Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321527.2
Sequence Length
2743 nt
GC Content
0.6066
AGUCCACGCCUUGUGGCGGCUUUGCGGAGCUGCUGCUUUGGCGGGAGUUGGAAGCUGGUGUGAGGUUUCUGUGGGGAGAAGGAGAGUGCCAGAGGUGACUGGUUCAUGGUUCUUCUAGGCUCUCAUGGCCACCAUGUUGGAAGGCAGAUGCCAAACUCAGCCAAGGAGCAGCCCCAGUGGCCGAGAGGCUAGCCUGUGGUCGUCAGGCUUUGGGAUGAAGCUGGAGGCUGUCACUCCAUUCCUGGGGAAGUAUCGCCCCUUUGUGGGUCGCUGUUGCCAGACCUGCACCCCCAAGAGCUGGGAGUCCCUCUUCCACAGAAGCAUAACGGACCUAGGCUUCUGCAAUGUGAUCCUGGUGAAGGAGGAGAACACAAGGUUUCGGGGCUGGCUGGUUCGGAGGCUCUGCUAUUUCCUGUGGUCCCUGGAGCAGCACAUCCCCCCCUGCCAGGAUGUCCCACAGAAGAUCAUGGAAAGCACCGGGGUGCAGAACCUCCUCUCAGGGAGGGUCCCAGGAGGCACUGGGGAAGGCCAGGUGCCUGACCUUGUGAAGAAGGAGGUACAGCGCAUCCUGGGUCACAUCCAGGCCCCACCCCGUCCCUUCCUGGUCAGGCUGUUCAGCUGGGCGCUGCUGAGGUUCCUGAACUGCCUGUUCCUGAAUGUGCAGCUCCACAAGGGUCAGAUGAAGAUGGUCCAGAAGGCCGCCCAGGCAGGCUUGCCGCUUGUCCUCCUCUCUACUCACAAAACCCUCCUGGAUGGGAUCCUGCUGCCCUUUAUGCUGCUCUCCCAGGGCCUGGGUGUGCUUCGUGUGGCCUGGGACUCCCGCGCCUGCUCCCCUGCCCUCAGAGCUCUGCUGAGGAAGCUUGGGGGGCUUUUCCUGCCCCCAGAGGCCAGCCUCUCCCUGGACAGCUCUGAGGGGCUCCUUGCCAGGGCUGUGGUCCAGGCGGUCAUAGAGCAGCUGCUGGUUAGUGGGCAGCCCCUGCUCAUCUUCCUGGAGGAACCUCCUGGGGCUCUGGGGCCACGGCUGUCAGCCCUGGGCCAGGCUUGGGUGGGGUUUGUGGUGCAGGCAGUCCAGGUGGGCAUCGUCCCAGAUGCUCUGCUGGUACCAGUGGCCGUCACCUAUGACCUGGUUCCGGAUGCACCGUGUGACAUAGACCAUGCCUCGGCCCCCCUGGGGCUGUGGACAGGAGCUCUGGCUGUCCUACGUAGCUUGUGGAGCCGCUGGGGCUGCAGCCACCGGAUCUGCUCCCGGGUGCACCUAGCUCAGCCCUUUUCCCUGCAGGAAUACAUCGUCAGUGCCAGAAGCUGCUGGGGCGGCAGACAGACCCUGGAGCAGCUACUGCAGCCCAUCGUGCUGGGCCAAUGUACUGCUGUCCCAGACACUGAGAAGGAGCAGGAGUGGACCCCCAUAACUGGGCCUCUCCUGGCCCUCAAGGAAGAGGACCAGCUCCUGGUCAGGAGACUGAGCUGUCAUGUCCUGAGUGCCAGUGUAGGGAGCUCUGCGGUGAUGAGCACGGCCAUUAUGGCAACGCUGCUGCUCUUCAAGCAUCAGAAGGGUGUGUUCCUGUCGCAGCUCCUGGGGGAGUUCUCCUGGCUGACGGAGGAGAUACUGUUGCGUGGCUUUGAUGUAGGCUUCUCUGGGCAGCUGCGGAGCCUGCUGCAGCACUCACUGAGCCUGCUGCGGGCGCACGUGGCCCUGCUGCGCAUCCGUCAGGGUGACUUGCUGGUGGUGCCGCAGCCUGGCCCAGGCCUCACACACCUGGCACAACUGAGUGCUGAGCUGCUGCCCGUCUUCCUGAGCGAGGCUGUGGGCGCCUGUGCAGUGCGGGGGCUGCUGGCAGGCAGAGUGCCGCCCCAGGGGCCCUGGGAGCUGCAGGGCAUAUUGCUGCUGAGCCAGAAUGAGCUGUACCGCCAGAUCCUGCUGCUGAUGCACCUGCUGCCGCAAGACCUGCUGCUGCUAAAGCCCUGCCAGUCUUCCUACUGCUACUGUCAGGAGGUGCUGGACCGGCUCAUCCAAUGCGGGCUCCUGGUUGCUGAGGAGACCCCAGGCUCCCGGCCAGCCUGUGACACAGGGCGACAGCGAUUGAGCAGAAAGCUGCUGUGGAAACCGAGUGGGGACUUUACUGAUAGUGACAGUGAUGACUUCGGAGAGGCUGACGGCCGGUACUUCAGGCUCAGCCAGCAGUCACACUGCCCAGAUUUCUUUCUUUUCCUCUGCCGCCUGCUCAGCCCGCUGCUCAAGGCCUUUGCACAGGCUGCCGCCUUCCUCCGCCAGGGCCAGCUGCCCGAUACUGAGUUGGGCUACACAGAGCAGCUGUUCCAGUUCCUGCAGGCCACCGCCCAGGAAGAAGGGAUCUUCGAGUGUGCGGACCCAAAGCUCGCCAUCAGUGCUGUCUGGACCUUCAGAGACCUAGGGGUUCUGCAGCAGACGCCGAGCCCUGCAGGCCCCAGGCUCCACCUGUCCCCUACUUUUGCCAGCCUGGACAAUCAGGAAAAACUAGAACAGUUCAUCCGGCAGUUCAUUUGUAGCUAGAACUGUGAGGAGGAGCCUGUGCUGAGACUUCUCAGCCCCAGAACACAGCUGUGUCCUAGAGCCAGAAGAUGGAGAGGAGGCUGCAAACCCUUAGCUGCUCUAUAAAUAUAAUCAUUGAGGCUUGAUUGUCCCUUGCCAUCUCUUGCUUUUUCCCUUCUUUGAUGUGAUAAACAAGGGGACGAGACGAGUUGUCUUUUCCCCAGCCCAGCAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1293.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 582.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((((..((((((((((....))))))))))...))))))).......((((.((...((((.....((((((((((((((.((.((.(((.(((((.....(((((((((.((((....((((.....((((....))))...)))).....)))).))))).))))))))).)))((((((((.((((.(((..(.((((.((((((.......(((((.......))))).....((((........))))..((((((((((....))..))))))))..)))))).((((((((((((....((((((((((((.....(((((((((((((.......((((((((..(((..((((........))))((((.((((((.(((((.((..((((........)))).))))))).)))).)).)))).)))))))))))......)))))(((((.((((.(...((((((...((.((((((....)))))).))...((.(((.(((((...((((((((((((((((((.(.....).))))).))).))).))).))))...))))))))))))))))...))))))))))((((.((((((((.(((...))).))....)))))).))))...((((...(.(((((.....(((((.(((.......(.((((((.(((......((((((((.....))))).)))..................))).)))))).).......))))))))...))))).)...))))))))))))))))))).)))))...)))))))))).))..(((((((.((((((((.......))))))..))..)))))))....)))))..))).)))).))))))))(((((((((((((((((....)))...)))))))...))))))).....((((((((((((..((...((..(((((((((..((((((((..((((....))))...(((((((((((.((((((((..(..(((((((((((.(((((((((((..((((((.(((((..((..((((......))))..))..))))).))))))..)))).))))))).).)))))...(((.....))).....((.((.((((((..(((.(((((.(((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.(((...(((((((((((.(((((((((........)).))))......)))))))))..((((.....))))........)))))))).))))))))))))))))...))))..((((.(((((...(((((((((......)))))...))))..))))).)))).....((((.((..(((..((((....))))..)))..))))))(((((.((((.(((....(((.(((((..((((....))))))))))))...))))))).)))))....((.(((..(((.((((((.((...)))))))).)))..))).))(((((((........)))))))..))))))))))))))))).)))))...((((((.........))))))..)))..)))))))).))...(((((((((((((((.(((((((.((((((.((((..(((...))).)))).))))))(((.((.((((((..(((....))))))))).)).)))........)))))))...)))))).(((((((...(((((((((.((((((((((((((..((((.......((.((((((..((((..((((((((((.(((((((((((.(((.((((((((((.((((((((...)))))).)).)))(((((.((((((((((((((....((((..((((((((.........(((....)))...((.((.(((.....))).)).))...((((((.((((((.((..((((.((((((((((((((.((..(((((....((((.((.((((((((........))))).)))))((((...))))..(((((...)))))((....)).....(((((....))))).))))..))).)).)).))))).))))))))).)))))).))))..)))).))))...)).))))))))))))))))).))))))).....)))))(((......)))....)))))))))).))..))))).)))).)........)))))))))..))))...))).))))))))))))))(((((((.....)))))))......((..((((((((.((((((((((((...((((((..(((((.....)))))..).).)))).......(((((.(.((..((((((..(((((((.((....)).))))))).)))))))).).)))))))))))))..(((((((.((...((.....))...))..)))))))............)))).))))))))..))))))).)))).)))).)))))...)))))))))))))))).((((((....)))))))))))..)))))))))))))))))))).))))))))..))).))))))..)))).))))))))))))....(((((((........)))))))..)).))...))))).)))))))))........(((.....))).(((((.(((((.....))))).))))))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.(((.((((..((((((((((....))))))))))...))))))).}.....((((.{(,.,{(({...,.((((((((((((((,((.((,(((,(((((.....(((((((((.((((..{{(((,..}}}||,,,...|||,...))),.....)))).))))).))))))))),|||((((((((.((((.(((..(.((((,,{((((..{,{,.(((((.......))))),,,..((((........))))..((((((((((....))..))))))))..))))}|.((((((((((((....((((((((((((.....((((((((((({{...,{,{({{{((((,.{((,{((({,{....{,}}}|((({,(({(((.{{(((.((,,((((,,,,,..,}|||.|||||||,|}||,||,}||}|||||}}|}||}.,,.,,}}}},,{{{,.{{{,.(,{,{{((({|,.{..{{(({{..,,)))})),,,,,,((,(({.(((((,..(((({(((((((((((((.(.....).))))).))).))).)}|||||,..,)))))))),},))))),.,}))))))),|((((.(((((({{{(((.{,}},.))}}}})))))).))))}..{{{{.,,|,||{||,,}..,{|||}||{,.},,,,|}|{{|||.,||}},.},||{|||{|,,,..}))))})))}}},.,},.}},,.....||,.}}))}}||||....{|,||}}},...))})).,,,,))))))))))))))))))).)))))...)))))))))).))..(((((((.((((((((.......))))))..))..)))))))....)))))..))).)))).))))))))(((((((((((((({(({...})),..)))))))}..,)))))).,,,,((((((((((((..((...((..(((((((((.,(((((((((.((((....)))).)}((((((((((,{((((((((..,..(((((((((((.(((((((((((..((((((.(((((..((..((((......))))..))..))))).))))))..)))).))))))).).))))),.,{{|...,.}}}.,,,,(({((,((((((..(((.(((((.(((((((({{((((((((((({{((((((((.(((((((.(((...(((((((((((.(((((((((........))}))))......)))))))))..((((.....))))........)))))))).))))))))))))))))))}{{{...((((.(((((.,.{({{(((((......)))))...})))..))))).))))...}}|.({((((((((.((((,...,||,....,|||||{|||(((((.(((,,(((....(({{(((((..((((....))))))))))))...))))))).))))).}.}}}},||,,(((.((((((.((...)))))))).))).}))).))))}||||..{{{{{.,,,,))))}))))))))))))))))).)))))...((((((.........))))))..)))..))))))}),}},}}|((((((((((((((,(((((((.(((,(({((((({(((...))).,)))}))))})(((.((.((((((..(((....))))))))).)).)))....}}}.))))))).,.)))))).(((((((...(((((((((.((((((((((((((..((({......,{(.((((((..(,{({{((((((((((.(((((((((({.(((.((((((((((.((((((((...)))))).)).)))(((((.((((((((((((((....{{{,..((((((((.......{,{((....))}...((.((.(((.....))).)).))...((((((.({((((.((.,((((.((((((((({((((.((,{.((((....{((,.{(.((((((((.,....,.))))).)))}}||{|.,,)))),}(((({...})))){(..,,||.....((({{...,))))),)})}..}}}.}}.)).))))}.))))))))).)))))}.))))..)})).))))...))}}))))))))})))))))}})))))).....)))))(((......)))....)))))))))).)}.,))))).)))).,........))))))))).}))))}..)))},))}})))))))))(((((((.....)))))))......((..((((((((.(((((((((((({..,,((,{,,(((({,{{{,|}}}},,|{,{|}||.{,,,..(((((.{.((..((((((..(((((((.((....)).))))))).)))))))).).))))),}))}})),}|||{|||}.....||,,,.,.),,,}},.,)))))}.....}}}},..,))).))))))))..))))))).)))).)))).)))))...)))))))))))))))}.((((((....))))))}))))..,))))))))))))))))))).)))))))),,))).))))))..)))).))))))))))))....(((((((........)))))))..,}.},}},)))),.)})))))))},}...,,|{{.....}},.(((((.(((((,...,))))).))))),})))),)}}}.
Back