Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321809.2
Sequence Length
2169 nt
GC Content
0.4587
GUUGCUUUGCGGCGUUUUCCGCGGGGAAACUGUGUAAAGGGUGGGGAAACUUGAAAGUUGGAUGCUGCAGACCCGGCAUGGGUAGCAAGAAACUAAAACGAGUGGGUUUAUCACAAGAGCUGUGUGACCGUCUGAGUAGACAUCAGAUCCUUACCUGUCAGGACUUUUUAUGUCUUUCCCCACUGGAGCUUAUGAAGGUGACUGGUCUGAGUUAUCGAGGUGUCCAUGAACUUCUAUGUAUGGUCAGCAGGGCCUGUGCCCCAAAGAUGCAAACGGCUUAUGGGAUAAAAGCACAAAGGUCUGCUGAUUUCUCACCAGCAUUCUUAUCUACUACCCUUUCUGCUUUGGACGAAGCCCUGCAUGGUGGUGUGGCUUGUGGAUCCCUCACAGAGAUUACAGGUCCACCAGGUUGUGGAAAAACUCAGUUUUGUAUAAUGAUGAGCAUUUUGGCUACAUUACCCACCAACAUGGGAGGAUUAGAAGGAGCUGUGGUGUACAUUGACACAGAGUCUGCAUUUAGUGCUGAAAGACUGGUUGAAAUAGCAGAAUCCCGUUUUCCCAGAUAUUUUAACACUGAAGAAAAGUUACUUUUGACAAGUAGUAAAGUUCAUCUUUAUCGGGAACUCACCUGUGAUGAAGUUCUACAAAGGAUUGAAUCUUUGGAAGAAGAAAUUAUCUCAAAAGGAAUUAAACUUGUGAUUCUUGACUCUGUUGCUUCUGUGGUCAGAAAGGAGUUUGAUGCACAACUUCAAGGCAAUCUCAAAGAAAGAAACAAGUUCUUGGCAAGAGAGGCAUCCUCCUUGAAGUAUUUGGCUGAGGAGUUUUCAAUCCCAGUUAUCUUGACGAAUCAGAUUACAACCCAUCUGAGUGGAGCCCUGGCUUCUCAGGCAGACCUGGUGUCUCCAGCUGAUGAUUUGUCCCUGUCUGAAGGCACUUCUGGAUCCAGCUGUGUGAUAGCCGCACUAGGAAAUACCUGGAGUCACAGUGUGAAUACCCGGCUGAUCCUCCAGUACCUUGAUUCAGAGAGAAGACAGAUUCUUAUUGCCAAGUCCCCUCUGGCUCCCUUCACCUCAUUUGUCUACACCAUCAAGGAGGAAGGCCUGGUUCUUCAAGGCCUUUGACUGAUUGGACAAGGCCCACCCACGUUGCGGAAGUUGUUAGAACUGUGGCCAGAGUCAGCCCCAGGUCAGAAUGCUGGUCAGCAGCAGACUCACAUCCCAGCCCUACCUUCCUGAUACCUGAUGUGGUGCUCAGAAAAACAAGGAAUCCCAGGCUGUUACCCAGUGUCUCCAUGUGCCCUCCACAGAUGCACUCAACUGUCCUCUCUUCUGCUCUUCCUCCUACAAACUGGGCAACUGGAAUCAGAACAGAGACUUUGGAUGAGCAUCCAGUGUAACCCAGCCUAGUUUUUCACCACGACUUCCAGAUCUACAUUUAACAUCCGACAGCAACUAUAAUUCUACUUUCUGAACCUCCAGGGAAGUUGCUUCCUUGUCCCUUUCAGCAAAGGAUGUCAUGGUUUUACAAUGUCUCCAGUGAAAAAGUUCUUCUUCUCUACAUCUUCCUCCCACUCCUACAACCCUUGAUCCCCACGUGAGAUCUCAUUUCCUCCAGCUGGGUCUUCUGCAGAGUGAUUAGAGCUUCUGCCCUCCUUGCAGCAUCUCUAUUGUAAAAGGAUUGCUGAAGCUUAUUAAGCCUUGCAGCUCCUAGGAGGAAAGGUACCAUAUAGAAAUAAAACAAAUCAACAAAUUAGUGUGUUUUGUAGAAGUUGAAUAGGACUCCACCUAUCUGCAUGAGUGUGCACACUGUGCAGUCGCACAGGCAGUCUCAAAUGGGAAUUUGGAAAAAGCUAAGCUUUUUCACUUGAGAAAGGUUUACAUAUUCUUUGCACCUGGGCACACACAGCACAGGCUGUUCUCAGGACUCCCACCAGAUUAGGCCUGGGACAUGACAGAGCCUGUCAGGUCCACGUUUGCUUUCCAGUCUCCUUGCUUCCAGUCUAGCUGUGGCCUGACUCCAAGUCCAGUGUAAGAUUUUUUUUUUUCAGCAAUAAGGAAUCGGUUCAUUCACCUGUACGAAAACCAGUGGGAGGAUCAUGCAUAAGGCUCAUAUCCUUGCUGUGAAUUUCAAAGGACUGGCUAAGUAAAUAAAAUUAUCAUGCCAACCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-645.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -687.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((..(((((((...)))))))..)))))))(((((((...(((((..((((((((.(((..((((.....)))).)))............(((.((((.......((((((((.((((..((((....)))).(((((((.((((((.(((((((.......))))((((.....))))....)))))))))..)))))))......(((((........))))).......((((((((((.((((((((((((((.((....)).))).))))......))))..)))))))))))))..))))))))..)))).......)))).))).(((((....)))))((.....))(((((.((((((((.(((.((...)).))))))))))))))))(((((((((((((((.((..........((((((((......))).)))))..........((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.(((((((.(((((..((((..((((..(........)..))))))))...))))).))))))).........((((((....((((..((.((((((.....((((......)))).)))))).))))))...((((....(((((....)))))....))))))))))((((((......))))))(((((.(((..(((.((.((((((.(.....((((.....((((((((...((((((((.....(((((.....))))).....)))((((.((((((((((....((((.((((((((.........((((....(((.((...((((((........)))))))).)))..)))))))))))).))))..((((((...(((.(((.((((((((.((.((((((((.(((...(((((.(((((((((.....))))(((((.....)))))..((((...)))).....))))))))))...))).)))....))))).))..))))))))......((((((....)).))))..........))).)))...))))))))))))))))..))))..........((((((...(.....)...)))))).......))))).))))))))..))))).)))))).))..)))..))))))))..((((....))))))))))))......(((((........((((((((......)))).))))........((....)).))))).......)))))...))))))...))))))..(((......))).))).))))))....))))))))....(((((..((((((.(((...((((...))))..)))...))))))....))))).)))))))))..)))))))).................))))))))(((((((..........((((((......)))))))))))))....((((((.....(((((((((((....((...((....((((.((((((((((((...(((.((((.((.....(((((..............(((((......).))))...((((((((...((((....((((((.((.....(((((((.((..(((((...(((.......)))..)))))..)).))))))).....)).))))))..))))))))))))...................(((((.((((......)).)).)))))....((.((.((((......)))))).)).((((..(((...((((((....)))))))))..))))..))))))).))))..)))...)))))))))))).))))...))..)))))))))))))....))).))).(((((....)))))..)))))..)))))))......(((.((((((.((((((...)))))).))))..((((((((.(((((((..(((.(((((((..((.((((((((((((...))))..(((((.((((((((............))))))))(((((.(((((..((......))..))))).))))).))))).)))).))))..)).)))).)))...))).)))))))..))))))))........)).))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,.((((((((.,,,,,||}}}))),)))..|,.|{((((((((((.....,...((((((((.(((..((((,...,)))).))}.,...,......(({.((((.......((((((((.((((..((((....)))).(((((((.((((((.(((((((.......))))|(((.....)))}....}))))))))..)))))))..,,,.(((((........))))).,,,...{((((((((({(((((((((((,{{..(,...,.,))).))))......))))}.,)))))))))))}..))))))))..)))).......)))).})).{{{{{,,..}}})){|,,,..}}{((((.((((((({{(((.({...}).)))))))))))))))|(((((((((((((((.{(.,{{({,...{(({((((......))).))))}.....,,,..,(((((((.{((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.(((((((.(((((..((((..((((..(,.......,}}))))))))...))))).))))))).....,{{,(({{{{,..,|{|{{,{{,{{{{{(|||,,((((......)))}.}})))},||||,|,{{({{{....|||||,..})))},..,,})}}||.|||,{{|{,..,,,.})}||||{(((.(((..(((.((.((((({.,..,.{((((.....((((((((...((((((((.....(((((.....))))).....)))((((.((((((((((.,....(({(((,(((,.......}}|}}|}}}...,{(({{,((((((........)))))||,{||{{{,,||||}||}}|{|||,.{(((.,...}}}|.{((.((((((((.((.((((((((.(((...((((,{(((((.(((.,...((({(({((.....})}},..}|.,})})))..))).))))))))))...))).)))....))))).))..)))))))).,,,.,|||{||....,..}))),,,,,.......}})))}}.,,,,,.))))))))))..)))},,,...,,..(((({{,{.(|....)}.))))))).......))))).))))))))..))))).)))))).))..)))..)))))))},,|(((....)))}))))))))......(((((.....{({((({((((......)))).)))).......,||},..,..))))).......)))))...))))))...))))))..,,,,.....,)).))).)))))).}}.))))}})),,,.(((((..((((((.(((...((({...})))..)))...))))))....))))).}})))))))..)))))))),...,............)))))))){((((((..........((((((......)))))))))))))))))}|.}}}}}}{{(({{(((((((...((({{{(,...,{{,,.{{{(({,{{{,,...,||..,,.{{{..((((((((((........,,,,{{{,((((..((((({,,,.((((((((...((((....((((((.((.....(((((((.((..(((((,,,({{......,)))..)))))..)).))))))).....)).))))))..)))))))))))),,............,,,,,(((,{.,,{{,.....,},)),)))))....,,.{.{((((......)))))}{(({(....}}}}}..((((((....))))))}.,))))))..)))).,,..}|{{{{|{{..,)))))))),}|.}}}}|}|}}...,.,,,}}}||(((,,(((((....(((((....)))))..|||{{...,}}|}},|..,{((({(({{{{.,{{|||.},))||||{|}||,{({{,(({,..,(({,....,|}|,,||||,.}))|)})))}})}|.....)))))))))}}((((((({.{{......,,.))))))))((((..(((,.......)}}})))}))))))))),,})),,}}))))}.)))})))})))).}},...},.{||,.{||{...||||,.....,})}...)))).)))..
Back