Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321438.2
Sequence Length
2227 nt
GC Content
0.5344
ACUCCGAGGCCAGGAACGCUCCGUCUGGAACGGCGCAGGUCCCAGCAGCUGGGGUUCCCCCUCAGCCCGUGAGCAGCCAUGUCCAACCCCAGCGCCCCACCACCAUAUGAAGACCGCAACCCCCUGUACCCAGGCCCUCCGCCCCCUGGGGGCUAUGGGCAGCCAUCUGUCCUGCCAGGAGGGUAUCCUGCCUACCCUGGCUACCCGCAGCCUGGCUACGGUCACCCUGCUGGCUACCCACAGCCCAUGCCCCCCACCCACCCGAUGCCCAUGAACUACGGCCCAGGCCAUGGCUAUGAUGGGGAGGAGAGAGCAGUGAGUGAUAGCUUCGGGCCUGGAGAGUGGGAUGACCGGAAAGUGCGACACACUUUUAUCCGAAAGGGAACCUGUCAGCGCCUUUGUGAGGAGAAAUGUGGCUGUCUACUACGUGUCCUAUGCUGUCUUCGUUGUCACCUACCUGAUCCUUGCCUGCUGCCAGGGACCCAGACGCCGUUUCCCAUGGAACAUCAUUCUGCUGACCCUUUUUACUUUUGCCAUGGGCUUCAUGACGGGCACCAUUUCCAGUAUGUACCAAACCAAAGCCGUCAUCAUUGCAAUGAUCAUCACUGCGGUGGUAUCCAUUUCAGUCACCAUCUUCUGCUUUCAGACCAAGGUGGACUUCACCUCGUGCACAGGCCUCUUCUGUGUCCUGGGAAUUGUGCUCCUGGUGACUGGGAUUGUCACUAGCAUUGUGCUCUACUUCCAAUACGUUUACUGGCUCCACAUGCUCUAUGCUGCUCUGGGGGCCAUUUGUUUCACCCUGUUCCUGGCUUACGACACACAGCUGGUCCUGGGGAACCGGAAGCACACCAUCAGCCCCGAGGACUACAUCACUGGCGCCCUGCAGAUUUACACAGACAUCAUCUACAUCUUCACCUUUGUGCUGCAGCUGAUGGGGGAUCGCAAUUAAGGAGCAAGCCCCCAUUUUCACCCGAUCCUGGGCUCUCCCUUCCAAGCUAGAGGGCUGGGCCCUAUGACUGUGGUCUGGGCUUUAGGCCCCUUUCCUUCCCCUUGAGUAACAUGCCCAGUUUCCUUUCUGUCCUGGAGACAGGUGGCCUCUCUGGCUAUGGAUGUGUGGGUACUUGGUGGGGACGGAGGAGCUAGGGACUAACUGUUGCUCUUGGUGGGCUUGGCAGGGACUAGGCUGAAGAUGUGUCUUCUCCCCGCCACCUACUGUAUGACACCACAUUCUUCCUAACAGCUGGGGUUGUGAGGAAUAUGAAAAGAGCCUAUUCGAUAGCUAGAAGGGAAUAUGAAAGGUAGAAGUGACUUCAAGGUCACGAGGUUCCCCUCCCACCUCUGUCACAGGCUUCUUGACUACGUAGUUGGAGCUAUUUCUUCCCCCAGCAAAGCCAGAGAGCUUUGUCCCCGGCCUCCUGGACACAUAGGCCAUUAUCCUGUAUUCCUUUGGCUUGGCAUCUUUUAGCUCAGGAAGGUAGAAGAGAUCUGUGCCCAUGGGUCUCCUUGCUUCAAUCCCUUCUUGUUUCAGUGACAUAUGUAUUGUUUAUCUGGGUUAGGGAUGGGGGACAGAUAACAGAACGAGCAAAGUAACCUAUACAGGCCAGCAUGGAACAGCAUCUCCCCUGGGCUUGCUCCUGGCUUGUGACGCUAUAAGACAGAGCAGGCCACAUGUGGCCAUCUGCUCCCCAUUCUUGAAAGCUGCUGGGGCCUCCUUGCAGGCUUCUGGAUCUCUGGUCAGAGUGAACUCUUGCUUCCUGUAUUCAGGCAGCUCAGAGCAGAAAGUAAGGGGCAGAGUCAUACGUGUGGCCAGGAAGUAGCCAGGGUGAAGAGAGACUCGGUGCGGGCAGGGAGAAUGCCUGGGGGUCCCUCACCUGGCUAGGGAGAUACCGAAGCCUACUGUGGUACUGAAGACUUCUGGGUUCUUUCCUUCUGCUAACCCAGGGAGGGUCCUAAGAGGAAGGUGACUUCUCUCUGUUUGUCUUAAGUUGCACUGGGGGAUUUCUGACUUGAGGCCCAUCUCUCCAGCCAGCCACUGCCUUCUUUGUAAUAUUAAGUGCCUUGAGCUGGAAUGGGGAAGGGGGACAAGGGUCAGUCUGUCGGGUGGGGGCAGAAAUCAAAUCAGCCCAAGGAUAUAGUUAGGAUUAAUUACUUAAUAGAGAAAUCCUAACUAUAUCACACAAAGGGAUACAACUAUAAAUGUAAUAAAGUUUAUGUCUAGAAGUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-805.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -847.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 465.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((.((((..((.((((.....)))).)).(((((((((((((((((...))))...(((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((........(((..(((((.....((.(((.(((((((((.((((.((((((.(((((((((((........((((((.(((((...)))))..)))))).....((((..((((....))))..))))))))).......)))))))))))).......(((((((((((..((((.((((.(((((((((((((...(((((((((((.((.((.(((((((((((((((.((((.(((((((((((.(((((((((.....)))))...))))...(((..((((.(((((.....(((((((.....((((.((...((.(((....(......)....))).)))).))))....))))))).))))).))))..))).......(((((....))))).))))))))))..(((................))).........((((((.((((((((......................(((((((((.(((...))).))))))))).........(((((((....((((....))))....))).)))).........(((((((.....))))))).)))))))).))))))((((((((.......))))))))...((((((.....(((...........(((((((.((.((........))..)))))))))...(.(((.(((.(..((.((((..........))))))..).)))))).)))))))))).).)))).))))))).)))..))))).)))).((((((.....((((((...................))))))))))))..((((((((...((.........))...))))))))...(((((.((..((((((.(((((........)))))..))))))...)).)).)))..(((((...))))))))))).)))))....)))....)))..((((((..........))))))..)))))))....)))).))).)..))))))).)))).)))).)))))).))).))))).....)))))))))))))))).((((.((((..((((.........))))..)))).)))).....(((........)))............))))))))))....(((((.(........))))))((.(((.((((((((...(((((((.(((.((((((....))))))((((....))))...(((.((.((((((((((..((((....))))))))).((((((((..((.(((((((......)))))))....(((((..((....)).)))))...........(((((..((((...........)))).)))))))..)))))))))))))..)).)))))))))...)))).)))))))).)))))...)))))..))..)))))))..))))((((((((((((.(((((...............(((.....))).(((((.((((...(((........)))(((((((((.((.((((((....)))))).))))))))))).)))))))))))))).))))))))))))..))))))))))))))))).)).((((((((((((.((.(.((((.(((.((((((((((((...((((..((((((((.(((...((((....((((((......(((((((..(((((..(((.((((..(((((..((((((((((((((((((((.((((..(((.(((((.(((((..(((((((..((((((.((.(.((...)).).)).)))).))..)).))))).........)))))))))).))).......))))...))))))))))..........))))))))))...))))).))))..)))....)).))).))))..)))......))))))..))))...))).))))))))...))))..)))))).))))))))).)))).).)).).((((.((.......)).))))...(((((((((((((((..((........))..)))))))))))))))......((........))((((((........)))))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{.,{((.{(({..((.((({.....}))).)}((((((((((((((((((...))))...((((((((((((,,(((((((((((((((({(((((((........(((..(((((.....((.(((.(((((((((,({{.,((((({,(((((({(({{..,{,...((((({,((((,...,|}}}..}}}))).....{{||..{|||...,)}}),,))})))))}.......)))))))})))),,.,{{{(,(,(((((((,.,(((.((((.(((((((((({{{{,.(((((((((((.((.((.(((((((((((((((.((((.(((((((((({.(((((((((.....)))))...))))...(((..((((.(((((.....(((((((.....((((.((...((.{((.,......,..)....})}.)})),))}).,..))))))).))))).))))..)))......,(({{({,,,||}}}.}}}}}}}}}},.,,,...........,,|||}))...,,,}..((((((.((((((((...,............,..{,.((((({(((.(({...})).))))))))).........{{{{{((,,,.((((....))))...|)))}}}},.,,,,..,.(((((((.....))))))).)))))))).))))))((((((((.......)))))))),,.|{||||,,..,{{{...........(((((((.{{.((........))..}})))))))...{.{((.(((.{..((,((((..........))))))..}.))))))..))))))))}.}.}))).))))))).))}.}))))).))}}.((((((.....((((((...................))))))))))))..((((((((...((.........))...))))))))...{((((.{{..((((((.{(((({.......)))))..))))))...)}.}).)))..(((((...)))))))))))}})))}...,}}..},,)}},.((((((..........)))))).})))))))....)))).))).}.,))))))).},))})))).)))))).))).))))).....)))))))))))))))).((((.((((..((((.........))))..)))).)))).....,{,..,......},............))))))))))....(((((.{.......,})))))((.(((.((((((((...(({((((.(({.((((((....))))))((((....))))..{(({.{(.((((((.{((((..((((.,..{{,{(((((............((,(((({{{{{.|},,|||.,..(({{,..,|},.,,|,|||},.....}}}}}..,,)}})))))}}),......))))))}},.}.)))),,)))}))))))..}).)))))))))}..,))}.)))))))).))}))...))))).,),.}))))))}..)))){(((((((((((.(((((...............{{{.....}}}.(((({,((((...(((........)))(((((((({,((.((((((....)))))).))))))))))).)))))))))))))).)))))))))))}..))))))))))))))))},)).{(((((((((({,(({(.((((.((,{((((((((((((...((((..((((((((.(((...{{((,,,,(((({(......{,{((((..(({,{..({{.((((..,((((,.((((((((((((((((((((,((((..(((.(((((.(((((..(((((((..((((((.((.{.{,...,}.}.)).)))).))..))}}}))).........)))))))))).))).......))))...))))))))))}.........,})))))))){,.||||}.}}}},,))),,.,))}))).})),}})})}},,..)))}}}..}))}...))).))))))))...))))..)))))).))))))))).))))})})).}.((((.((.......)).))))..,(((((((((((((((..((........))..))))))))))))))).,.....{,.......}|((((((........))))))))))))))))}....
Back