Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322112.2
Sequence Length
4241 nt
GC Content
0.4202
GUCAGAGUUCGCAACUCGAGCGCCCAGAGGGCUCGCGAAAAGUCCCAGCCUGCAAGCCAACCUCGCUCAGCGGACGACUGGCCGGAUCCCAACGCGCUGCCCCUUGCCCAGCCUGCGAGCGCGUGGUACGAAGGCGCGUCUGCAUCCAUGCCCCAGCCCGGGGAGCUGGAGGCGCUCGCAGUCAGAGGCGAGUGAUGCUAGGCUGAGCGCGUGGCGGCCCGUGUCGUGCCCCGCUGAGCCAAGUGCGGAAGGGCAGCGGCGCGCUCCGACUCUGCUCGCCGCACGCAGGGCGGGGCGCGGCUGGGGGGCGGGGGGCCUGGCCGCCCGCUGGGAGCUGCGGACGAGCAGGCGCGCUGAGGACCCGAGGGAGGACACGGUUAAAGCAUUGCUAUCAACUGUGAACCCAGAGAGCCCUCCUUAGCCAACACGCUAACUCCGAAGCCUCCCUUACGCCCCCGAACCACCGAAGGCGGCGACACCUGAUUCAGCGCACAAACACAGGUCCCUUCUGUCCCGGAUACAAUUACGCGGCAGACACACACUCAAACUCGCGCGGGGCAGCCAAGAGACGAGUGAGAGUAACACAUGCGCACUGUGGAUUCCUUUGUGAAUACAUAAAAGGAAAAGUUAAAACUCUUAUAAUUCACACUAUCCAGAGAAAAACAAUACUAUUUUGCUAUGAAGUCUUACACUCCAUAUUUCAUUCUCCUGUGGAGUGCUGUUGGGAUAGCGAAGGCUGCCAAAAUCAUCAUCGUGCCGCCAAUUAUGUUUGAAAGCCAUAUGUACAUUUUCAAGACGCUAGCCUCAGCCUUGCACGAGAGAGGCCACCAUACAGUGUUCCUCCUCUCUGAAGGCAGAGACAUCGCCCCAUCUAAUCAUUACAGCCUCCAGCGCUACCCAGGGAUCUUUAACAGUACCACCUCAGAUGCUUUCCUACAGUCCAAGAUGCGGAAUAUUUUCUCUGGGAGAUUGACAGCAAUCGAACUGUUUGACAUACUGGAUCACUAUACUAAGAACUGUGACCUGAUGGUUGGCAACCAUGCCCUGAUCCAGGGUCUGAAGAAAGAAAAAUUUGACCUGCUGCUGGUGGACCCUAAUGAUAUGUGUGGAUUUGUGAUAGCUCAUCUUUUAGGGGUUAAAUAUGCUGUAUUUUCAACUGGCCUUUGGUAUCCUGCUGAAGUGGGUGCUCCUGCUCCAUUAGCAUACGUCCCAGAGUUUAACUCACUCCUCACAGACCGCAUGAACUUGCUGCAAAGGAUGAAAAAUACCGGUGUUUACCUCAUUUCCAGAUUAGGGGUCAGCUUUCUGGUUCUUCCCAAAUAUGAAAGGAUAAUGCAGAAGUACAACCUGCUGCCAGAGAAGUCCAUGUAUGAUUUGGUUCAUGGGUCCAGCCUGUGGAUGCUGUGUACUGACGUAGCACUGGAAUUCCCAAGACCCACUCUGCCUAAUGUUGUUUAUGUAGGAGGAAUCCUAACCAAACCAGCCAGCCCACUACCAGAAGAUCUCCAAAGAUGGGUAAAUGGUGCUAAUGAACAUGGCUUUGUCUUGGUGUCUUUUGGAGCUGGUGUCAAGUAUCUGUCAGAAGACAUUGCUAACAAACUGGCAGGAGCUCUGGGGAGAUUGCCUCAAAAAGUGAUUUGGAGGUUUUCUGGACCCAAACCAAAGAAUCUAGGAAACAACACUAAACUCAUAGAAUGGUUACCACAAAAUGACCUGCUUGGGCAUUCAAAGAUUAAAGCCUUCCUGAGCCAUGGUGGUUUGAACAGUAUUUUUGAAACUAUAUAUCAUGGUGUGCCUGUAGUGGGAAUUCCACUCUUUGGAGACCAUUAUGAUACUAUGACCAGAGUACAGGCAAAAGGCAUGGGGAUAUUGCUAGAAUGGAAGACAGUUACUGAAAAAGAGCUCUAUGAAGCACUAGUGAAGGUUAUCAAUAAUCCCAGCUACCGUCAGAGGGCUCAGAAGCUUUCGGAAAUUCACAAGGAUCAACCUGGUCACCCUGUCAAUCGAACUAUCUAUUGGAUAGAUUAUAUUAUUCGUCACAAUGGAGCCCAUCACCUACGUGCCGCUGUCCAUCAGAUCUCCUUUUGUCAGUAUUUUUUACUGGAUAUUGCCUUUGUGCUUUUGCUUGGUGCUGCCUUGUUAUACUUUCUCUUGUCUUGGGUGACAAAAUUUAUCUACAGAAAAAUCAAAAGUCUGUGGUCUAGAAAUAAGCAUAGCACAGUUAAUGGACAUUACCACAAUGGAAUCCUCAAUGGCAAGUACAAAAGAAAUGGCCAUAUUAAACAUGAAAAGAAAGUGAAAUGAGCCAACAGCCCAGGUGAUAGAAAUAAAUUGGUUCACUCAUUGAAUUUUUAUUGCUAUUAUUUAGUCUAACAGCUACUAAAAGUAAAACAUCAGUAAACAAUUCUAACAUGCCCUUAUGAGAUCUACUAAUGAAAUUCUGUGGAAUUAAGAUGGCUGUAAAAAGCACAAACCUAAAAUGCAGAAAUGUAUUUUAUUCAAAUACUGAUGUAGAGAGUUUUGGCACUGAACCUUUUAGAAGCCUUAAUUAUUUAAAUCAAUUCAGUGACUGUGUCAGACCUUAGUUUUAAAUCUUGAUAUGUGCGUGUCCCGGAUCAGGAAUGGUUUCAUUUUUCUUAAUAAUGUGUGUGUGUGUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCCUAAUUAAGAGAAUUUUUACUGGCUGCUUGUUACAUUUGUUGAGGGUACAACACACUCAAGAAUAAAGUAAAAGGAUAGUCAGGAUCCAGAUGUUUCUUUUCUAGCAUUUAAUGUGUGUGAACUCAGAACACUACCAUGAAAGAACACUUCCCCCCAAAACUGGAUGCAGAGGAAGAAAAAAAAAAAAGAAAUGGCACAGUUUUUUGUAUUUUUUUUUUUAGUUAUUUUUUGUUGUUGUUGUUUGUAUUGUUUUUCUUUUCUGAUAGAGUAUGGCCACUUCUGGGGGAAAAACAUGUAAUUAAGUAAAUGUAUACAUUGGUUUUCACGUUUUACUUUUGUUUUCCCACUACCAAUAAUUUUCCUCUGGAAGAAUUUUAUAGUUUUUUCUAUUUCAUUUUAAUGAGUAACAAUAUGUUAAAUGCAUAAUUAAGACAAAGCAAUGAAAUUCUGACUUUAUUCAAAGUACUGAAGAUUAUUGCUUCUAGGGCAUUUUUAAACAGCACCAUUGUAUUGUUGAAUGUUUAUGUAACUGAUGGCUUUUCUAUAAUGUAAUUUUUGAAUGUUCAGGUGUUACAUUUCCAAAGUUUAACUUUUAAAAAACCAUCUUCUGAUCCCUUUUAUUGUCUGGGCCAUACAAUCUAUAUUACAUAGGUGCCAACAUUUAAUUCUUUUAAAUGGAACAUUUGCAGUUUUCCAUAUUGGUACCUGCUUUUUCUGGAGAGGUUUGAGAUCUUGUUAACAAAUCAGACUUUACACUAUAUACAGAUGUGACAGAUAAAUUGAACCACUUGUUUGUGAAAAUGAGUUCCUGUCAUCUUCCUCAUUCACUCAGCCCUCACCCCAGCAGCCUUUUCCGGUCAUUGUAGCUGACAUGGAGCAGUGACAGUAUUCAUUUGAGAACAGGGAUGCAAGUCACAGACAUCAUAAAAUCAGGGUCUCCCUGCUGAAGCAUUCACUAGUUGGCAACUAUGAAUUUAUUCCAUGUCAUUCUGUUUACUUAGCACUUGCACUACCCUUGUUGGUUGAGUGUAUGCUUUAUUUGUUUCUAGUUUGAAAUCCCACAUCUGAUAGCUGAGAGUAGGCAAAUACAACAUUUACCUAAUGUCAUUCACUAACAUGGAAGAGUUGUGAAAAUUCUAGAGUGCUGUAAAUCCUUGGCAUACACUAUGACAAACAACUUCAUUACUCUCCCACCAGGAGCUGCUCUCCUGCACUUAGAAAUAAUGUCACAAGUAGUUUUCUAAUGUACAAUGCAGACAAAUGUACUGCUCUCUGAAUACUUGAAGAAAUGGUAUUAUACAUACAUAGAAACUUAUUAGUUAUACCUUUUCACAAUCUUAUUACGAUGUUGCCGUUAAAAGGGAAAAAAGACACAGGCAAUGAAUGGUGGGAUAGUAAGAGGACUUAGAGUGUAUGAAUGAGUUGAUUUUACUUUUUUGGAAUUUGAUUAAGUUGACAGUAGGCACUGAUUGGAUGAUUAAACAUAAGUUAAUCUCCACUGUGAUAAAAACUUAAAUAAUAAACAUGAUUUAAAAUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1181.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1265.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 1136.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((.....((((.((....))))))))))..((((...((((((...........((((((((((((((.(((((....(((.(((((((((((((((((.(.((((((((((((((.(((......))))))).((((.(((((......))).)))))).)))))))))).).).)))))).)......)))..))))))))))))))...)))))...))))))))).((((((((.(((((((((.(((((((((.((((((.........))))))))))))))).)(((((((((((.(((...))).))))).(((((((.((((..(((..(...((((((((.((...((.(..(((((((..(((...)))...)))))))..)))...).)...))))))))...)..)))...)))).)).)))))...((((((((......))..)).))))....((((((((.((((((...(((((.....)))))...(((((((..((((((((((((((((((((..((((((...((....))....).)))))..)))).((((((((((((......((((((((((....))).)))))))........((.(.((((...(((((......((((((((....(((((((((((((.........(((((((((...........)))))))))........))))))).((((..((((.....(((.((.......)).)))))))..))))((((((((((..((((((..((((((((.(((((.((.((((((((.(((......)))..))).)))))))))))).)))......((((((.(((((.........(((((.(((((.(((.........((((((((((....((((((......((((..(((((((((.((((((((((((((((((.((..((.((((......((.(((((..((((((....((........))((((....))))((((....)))).))))))(((((((.................(((.......)))))))))).......))))).))....)))).))))))))))))))))..)))))).)))))))))..))))......)))))).((((((((((((....))))))...)))))).........((((...))))..........((((.((((((((..(((((..((((.............(((.(((((............))))).)))((((((((((((..((....))..))))....((((.........)))).)))))))).)))).)))).)....))))))))))))......)))).))))))...)))..))))).)))))..((((.(((.(...((((((...((((((((...(((((....)))))...))))..((((((......(((((((((..((((.(((((((..(((...........))).)).))))))))).))))))))).))))))....((((..((((....)))).))))))))....)))))).).))).))))((.((((.(((...(((((((((..((((((((((..(........)..))))))))))....))))).)))).....(((((........)))))...))))))).))...)))))..(((((((((.((..(((((((((.((........)).)))))......((((((((...((((((((...(((((.....))))).))))))))))))))))))))..)).))))...))))))))))).....)))))....((..((((((((((((...(((((((.(((.....((((...(((((....)))))...))))...))).)))))))....(((((.((((.((((....(((((...)))))............((....((((((((((.(((......))).))).))))))).....))......((((((((.((((((((...........((((((.....))))))........(((((((((((((((((.((((.((((((.((((((((.(((((......)))))........((((((...........))))))(((((..(((..((...))...)))..)))))....(((...)))........(((((................))))).............)))))))).))))))....))))))))))(((((.((((((..((((((.....)))))))))))).))))).((((((.........)))))).........................(((.(((.((.(((..(((((............))))).))).)).)))))).)))))))))))..(((((((((....)))))))))........))))))..)).)))...)))))))))..)))).))))).((((....)))).....)))))))))))).))((((....))))....)))))).)))))))))).((......))))))))....))))))))......)))))....)))).).)))))))))))))))))))))))).))))))....)))))))....(((((....)))))((((((((((.((((..((.((((((........).))))).))....)))).))).))))))).....(((((((........)))))))..)))))))))).))))........................))))))...((((.((.(((((((((((((((...(((((((......)))))))...))))))))))).............((..(((((((((.................(((((((((((((.((((((((((((((((((............))))....((((((...........((....)).........))))))..))))))))))))))......((((......))))(((((....)))))......(((((.....)))))....((((((((((((((..(((.((((((....))))).).)))..)))))))))..((((.(((..((((((.((.((......)).))..)))))).......(((((.((((....((((((((.(((((....))))).))))))))...(((((...)))))..)))).)))))....))))))).....))))).))))))))..)))))....(((((((((((((((((((.....)))))))....(((((((((..(((((.(((((.(((((((((.(((..(((((((((...............)))))))))..........((((((((((((((((..........))))))))(((.((((.......)))).)))..(((.(((((((((..((..................((((((((..(......)..)))))))).((.(((....))).))((((.(((((((((((((...(((.....(((((...)))))..(((..(((((.(((((...))))))))))...))).)))....))))).......).)))))))...))))))..))))))))).)))........(((((......)))))..)))))))).)))..)))))))))........(((((.....))))).....))))).)))))((((((.....)))))).....)))))))))..)))))))...))))))))))))))..))...))))..))))))..)))))))).))))))))........(((((....(((((((((((........((((((....)).))))......((((((.........))))))...(((((((...((((....))))...((((((.((.(((((((((....((((((......................))))))...))))))))).)))))))).......)))))))...((((.......))))..))))))...)))))...)))))))))))...))))(((.((((((.......)))))))))))).))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((((....,((((.((....))))))))))..{(((...((((((....{{{{...((((((((((((((.(((((....((,{(((((((((((((((((.(.((((((((((((((.(((......))))))).((((.(((((......))).)))))).)))))))))).}.).)))))).}......)))..))))))))))))))...)))))...))))))))).((((((((.(((((((((.(((((((((.((((((.........))))))))))))))).)(((((((((((.(((...))).))))).(((((((.((((..(((.,,.,.((((((((.,{...((.(..(((((((..(((...))).,.)))))))..)))...}.}...))))))))...,..)))...)))).))}}))))...((((.{((......))..)),)}}|{,,,({{({{{,{((((((,,{((({(,,,..}||}}...{|{{{{{..{(((({((({((((((((((..((((((.{.((....))..}.).)))))..)))}.((((((((((((......((((((((((....))))))))))}.{{......,.,,|.,..,.(((((......((((((((....(((((((((((((.....,.,.(((((((((...........)))))))))..,.,,,,))))))),((((..((({..{{{.,,.{,,..,.,.,,.}}}))))..))))((((((((((..((((((..{{{{((((.(((((.({.{{{(((((,(({.,,,,,|||,.}}}.,||||||||||}.|||..{{{{({((((.{,((({{{,..{((,((((((({.({(((({{.......,{({{{(,,.,,,|{||||.,,,..{{{{..,{||||{||,|{{{{,||||||||{(({{(,.,{|,|||,..,,||{,.{{{{,((((((((....,,........}}{(((....))))((((....)))).))))))))((((,,............,,,}||}.,,.}}})),)),),.},,}}}}.,)}))})}...})))).}))),,))))))))))..,,,,))}))))))}}}..,}))}},,,,||}}}},{{{|||,|{{{{,((,{{{|||,,,||||||...{((,,,((((...,}}}.,,.{{.{((((..((,((((((.{((.(({{((((,....,,.(((({({{,((,(({...{{{{{{{{,||||.,||((((((({{{{(,,{,....,}..,))}....((((.........)))).)))))}}},))|},},},}}}}}}))|||||||{({,,,,,,})))}}||||||,..})).)))))))))).,,,,(((((({.....,,(((..,(((({{({...(((((....)))))...,,||{{{{{{(((({{{.,,(((,,,||},,..||,||||}...|}}}.......}})))})),..))))))).)))))))),))),))).}}}.||,}}|||,}}..))),.))))}}......)))))))))}})}})||{,.,,||}|,....{{{{{{{{{.,((((((((((..(........)..))))))))))....}}}}}.))}).....({{{{........}}))),,}}}})))},}}...|,,....((((((({(.((,.(((((((((.((........)).)))))}....{(((((({(,{{{(((((((...,{|||,....|)}},.}))}}}}}})}})))))))),,)),)))),,.))))),))))).,,..))}}}..,,{,,.((((((((((((...(((((((.(((.{...((((...(((((....)))))...)))).,.))).)))))))....({{(({{({{,{{{{,,.,(((({...})))}..,.,}|...,,||....((((((((((.(({......}}).))).)))))))......,......|{|{{{{{.{{{{{(((,........,{{(((((,,...}}}}}},,,.....{((((((((((((((((.((((.((((((.((((((((.(((((......)))))..,{{,.(((((((...........)))))))..||,,.....{{...}}...}}}..}|||,.,{.(({...})),,},,...(((((...,.,....,.....))))).............)))))))).))))))....))))))))))(((((.{(((((..((((((.....)))))))))))}.))))).,,{(({......|,|}|}},,.,,...,,....,,...........(((.(((.((.{{(..(((((..,......,..))))).))).)}.)))))).))))))))))}..(((((((((....)))))))))......,,))))))..)).))},..)||}|||||..,})),)}})),,,{{....}}},.....)))))))))))).)},{{{...,)),,....)))))).)))))))))).((......))}))))).,..))))))))......))))).))))))))))))))))))})))))))))))))))})))}}),,.,})))))}.....{{{{,,..||,,.((((((((((.((((.,((.((((({,,.....,).))))).))..,.)))).))).))))))).....|{{{{{|,,,..,,.}}|||},..,||||}|}}}.}})}.,,,,.....,}..,|,....,,,))))))...((((.,(.(((({(((((((((({{{(((((((..,,..}}}}}}),},))))))))))).....,,,,,,,.((..(((((((((.........,......,(((((((((((((.(((((((((((((({{{{.,,....,,{{,||||..,,{{{{{{....,.,....||....)}.........)))))}..})))))))))))))......{(((......)))}{((((....))))}......(((((.....)))))....((((((((((((((..(((.((((((....))))).).)))..))))))))}..,((({(((,.,,(((({{(.,,..},..))}))}}))))),.......(((((.((({....((((((((.(((((....))))).))))))))...{((({...})))}..,))).)))))....,,,,,,,....,))))).))))))))..)))))....(((((((((((((((((((.....))))))),,,.,((((((((,{(((((.(((((.(((((((({.,{{,.(((((((((.....,.........))))))))).,.{,,{...((((((((((((((((........,,||}}}})}{{{,((((,,.....))}}.}}}..(({.(((((((((,,{,.....,..{,{......}||{{{{{{..{||,...),,)})))))).|,.,||...}}}}{{|((((.(((((({,{{,(({{{.{{,,,.,(((((...}))}|.,({{..{{{{{.{{|{,,,.,)))})))}),,,),,.))))}..,,}||,.....,)})))))))...})),})}}))))))))).)))........|((((......))))}..))))))))}))}..)))))))))........(((((.....))))).....))))).)))))|||{||,,,,,}})))},,,,.}}}}))))}..}))))))...))))))))))))))..))...)))).,,,))))..)))))))).)))))))).,......{{{,{{,,{(({,{{{|||,|{{{,,..((((((....)).)))).....,{{{{{{,,..,,.,,}}}}||,,.{{|{{{|,,.|{{{..,.}))}...((((((.((.(((((((((...,((((((......................)))))),..))))))))).)))))))).,,....}}})}}}.|}}||{,,||||||},,..,}}},},,,,,,,,,)))),}.))))))...)))}(((.((((((,(....))))))))))))).))))......{{{{{{..........}}}}},......
Back