Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321090.3
Sequence Length
2045 nt
GC Content
0.6196
AGUGGACGGCACGCCGCGGCGGGGUGGGUGCAAGAUGCCGCUGCCGGUUCAGGUGUUUAACUUGCAGCAGCCAGCCAGCUCUGUGUCAGGGUCGGGGGGUGCAGAAAGUCAGGACAGAAUGAGGGAUAGCUCGGCCCCCAGCUCGGCCUCCUCGUCAGUGACAGAUCUGUACUGCACCCCUCACAGCAGUAGGUCAGACCUCGUCCUGCCCGGCACGGCCGGGGACUUCAGCCUGAGCGCCAGCCUGUCGGCCUGUACGCUGCUCUACGAGGGGGCCGUGGAGCCCAUGCAGAUCGACGUGGACCCCCAGGAAGACCCGCAGAAUGCACCUGACGUCAACUACGUGGUGGAGAACCCCAGCCUGGAUCUGGAACAGUACGCGGCCAGCUACAGCGGCCUGAUGCGCAUCGAACGGCUGCAGUUCAUUGCUGAUCACUGCCCCACGCUGCGGGUGGAGGCCCUGAAGAUGGCCCUCUCCUUCGUGCAGAGAACCUUUAACGUGGACAUGUACGAGGAGAUCCACCGCAAGCUCUCAGAGGCCACCAGGGAGCUGCAGAACGCACCCGACGCCAUCCCUGAGAGCGGCGUGGAGCCCCCAGCCCUGGACACGGCCUGGGUGGAGGCCACGCGGAAGAAGGCGCUGCUGAAGCUGGAGAAGCUGGACACAGACCUGAAGAACUACAAGGGCAACUCCAUCAAAGAGAGCAUCCGGCGCGGCCACGACGACCUGGGCGACCACUACCUGGACUGUGGGGACCUCAGCAACGCCCUCAAGUGCUAUUCCCGGGCCCGGGACUACUGCACCAGCGCCAAACACGUCAUCAACAUGUGCCUCAAUGUCAUCAAGGUCAGCGUCUACUUGCAGAAUUGGUCUCAUGUGCUCAGCUACGUCAGCAAGGCUGAGUCCACCCCAGAGAUUGCCGAGCAGCGAGGAGAGCGUGACAGCCAGACCCAGGCCAUCCUCACCAAGCUCAAGUGUGCCGCAGGCUUGGCAGAGCUGGCCGCCAGGAAGUACAAGCAGGCUGCCAAGUGCCUCCUGCUGGCUUCCUUUGAUCACUGUGACUUCCCUGAGCUGCUGUCCCCCAGCAACGUGGCCAUCUACGGUGGCCUGUGCGCCUUGGCUACCUUUGACCGGCAGGAGCUGCAGCGCAAUGUCAUCUCCAGCAGCUCCUUCAAGUUGUUCUUGGAGCUGGAGCCACAGGUCCGAGACAUCAUCUUCAAAUUCUACGAGUCCAAGUACGCCUCAUGUCUCAAGAUGCUGGACGAGAUGAAGGACAACCUGCUCCUGGACAUGUAUCUGGCCCCCCAUGUCAGGACCCUGUACACCCAGAUUCGCAACCGUGCCCUCAUCCAGUAUUUCAGCCCCUACGUGUCAGCCGACAUGCAUAGGAUGGCGGCAGCCUUCAAUACCACGGUGGCCGCCCUGGAGGACGAGCUGACGCAGCUAAUCCUGGAGGGGCUGAUCAGUGCCCGUGUGGACUCACACAGCAAGAUCCUAUACGCCCGGGACGUGGAUCAGCGCAGCACCACCUUUGAGAAGUCUCUGUUGAUGGGCAAGGAGUUCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAUGAUGCUGCGGGCAGCUGUGCUCCGCAACCAGAUCCAUGUCAAGUCCCCGCCCAGAGAAGGGAGCCAGGGGGAGCUGACUCCAGCCAACAGCCAGUCCCGGAUGAGCACCAACAUGUGAGGGGUGAACCUUGGCCUCCAGGACAUCUGCACCCCCUCCCCACCUCCACGGACCUCGGACCUCCAGGCGGCUCAGUGCUGCCUGCGGCCCAGCUAAGGGGCCUGGCCACUGGGUGCCACCCAGCCUGUGUGCCCUCCCUGGGGCUGAGGAGGCAGGCGGCUGCUAGUUGUGGCCCUUCCUGGAAGGAGAGGCCUGCAGGGCUCGACCCUGUGGGUUUCUGUCCCCAGGGAGCAGACUGUGCGGCACCCAGGCCCAGUGGCACCAUUUCCCAGACCCCUCCUGUUCCCGCCUCAGUCAGGUGCAGACAAGUGGGCGGUGUCCAUUAAAGAGCAGACUCAGCGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-847.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -882.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 639.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((..(.((.((((.(((((((.(((((((((((.(((((((((.....)))))....)))).).)))).........(((((((((((((((((..((((.(((.((..((((...((((.((...))))))...)))).)))))..))))...)))))))).(((((((((((...((.(((.....(((((((....((((...))))((((((...((.((((((.(((((....)).)))..))))((((((((.(....)))))))))(((((........))))).(((((.((....((((((...))).....((((.....))))(((((.((......((.(((((((((........((((..(((.(((((.(((((....((((((...((((((((((((....)))..))))).....(((((((.((((((((........)))).((((((.((((((.....((........))...)))))))))))))))))))).)))((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))....))))))((((((((((((.((..((((....((((.((((((((..(((((((.((..((((((((((((...(((((((..((((((......(((...........)))((..(((.......))).))....(((((((...(((....(((((.(((.....((((.((.((((((...........((.((...((((...(((((....))))).....)))).)).)).......((((...((((((.((......(((((..(..(((((((((((((.((((((((((((.((.((((((((..........)))))))).)).....))))))((((((((((.(((.(((.((.((((.........(((((..(((.(((((((...(((...))).)))))))..))).)))))...(((((((...((((((..((.....))..)))))).))))))).......)))).))))))))..))))))(((.....(((.((.(((((((...)))))))))))).....)))..........))))(((((((((..................)))))))))..(((.((.(((((((.(((......))).)))))))...)).)))..)))))).))))).....................))))))))..)..)))))((((........))))))))))))...)))).)))))))))))).....)).).)))))..)))...)))))))....)))))).))))))).((((((((((....))))))..))))..)))))).))))))....)).).))))))(((((..((((..(((((...)))))..))))...))))).((((..(((..(((((....))))).))).)))).....)))))))).)))).(((((((.((.((............)))).)))))))))))..)).)))))).)))))).....)))).))))))..))))).))))))))))))..))))))))).))....)).))))).......)))..)).))))).((((....))))...)))).))))))))))))).))).)).)))))))))))..)))))))))...)).)))))))))))...)))).)).)..))..))..((.((..((((((((.....)))))))).))))(((...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((.(((((((((((.((((((..(((.((........)).))))))))).)....((((((((((((((.....))))))))))))))).)))))))))(((.....)))))))).)))))...)))))))).....)))).))))).)))...((((((..(((.......)))....)))))).)))))))...(((....)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({,{.((((((((.((((,(((((({,({((({(((((.{((({((((.....}))})}}}}|}|}.}},,|}{{{{{{.,,((({,((((((((((((..((((,(((,(,,{(((({..,(((.(({..,,,))).}})}))}))))|.,}}}|...}))))}))}(((((((((((...((.(((.....(((((((..{(((((...)))))|{{({,...((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(....})))))))).,.((({(.{.(((((,({((..,.,({.{{{..(((...{{,...{(((((......{{(((((.((..{((,.((((({..,,{({{.(((({{.(((((.((.(((.(((((.((.((((.((...((..{(((({{,..,,}))..}}})),||.}}.})}).)),|}))))))).)).})))).((((({{((((((.....((........))...)))))))))))){(((||((..((((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))..,.)))))))).))))))}(((,(({{(((.({....,.}),)))})).}}),.,|,,...((.((((.((((({.((((((...{(((,,..}}}.(((...........})),,..{||}......},),)}.)))))),{({{(,{,,,,.,{|||{,|.{{,,..||,}}..,))})}}.,,}))))}.)))).))..))))).})))))))).,)))....)).))))},))......)))))}....}}},}))......}}}.}}..)))}.}}))}.,,|}|}},..,{((((((.,(,((((((((..........)))))))}.))}....))))},,,,((((.(,(((((..((.((...........)).)),.))))).}..,))}}.})))),..})))))}}))))).)))))}}))))))||||....{{.((({(...,{{|,{{(((.((((((((((({..,..,.{,({{{{..,.{{((,((((,(({.(((((.(({((((,,,...{{{|||||||||,,...|||||}|,{.{{{{{||(((((((((..................))))))))).,,{(.{(.{((((((.(((......))).)))))))||.}..,,,.........}|||}|.|||||,||}{{{{{{{{{.,(((((((((.(((..,.(((....}}),.{{(({{{{{((,....{{...,,)))))))))}..{{|..,..,)))....(({....))).))).)))))))))|((((((((.((((((....))))))..,,|,..((((((.(((...........))).))))))||..((((..(((((...)))))..))))..))))))))|,,..(((..(((((....))))).))}.}}}|,....,,..,}})}))))}|||.||||||,.||},}..,{,{||.,||.||||,.}}))),.)}}|))))}|||}},}}|...))))})).))))),))))})).,.)))),,......|||,,,.}}}}}))).|,},.....)))))))))))).))))},,,})}.))))}....,,.,))}},))))))).))).)).)))))))))))..,}}}}},}}},,)).)}))))))))),,,)))).)}.,|||}},.|,.((.((..((((((((.....)))))))).))})||}...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((,((((((((({(.((((((..(((.((........)).))))))))).}..,.((((((((((((((.....)))))))))))))).,)))))))))|{{.....}}}))))).)))))...)))))))).....)))).))))).,{{{{.,(((((.....}))))..)))}.))))))))))))))))...(((....)))......
Back