Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321904.2
Sequence Length
4539 nt
GC Content
0.4007
AGGACCACGCUGCACAGGCCUGCGGCAGGUUCCGCUUGCCCAGAGCUUUGUGCCCAUGUGAAGGGAAAUGAGAUUUCAGGCUACAGCUGAGAGGUCGGAGGUGGAGAGAGCGCCAUGGGGGAGACUGAGCUGGUAGAAGACACUCAGGGAGUUUAACUCUCUCUGUGCCAGCAGUGGGGUGGUUGGUCUGGACAGGUUGAGGGGGCACCUGUGGGGAGGCUGUAGUCAGAGUCCAGGCAAGAGAGGCACGCAUCUACCCAGGAGCAGCAGCCGCCGUGAUUUCAGAAUCCAGCCCUUCCACAUGACUCCCAUCUAGUCAGUCACCAUUUCCUGCACAGUCUGCUUCCGAACGCUCCGGAAUUUAGUCCCUGCUGUCUAUUCCCACUGACGUGGUCCAGAGAGUUGUCAUCGAAAAUAACAAGACUAUUCUGGAUAUGAGUAACACUGAGGAAUAAGAUACUAAGCCAUUAAAGAAGGGUAUAAAAAUUAUGUCUGACACAGGAUAUGGAGAGAAAUAUGAUGAAGAUGAAAUAUGACAACAGAAUCAAGAUGAGACCCUUUUUGCUCUUCCUGCUGCAUCUGAGCCUGUGAUACGCUCCUCUGCAGAAAAUAUGGACUUGAAGGAGCAGCCAGGUAACACUAUUUCGGCUGGUCAAGAGGAUUUCCCAUCUGUCCUGCUUGAAACUGCUGCUUCUCUUCCUUCUCUGUCUCCUCUCUCAGCCGCUUCUUUCAAAGAACAUGAAUACCUUGGUAAUUUGUCAACAGUAUUACCCACUGAAGGAACACUUCAAGAAAAUGUCAGUGAAGCUUCUAAAGAGGUCUCAGAGAAGGCAAAAACUCUACUCAUAGAUAGAGAUUUAACAGAGUUUUCAGAAUUAGAAUACUCAGAAAUGGGAUCAUCGUUCAGUGUCUCUCCAAAAGCAGAAUCUGCCGUAAUAGUAGCAAAUCCUAGGGAAGAAAUAAUCGUGAAAAAUAAAGAUGAAGAAGAGAAGUUAGUUAGUAAUAACAUCCUUCAUAAUCAACAAGAGUUACCUACAGCUCUUACUAAAUUGGUUAAAGAGGAUGAAGUUGUGUCUUCAGAAAAAGCAAAAGACAGUUUUAAUGAAAAGAGAGUUGCAGUGGAAGCUCCUAUGAGGGAGGAAUAUGCAGACUUCAAACCAUUUGAGCGAGUAUGGGAAGUGAAAGAUAGUAAGGAAGAUAGUGAUAUGUUGGCUGCUGGAGGUAAAAUCGAGAGCAACUUGGAAAGUAAAGUGGAUAAAAAAUGUUUUGCAGAUAGCCUUGAGCAAACUAAUCACGAAAAAGAUAGUGAGAGUAGUAAUGAUGAUACUUCUUUCCCCAGUACGCCAGAAGGUAUAAAGGAUCGUUCAGGAGCAUAUAUCACAUGUGCUCCCUUUAACCCAGCAGCAACUGAGAGCAUUGCAACAAACAUUUUUCCUUUGUUAGGAGAUCCUACUUCAGAAAAUAAGACCGAUGAAAAAAAAAUAGAAGAAAAGAAGGCCCAAAUAGUAACAGAGAAGAAUACUAGCACCAAAACAUCAAACCCUUUUCUUGUAGCAGCACAGGAUUCUGAGACAGAUUAUGUCACAACAGAUAAUUUAACAAAGGUGACUGAGGAAGUCGUGGCAAACAUGCCUGAAGGCCUGACUCCAGAUUUAGUACAGGAAGCAUGUGAAAGUGAAUUGAAUGAAGUUACUGGUACAAAGAUUGCUUAUGAAACAAAAAUGGACUUGGUUCAAACAUCAGAAGUUAUGCAAGAGUCACUCUAUCCUGCAGCACAGCUUUGCCCAUCAUUUGAAGAGUCAGAAGCUACUCCUUCACCAGUUUUGCCUGACAUUGUUAUGGAAGCACCAUUGAAUUCUGCAGUUCCUAGUGCUGGUGCUUCCGUGAUACAGCCCAGCUCAUCACCAUUAGAAGCUUCUUCAGUUAAUUAUGAAAGCAUAAAACAUGAGCCUGAAAACCCCCCACCAUAUGAAGAGGCCAUGAGUGUAUCACUAAAAAAAGUAUCAGGAAUAAAGGAAGAAAUUAAAGAGCCUGAAAAUAUUAAUGCAGCUCUUCAAGAAACAGAAGCUCCUUAUAUAUCUAUUGCAUGUGAUUUAAUUAAAGAAACAAAGCUUUCUGCUGAACCAGCUCCGGAUUUCUCUGAUUAUUCAGAAAUGGCAAAAGUUGAACAGCCAGUGCCUGAUCAUUCUGAGCUAGUUGAAGAUUCCUCACCUGAUUCUGAACCAGUUGACUUAUUUAGUGAUGAUUCAAUACCUGACGUUCCACAAAAACAAGAUGAAACUGUGAUGCUUGUGAAAGAAAGUCUCACUGAGACUUCAUUUGAGUCAAUGAUAGAAUAUGAAAAUAAGGAAAAACUCAGUGCUUUGCCACCUGAGGGAGGAAAGCCAUAUUUGGAAUCUUUUAAGCUCAGUUUAGAUAACACAAAAGAUACCCUGUUACCUGAUGAAGUUUCAACAUUGAGCAAAAAGGAGAAAAUUCCUUUGCAGAUGGAGGAGCUCAGUACUGCAGUUUAUUCAAAUGAUGACUUAUUUAUUUCUAAGGAAGCACAGAUAAGAGAAACUGAAACGUUUUCAGAUUCAUCUCCAAUUGAAAUUAUAGAUGAGUUCCCUACAUUGAUCAGUUCUAAAACUGAUUCAUUUUCUAAAUUAGCCAGGGAAUAUACUGACCUAGAAGUAUCCCACAAAAGUGAAAUUGCUAAUGCCCCGGAUGGAGCUGGGUCAUUGCCUUGCACAGAAUUGCCCCAUGACCUUUCUUUGAAGAACAUACAACCCAAAGUUGAAGAGAAAAUCAGUUUCUCAGAUGACUUUUCUAAAAAUGGGUCUGCUACAUCAAAGGUGCUCUUAUUGCCUCCAGAUGUUUCUGCUUUGGCCACUCAAGCAGAGAUAGAGAGCAUAGUUAAACCCAAAGUUCUUGUGAAAGAAGCUGAGAAAAAACUUCCUUCCGAUACAGAAAAAGAGGACAGAUCACCAUCUGCUAUAUUUUCAGCAGAGCUGAGUAAAACUUCAGUUGUUGACCUCCUGUACUGGAGAGACAUUAAGAAGACUGGAGUGGUGUUUGGUGCCAGCCUAUUCCUGCUGCUUUCAUUGACAGUAUUCAGCAUUGUGAGCGUAACAGCCUACAUUGCCUUGGCCCUGCUCUCUGUGACCAUCAGCUUUAGGAUAUACAAGGGUGUGAUCCAAGCUAUCCAGAAAUCAGAUGAAGGCCACCCAUUCAGGGCAUAUCUGGAAUCUGAAGUUGCUAUAUCUGAGGAGUUGGUUCAGAAGUACAGUAAUUCUGCUCUUGGUCAUGUGAACUGCACGAUAAAGGAACUCAGGCGCCUCUUCUUAGUUGAUGAUUUAGUUGAUUCUCUGAAGUUUGCAGUGUUGAUGUGGGUAUUUACCUAUGUUGGUGCCUUGUUUAAUGGUCUGACACUACUGAUUUUGGCUCUCAUUUCACUCUUCAGUGUUCCUGUUAUUUAUGAACGGCAUCAGGCACAGAUAGAUCAUUAUCUAGGACUUGCAAAUAAGAAUGUUAAAGAUGCUAUGGCUAAAAUCCAAGCAAAAAUCCCUGGAUUGAAGCGCAAAGCUGAAUGAAAACGCCCAAAAUAAUUAGUAGGAGUUCAUCUUUAAAGGGGAUAUUCAUUUGAUUAUACGGGGGAGGGUCAGGGAAGAACGAACCUUGACGUUGCAGUGCAGUUUCACAGAUCGUUGUUAGAUCUUUAUUUUUAGCCAUGCACUGUUGUGAGGAAAAAUUACCUGUCUUGACUGCCAUGUGUUCAUCAUCUUAAGUAUUGUAAGCUGCUAUGUAUGGAUUUAAACCGUAAUCAUAUCUUUUUCCUAUCUAUCUGAGGCACUGGUGGAAUAAAAAACCUGUAUAUUUUACUUUGUUGCAGAUAGUCUUGCCGCAUCUUGGCAAGUUGCAGAGAUGGUGGAGCUAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCUUUUCAGUUUGUGCACUGUGUAUGGUCCGUGUAGAUUGAUGCAGAUUUUCUGAAAUGAAAUGUUUGUUUAGACGAGAUCAUACCGGUAAAGCAGGAAUGACAAAGCUUGCUUUUCUGGUAUGUUCUAGGUGUAUUGUGACUUUUACUGUUAUAUUAAUUGCCAAUAUAAGUAAAUAUAGAUUAUAUAUGUAUAGUGUUUCACAAAGCUUAGACCUUUACCUUCCAGCCACCCCACAGUGCUUGAUAUUUCAGAGUCAGUCAUUGGUUAUACAUGUGUAGUUCCAAAGCACAUAAGCUAGAAGAAGAAAUAUUUCUAGGAGCACUACCAUCUGUUUUCAACAUGAAAUGCCACACACAUAGAACUCCAACAUCAAUUUCAUUGCACAGACUGACUGUAGUUAAUUUUGUCACAGAAUCUAUGGACUGAAUCUAAUGCUUCCAAAAAUGUUGUUUGUUUGCAAAUAUCAAACAUUGUUAUGCAAGAAAUUAUUAAUUACAAAAUGAAGAUUUAUACCAUUGUGGUUUAAGCUGUACUGAACUAAAUCUGUGGAAUGCAUUGUGAACUGUAAAAGCAAAGUAUCAAUAAAGCUUAUAGACUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1194.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1286.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 1470.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..(((((((((((.(((((((...)))))))))).)).))))))...((((....(((((((((((((.(((....)))..))))))(((((((......(((.((((..((((((.(((((((((.........(((((((.......)))))))))))))).(((((((((((((...(.(((((((((((((((...(((((((.(((((...((.(((((..(((......(((..((.(((....))).))....))))))..)))))..))...))))).))))))).........((((((...((((((((((.((((........(((((.......)))))((((..((((((((((((((((((.((((...((((((((((((.................)))).))))))))....))..)).)).))))).))))....))).........))))..))))....((((((......))))))(((((((.(((((((((.(((((((((((....(((..(((((((.((....(((((.(((.(((..(((((...((((.........))))...))))).......)))...((((.(((((((((...............))))((((((((((.........))))).)))))..))))).)))).....((((((((.(.((((((((.((((.(((((...)))))((((((((....(((((((((....))).))))))......(((((((((..((((...((((..(((.(((((....))))).))).....))))....(((((........)))))........((((.(((.......))).)))).((((((((((((..(((.((((((...(((.((((((....((((..((((.(.((((((..(((((((..(((((((((.((...........((((((((..(((((((........(((((((..(((((((.(((((((......)))))))......)))))))..)))))))..(((((((.((((...(((((........)))))..))))...((((..((((.((..((((..(((..((((...........))))....)))..))))((((((.(..((((((((.(((((.((((..............(((((((((((((((....(((((((((((........)))).....(((((((((((((((...(((((((((..((((.((........))))))(((((.((((.......)))).))))).((..((.(((....))).))..))...)))))(((((((((.....)))))))))........(((......))))).)).)))))..))))))))))((((((.(((.((((((...((((..............))))...........((((((((((((.......((.(((((((((.........................)))))).))).))....(((....))).((((.....))))................(((((.((.(((((((..(((.((((....)))))))...(((((((........))).))))..(((((......(((.((((((.(((((..((...(((((....))).))...))......))))).))))))...))).....))))).((((...)))).)))).)))..)).)))))..(((((((((((((.((((..(((.((((((((.....((((((((....((((((((((((((((.........(((.(....).))))))))))))))))))))))....(((((.........((((((((.((((....(((((....)))))..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((....(((((.(...((.((((((.((............)))))))).))..........))))))...(((((.(((..(((.((((((....(((((......)))))((((...))))..........(((((....)))))...((((...(((....)))...))))........(((((((....((((((((((((..((((((.(((((((((((.(((((....))))).))))...)))..))))(((((...((..((......))..)).)))))(((..(((((((...)))))))..))))))))).)))..(((((((......((......))....(((((.(..((...))..).)))))))))))))))))))))..))))))).)))))).)))))).))))).)))).))))))).)))))))).....)))))..((((((......)))))))))))))))))))...))).))).).))..))))))))))).(((((((.((((....))))...))))))).....((((((...))))))..((((((..(((....)))..))))))(((((((....(((((((((....)))))).)))...............)))))))....((((((((...((((((((....))).....((....))...)))))...))))))))..)))))(((......)))...(((..((((....))))..))).((((.....))))..((((((.....))))))......)))))))......)))))).)))...))))))))))))).)))))))))).(((((((((((.((...)).)))))))))))....((((...(((((((..((((((..((((((.(((.((.......(((((((..............))))).)).......)).)))...))))))..)))))).......(((((((((..((.(((((......)))).).)).......))))))))))).))))))))))))))..)))))))))))))))))..).)))))).(((.((((.((......)).)))).))).....)))))).))))(((((((..(((....((((((((....)))).))))........((((..(((((((...(((..........))).)))))))..)))).(((((((((.((((((.......)))))).))..)))))))..)))..))))))).......))))))).....))))..)))..))))))))..)).))))))..)))..)))))))..))))))).))))(((((((((....)))))))))))))..))))))..)))...))))))...)))..))).)))))))))..)))).)))))))))..))))))))..))))..((((..((((((......))))).)..))))....................(((.(((((..((((((.(........).))))))..))).)).))).(((((((....(((............((((.....)))).....)))...)))))))........))))))))).))))))))((((........))))(((((((((((....(((((.......)))))........)))..))))))))...))).)))))....)))))))))))).))))).)))))).))...((((........))))...(((((.......)))))))))))).)))))))...(((((((.((((..(((((((((...........))))))))).)))).))))))).(((((((.....))))))).)))))))))))))).))))))...............)))).))))))))))).)((((.(((((((((((.(((((....(((...((((......)))))))..))))).))).))))))))))))((((((((..(....)..))))))))...((((.(.(((((((...((((((....((((((((((((((((...................))))).))))).))))))..)))))).))))))).)..))))..)))))))))))))(((((((((((((((....((.....((((...(((....)))...))))(((......))).))....)))))))).....)))))))....)).))))))..))))...)))......)))....))))....)).)))))....))))(((((....))))).((((((...))))))..((((..(((((((...............((.((((.((((((((((........)))).)))))))))).))..............)))))))..)))))))))))((((((.((.((((((.....(((....((((........))))...))).))).))).)).))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{((({..(((((((((((.(((((((...)))))))))).))}}})))),,.,|||..,||,,,{{(({(((({({{....}))}}}},||}(((((((..,.{.(((.((((..((((((.({(((((((.........,((((((,...,}}))))}))))))))).(((((((((((((...(.(((((((({((((((...(((((((.(((((...((.(((((..(((......(((..((.(((....,))})).},.))))))..)))))}.))...))))).))))))),}.,,,,,.((((((...((((((((({{((((........(((((.......))))}{(((..(((({(((((((((((((.((((.,.(((((((((((({{...........,,..}))).))))))))....))..)).)).)))))}}))),...,}}.........))))..)))}....((((((......))))))(((((((.((((((({(,((((({{{,{(,...(((.,((({((({{,.{{{(((((,{,,.{{{,,(((((...((((.,,......))))...))))).......}}|...{{{{{({(((((((,{,....,,|||,|||}||{((((((({{...,..,,,)}))},))})}..}}}|||}}}},.,,(((((((((...(((((.,.((..(((((.{{{{.......|}},......(((((((((....))).))))))...(((((.....))))).,......,,...)))))..))..)))))...))))))))).,,{{.(((((,{...,}.))))).}}}....((((.(((.......))).)))).||||,|||,|||}},,|,{{{{||,,.|{{.,{((((...}|||{.,{{{{,{.(((({(..(((((((..{{{{(((((.({........,,.{(((((((..{{{{{{,..,,,|..(((((((..(((((((.(((((((......)))))))......)))))))..)))))))..|,,,((((((,,{....,,|..}}}}}}||||,.,{{,,..{{(((((((({{(,...(((((....}))))...,.}|}},,||||..,,|,||{|}||({{{{(,(,.{{{(((((,{((({.(({,,,{{{{..,.,{||,,|(((({({(((...,(({((((({((((........}}}}..........)))))).},},}.)))))|}||..(((,.((,,......}}},))||{{{,{{{{.......)))),)))))}||,.{{||||,,..))).},..)}...}}}}.(((((((((.....)))))))))......,}}}|}}}}}}},,...}),}}}}.......|||{{{||(||{{{|||},..,},,{{((,,.......,.,...,...............,...,}|||{{,,.....,||}||}}|}}||||,({.(((((({{((((((..((.{((((((((.,(((.|{{|||.(({(.((((,,...}}||.,..|,},.....,..,..,(((((((({((({(({(,((({,...||||,,{,{|{{(((({{{{{.,..,||.||||({(((((((..{{(((.(({{,{.{|{||}}}..|}||.....}}))}.},...},......|}|}}.}})}}|.,.,,,...,,}.|||,,{{|,,.||||,||{}|||{{|,|||||||,.((({{{{{(({|{|{({(..{{{.{{{||||{.|||,|{{|||||....((((((((((((((((.........(((.{....}.))))))))))))))))))).,|...,(((((,......,.((((((((.((((....(((((....))))}..((((.((((......................))))))))((((...)))).......(((.((((.,,.{((({.,...{,.((((({,((............)))))))}.,,..........}))))}.,.{{{{{.{{{..{{{,{{{{{,....(((({.....,})))}{(((,..|)))|,,,|,,,..{((((....))))}..,((((...{{{....,)),,,||}),,,,,...(((((((....(((((((((....,..((((((...,,(((((((((,,,.{{(|,|,.|||.....))}.,}},|||{,..{(({(,{.....,,}.,}.})))),.,.,.{((((((...)))))))}.}}))))))))),.))))))..}......,{......}},.{.(((((.(,.((...)),.),)))))},,....)))))))))..))))))).}}}))}.}}}}},.,}}}}.}})),))})))).))))))))..,,,|}}||,.{(((((,....,)))))))),))))}}))))||,}}}.})).|,|},.,}}}}}}|}}}.(((((((.((((....))))...))))))).,,,.(((((,...}))))),{((((((..{{{....)))..))))))|||{{{{....,((((((((....))))))))}}...........,,..}||||,,,((((........))))}|||{(....))).....||}..})}...)))))}}}))))))}}.,|}}},|||,,....})}...}}}},||||||,,,,,}..,...{{{(.....}}}}.,{{{|{,.,|,,||||||,,,,|||||}}}......|||||,}|||||,.....|{({{((((..,,,,,,....(((((((((((,({...,}}))))))))))))))})))}}||...,}}},.|||||{|..|,}})}}|}}},,......}}}|||{|{,.{,,,{.....{|||,|||,|,,,,,||||{{......,{|||}}}((((((.....,}))))))))))},|)))))),}))}}}.,,,,.,,)))}}}..))..))))))))))))).}),,},))))))))))))))))},.).)))))).(((.((((.((......)).)))).)))..,|||{{||,|}|||{|(({{{..((({{..(((({(((....))))}})))})))}.,,((((..{{{{{((..,({{.......,.}))).}})))))..)))).{{|||{{,{.{{{{{|,,...,,)))))}.|},,||}}}},,,)}},,)))))})|||..,,,))}},,..,)}}}}}}}}),}})))))))}.,)).}))))}..)))..))))))),.))))))},)}))|{{{{((({....}))))))))))})}}))})))..))),,,)))))).})))},,))},)))))))))}.})))}}}}||}|}||,,.,,,|,|||||||||||||,||{{|{{{{|...,})))}},,{|||||,..,,,...,},..,{.{((,{((((({{((((((.{........}.)))))|{{|||{||..||,.........{.(((...((((((({..,(({,{{.(((,...,))})).,)))..))))))))..}))}){{.(((((((.........))))))).)}|||{|||,}}}}},.(((((.......))))).....,}})))}})))))),}.||}||,........,)))))))))})),),}}},)))))},}},,.{(({......,,)))}...(((((.......))))}))))))).)))))))...(((((((.{(((..(((((((((...........))))))))).)))}.))))))).(((((({.....})))))).)))))))))))))).))))))...............))}}}}}}}}}|||}|,|((((.(((((((((((.(((({....(((,,,((((......))))}))},))))).))).)))))))))))}{(((((((..{....}..)))))))).,,(({{.|.{((((((...{(((((....((((((((((({{{{{....,{{{......,}}}.))))).))))).))))))..)))))).))))))),}..))))..))))))))))))){(((((((({,,,||...}||,,||.{(((...{{{..,,)))...))}},||,,....}||{{{{{..,,,.,.)))))}}}))))))....}).))))))..))))...}))}.,.},),,....))))..,.,|{||}}|{||.||||{{,||,,,{|||||,{{{{,{{{.|||,.,..,|||,.{{|{{{{..{,{...,,..,{{{,{{((({,{{{{{||||...,,,,,))}}.}))))}},,|,|||,,,,,,..,||,.}}}}}}}..}}}},})))}|||||||.,,,||||||,..}}|||},,,||{||||||,.{{||,...||,.,}}.}},.,,.,)))))}}}.,,,....
Back