Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321053.2
Sequence Length
1350 nt
GC Content
0.3874
AUUCUUGAAGGUUAGAGCUCAGCUUUGAAGUUUCACUUCACGAGCUUGGCUCAGUGAGGAAAUUGUGACGUGUGUUCUGGGCAGGGUUUGAGGUUUUGGAACAUUUUCUAAAAGGGACAGAGAGCACCCUGCUACAUUUCCUAAUCAAGAAGUUGGCGUGCAGCUGGGAGAGCUAGACUAAGUUGGUCAUGAUGCAGAAGCUACUCAAAUGCAGUCGGCUUGUCCUGGCUCUUGCCCUCAUCCUGGUUCUGGAAUCCUCAGUUCAAGGUUAUCCUACGCGGAGAGCCAGGUACCAAUGGGUGCGCUGCAAUCCAGACAGUAAUUCUGCAAACUGCCUUGAAGAAAAAGGACCAAUGUUCGAACUACUUCCAGGUGAAUCCAACAAGAUCCCCCGUCUGAGGACUGACCUUUUUCCAAAGACGAGAAUCCAGGACUUGAAUCGUAUCUUCCCACUUUCUGAGGACUACUCUGGAUCAGGCUUCGGCUCCGGCUCCGGCUCUGGAUCAGGAUCUGGGAGUGGCUUCCUAACGGAAAUGGAACAGGAUUACCAACUAGUAGACGAAAGUGAUGCUUUCCAUGACAACCUUAGGUCUCUUGACAGGAAUCUGCCCUCAGACAGCCAGGACUUGGGUCAACAUGGAUUAGAAGAGGAUUUUAUGUUAUAAAAGAGGAUUUUCCCACCUUGACACCAGGCAAUGUAGUUAGCAUAUUUUAUGUACCAUGGUUAUAUGAUUAAUCUUGGGACAAAGAAUUUUAUAGAAAUUUUUAAACAUCUGAAAAAGAAGCUUAAGUUUUAUCAUCCUUUUUUUUCUCAUGAAUUCUUAAAGGAUUAUGCUUUAAUGCUGUUAUCUAUUUUAUUGUUCUUGAAAAUACCUGCAUUUUUUGGUAUCAUGUUCAACCAACAUCAUUAUGAAAUUAAUUAGAUUCCCAUGGCCAUAAAAUGGCUUUAAAGAAUAUAUAUAUAUUUUUAAAGUAGCUUGAGAAGCAAAUUGGCAGGUAAUAUUUCAUACCUAAAUUAAGACUCUGACUUGGAUUGUGAAUUAUAAUGAUAUGCCCCUUUUCUUAUAAAAACAAAAAAAAAAAUAAUGAAACACAGUGAAUUUGUAGAGUGGGGGUAUUUGACAUAUUUUACAGGGUGGAGUGUACUAUAUACUAUUACCUUUGAAUGUGUUUGCAGAGCUAGUGGAUGUGUUUGUCUACAAGUAUGAUUGCUGUUACAUAACACCCCAAAUUAACUCCCAAAUUAAAACACAGUUGUGCUGUCAAUACCUCAUACUGCUUUACCUUUUUUUCCUGGAUAUCUGUGUAUUUUCAAAUGUUACUAUAUAUUAAAGCAGAAAUAUAACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-350.47 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -377.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 336.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((((.(((((((((((...)))))).))))).)))))((((.((((..(((((.....(((((((((((((((((...((((((((....))))))))....))).....))))))).....(((........)))(((((....((.(((((((((...((....(((((((....(((((((..((((....((((((..((((((((((((((((((......(((.(..((((.....))))..).))).........)).)))))))))).))....))))..))))))........)))).)))))))......(((.......))))))))))..))...)).))))))).))...))))).........(((((..(((..........)))..))))).....))))))).....)))))..))))))))((((((((((((((((.((((..(.(((((..(((....)))..))))).)..))))..)))))))..))))..)))))((((((.((.(((((................))))).)))))))).....(((...(((....))))))..(((((.(.((((...((((((((((((((((..(((....(((((...((((((...)))))).....))))))))..))))).)))))..........(((.(((((((((..((((((..((.((((((((...(((((((((((((((...))))))))).......(((((.(((((((((((...(((.(((((((...(((....))).....))))))).))).))))).)))....))).))))).)))))).....(((((..........))))).(((((.....))))).........)))))))).))..)))))).))))))))))))...((((((((....))))))))(((((((..((((......(((((((((((........)))))......((.(((((......((((((...))))))...((((((((.((((.(((((..((.......................))..))))))))).))))))))..(((((((((...(((((((((((((...)))))).))))))).)))))))))..))))))).(((((((....))))))).((((((((((.((((...............................))))))))))))))))))))..))))..))))))).........))))))...)))).)........(((((......)))))...)))))....)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........((((((((((.(((((((((((...)))))).))))).)))))((((.((((..(((((..,..(((((((((((((((((..,((((((({....}))))))}..,.}}}.....})))))),....,{{........}},(((((.,{.((.(((((((((...((,...(((((((....(((((((,,(,((....((((((,,((((((((((((((((((......(((.(..((((.....})))..).))).........))}}))))))))).}}....))))..))))))....,}..))),.))))))).....,(({.......})))))))))..))...)).))))))).)).,|))))).........(((((..(((..........)))..))))).}...)))))))..,..)))))..)))))))),(((((((,((((((((((((..(.(((((..(((....)))..))))).)..))))),))))))).,|||,..,))))((((((.((.(((((...,........}...))))).)))))))).....|||,.,|||....}}|||}..,|||,}}}}}}|...((((((((((((((((..(((....,,,((,{{((((,{....,,,,).,}}}))))))))..))))).))))).....,....(((.(((((((((..((((((..(,.((((((((,.{{{,{{{(((((({{{...|}}}}}}||.,,{,..{((((,((((({,{{({,..,{,.{((((({...{{{....))}.....})))))}.},||}},,,.))}....))).}))}}.}))),,|||,.{((((..........))))).,{{||.....}}}}|.....,}}.}))))))).}}..)))))).))))))))))))...,(((((((....)))))))|(((((((..((((..,...(((((((({{,{{{.{{{{{|,||{{.{{{......}}}.})))..}}}}}}.})}..,.,.((((((((.((({,(((((..(,.......................},..))))))))).))))))))..(((((((((...(((((((((((((...)))))).))))))).))))))))).|,,{((,({((((..(((({{({..((,{(((....)))))).}}}.})))).}),.,}}}.}}}...........|||,,,,))))))))))).,))))..)))))))}........))))))...||||{,....,...,{{{{......))}}},,,)))))....)))))...
Back