Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321857.2
Sequence Length
5089 nt
GC Content
0.4643
GCGUCGCUGAGCGCAGGCCGCGGCGGCCGCGGAGUAUCCUGGAGCUGCAGACAGUGCGGGCCUGCGCCCAGUCCCGGCUGUCCUCGCCGCGACCCCUCCUCAGCCCUGGGCGCGCGCACGCUGGGGCCCCGCGGGGCUGGCCGCCUAGCGAGCCUGCCGGUCGACCCCAGCCAGCGCAGCGACGGGGCGCUGCCUGGCCCAGGCGCACACGGAAGUGCGCUUCUCUGAAGUAGCUUUGGAAAGUAGAGAAGAAAAUCCAGUUUGCUUCUUGGAGAACACUGGACAGCUGAAUAAAUGCAGUAUCUAAAUAUAAAAGAGGACUGCAAUGCCAUGGCUUUCUGUGCUAAAAUGAGGAGCUCCAAGAAGACUGAGGUGAACCUGGAGGCCCCUGAGCCAGGGGUGGAAGUGAUCUUCUAUCUGUCGGACAGGGAGCCCCUCCGGCUGGGCAGUGGAGAGUACACAGCAGAGGAACUGUGCAUCAGGGCUGCACAGGCAUGCCGUAUCUCUCCUCUUUGUCACAACCUCUUUGCCCUGUAUGACGAGAACACCAAGCUCUGGUAUGCUCCAAAUCGCACCAUCACCGUUGAUGACAAGAUGUCCCUCCGGCUCCACUACCGGAUGAGGUUCUAUUUCACCAAUUGGCAUGGAACCAACGACAAUGAGCAGUCAGUGUGGCGUCAUUCUCCAAAGAAGCAGAAAAAUGGCUACGAGAAAAAAAAGAUUCCAGAUGCAACCCCUCUCCUUGAUGCCAGCUCACUGGAGUAUCUGUUUGCUCAGGGACAGUAUGAUUUGGUGAAAUGCCUGGCUCCUAUUCGAGACCCCAAGACCGAGCAGGAUGGACAUGAUAUUGAGAACGAGUGUCUAGGGAUGGCUGUCCUGGCCAUCUCACACUAUGCCAUGAUGAAGAAGAUGCAGUUGCCAGAACUGCCCAAGGACAUCAGCUACAAGCGAUAUAUUCCAGAAACAUUGAAUAAGUCCAUCAGACAGAGGAACCUUCUCACCAGGAUGCGGAUAAAUAAUGUUUUCAAGGAUUUCCUAAAGGAAUUUAACAACAAGACCAUUUGUGACAGCAGCGUGUCCACGCAUGACCUGAAGGUGAAAUACUUGGCUACCUUGGAAACUUUGACAAAACAUUACGGUGCUGAAAUAUUUGAGACUUCCAUGUUACUGAUUUCAUCAGAAAAUGAGAUGAAUUGGUUUCAUUCGAAUGACGGUGGAAACGUUCUCUACUACGAAGUGAUGGUGACUGGGAAUCUUGGAAUCCAGUGGAGGCAUAAACCAAAUGUUGUUUCUGUUGAAAAGGAAAAAAAUAAACUGAAGCGGAAAAAACUGGAAAAUAAACACAAGAAGGAUGAGGAGAAAAACAAGAUCCGGGAAGAGUGGAACAAUUUUUCUUACUUCCCUGAAAUCACUCACAUUGUAAUAAAGGAGUCUGUGGUCAGCAUUAACAAGCAGGACAACAAGAAAAUGGAACUGAAGCUCUCUUCCCACGAGGAGGCCUUGUCCUUUGUGUCCCUGGUAGAUGGCUACUUCCGGCUCACAGCAGAUGCCCAUCAUUACCUCUGCACCGACGUGGCCCCCCCGUUGAUCGUCCACAACAUACAGAAUGGCUGUCAUGGUCCAAUCUGUACAGAAUACGCCAUCAAUAAAUUGCGGCAAGAAGGAAGCGAGGAGGGGAUGUACGUGCUGAGGUGGAGCUGCACCGACUUUGACAACAUCCUCAUGACCGUCACCUGCUUUGAGAAGUCUGAGGUGCAGGGUGCCCAGAAGCAGUUCAAGAACUUUCAGAUCGAGGUGCAGAAGGGCCGCUACAGUCUGCACGGUUCGGACCGCAGCUUCCCCAGCUUGGGAGACCUCAUGAGCCACCUCAAGAAGCAGAUCCUGCGCACGGAUAACAUCAGCUUCAUGCUAAAACGCUGCUGCCAGCCCAAGCCCCGAGAAAUCUCCAACCUGCUGGUGGCUACUAAGAAAGCCCAGGAGUGGCAGCCCGUCUACCCCAUGAGCCAGCUGAGUUUCGAUCGGAUCCUCAAGAAGGAUCUGGUGCAGGGCGAGCACCUUGGGAGAGGCACGAGAACACACAUCUAUUCUGGGACCCUGAUGGAUUACAAGGAUGACGAAGGAACUUCUGAAGAGAAGAAGAUAAAAGUGAUCCUCAAAGUCUUAGACCCCAGCCACAGGGAUAUUUCCCUGGCCUUCUUCGAGGCAGCCAGCAUGAUGAGACAGGUCUCCCACAAACACAUCGUGUACCUCUAUGGCGUCUGUGUCCGCGACGUGGAGAAUAUCAUGGUGGAAGAGUUUGUGGAAGGGGGUCCUCUGGAUCUCUUCAUGCACCGGAAAAGCGAUGUCCUUACCACACCAUGGAAAUUCAAAGUUGCCAAACAGCUGGCCAGUGCCCUGAGCUACUUGGAGGAUAAAGACCUGGUCCAUGGAAAUGUGUGUACUAAAAACCUCCUCCUGGCCCGUGAGGGCAUCGACAGUGAGUGUGGCCCAUUCAUCAAGCUCAGUGACCCCGGCAUCCCCAUUACGGUGCUGUCUAGGCAAGAAUGCAUUGAACGAAUCCCAUGGAUUGCUCCUGAGUGUGUUGAGGACUCCAAGAACCUGAGUGUGGCUGCUGACAAGUGGAGCUUUGGAACCACGCUCUGGGAAAUCUGCUACAAUGGCGAGAUCCCCUUGAAAGACAAGACGCUGAUUGAGAAAGAGAGAUUCUAUGAAAGCCGGUGCAGGCCAGUGACACCAUCAUGUAAGGAGCUGGCUGACCUCAUGACCCGCUGCAUGAACUAUGACCCCAAUCAGAGGCCUUUCUUCCGAGCCAUCAUGAGAGACAUUAAUAAGCUUGAAGAGCAGAAUCCAGAUAUUGUUUCAGAAAAAAAACCAGCAACUGAAGUGGACCCCACACAUUUUGAAAAGCGCUUCCUAAAGAGGAUCCGUGACUUGGGAGAGGGCCACUUUGGGAAGGUUGAGCUCUGCAGGUAUGACCCCGAAGGGGACAAUACAGGGGAGCAGGUGGCUGUUAAAUCUCUGAAGCCUGAGAGUGGAGGUAACCACAUAGCUGAUCUGAAAAAGGAAAUCGAGAUCUUAAGGAACCUCUAUCAUGAGAACAUUGUGAAGUACAAAGGAAUCUGCACAGAAGACGGAGGAAAUGGUAUUAAGCUCAUCAUGGAAUUUCUGCCUUCGGGAAGCCUUAAGGAAUAUCUUCCAAAGAAUAAGAACAAAAUAAACCUCAAACAGCAGCUAAAAUAUGCCGUUCAGAUUUGUAAGGGGAUGGACUAUUUGGGUUCUCGGCAAUACGUUCACCGGGACUUGGCAGCAAGAAAUGUCCUUGUUGAGAGUGAACACCAAGUGAAAAUUGGAGACUUCGGUUUAACCAAAGCAAUUGAAACCGAUAAGGAGUAUUACACCGUCAAGGAUGACCGGGACAGCCCUGUGUUUUGGUAUGCUCCAGAAUGUUUAAUGCAAUCUAAAUUUUAUAUUGCCUCUGACGUCUGGUCUUUUGGAGUCACUCUGCAUGAGCUGCUGACUUACUGUGAUUCAGAUUCUAGUCCCAUGGCUUUGUUCCUGAAAAUGAUAGGCCCAACCCAUGGCCAGAUGACAGUCACAAGACUUGUGAAUACGUUAAAAGAAGGAAAACGCCUGCCGUGCCCACCUAACUGUCCAGAUGAGGUUUAUCAACUUAUGAGGAAAUGCUGGGAAUUCCAACCAUCCAAUCGGACAAGCUUUCAGAACCUUAUUGAAGGAUUUGAAGCACUUUUAAAAUAAGAAGCAUGAAUAACAUUUAAAUUCCACAGAUUAUCAAGUCCUUCUCCUGCAACAAAUGCCCAAGUCAUUUUUUAAAAAUUUCUAAUGAAAGAAGUUUGUGUUCUGUCCAAAAAGUCACUGAACUCAUACUUCAGUACAUAUACAUGUAUAAGGCACACUGUAGUGCUUAAUAUGUGUAAGGACUUCCUCUUUAAAUUUGGUACCAGUAACUUAGUGACACAUAAUGACAACCAAAAUAUUUGAAAGCACUUAAGCACUCCUCCUUGUGGAAAGAAUAUACCACCAUUUCAUCUGGCUAGUUCACCAUCACAACUGCAUUACCAAAAGGGGAUUUUUGAAAACGAGGAGUUGACCAAAAUAAUAUCUGAAGAUGAUUGCUUUUCCCUGCUGCCAGCUGAUCUGAAAUGUUUUGCUGGCACAUUAAUCAUAGAUAAAGAAAGAUUGAUGGACUUAGCCCUCAAAUUUCAGUAUCUAUACAGUACUAGACCAUGCAUUCUUAAAAUAUUAGAUACCAGGUAGUAUAUAUUGUUUCUGUACAAAAAUGACUGUAUUCUCUCACCAGUAGGACUUAAACUUUGUUUCUCCAGUGGCUUAGCUCCUGUUCCUUUGGGUGAUCACUAGCACCCAUUUUUGAGAAAGCUGGUUCUACAUGGGGGGAUAGCUGUGGAAUAGAUAAUUUGCUGCAUGUUAAUUCUCAAGAACUAAGCCUGUGCCAGUGCUUUCCUAAGCAGUAUACCUUUAAUCAGAACUCAUUCCCAGAACCUGGAUGCUAUUACACAUGCUUUUAAGAAACGUCAAUGUAUAUCCUUUUAUAACUCUACCACUUUGGGGCAAGCUAUUCCAGCACUGGUUUUGAAUGCUGUAUGCAACCAGUCUGAAUACCACAUACGCUGCACUGUUCUUAGAGGGUUUCCAUACUUACCACCGAUCUACAAGGGUUGAUCCCUGUUUUUACCAUCAAUCAUCACCCUGUGGUGCAACACUUGAAAGACCCGGCUAGAGGCACUAUGGACUUCAGGAUCCACUAGACAGUUUUCAGUUUGCUUGGAGGUAGCUGGGUAAUCAAAAAUGUUUAGUCAUUGAUUCAAUGUGAACGAUUACGGUCUUUAUGACCAAGAGUCUGAAAAUCUUUUUGUUAUGCUGUUUAGUAUUCGUUUGAUAUUGUUACUUUUCACCUGUUGAGCCCAAAUUCAGGAUUGGUUCAGUGGCAGCAAUGAAGUUGCCAUUUAAAUUUGUUCAUAGCCUACAUCACCAAGGUCUCUGUGUCAAACCUGUGGCCACUCUAUAUGCACUUUGUUUACUCUUUAUACAAAUAAAUAUACUAAAGACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1530.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1626.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 1227.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(.((....))))))))(((((((((((((.(((((((((((.....)))((((....)))).(((.((((.......)))).))).........((((((..(((((((..((((((((.(((..(((((.((......)).)))))..)))..).)))))))..)))).))).))))))(((((((((((..(((((((......)))))))(((((......((((....)))))))))........((((...((((((((((..(((.(((.((((.......((((((.(((.........)))..)))))).......)))).)))))).............))))))))))))))(((....)))((.((((((((..(((.(((((((((....))))))))).).)).))))).)))))...)))))))))))(((((((((...(((......(((((((.......)))))))...))).))).))))))((((.((((..................))))))))......)))))))).))))))).....((((((.((..((.(((((...((((....(((((........)))))...((((((((.(((.....))).)))))))).........((((((((((((((((((..((((....(((((((....((((((...............((((((.(.((..((((((.....((.(((((((..((.(((((......))))).(((.((((....((((((((..(((.((((((((.((((............)))).))))(((((((..............)))))))(((((((((.....))))))))).......)))).............))).)))))))))))))))(((((((..(((((..(((.((.......(((((((..(..(((((((........(((((...)))))...(((((((((.....((((((((((((((.(((((..((((.........((((......))))..(((((((((....)))).))..)))..(((.((....)).))).)))))))))))))))..)))))))).(((((((((((..(((((..(((.(((..(((((((.((((.........)))))))))))..)))..)))....(((((..(((...((....(((((((.((((.((((((.(((((..(((((((((((.(((.....(((...(((.((((((((....((............))..)))))))).)))))).......((((((..(((((((((.........((.(((((((((...((((......))))..)))))).......((((.(.((......))))))).(((.(((.((........))..))).))).......))).)).....(((((((....))))))))))))))))))))))...((((.(((((((((.....((((((.(..(((((((......(((((.((((..((((..((((((((((.....(((......((((((.(((((.....)).))).))))))........(((..(((....))).))).....))))))).)).))))))))..)))).)))))((((((((.((((((...........((((.(((..(((.......)))...)))))))(((((((((((((....(((.(((...............))).)))....))).)))).....)))))))).))))...))))))))((((...)))).....(((((.((((...((((..((.(.((((((((.((((..((.(((((((((((.....(((..(((((((..((.......(((....)))..(((....)))((((........))))..))..))))))).)))......)))))...))))))))))))..((((((((.....)))))))))))))))))..))..))))(((((((....((.((((((((.....(((((...(((..(((((...(((((.((.......(((((.......)))))......)).)))))...))))))))..)))))...((((((....))))))(((((....))))).....((((((.((((((((.(((((((((((.(((((((...(((((((.(((........))).))))))).....))))))).....))))))....))))).)))...).)))).))))))...(((.........)))........(((((((...((...(((.((((..(((((((....)))...))))..))))..)))...)).....)))))))..)))))))).)).....))).)))))))).))))))))))))..).)))))))))).))))).))))((((((((((((((((((((........)))))))...((((((((.((((((((((..((((.((((..(((((((..(((((((((((((.((((...((.(((((((((((((....)))))..........)))))))).))......(((((...)))))..(((((((((........(((((((.(((((....(((((((((((((.(((.(((.(((.(((((..(............)..)))))))))))(((((........))))).((.(((......))).))(((((((((((((((.....(((......)))....)))......(((((.(((.......((((((((........((((.(((...((((...))))...........(((.((((((((((.((.(((.(..(...)..).))))).)))))))))))))..(((((.(..((((..((((...))))...)))).).))))).))).)))).......))))))))((.(..((((((((..((...(((..(((((..............)))))))).)).))))))))..).))....(((((...))))).))).)))))........))))))))).))).....)))..))))))))))))).((((.(((...))).))))....((((...)))).................))))).)))).((........)).)))........))))))))).......))))))))))))).))))(((((((..(((..((((........)).))..)))..).)))))).((((.......)))).....(((((((...(((.....))))))))))..))))))).....))))...)))).((.(((....))).))(((((((......))))))))))))))))).)))...........)))))..(((.....)))....)).)))))......)))))))))..).))))).)))))))))))))))))))).)))))))....))........((((........)))).((((....((((((...))))))...))))......(((......)))..)))..)))))......(((..(((((.........)))))..)))...((.(((((...(((.((((...(((((...(((((((((........(((((((((((....(((((......)))))...((((.........)))).........)))))))))))....(((.....)))....((((((......((((((((......))))))))((((((((.(((((..((.((((((.......))))))))...(((((((((.((((((......)))))).)))))))))(((....))).......)))))...))).........)))))..))))))..........)))))))))............((((((((...((((((...((.((.(((......((.((((.........))))))......))).))))))))))....))))))))...............))))).)))).)))...))))).))(((((((.((.(......).)).)))))))((((((((.............)))))))).........))))))))))))))))......(((((..(((.((...(((.........)))...))))))))))...((((......))))......)))))))))..........)))))))..)..)))))))...)).))))))))..)).)))))((((((........))))))......))..))))))))).....))))))...))).)))))).((.((((.((.....)).)))).))..((...(((..(((((...(((((....)))))))))).)))...))...........((((...))))..)))))).....))))))).)))))))))....((((......)))).(((((......)))))...(.(((((.((.((((((......(((.....)))))))))))))))).)....)))))).))))))).((((.(((.............)))..))))..((((.....))))........))))..)))))))..)))))))).((((.....(((((.((....((((..(((((((..((((....((((((((.((((....((((((((......))))))))..)))).))))))))........((((((((((((.(((...(..((((((.(((((.........))))).))))))..)....))).)))))).))))))..........)))).((((((..((((...))))))))))((((((((......))))))))........)))))))))))......))..)))))..)))).......))))))....(((((....(((((...........)))))...)))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((({(.(({{,{||||||||((({{(((({{{{.|{{{{|||||{.....))){{{|,,,,))}),(((.((((.,.....)))).))).........((((((..(((((((..((((((({.(((..(((((.((......)).)))))..)))..).)))))))..)))).))).))))))(((((((((((.,(((((((......))))))|((((((,,,..,{,|,,,,...}))))},.....,,((((...((((((((((..(((.(((.((((,......((((((.(((.........)))..))))))......,)))).))}))),,......,,...)))))))))))))){((,...}}}(({((((((((..({(.(((((((((....))))))))).).)}.))))).)))}}}}})))))))))))(((((((({...(((......(((((((.......))))))).,.))).))}.)))))){{{{{(((({{........,...,}}.})))))}}......}}}}}))).}}})))}.....((((((,{{..{,||{{({...{{((,,,.(((((........))))).}.((((((((.(((.....))).)))))))).........((((((((((((((((((..((((....{((((((....((((((...,,,.........((((((.(.((..((((((.....((.((((((({{(({(({((,{{{{{|,,,,.,||}|||,,},.||||||||..,{{,{(((((,,.,,,|}}.,,....,..,|||{||||(((((((....,,......,,)))))))(((((((((.....)))))))))...{{{.||||{,.,,........{{{{{{.,,.,)))))),,,,(((|{,,{(((...|||.{,....|,.(((((((..(..(((((((........(((({...}))))...(((((((((.....((((((((((((((.(((((..{(({.........,,,{,..{,{,|||{,((.,,,{{|}}..)))}}))..}},,,{||,......}}.,,,.)))))))))))))))..)))))))).((((((((({,,{(((((..,,,,(({..{(((({,,{|||,,...,||,|||}}},}})),,))},.,,,.,,.(((((..,((,,.{{....(((((((.((((.((((((((((((..(((((((((((.(((.....(((...(((.((((((((....((............))..)))))))).)))))).......(((((,.{(((((((((.........,{.(({((((((...((((......)))}..)))))).},....{(((.{.{{......},})))}{(((.(((.((........))..))).))}.}.....}},.,,.....,((((((....))))))})))))))))))))))...((((.(((((((((.....((((((.(..(((((({.....,(((((.((((..((((..((((((((((..,,.(({......((((((.(((((....,)).))).))))))........(({..{{,....})).)))..,..}),)))).)).))))))))..)))).)))))|(((((((.(((({{.{(({..,,,..,,|,|,,.}|}|,{{{.((({{{{.|({(({{,(((.{({..,}}....))).}}},.}}.,}})}))}.}}})||(((((.,{.......)..)))))))))}})))...)))))))}((({...})))....,(((((.((((...((((..((.{.((((((((.((((.,((.(((((((((((.....(((..(((((((..((.......(((....)))..(((....)))((((........))))..))..))))))).)))......)))))...))))))))))))..((((((((.....))))))))))))))))}..))..))))(((((((....((.((((((((...,,((((({{,{((,.(((((...(((((.((.......(((((....,,,))}}}......)).)))))...}))))}))..}|}}}...((((((....))))))(((((....)))))..,..((((((.(((({{((,{{{((((((((.(((((((,..(((((((,(((........))).)))))))...,.))))))).....))))))}}..|||}|,||}..}}.)))).))))))..,(|.....,}.|.|||,,.,,,..{{{{||{........|||,{{,,.,{||{((({{{.}}}}}},))),.)))),}),,...,,,,,}})))}))),.)))))))).)).....)))},))))))).))))))))))))..).))))))))))))}))).)))){((((((((((,((((((((,.....,,||}||||{{.{(((({{{.({({(((({(.,((((...)))}|((((((..(((((((((((((.((((,..((.(((((((({({((....||}},.,,...,...)))))))).)),...,{(((({...}))),}}{((((((((.,{,.,..({{((((.(((((....(((((((((((((.(((.(((.(({{(((((..(........,...)..)))))))))))(((((........))))).((.(((......))).})(((((((((((({{{..{,.{,.,,,.,.,......}}||...,.(((((.(((.......((((((((.....,,.((((.{((,,,((((...}}}).,..,,.....{((.((((((((((.((.(((.{..{...}..}.))))).)))))))))))))..(((((.(..((((,.((((...)))).,.)))).).))))).))).)))),,.....))))))))((.{..((((((((..((...{{,..(((((,,.........}}.))))),}}.)).))))))))..).))....{((({...})))}.))).)))))........))))))))).))).....)))..))))))))))))).((((.(((...))}.})))....{{{|,..,}),.................))))).)))).((........)).)}}....}}}.)))))))))......,)))))))))))))},)))(((((({..(((..((((........)).))..)))..).)))))).((((.......)))).....(((((((...{{,.....})})))))))..))))))}.....||||,..}},)}|||{|||||,},),))|||{|||.,,}},||||}}||||}}}}|||,|}|......,..,})))}}..|||,,,,,),,....)).)))))}.....,))))))))..),})))).)))))))))))))))))))).)))))))....}}.,,,|...((((........)))).{,(({{..(((((,...})))))...,)))......(((......})}..}))..})}))....,,{((..(((((,,.......)))}).,)))...((.(((((...(({.((((...(((({...(((((((((.,,,,...{||||{|||||,||.(((((......)))))..,({{,...,,....,}|,....,....}}}}}))))))....(((.....}))....{{{{{{......{(((((({......))))))}|(,(((({({({,,...{{,(((((|,....||}))}||,|.,,((((((({(.((((((......)))))).))))))))){((,...}}}.......,||||||.|}}|...,,}||}}},,..,}}}}}..........})))}}}})......}}....{{{{,{{{||..,{{{{...{{,|{.,||....}||{,{|||,........|}}})}..,.,|}}},)))}})))))}...},))))))}})............})))).)))).)))...))))).))(((((((.{(.(......).)}.)))))))((((((((.............)))))))),........))))))))))))))))......(((((..{((.((...(((.........)))...))))))))))...{{{{......))},......))))))))).......,..)))))))..)..)))))))...))})),)))})}})))))}},((((((........))))))......,}..})))))))).....)))))).}.))).)))))).,......{(({{{,,||,,.||{.,..|},..{{{|{{(||,}}}{||||....}})))})},....,...,,.{,......,,((((...))))..)))))).....))))))}.)))))))))..,{(({{......)))}.{(({{......}))))...{.((((,{((.((((((......(((.....)))))))))))))))).,....}))))).))))))).,,{{|(({..........,,,,|}..||||,.{(((.....)}}}|,......})})..))))))}..}))))))),{((,.,{{.{{((({((,{,,{(((..{{{((((,{{{{{.,..{||{||{|||||{|||,||||||,|.,,}}))))))}{{{{,,..,||||,|},|,|||}},{{||{{{{{{{{.|{{{{{(..,,,|||}{({({,.,,,....}}}}}.}}))})}}}},,,))).))}))},}}}})}....,,,,}},,}}}|{{{|{,,,.....,},)))))))|((((((((......))))))))......,,|},||||||||......,,.,)))},},))),}},,...)))))),...{{{{{,...{((((.,,.....||.}))))...}}}}}.....},.....
Back