Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322816.2
Sequence Length
2042 nt
GC Content
0.4515
ACUCGUGGCUGUGGUGGCUUCGGCAGCGGCUUCAGCAGAUCGGCGGCAUCAGCGGUAGCACCAGCACUAGCAGCAUGUUGAGCCGGGCAGUGUGCGGCACCAGCAGGCAGCUGGCUCCGGUUUUGGGGUAUCUGGGCUCCAGGCAGAAGCACAGCCUCCCCGACCUGCCCUACGACUACGGCGCCCUGGAACCUCACAUCAACGCGCAGAUCAUGCAGCUGCACCACAGCAAGCACCACGCGGCCUACGUGAACAACCUGAACGUCACCGAGGAGAAGUACCAGGAGGCGUUGGCCAAGGGUAGGUUCCAGGCUGAGCGGCGGGAGGCAGUCCCCGGCAGAGGCGACCCCAGGGAGCCAGGCCCCAUACGGACGGGCCUCUCCGUGGAGGAGAACUCGCUUCGUAUUUGUACCGGUUCCGAGUUUUCCAGGCACGAUAGUCUCUCUUUUAAACACAUGGUCUACCUCAUUGUAGAAGGAGUGCCUCGAUGGGUUUGAACACACUUCUGUCAUCUCAGGGAACUUGGGGUCCUGCGAAGGAGCUUGCCUUACUGUUGUGAGCCACAUUCCGUUACACAUAUUGCCAGCACUGGUGAAUUGUAGGGCCUGAAAAGAAAGCUCUACUGUGUCACUCGUUUUUUUUGCAAAUUGAAAUUGUUCUUGUUGUAUAAUGUGCUUUGGGGAAAUGUUUGGUCUCUCAGGUAGGUGUGCCAGCCGUUUGCAGGAGGGCUGAGAGCGCCUGUCCACUGGUGGCCAGACAUCAUCGGGUCCGCAGGUGUCUCUGAGUGUCAGGGUCACCUCCUGAUAGAAGUGGGAGUGGUGUCUUACUGCCAGGUCACACUGAAGGUGGGAGACAGGAGGACACUACUCCGUGCUAGGAACCAUGGUCCUUGUCAUCUUCCUGAGAGCAAACGGGGUCGGGACUCCAGCCUAGGACUUGGAGACUCCCUGCAUCCCCAGCUACCCUGCAGGUGAAACUUCACUGAGCCCACUUGACUUCAGGUGGGAGAGGAGGAGGCACACCGUUGUGGUGUGCGUUACCAAAAAAGCAGUAACCUAACUGUGGAACAGUUCAGGAUCUUUAGACUUGAUACUUUUCUUGAUUUCCCUUAGGGGUCAAAGUUCACAAGGAAAAUAGCCCUUUAGUGGGAAACUGAAACAGGCUUGUUUUUAUUUACUAUUUACUCAUAUUUGUAAUGCAAUUAAAAUAUAUGUUGUUAACUUUUUUUUUUUUUCUCAAGAGCUCGGUUGAUAAAACCAGGGGUAUGUGGACUUUUUGAGUCUGUGCCUUUUGGGGGUGUGUAUGGGAAUGUUAUGUUUUAACGUUUUUUACAAAAUAGUAUUGUCUUUUUAAUUUAUUCGUUAGUGGUUUGCACAAGGAAGAUAAUCGAUAGUCAUGUUUUUUAGACUCUCUGUAUUGCUUGGUAAGCUACGUAGUAAAAAAUGUUUACUUUUCCUUAAAUGUUUUGAAUUUCGGGGUUAUGAAAUUUGUUGAGUAAUUUUUAGACAGUCACAUCUUGUUGACUGGAGGCAUCUAGUGGAAAAAUGCAGUAUUUCAGCCUGAUUGUGUUUGAAGUAAAUGAUUAAAAGAGGAGGAAGUUACCACAUUCUGGAAGAUUUACUUGAGACAGACGAACCUUGAAUUACGGGAAAAGGCCCCGUGAUUUAGGAAAUAACAAAUUUGGGAAACAUGUAAUGGGGAGAGACUGGGGAAUACCCCAGUUGUGAAAGUACUUCCUGUAAGGCAACAUCUGACACCAGGAACCUUUCUCUUCAGUAUUUUAAAAACAACUUAAUUUCAGUCCUUUACUUGUGGAAUCAGAGCCUUACUUAUGUAAUACAACCCACUGGAAAAAAGCUUUUUAUUGUAUUGUACUAUAUUGUUUAUAAGUGAUUGAGUACCUGCAGAGCUUUCUUUUACUUAAACAUAUUUUAAAAAUUAUUAAAAAGAUUUUCAUGUUUGAAAACUUGGGGAAAAAAGAUAAAACAAUGUCAUAAUCUCAUCACAUUUAACUGACUAAUAUGAAUAUUUUUCAACAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-644.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -684.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((.(((.....))).))).)))).....((((((.((.((((.(((.((((..(((((.((.(((((.((((.((...)).))))..))))).)).)))))(((((....)))))...)))))))))..)).)).)).).)))(((((((((((((((..(.(((..((..(((((.(((((......(((..(((....(((.((((.....))))..)))...((((.....))))......)))..))).......)))..)).)))))..))..))))..))))))))))((((((((((.((((((((....((((((...((((((...(((.((((..((((((.........)))))))))).))).((((((((((..(((.........)))...))))))))))((((......))))(((((((..(((.((((......))))))).)))))))))))))..))))...)).....))))))))..)))))....)))))((((((((((.((((..((.(((((....))))).))..))))..........((((((....)))))).))))))))))..(((((((((((((.(.(.((.((((((((((..(((.....((((..(((((((.(((...((((((((((.((..((((((((((.((..(((((((((.((((((.(((...))).))))).).))))))).))...)).)))))))))).((((((.....(((((.((((((...)))))).))))))))))).((((((((((((((((((..(((.....((.((((...)))).))..)))..))))))))))))...(((((((.(((((...(((((((((((((....((((((.(....((((((((((........))))))..)))).(((((((((((......)).(((((....)))))(((((((((((....)))))))((((((((((((((((((.....)))))))............(((((......)))))((((.((((((((.((....))))))).))).))))...((((((..((((((.....(((....))).....))))))....))))))..((((((....))))))..........((((........)))).(((((..........))))).........)))))))))))....))))((((.....))))((((((((..((((((...)))))))))))))))))))))))(((.((((((((((.....)))))))))))))..(((((.((((......)))))))))......).))))))...))))))))....)))))))))).))))))).((((((.((((((.((((((.((.((.(((..((((((((((........))))))))))..))).)))).)))).((((((((((.............((((((........)))))).((((...((.((........)).)).....))))...(.(((((.((((((((.......((((..((......))...)))).....)))))))).))))).).....(((((((((((((.......)))))))))))))...))))))))))......)).)))))).))))))(((((((....)))))))........)))))))).)))))).))))...))).))))))).))))......)))....)))))).................(((((((((((...............(((((.(((((..((.((((((.....)))))).))..))))).)))))..)))))))))))..))))))).).)))))))))))))............(((((......)))))(((.((((((....)))))))))))))).....((((......))))..........)))................((((.....)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(({((((({({.,,..}.|,))){||{{((({((...((({((.,,,{{((,,{{.{{,|,.|{(((.((.(((((.((((.((...)).))))..))))).)).)))}|({(({,,..|||||{..|,|||||||{((({{,,{,.{,|||{|||.{{(({((({{..|.|,,|||{||(((((,(({({.......{{,(((,....|||.((((,....}}))..))|,,.{||{,{{..||||.....,|||.,|}||.,..,,}.)}.)).}))))..)))}}))},.}))))))))),,)))))),}}|||||(((||,.{{({{{,{,(((({(,,,(((.((((..((((((.........)))))))))).))).((((((((((..((({,....,},}))...))))))))))((((......)))){{{{{{{..,,,.,,||,,..}})),,))).}}})))})))))),,||||...|....,.}}}}}))}{(((((((,..}|||}|||{{(|,..,||||}||}}|,..}}}}}).)))}),{{{{{{,.{,{{{{{.,,,{{{{{((.(((((...((((((({(....,,...))))))).,,.))))).},...,,.(((((...(((....}))...))))}.,,..((((((.((((({(((((((((.(,{{(((((((((.((((((.(({...,)).))))).).))))))).))..})).)))))))))},((((((.....(((((.((((((...}))))).))))))))))).,.,,,.((((((((((((,.(((.,...((,({({...})))}},,.))).,)))))))))))),{||,((((.{....,)))).}.,,,.))))).)))))}.,,{({(|,((({((((({,....,.,})))))..)))).),},)))|||{{,||||},,(((|,....(({(({,,((((((((....)))))))|,{{(({{((,(((((((,...,))))))).||.,,......(((((......))))){(((.((((((((.((....))))))).))).)))},,.{{{(((,,{{|||{|....(({{{{{{||{{..,|((|||,,,,}}}..||||||{.,||,||||||||,..,,,...,{,(,,,.,,,,||}}.{{{{{..........}}})}.,,|,....,||||||||}|.,,,}|||||||||....}||{|((((({..((((((...)))))))))))}}}))),||||||||.,|||||||{{.....}|||||||||{{{..,,,,{.{(((,{{...}||,|||||,....(((((((((.((((.((.(((...((.((((.,,.....,,)))).))})).)).)))))))))))))...}}}}||||||||||.,,{{{{{|||,,|||||{({(((((.....,|||||}||..|,|||||{{{{{|||||{{{{||...})}}))))),{|||.|||{|{{|,....,{{{.,,.....{{{{{{{(.(((((.((((((((..,,...((((,.((......)).,.))))..,..)))))))).))))).,.....(((((((((((((.......))))))))))))).....,||,,,.}}}}..|,,.|||,,(((((((((((((((....)))))))},.{,{{{...((((((..,{{{,....,)}....)))))).}})))})}}}},},...,,,,,}},},},..,}}},,)}},},,)})))}}),}}}),}),}}}...,||||.{,,,,.}||}||||,,...||}}},},.||,,,,|||,|}}||{{{{,..,|||||..{||}}}||,,,}))}}))}..}}}}}}}}}},...|||}}}}}}}})),,,|||,{{{{{|....)))))))))))))))},..||||...,..}})),....}}}}}}}},.,....,}}..,,,,,|||,,...}))).,.....
Back