Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001322839.2

Sequence Length

1028 nt

GC Content

0.6479

GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGUAGCAGCAAUAUGGCUGUUGAUGGGUGUUUGGGGUGGCGCUGGCGGCGGGAGGAGCUCCCCCGAGCCCCUGCGCCGGCUGCCCGUUGCUAGCUAUGGCAAAUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGCAGCAGUCUUAGAAUGAGUAGCAAUAUCCACGCGAACCAUCUCAGCCUAGACGCGUCCUCCUCCUCCUCCUCCUCCUCUUCCUCUUCUUCUUCUUCCUCCUCCUCUUCCUCCUCGUCCUCGGUCCACGAGCCCAAGAUGGAUGCGCUCAUCAUCCCGGUGACCAUGGAGGUGCCGUGCGACAGCCGGGGCCAACGCAUGUGGUGGGCUUUCCUGGCCUCCUCCAUGGUGACUUUCUUCGGGGGCCUCUUCAUCAUCUUGCUCUGGCGGACGCUCAAGUACCUGUGGACCGUGUGCUGCCACUGCGGGGGCAAGACGAAGGGUUGUUGGCGGCUGCGGCUGGGGCCGGGGUCGGGGACUCACAGGCUCGGGUGCCGUGGUGCGGGGUGGGGACAGCCAACUCAGCGGGGACGGAGGAAGCUGGGGGCAGCUGGGUGCUCUAGUGGAACAUACCCCAAGUUCUUCGGCCUCUGUUCCUUUGCCCCCAGGCCACCCACUUUGGGUCCCCGGAAAUGCCACCAGCAGCGCGGAGCUGGAGCGGGAGUCCGCCUGAGGCCGCGGUUUUACGCGGAGCGUCUUCCCUGGCGCUCGAGGUGGCUAGAUGUCGUCGGCUUUAGCUAUUCCUGGUGCAGACGCCCACCGGCACUGAGGCUGGCGACACCUUCGAUGUAUGGUUGCUAGGCUCACUGCCUGGUCUGUAGUCGUGUCCCUAGAGAUGUCUUCCCUUCCCCACAGCCACUGGCUGGAGUGGGGGACCCGACACUGAUAGAAAACUGCAGAAUAAAAAAGAAAGAACUGGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-476.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -494.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((((...(.((((((((((.(((((((((((..(((((...))))).)).)).))))).))...((.(((((((......))))))).)))))))))))).))))))))))((.((((((((((.(((((.(((.((((((((.(((((.((((((.(((((........)))))))))))))))))))).)))).)))..))).)).)))((.(((((..((.((((.((..((((..((.........)).......))))..))))))))..))))).))))))))))).....((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((...(((((......))))).(((((((.((((((((((.((((.(.((.((((...((((.......)))).)))).)))))))..)))))))))).)))....((((.((((.((((....(((((((((.((((..((...(((((.((.....)).)))))))..)))).))))))))).)))))))).))))(((((.((((....)))).)))))))))......)))))))).)))).)).)))))).)))))..((.......))))))).))))))))((((((((((((((.....)))))((((((....((.........))....))))))..)))))))))(((((((.(((((((....((((..(.((.(((((........)))))...)).).))))))))))).((((......))))(((((((......)))))))).)))))).((.(((((((((((((((......((((((........))))))..))))))))))))))).)).((((.....))))((((((.....))))))((((((((..((((.....((.((((.....((((((((((((...))))...))))))))...))))))))))....))))))))......))).)))))..))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((((((...{.(((((((((({(((((((((((,.(((((...))))).)).)).))))).)),,,({.((((({{......))))))).,))))))))))).})))))))))((.((((((((((.(((((.(((.((((((({{((((((((((((.(((((......}.)))))))))))))))))))).)))).)))..))).)).||}((.(((((..((.((({,((..((((..{{.........}}.......))))..))))))))..))))).)).))))))))}))..((((..(((((((((((((((((((((,,{{{(((((,((,((((((.((((((...(((((......})))).{((((((.((((((((((.((((.(.((.((((...((({.{....})))).)))).)))))))..)))))))))).)))....,(((.((((.((((....(((((((((.((((..((...(((((,,{.....,).)))))))..)))).))))))))).)))))))).)))}({{{{.{|||,,,,)))),))}))))))..{,,.|||}}}}}.)))),)).||}|||,|||,...,|}..,,,.))))))).))))))))(((((((((((((({...,))))}((((((....({......,..))....))))))..)))))))))(((((({.(((((((,...{(((..,,({.(((((........))))).},}}.,.))))))))))),((((......))))(((((((......))))))),.)))))).,,.{((((((((((((((......((((((........)))))).,))))))))))))))},|,.,,,,....,)},|((((((.....))))))|(((((((..{{((.....((.((((.{{{{({{(({,(((((...)))))..),))))))...))))))}})),...)))))))}......)))}}))))..))))....