Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321810.2
Sequence Length
2174 nt
GC Content
0.4361
GUUGCUUUGCGGCGUUUUCCGCGGGGAAACUGUGUAAAGGGUGGGGAAACUUGAAAGUUGGAUGCUGCAGACCCGGCAUGGGUAGCAAGAAACUAAAACGAGUGGGUUUAUCACAAGAGCUGUGUGACCGUCUGAGUAGACAUCAGAUCCUUACCUGUCAGGACUUUUUAUGUCUUUCCCCACUGGAGCUUAUGAAGGUGACUGGUCUGAGUUAUCGAGGUGUCCAUGAACUUCUAUGUAUGGUCAGCAGGGCCUGUGCCCCAAAGAUGCAAACGGCUUAUGGGAUAAAAGCACAAAGGUCUGCUGAUUUCUCACCAGCAUUCUUAUCUACUACCCUUUCUGCUUUGGACGAAGCCCUGCAUGGUGGUGUGGCUUGUGGAUCCCUCACAGAGAUUACAGGUCCACCAGGUUGUGGAAAAACUCAGUUUUGUAUAAUGAUGAGCAUUUUGGCUACAUUACCCACCAACAUGGGAGGAUUAGAAGGAGCUGUGGUGUACAUUGACACAGAGUCUGCAUUUAGUGCUGAAAGACUGGUUGAAAUAGCAGAAUCCCGUUUUCCCAGAUAUUUUAACACUGAAGAAAAGUUACUUUUGACAAGUAGUAAAGUUCAUCUUUAUCGGGAACUCACCUGUGAUGAAGUUCUACAAAGGAUUGAAUCUUUGGAAGAAGAAAUUAUCUCAAAAGGAAUUAAACUUGUGAUUCUUGACUCUGUUGCUUCUGUGGUCAGAAAGGAGUUUGAUGCACAACUUCAAGGCAAUCUCAAAGAAAGAAACAAGUUCUUGGCAAGAGAGGCAUCCUCCUUGAAGUAUUUGGCUGAGGAGUUUUCAAUCCCAGUUAUCUUGACGAAUCAGAUUACAACCCAUCUGAGUGGAGCCCUGGCUUCUCAGGCAGACCUGGUGUCUCCAGCUGAUGAUUUGUCCCUGUCUGAAGGCACUUCUGGAUCCAGCUGUGUGAUAGCCGCACUAGGAAAUACCUGGAGUCACAGUGUGAAUACCCGGCUGAUCCUCCAGUACCUUGAUUCAGAGAGAAGACAGAUUCUUAUUGCCAAGUCCCCUCUGGCUCCCUUCACCUCAUUUGUCUACACCAUCAAGGAGGAAGGCCUGGUUCUUCAAGGCCUUUGACUGAUUGGACAAGGCCCACCCACGUUGCGGAAGGUAAUUUGAUUACUCAAAGUCUACUGAUGGAAAUGUUAAUGUCAUCUAAAGAAUACCUUCACAGCAACACCUAGCCUAAUAUUUGACGAGAUAUCCGGGUACUAUGACCUAGGCAAGUCAACACAUAACAUUACCCAUCAUGCUUUUCAUCUGGUCAGCAGUGCUCGUAUAAAUCUCCUGAAACAUUGCUCUCACCACAAUGCUUCCCUGCUCCAAAACCUAAACACCCAUAUGCCUGACAUGCAAUAGGGACAGGUACAUAUUUGUUGAGUGAAUAAAUAAUGAGGAGCCUUUGGGAUGGGCUACACUCUGCUCAAUGCAGCAAACCAUUUUGAGGGCCUAAUGUCUGGAGCUGAGGAUAUGACUAUCAAAGCUGCCCUUACGUGUUCCUCUCCUCUCCCUCUAGUGUCUCAAGGCCAGAGUCCGAACCUCAGACAUCUCUAAUCCCCCAUAGUACCCAAUGGAGUGCCUUAUAUGGAUUAGGCCCUCAAUCACUUGUGGGUUAAUUUUAUUCUCUUUAUUGAUCCCUAUAUCAAAUUUACCUGAAAUAUUAUAGGUUUUUAGGGCGUCACUUAUGAAAUCAUAAACUGUAGUGCCAAAUCUGCUUCCACUUUUGUUUUUAAGGCACACAUGCAAAGAGCUAUUUCCACAAUCAGGAAGGGUGGAAAUAGCUCAGAACACUGACAGUGGUCUGUAGGGAUGGGUGGCUUCUAUGGGAUUUUUUAUACUUUUCUGUGUCUUCCAAAUUGUCCUCUGUGACCACGUGUUGCUUUUACAACCAUAAAACAUGUUAUCUGUUUUUUUCAUUUAUCUUUUCGAUUUGGGGGUCUGUUCUCAGCUCUUUUUUGGGGUCCCCAUCAUGCCUCCUGGCUUCCUUUUGAAAAUAAGGCAACCCGAGACUUCCUUGUAAAAGUCUGUGAGGUCAUAAAAGGCCAAGUUAACUGCAAAUGGUUGUUCUGUUUUAAUUCUGUUGAAGUGUCAGGUAACAUGGACUUAUAAUAAAAGCACUUGGGGAGUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-621.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -662.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((......)))))))).)))((((....(((((((...(((((..((((...((((....((((.....))))))))...))))....))))).((((...((((.....)))).))))((((((.......))))))((((.((.((((((((.......)))..........((((((...((.((.(((((((((((...(((((((((.((((..((......)))))).).(((((((.(((.((((((((.((....)).))).))))...((((((.(((((..(((((.........)))))..............))))).))))))).)))..))))))).((((((.((((((((((.(((.((...)).))))))))).))))...((((((.((((......)))).))))))(((((((......))).))))..)))))).....((((((((((.(((..(((((...........)))))..)))...(((((((.(((((..((((..((((..(........)..))))))))...))))).))))))).......(((((.....)))))((((((.....))))))((((...(((((((((((..((((((.....((((....(((((....)))))....)))).....)))))).....((((..((..((((((.....(((((....))))).)))))).))..))))(((((((((...((((.....(((((.....))))).....))))........))))))))).((((.((((((((.........((((....(((.((...((((((........)))))))).)))..)))))))))))).))))((.(((((.((((((((..(((((((.(((......))).))....))))))))))(((((.....)))))..))).))))).)).))))))).))))...)))).))))))))))...)))))))))))).(((((......)))))...))).)))))).)).)))))).....((((.((((..........))))))))(((((((((....)).)))))))...))))).))..)))))))))))..(((((((((((((.(((((....))))).(((...(((((..((....)).)))))...))).))))))).).)))))....(((..(((.(((.(.(((((((.((((((((.(((((.(((((.(.....................).))))).......)))))..)))))))).)))..)))).).))).)))))).....))))..(((((((((((...............((((.((((((((((.(((((((((((((.((.((((((((.....))))))))..(((((((((.......))))).).)))((((......))))((((((((((.((((((.......(((((((((((((.((((((..(((((((((.....................((((.(.(((....))))))))......((((((((....(((((((......((((((...)).)))).......)))))))((((.(((....))).))))..................(((((((((..........(((((........)))))...))))).)))).(((((....)))))..(((.(((((......((..........))......))))))))......(((((((((((((...........)))))))))))))....((((...))))))))).)))...)))))))))..))))........((((......))))(((((((((((......((((..(((((((................)))))))............)))).........))))))))))))))))))))))))))......)))))).))....(((....)))..((((........))))....(..((((((........))))))..).((((......))))..((.....)))))))))))))))))).....)))))))..))))))))))..))))............))))...)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{,((((((({.{,{{{||,,,)))}))),{||},,}|(((((({{.{((({,{((,,(({,(((((,,((((.....||||,}}}.,..,||,,..||||}{(((....,,,({{{{{||,|{||,,((((,,..}}}}.|||||{(.({{(({.{{{((((.......))))|{{{,,,..||||,...}||}||}||..||}}}||,.,,{,(((((........))))).,,,...{(((((((((((((((((((((,{{..(,...,.,))).))))......))))}.|))))))))))),..})))))))..}}}}.......}})),}}}|||||||,,.,,.))||}}}..},(((((.((((((({{(((.({...}).)))))))))))))))){(((((({{,{{{(,{.|||||.,.{,,{(((((((......))).))))}{{{|||,...}))|,||{|||{,,{|||{||{{{|{,.,....,}|(((((((,...(((((((.(((((..((((..((((..(,.......,}}))))))))...))))).))))))).....,{(((({.,,,.,}|||||{{{{{{{{{|||||,{(((...,..}}||.|||}}},||||.|.,{({{{....|||||,..,))}},..,.}))},...{(((((({......})))))}}))}}}})}.,|||{(({{{{||}|,,||||||||}.,|||||{{{{{{((,..((((.....(((((.....))))).....)))),},..,,.})))))))).,,(({(((,((({.......||||||}}}.{{{{{{.,,((((((........}}}}|||,{||{{,,,||}}}}}}}|{||},.{{((.,,..})}},{({.((((((((.((.((((((((.(((...(((({{(((((.({(.,...||{{(({((.....))}}}.,}},,})}))),.}}),))))))))))...))).)))...,))))).))..)))))))).}},..||||||,,.|,..,)))}}},,}},{{{|.,{(({{{{....{{||||,,,|((((((({{....}).})))))))..))))))))})))|||||||||..((((({(((((((.(((((....))))}.(((...(((((..{{....}).)))))...))).))))))).}.)))))....{{{,,,,,.{((.{.((((({(.((((((((.(((((.{((,(,{.......................})))}......,)))))..)))))))).}},.,)))).}.)},,||||},.....,,)),,|{|||{{,(({,,...,,,,.....,(({(.(((({{{{{{,|{{{{|||{{|||,,{,((((((((.....))))))))..|{|||||{{..,,,.,))))).,.,}|(((.....)))),,,,{{{{{{(({((((((,{,,,,,(((({{(((((((,({{{.,,.{{{,{{,,,...,|}||||}},..}}}.,.({{{.({({{...,||},}|}}...|,.,,,}}))),,..,{{{{{{.,,{{{((((((...)).))))....,,,)))))))||||,|||....}}),)))}..................{{(((((((,.........{((((,,......})))},,,))))}.}}},.(((((....)))))..(((.(((((......((..........))......)))))})}.,....(((((((((((((..{.....,..))))))))))))),||.{{{{...})}),}})}})))}}|}))})))},..||||||,.....,,{,...,,})))},.|||||||{|}}},.},||}}}}}|,|{{|,.,,,,}}}}}..{{((((.|....,)))))}..,,,...,,,....,)))})))))))))))}}}))))))).,,,,}))})))})),,..(((....)))..((((........)))),,,{{{,((((((........}}||||,||.((((......))))..,...,,,,,}}}})))))}}})))}....,}}}))))..)})}))))}}.,)))),,}}.......,))}}..,)))}})}...
Back