Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321821.2
Sequence Length
2128 nt
GC Content
0.4563
GUUGCUUUGCGGCGUUUUCCGCGGGGAAACUGUGUAAAGGGUGGGGAAACUUGAAAGUUGGAUGCUGCAGACCCGGCAUGGGUAGCAAGAAACUAAAACGAGUGGGUUUAUCACAAGAGCUGUGUGACCGUCUGAGUAGACAUCAGAUCCUUACCUGUCAGGACUUUUUAUGUCUUUCCCCACUGGAGCUUAUGAAGGUGACUGGUCUGAGUUAUCGAGGUGUCCAUGAACUUCUAUGUAUGGUCAGCAGGGCCUGUGCCCCAAAGAUGCAAACGGCUUAUGGGAUAAAAGCACAAAGGUCUGCUGAUUUCUCACCAGCAUUCUUAUCUACUACCCUUUCUGCUUUGGACGAAGCCCUGCAUGGUGGUGUGGCUUGUGGAUCCCUCACAGAGAUUACAGGUCCACCAGGUUGUGGAAAAACUCAGUUUUGUAUAAUGAUGAGCAUUUUGGCUACAUUACCCACCAACAUGGGAGGAUUAGAAGGAGCUGUGGUGUACAUUGACACAGAGUCUGCAUUUAGUGCUGAAAGACUGGUUGAAAUAGCAGAAUCCCGUUUUCCCAGAUAUUUUAACACUGAAGAAAAGUUACUUUUGACAAGUAGUAAAGUUCAUCUUUAUCGGGAACUCACCUGUGAUGAAGUUCUACAAAGGAUUGAAUCUUUGGAAGAAGAAAUUAUCUCAAAAGGAAUUAAACUUGUGAUUCUUGACUCUGUUGCUUCUGUGGUCAGAAAGGAGUUUGAUGCACAACUUCAAGGCAAUCUCAAAGAAAGAAACAAGUUCUUGGCAAGAGAGGCAUCCUCCUUGAAGUAUUUGGCUGAGGAGUUUUCAAUCCCAGUUAUCUUGACGAAUCAGAUUACAACCCAUCUGAGUGGAGCCCUGGCUUCUCAGGCAGACCUGGUGUCUCCAGCUGAUGAUUUGUCCCUGUCUGAAGGCACUUCUGGAUCCAGCUGUGUGAUAGCCGCACUAGGAAAUACCUGGAGUCACAGUGUGAAUACCCGGCUGAUCCUCCAGUACCUUGAUUCAGAGAGAAGACAGAUUCUUAUUGCCAAGUCCCCUCUGGCUCCCUUCACCUCAUUUGUCUACACCAUCAAGGAGGAAGGCCUGGUUCUUCAAGUUGUUAGAACUGUGGCCAGAGUCAGCCCCAGGUCAGAAUGCUGGUCAGCAGCAGACUCACAUCCCAGCCCUACCUUCCUGAUACCUGAUGUGGUGCUCAGAAAAACAAGGAAUCCCAGGCUGUUACCCAGUGUCUCCAUGUGCCCUCCACAGAUGCACUCAACUGUCCUCUCUUCUGCUCUUCCUCCUACAAACUGGGCAACUGGAAUCAGAACAGAGACUUUGGAUGAGCAUCCAGUGUAACCCAGCCUAGUUUUUCACCACGACUUCCAGAUCUACAUUUAACAUCCGACAGCAACUAUAAUUCUACUUUCUGAACCUCCAGGGAAGUUGCUUCCUUGUCCCUUUCAGCAAAGGAUGUCAUGGUUUUACAAUGUCUCCAGUGAAAAAGUUCUUCUUCUCUACAUCUUCCUCCCACUCCUACAACCCUUGAUCCCCACGUGAGAUCUCAUUUCCUCCAGCUGGGUCUUCUGCAGAGUGAUUAGAGCUUCUGCCCUCCUUGCAGCAUCUCUAUUGUAAAAGGAUUGCUGAAGCUUAUUAAGCCUUGCAGCUCCUAGGAGGAAAGGUACCAUAUAGAAAUAAAACAAAUCAACAAAUUAGUGUGUUUUGUAGAAGUUGAAUAGGACUCCACCUAUCUGCAUGAGUGUGCACACUGUGCAGUCGCACAGGCAGUCUCAAAUGGGAAUUUGGAAAAAGCUAAGCUUUUUCACUUGAGAAAGGUUUACAUAUUCUUUGCACCUGGGCACACACAGCACAGGCUGUUCUCAGGACUCCCACCAGAUUAGGCCUGGGACAUGACAGAGCCUGUCAGGUCCACGUUUGCUUUCCAGUCUCCUUGCUUCCAGUCUAGCUGUGGCCUGACUCCAAGUCCAGUGUAAGAUUUUUUUUUUUCAGCAAUAAGGAAUCGGUUCAUUCACCUGUACGAAAACCAGUGGGAGGAUCAUGCAUAAGGCUCAUAUCCUUGCUGUGAAUUUCAAAGGACUGGCUAAGUAAAUAAAAUUAUCAUGCCAACCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -673.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((..(((((((...)))))))..)))))))(((((((...(((((..((((((((.(((..((((.....)))).)))............(((.((((.......((((((((.((((..((((....)))).(((((((.((((((.(((((((.......))))((((.....))))....)))))))))..)))))))......(((((........))))).......((((((((((.((((((((((((((.((....)).))).))))......))))..)))))))))))))..))))))))..)))).......)))).))).(((((....)))))((.....))(((((.((((((((.(((.((...)).))))))))))))))))(((((((((((((((.((..........((((((((......))).)))))..........((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.(((((((.(((((..((((..((((..(........)..))))))))...))))).)))))))....(((..((((((....((((..((.((((((.....((((......)))).)))))).))))))...((((....(((((....)))))....))))))))))..))).....((((..((..((((((.....(((((....))))).)))))).))..))))(((((((((...((((.....(((((.....))))).....))))........)))))))))...((.((((((((.........((((....(((.((...((((((........)))))))).)))..)))))))))))).))(((((((.(......((((((((((((((.((.((((((((.(((...(((((.(((((((((.....))))(((((.....)))))..((((...)))).....))))))))))...))).)))....))))).))..))))))))......((((((....)).))))........((((.((((..........))))))))..(((((((((((..........))))))).))))...))))))))))))))....((((....))))))))))))......(((((........((((((((......)))).))))........((....)).))))).......)))))...))))))...))))))..(((......))).))).))))))....))))))))....(((((..((((((.(((...((((...))))..)))...))))))....))))).)))))))))..)))))))).................))))))))(((((((..........((((((......)))))))))))))....((((((.....(((((((((((....((...((....((((.((((((((((((...(((.((((.((.....(((((..............(((((......).))))...((((((((...((((....((((((.((.....(((((((.((..(((((...(((.......)))..)))))..)).))))))).....)).))))))..))))))))))))...................(((((.((((......)).)).)))))....((.((.((((......)))))).)).((((..(((...((((((....)))))))))..))))..))))))).))))..)))...)))))))))))).))))...))..)))))))))))))....))).))).(((((....)))))..)))))..)))))))......(((.((((((.((((((...)))))).))))..((((((((.(((((((..(((.(((((((..((.((((((((((((...))))..(((((.((((((((............))))))))(((((.(((((..((......))..))))).))))).))))).)))).))))..)).)))).)))...))).)))))))..))))))))........)).))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,.((((((((.,,,,,||}}}))),)))..|,.|{((((((((((.....,...((((((((.(((..((((,...,)))).))}.,...,......(({.((((.......((((((((.((((..((((....)))).(((((((.((((((.(((((((.......))))|(((.....)))}....}))))))))..)))))))..,,,.(((((........))))).,,,...{((((((((({(((((((((((,{{..(,...,.,))).))))......))))}.,)))))))))))}..))))))))..)))).......)))).})).{{{{{,,..}}})){|,,,..}}{((((.((((((({{(((.({...}).)))))))))))))))|(((((((((((((((.{(.,{{({,...{(({((((......))).))))}.....,,,..,(((((((.{((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.(((((((.(((((..((((..((((..(,.......,}}))))))))...))))).))))))).....,{{,(({{{{,..,|{|(,,{{,{{{{{(,,,,.{(((......))}}.}})))},||||,|,{{({{{....|||||,..,)))},..,,}))}},,,||{{{{{{......}))}}}}{((((((..{((((((,,.{{||||,.{{{{{{,|,..|,}}}|||}.,||,..{{{{.....{{{{{.....)))))}}}.,,)))}}},((((((((((.|....(({(((,(((,.......}}||||}}}..,,{((,,,((((((........)))))}|,{||{,,,,||}}}}}}}|,|||,.{(((.,...}}||.{((.((((((((.((.((((((((.(((...((((,{(((((.(((.,...((({(({((.....})}},..}|.,})})))..))).))))))))))...))).)))....))))).))..)))))))).,,...|||{||....,.,}))),,,,,.....,,}})))},...,,,.)))))))))).(((({((((((.,.....,..))))))}.)))))))))))||.{|||}},....,,||}}..,)),))))))))......(((((.....{({((({((((......)))).)))).......,||},..,..))))).......)))))...))))))...))))))..,,,,.....,)).))).)))))).}}.))))}})),,,.(((((..((((((.(((...((({...})))..)))...))))))....))))).}})))))))..)))))))),...,............)))))))){((((((..........((((((......)))))))))))))))))}|.}}}}}}{{(({{(((((((...((({{{(,...,{{,,.{{{(({,{{{,,...,||..,,.{{{..((((((((((........,,,,{{{,((((..((((({,,,.((((((((...((((....((((((.((.....(((((((.((..(((((,,,({{......,)))..)))))..)).))))))).....)).))))))..)))))))))))),,............,,,,,(((,{.,,{{,.....,},)),)))))....,,.{.{((((......)))))}{(({(....}}}}}..((((((....))))))}.,))))))..)))).,,..}|{{{{|{{..,)))))))),}|.}}}}|}|}}...,.,,,}}}||(((,,(((((....(((((....)))))..|||{{...,}}|}},|..,{((({(({{{{.,{{|||.},))||||{|}||,{({{,(({,..,(({,....,|}|,,||||,.}))|)})))}})}|.....)))))))))}}((((((({.{{......,,.))))))))((((..(((,.......)}}})))}))))))))),,})),,}}))))}.)))})))})))).}},...},.{||,.{||{...||||,.....,})}...)))).)))..
Back