))))))))...}))))}((({,((((((((((...))))))...(((.((((((((((.{{....,}.)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))..,.,.,..,.|||||},..}}}}}.)))))))),|||},,..||||,...)))),,,)),.})}})..))))))))))))))))))))...{{((.(.(((((,,(((.{,..{{(({,..,,.{(((((...}}}))}(((({.,.}}})).,,}|}|}|{((((((((((.((({.(((.........)))..}))).))))))))))|(((((,((...(((((.((((....))))...))))).}.,)),))))))))}.)).))))))))).).))))({|.,,.....}))..}}.)))))).))))).(((((...)))))....))))).))))))).))))).))))))).},,.......})))))))))))))).}....
Back