Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321170.1
Sequence Length
1261 nt
GC Content
0.5948
GCGGCCUGGAGGGGCGGGGCGGACGCAGAGCCGCGUUUAGUCUAUCGCUGCGGUUGCGAGCGCUGUAGGGAGCCUGUGCUGUGCCGCGCAGUUAGGCAGCAGCAGCCGCGGAGCAGUAGCCGCCGUGGGAGGGAGCCAUGAAGCAUUACGAGCAGAGAGAUGAUUCUUCAAGAAACCAAAGCAGCCUGUGGCAUUCCAGCGAUUCCUCAUUGCUCAAGGGUGGAGAUUCUGGACGCAAAGACAAGGGAGAAGCUGUGUUUCUUGGACAAGGUGGAGCCCCACGCCACCAUUGCGGAGAUCAAGAACCUCUUCACUAAGACCCAUCCGCAGUGGUACCCCGCCCGCCAGUCCCUCCGCCUGGACCCCAAGGGCAAGUCCCUGAAGGAUGAGGAUGUUCUGCAGAAGCUGCCCGUGGGCACCACGGCCACACUGUACUUCCGGGACCUGGGGGCCCAGAUCAGCUGGGUGACGGUCUUCCUAACAGAGUACGCGGGGCCCCUUUUCAUCUACCUGCUCUUCUACUUCCGAGUGCCCUUCAUCUAUGGCCACAAAUAUGACUUUACGUCCAGUCGGCAUACAGUGGUGCACCUCGCCUGCAUCUGUCACUCAUUCCACUACAUCAAGCGCCUGCUGGAGACGCUCUUCGUGCACCGCUUCUCCCAUGGCACUAUGCCUUUGCGCAACAUCUUCAAGAACUGCACCUACUACUGGGGCUUCGCCGCGUGGAUGGCCUAUUACAUCAAUCACCCUCUCUACACUCCCCCUACCUACGGAGCUCAGCAGGUGAAACUGGCGCUCGCCAUCUUUGUGAUCUGCCAGCUCGGCAACUUCUCCAUCCACAUGGCCCUGCGGGACCUGCGGCCCGCUGGGUCCAAGACGCGGAAGAUCCCAUACCCCACCAAGAACCCCUUCACGUGGCUCUUCCUGCUGGUGUCCUGCCCCAACUACACCUACGAGGUGGGGUCCUGGAUCGGUUUCGCCAUCAUGACGCAGUGUCUCCCAGUGGCCCUGUUCUCCCUGGUGGGCUUCACCCAGAUGACCAUCUGGGCCAAGGGCAAGCACCGCAGCUACCUGAAGGAGUUCCGGGACUACCCGCCCCUGCGCAUGCCCAUCAUCCCCUUCCUGCUCUGAGCGCUCACCCCUGCUGAGGCUCAGCCCCUCAACCCGGUGGCAUUCUGGGGGAGGAGUGGGGCCCACAGCUCUCCAGCACCCGGAAUAAAGCCCGCCUGCCCCAGUCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-469.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -491.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 240.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.((((((((.(((.((((..((((((.............)))))))))).(((((((((((((.((((((......))))))...(((((..((((.((.((.(((((((((((((((((((((.((...((((......((((((..((((((...((((((((((.......(((...)))....((((..((((((.((((((.(((((....))))).)).)))).))...))))...)))).)))))))))).((((.((.(((((.((..(((((((((((...........................))))))))))).(((((((((..((((.....((((((..((((.(((((.((..(((.(((((......))))).)))..))))))).))))..))).)))......).)))..))))...)))))((((((.....))))))...((....))..........)).)))))))))))))))))..)))))).....))))...)).)))))...))))))).........((((........))))))).))).....))).)).)).))))..))))).....)))).))))....))))).(((((((((.(((....(.((.(((((((((((..((((...)))).................((((.((((((.......((((((..(((..(((((((........))))...)))..........((((..........)))).((((((((.(.....(((((((...(((.....))).((((.....))))...............((((((.(((((.((...))))))).))).)))(((.(((((((.................((((.((((((.((((((......((.(((((..(((((........(((((.((((((((((((((...(((...))).....(((.....)))..)))).))))))).....))).))))).....(((((((....)))))))....))))).))))))))))))).)))))).)))).(((.(....(((....)))...))))........))))).))))))))))))...))))))))))))..)))))).......))).)))))))..))))))))))).)))...)))))))))))).............)))))))))))..))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,((((.((((((((((((.((((..((((({....,......}}}))))))))).(((((((((((({.((((((......))))))...(((((..((((.((.((.(((((((((((((((((((((.((,..((((......((((((..((((((...((((((((((.......(((...)))....((((..((((((.((((((.(((((....))))).)).)))).),..,))))...)))).)))))))))).{{((.((.(((((.{{..(((((((((((..,,.,{,...,|}}......}}....))))))))))).(((((((({,,((({{,...((((((..((((.(((({,((..(((.(((((......))))).)))..))))))).))))..))).)))......}.,},..}))),..)))))|(((((.....)))))}...(,.,{,},.....}}}..)),)))))))))},))))))..)))))).....))))...)},)))))}..))))))).........((((........))))))).}}}..,,.))).)).)).))))..))))).....,))).)))),...,)))).(((((((((.(((....(.((.(((((((((((..((({...})))...,...........{.{(((.{(((((.......((((((..(((,.(((((((,.......}}}}..,||||,..,.....((((..........)))).((((((((,{,...,(((((((,.,{,,...},}},.((((.....))))........,......{(((((.(((((.((...))))))).))).)}}{((.(((((((.................((((.((((((.(((((,.....{((.(((({..(((((......,,(({{{,((({((((((((((...(((...))).....(((,...,)))..)))).))))))}..,,,}}},))))).....(((((((....)))))))....))))).))))))))))))).)))))).)))).(((....,,||{....)))...})}}........))))).))}})))))))}}|,,}})))))))))..)))))).......)))}}))))))}}))))))))))).)),...)))))))))))).............))))))))))).,)))}......................
Back