Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321814.2
Sequence Length
3249 nt
GC Content
0.4223
GUUGCUUUGCGGCGUUUUCCGCGGGGAAACUGUGUAAAGGGUGGGGAAACUUGAAAGUUGGAUGCUGCAGACCCGGCAUGGGUAGCAAGAAACUAAAACGAGUGGGUUUAUCACAAGAGCUGUGUGACCGUCUGAGUAGACAUCAGAUCCUUACCUGUCAGGACUUUUUAUGUCUUUCCCCACUGGAGCUUAUGAAGGUGACUGGUCUGAGUUAUCGAGGUGUCCAUGAACUUCUAUGUAUGGUCAGCAGGGCCUGUGCCCCAAAGAUGCAAACGGCUUAUGGGAUAAAAGCACAAAGGUCUGCUGAUUUCUCACCAGCAUUCUUAUCUACUACCCUUUCUGCUUUGGACGAAGCCCUGCAUGGUGGUGUGGCUUGUGGAUCCCUCACAGAGAUUACAGGUCCACCAGGUUGUGGAAAAACUCAGUUUUGUAUAAUGAUGAGCAUUUUGGCUACAUUACCCACCAACAUGGGAGGAUUAGAAGGAGCUGUGGUGUACAUUGACACAGAGUCUGCAUUUAGUGCUGAAAGACUGGUUGAAAUAGCAGAAUCCCGUUUUCCCAGAUAUUUUAACACUGAAGAAAAGUUACUUUUGACAAGUAGUAAAGUUCAUCUUUAUCGGGAACUCACCUGUGAUGAAGUUCUACAAAGGAUUGAAUCUUUGGAAGAAGAAAUUAUCUCAAAAGGAAUUAAACUUGUGAUUCUUGACUCUGUUGCUUCUGUGGUCAGAAAGGAGUUUGAUGCACAACUUCAAGGCAAUCUCAAAGAAAGAAACAAGUUCUUGGCAAGAGAGGCAUCCUCCUUGAAGUAUUUGGCUGAGGAGUUUUCAAUCCCAGUUAUCUUGACGAAUCAGAUUACAACCCAUCUGAGUGGAGCCCUGGCUUCUCAGGCAGACCUGGUGUCUCCAGCUGAUGAUUUGUCCCUGUCUGAAGGCACUUCUGGAUCCAGCUGUGUGAUAGCCGCACUAGGAAAUACCUGGAGUCACAGUGUGAAUACCCGGCUGAUCCUCCAGUACCUUGAUUCAGAGAGAAGACAGAUUCUUAUUGCCAAGUCCCCUCUGGCUCCCUUCACCUCAUUUGUCUACACCAUCAAGGAGGAAGGCCUGGUUCUUCAAGGAUCUAGAGAAUUCAAAUGAUCUGCUCGAGGCAAACAUAGGAUCGUCUGAGUUCCUUGCACCCUGUUCAAGGUUCAAGAGCCUAGGACUCUACUGCAGACCACACCACAACACUGUUGGAUCAUCAGACCUCUUCUAGCUACGAAUCCUUGACAAUUGAGAUAAGGUCCACUUACAUGAACCCUGAAAGUCAUUACAUAUGACUUAUUCAGCCCUCCCUUAUUCAAUUUGAUUCACUUGCCACCUUCCCAAGAUCUUACUCUUCAUGUGGAAAUGAGAGACUUAUUUAUUGCUCAGCUUGUUCCCUCAUUUCUCUAGGUAACAUGUACUACUAGUGGGAUCAUCAAACAAUAAGUAUUUGCAAAACUGGGCUUAGCGUGGUUCUAGGUGCUGUGCAAGUAUAUAAUGACACCCCCCAACCCAAAGAAAGUCACCUGGGGAGACCUGAAACAAUUAGAGAAACACACAAGGGGACCCUAAUUGAAUGUGAAUCUCUCUAGCCAACCAAAAGAAAGAGAGGGUGGGUUUAAGGGUAGUGAGGGACACUUUGUGAAGAAAUGACAGCUUGUGAGGACUCCAAGGUUGAGUAGAAUUUCAACAAAGAGCAAAGAAUGGAAUUGGAUGGUGUGUUCGAGAGAAGGAAACAGACAUUAUUGGAAUAAAGAUUCCAUGUAGGGAAGAAGGUUGAGUUGAAGAGUAGGGCCAGAUGAUGUGAAGUUUGGAAAGAGAGGCAGGGCAUGCUUUCUUCACCCACAACUAUAAUACAUCUUUGACCAUAAAAAGUGGUUGUUAUUGCUAUCAUUUGUUUUUGUUUUCACUUUGCCCCUUCAAGUUCUUGAAAAAGAUAGUCAUAAAAGAAGAGGGUAUGCCCUCAUUCAUGGAGCACAGAGAAGGAAGCCCUCUGUGAUGUUUCCAGAUGUGUAGGUUUAGGCUCUAGACCAGUGCUGGUGCCUUCCUGGGACUGCCCAAGCCAAUCACCAGGGAGAGGCUGCAGAUCCUUUCUCUGCUCAGCUCCGUUCGGGCUCCUCUUUUCUUGAAGAUUUGACAGAUAUUGGUUAAGUUCUUCAAAUCUGACAACUGGGUUCUUUGUGGCAAAGAAUAGGUGGCUAAGGAGAACUGGCUCUAACAGGCUAAUAGCCUACCUGGCCCCUUUCCAGCAGGAGAAAUGCCAUAGUCCUUCCCAGAAGCACAUCUUAUAUGCACAGUCCUCACAGAGUGUGUCUGUGCAUCAGAAUCAAUUAAUCAUGCCUGUCAGGAGGGGGAAUGGCCCCUCUGGCUGAAACAGUGGAAGGAGCCCUCGUGAUUGAAGACCACUUUGCCUUGGAAACUCAUGCAGGUCAGAGGGGAAAGUUGAGUCUAGAUGGCAUGCGGUAUUCCUUGGGUAUGUUUUCUCAUCCCUGAAAUUUGCCCAUGUCACCCAACUAACUGCUUGUAGCAAAGCUGUAUUGUCAGUGCAAUCCUUUGGGGCCUUGUUUGGGCCUGAAGAAGCCAUUCAUUUCUUAAAGAAGAAAAAGCUGGCAAAGUGGAAUUUGUAGUAACAGCUGUUAGUAUUUAAAACUUUUGUUUCAAGAUCUUCAGGCACUUAAAAAUGACUUUAAAUGGCCACUCUGCAAGAGUCUAUCUUUUACAAGGCAGCCUGUGAGAUCUUUCUCAAAACAAGCCUCAUCUCAUCUCCUCUUUUAUUGAGAUCCCCAUUGGUCCUCUAUUUUGUAUAGAAGUGGUUCCCAAACUUUUUUGAUUUAACACCCCAUCAGUAAACAAUUUUGAAUAGGUACUCUCAAUAUACAUAUAUUUCUUUUUAUAUUAUACACAUGUAUUACUUUCCUAAUAUAUUAUGUACAUUAUAAAACAUAUACAAAAGUAAUUUUUUUAAAGGCUGAGAUAAAGAUGAAGUAAGCAAUAGUUUAAAAUGUCUUGUCAAUUAUGAUGGCUUCAUACUGUCAUUAGCUAAUAUGUCAAAAGCACAAUAAAUAUGUCAGGGGAGUUCCAUUUAUAUCAUUUGAAUGAUAUAAAUCCUUAUAUCUAGUAGUUUUCAUGGAAAUUUCUAACUGUUUUGGCUUGACUUCUUGUUACAUGCAAAUAUUUGGUCAUUGUCUUCACUUUGUAAUAUGGCCGAAGAAAACUUGUUCUAAGGGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-929.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -996.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 939.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((..(((((((...)))))))..)))))))((((((((((((((..((((...((((....((((.....))))))))...))))....))))).((((...((((.....)))).))))((((((.......))))))............((((.......))))))))))))).....((((((((((((((......)))))))(((((((((....((......))..((((((((((.((((((((((((((.((....)).))).))))......))))..))))))))))))).(((((....(((((((....((((((((((((((((....))))).((...((((((((((((..(((((((.(((...)))......((((((.((((((((((.....(.(((((((...(((((((((((......))).)))).((..(((...)))..))))))...))))))).)((((......))))...((((((((((((((.(((((..((((..((((..(........)..))))))))...))))).)))))))....(((..((((((....((((..((.((((((.....((((......)))).)))))).))))))...((((....(((((....)))))....))))))))))..))).....((((..((..((((((.....(((((....))))).)))))).))..))))(((((((((...((((.....(((((.....))))).....))))........)))))))))...((((((.(((........)))))))))..........((((((........))))))((((((.(((((((.(((((((.(((((((((((((.(((.(((.(((((..(((......)))...((((((((((.((((((........((.(((((.....))))).)))))))).((((.(((.((((..((((((.....(((......)))...((((((((.......((((((....)).))))............))))))))..........)))))).)))).)))..)))).))))))))))....))))).))).))).)))))..)).)))).)))))))))...((((.(((........))).)))))))).))).)))))))))))))....))))))).))).))))))....(((((..(((.....(((....))).......)))..)))))..............(((((((((((.....))))))..)))))..................)))))))..)))))(((((((.(((((((((...((((((((((((((.(((..................).)).))))))))).......))))).......)))))))))............(((((((((.....(.((((((.......)))))).)..)))))))))....((((...................))))..)))))))............((((((....(((((((....))).......))))....))))))))).))))..))..)))))))))))...))))))).))))))))))))))(((((((((((((..((((.((....))))))((((((......))))))...((((...((((((((((((.(((.((((((.((.(((((...(((.((((..((((((....))))))......((((..(((.((((.(((((.(((((.(((((((((((((((((((.(((((((.((.....)))))))))...))).)))).............((((((.....))))))....)))).)))))))).)))))))))))))).))).))))....((((....))))...........((((((((....))))).))).(((((((((.(((.((....))))).)).)).)))))........(((((((...))))))))))))))...))))))).)))).)))))..)))))...((((((((((........))))))))))......)))))))..))))........(((((((((((((........)))))).)))))))..((((((.(((((....((((((((.......((.(((((.((((......))))...(((((...)))))...)))))))(((((....)))))..)))))))).....))))).......(((...((((((((.(..(((...))).).)))))))).)))................))))))((((((......))))))(((((((.((((((...((((((.((((((((((((((.....(((((((((.((((.((((((((((((((...((((.(((...(.(((((((.((((......(((.(((......)))))).......))))))))))))...)))))))((((......))))((((((...)))))).))))))))(((((((((((((((((((((.((((....((((((....))))))....))))(((((.......(((.((((....)))).))).....)))))..........))))))))).))...))))))........))))..)))))).))))...)).....)))))))((.(((((((....))))...))).)).((((((.(((((..((((((..(((..((.....))..)))..((((((((((((((.........))))).((((......(((...((((.........))))...)))....))))...............(((((((...((((.((((((((......))))))))..))))...)))))))..)))))))))..........))))))..)))))..))))))..(((((....)))))....))))..)))))))))).)))))).))))))..)))))))....((((..(((.(((..((((.((..(((((.(((((((((((((((....)))))))))......................)))))).))))).))))))))))))))))...((((.....)))).......)))))).))))))))))))))..((.((..((((......))))..)).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,..(((((((,.({(((((...})))))}.,))))))}(((((((({(((((..{{((,,.{,((({..((((,...,)))),))).,.,})),,..))))).((((...((((.....)))).))))((((((.......)))))},,,........||(((.......))))))))))))}((((((((((.((((((((.((((.((((.((((((..((,,,,..({{{{{{{{.{(((((((((((({((({(((((,{{..(,...,.,))).))))....,,|||}|,|||}}|||||}}....{{{|||||{{,,,.,,,,....|||||.|||||||.,,}}}))|||||,,},(((((.((((((({{(((.({...}).)))))))))))))))),{{{||||,,{{,{.,,||}}}.,.,,,{(((((((......))).))))}{|,|}}},,,))))})}.,|||||||||||||||||{......,}{{((((((,.,.(((((((.(((((..((((..((((..(,.......,}}))))))))...))))).))))))).....{{({(({,{,,..,|||{|,{{,{{{{{(,|,,.{(((......))}}.}}))}},||||,|,{{({{{....|||||}..,)))},..,,}))}},..{(((((({......}))))))})))))))}.,,||||(((((.(({{.{(,((((((((.,,.(((((((((...((((.....(((((.....))))).....)))).,......)))))))))...{(((((.(((........))))))))},{,,{,....}|||||.........|(({(((((((.(((((((.(((((((.(((((({((((((.(((.(((.(((((,,.((.{{{,{|||.{{(,,,(((((({(((({(,{.....{((,(((((.....)))}}.,}},}))}}||{,,||{}||||}}|||,,.}}}.}}|{,,,,}}}},||,{||||{{|,,,....(((({(......,))))..{{{,..,{{,.||||,,,.....,.)))))))))}))}|,||}{{|,,..)))}))))}}....))))).))).))).)))))}..}.)))).)))))))))...((((.(({.......}))}.)))))))).))).))))))).)))),....|||{|....})}}))..))))))))})})))).)))))))..)))))).)))).))))..)))},}))).)))}..(((((((((((((.....))))))),{{((((({(((((((((({{(((,((((,.,{(({..(((({({{{.,.,,.,(((((((,,{,,,|||||}|.,||||||.{{{{{{....,({{(((((((((((((((((.{{.,.........,{(((.,,.,.......{{.(((((((((...,.(.((((((.......)))))).)..))))))))).}}.))}...,,}}}}.,.........}}.})))))))}},{((.,..,..,|{{,{,..,.{,,,|||,.,,|}}..,||,.|}}}..|||||||,.{,..,,....,..,}}}})),))))))},})))).)))))))))}},,{||}|}},..},}|},||||.||,,..}}}}}}((((((......))))))...)})))}.)))),)}}}}}}}||((.(((((........)}}})).)),.,..((((((....))))))...}))))})..)))))))),||{|||,||||(({((({.,{{..{{{||{{,,{({{{{{{((((((((((((((((....,.,|||,...........,{({{((.....)))))),{{{{.((((((.,,,.....,,,..,||,...|,...,{|||,...,})))}},)))))).})},..))))))))))))))))|.|}}.((((((((({(({{((...,}}||||}|,,,,,))))}}.},},.(((((((...)))))))..,|||||,||((((((((((.{({....)},}.)).))))))}),|})}}}},,,))))))))))},..))}}))},.,}))||||}}}}}}(((((((((((((........)))))),}))))))..((((((.(((((....((((((((......{((.(((({,((((...{{,||,,...|||||...})))).}})))))))|((((....))))}..)))))))).....))))).......{{(...((((((((.{..(((...))).).)))))))).})}................))))))((((((......))))))(((((((.((((((...((((((.((((((((((((((....,(((((((,{{((((.((((({{(((((({...(((({,({...{.(((((((.((((.....,(((.(((......)))))).}}....))))))))))),...)))}}}}((((......))))((((({...}))))).}))))))|((((,.,,,,{|(((((((((.((((....((((((....))))))....)))),{{{{.......(((.((((....)))).))).....||}}|.|,,,.....))))))))).}|,,,|......,,,,,..)))).,,))))).))))......,},.)))))))|{.{|(((((....))))}..,}}.}}.((((((.(((((..(((((({{((((.,,,..,{||..,|(((({{{..|||))}}}}}...}}}|,.,,,.,{|,......{{{...{{{{.........}))}...))}..}})))}}|.....,,,.....{((((((.,.((((.((((((((......))))))))..)))).,.)))))))..,,||,,||||,,...,,..})))))..)))))..)))))).,(((((....))))}....))))..)))))))))).)))))).))))))..)))))))...{{{.....},},..........))))))})))))){((((((((((....))))))))))}(((({.,...,..(((((((.{(({....)))}..,,,{{,{{{.((((.....))))...})}},..{((((((((...{........)....))))))))}))))))).....))))))).
Back