Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001322908.2

Sequence Length

2231 nt

GC Content

0.4402

AUCUUUGAUGAGGGCAGAGCUCACGUUGCAUUGAAGACGAAACCUCGGGGAGGUCAGGCGCUGUCUUUCCUUCCCUCCCUGCUCGGCGGCUCCACCACAGUUGCAACCUGCAGAGGCCCGGAGAACACAACCCUCCCGAGAAGCCCAGGACUUUGCAGACCCCUCAGUUCCCUGGGAUUGAGACAGCACUUCCUGACUGUUACCUUGGGCUGGAGUACAAUGGCAUGGUCUUGGUUCCCUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCAUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACGCGCCACCAAGCCCAGGUCCAGAGCCAAACCCGUCACUGACCCCCCAGCCCAGGCGCCCAGCCACUCCCCACCGCUACCAUGGCCGAAGACGCAGACAUGCGCAAUGAGCUGGAGGAGAUGCAGCGAAGGGCUGACCAGUUGGCUGAUGAGUCGCUGGAAAGCACCCGUCGUAUGCUGCAACUGGUUGAAGAGAGUAAAGAUGCUGGUAUCAGGACUUUGGUUAUGUUGGAUGAACAAGGAGAACAACUGGAACGCAUUGAGGAAGGGAUGGACCAAAUCAAUAAGGACAUGAAAGAAGCAGAAAAGAAUUUGACGGACCUAGGAAAAUUCUGCGGGCUUUGUGUGUGUCCCUGUAACAAGCUUAAAUCAAGUGAUGCUUACAAAAAAGCCUGGGGCAAUAAUCAGGACGGAGUGGUGGCCAGCCAGCCUGCUCGUGUAGUGGACGAACGGGAGCAGAUGGCCAUCAGUGGCGGCUUCAUCCGCAGGGUAACAAAUGAUGCCCGAGAAAAUGAAAUGGAUGAAAACCUAGAGCAGGUGAGCGGCAUCAUCGGGAACCUCCGUCACAUGGCCCUGGAUAUGGGCAAUGAGAUCGAUACACAGAAUCGCCAGAUCGACAGGAUCAUGGAGAAGGCUGAUUCCAACAAAACCAGAAUUGAUGAGGCCAACCAACGUGCAACAAAGAUGCUGGGAAGUGGUUAAGUGUGCCCACCCGUGUUCUCCUCCAAAUGCUGUCGGGCAAGAUAGCUCCUUCAUGCUUUUCUCAUGGUAUUAUCUAGUAGGUCUGCACACAUAACACACAUCAGUCCACCCCCAUUGUGAAUGUUGUCCUGUGUCAUCUGUCAGCUUCCCAACAAUACUUUGUGUCUUUUGUUCUCUCUUGGUCUCUUUCUUUCCAAAGGUUGUACAUAGUGGUCAUUUGGUGGCUCUAACUCCUUGAGGUCUUGAGUUUCAUUUUUCAUUUUCUCUCCUCGGUGGCAUUUGCUGAAUAACAACAAUUUAGGAAUGCUCAAUGUGCUGUUGAUUCUUUCAAUCCACAGUAUUGUUCUUGUAAAACUGUGACAUUCCACAGAGUUACUGCCACGGUCCUUUGAGUGUCAGGCUCUGAAUCUCUCAAAAUGUGCCGUCUUUGGUUCCUCAUGGCUGUUAUCUGUCUUUAUGAUUUCAUGAUUAGACAAUGUGGAAUUACAUAACAGGCAUUGCACUAAAAGUGAUGUGAUUUAUGCAUUUAUGCAUGAGAACUAAAUAGAUUUUUAGAUUCCUACUUAAACAAAAACUUUCCAUGACAGUAGCAUACUGAUGAGACAACACACACACACACAAAACAACAGCAACAACAACAGAACAACAACAAAGCAUGCUCAGUAUUGAGACACUGUCAAGAUUAAGUUAUACCAGCAAAAGUGCAGUAGUGUCACUUUUUUCCUGUCAAUAUAUAGAGACUUCUAAAUCAUAAUCAUCCUUUUUUAAAAAAAAGAAUUUUAAAAAAGAUGGAUUUGACACACUCACCAUUUAAUCAUUUCCAGCAAAAUAUAUGUUUGGCUGAAAUUAUGUCAAAUGGAUGUAAUAUAGGGUUUGUUUGCUGCUUUUGAUGGCUAUGUUUUGGAGAGAGCAAUCUUGCUGUGAAACAGUGUGGAUGUAAAUUUUAUAAGGCUGACUCUUACUAACCACCAUUUCCCCUGUGGUUUGUUAUCAGUACAAUUCUUUGUUGCUUAAUCUAGAGCUAUGCACACCAAAUUGCUGAGAUGUUUAGUAGCUGAUAAAGAAACCUUUUAAAAAAAUAAUAUAAAUGAAUGAAAUAUAAACUGUGAGAUAAAUAUCAUUAUAGCAUGUAAUAUUAAAUUCCUCCUGUCUCCUCUGUCAGUUUGUGAAGUGAUUGACAUUUUGUAGCUAGUUUAAAAUUAUUAAAAAUUAUAGACUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-618.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -658.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 656.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((.((((...))))......))))))))).........((((((((((((.((((((((.........((((((...((((((.......)))))).....)))).))...((((.........)))).......((((((...(((.((....)))))...))))))...))))))))....))))))........((((((((.((.((.((((..(((.(((((((..((((((((.........)))))...)))......((((.(((......)))))))(((((......(((....)))......))))).....)))))))))).)))).))))...))))))))(((.....))).))))))...(((((...(((((..(.((((....)))))..)).)))(((((((..((((.((.(((((..(((((.((((....)))))))))..))).))(((((((((((((.(((((..((((((((((((((((......((((((((((((....(..(((.((.((((((((((((..(((.(((((((.(((((.((((((............(((((((...(((((.....(((((((..(.......)..)))))))....)))))...))))))).(((((((.((((.....))))..)).))))).....((.((((((((((.(((.((.((.(.(((((((((((...((((((.(((.........))).))))))..((((((..(((((((...........((((..(..(((((((((..(....((...(((........)))...))..)..).))))))))..)..)))))))))))))))))(((..(((.((........)).)))..)))..((.(((((((.....)))).))).)).)))))............((((.(((..((..(((.......).))..))..))).))))((.(((((((.((((((..(((.................((((((......))))))......(((((........))))).........)))..)))))).)))).))).)).).)))))))).)).))).)))))))))).))..))))))..))))))))........))))))).)))))))).)))).)))))..)...)).((((..((...(((.((((((...))))))))))).))))))))))))))....))))))).))))))).)).)))))(((((((.((((((.......)))))))))))))....(((((((.((((.....)))).))))))).......((((..(((((......)))))..)))).((((((((.(((((((..((((...))))....))))))..).)))))....)))...(((((((((((((.((((((((((....)))))..)))))..(((....))))))))))(((((((.......)))))))...(((((((....)))))))((((((((......))))).)))...................))))))..))))))))).)))).........(((..(((((......(((((...................((((((((((((((((...((((.((((...((((((((.....(((.(((((((((....)).)))))))...)))........((((....))))..(((...(((((.((((((((((.......)))))))))))))))...)))..........)))))))).....((((.((((....)))).))))..((((((((.....)))))))))))).))))...)))))........))).))))))))((((......)))))))))......)))))..)))...(((((.((((((((.....((.((((((..........)))))).))..)))).....((((((((((((....(((((.((..(((........)))..))...))))).))).))))))))).)))).))))).............((((..(((((...(((((((((....))).))))))......)))))..)))).)))))))))))))(((((((........))))))).....))))).((((((.((((......)))).))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{{,,{{,({((((,,,{|||.{{{|.},,,},,)}}|.....,,((((((((((((.((((((((....,,{{,(,((((..{(,{(({.......,)}}))..},.))))}))...((((.........)))).}.,,,.((((((...(((.((....)))))...))))))...))))))))....))))))........((((((((.((.((.((((..(((.(((((((..{(,{((({.........))))}...|||......{((|{(((......))))}})(((((......(((....)))......))))),....)))))))))).)))).))))...))))))))(((.....))).))))))...((((,..,|||{{..{.((((....))))}..}},}}}(((((((,{(((({({.(((((..(((({{((((....)))))))))..))).))|,}}||,|})}}},{((({..(,{(((((((((((((.,,,..((((((((((((....{.,(((.({.((((((((((((..((,,(((((((.(((((.((((((,,..........(((((((...(((((.....(((((((..(.......)..)))))))....)))))...})))))).(((({{(.((((.....})))..)).))))}.....||,{(((((((((.(((.((.((.(.(((((((((((,..((((((.(((......,..))).)))))).,|||{{{..{{{((((.,.,.,,,,..((((..(..(((((({{{{......((...{((........)}}...})..}..,}))))))))..)..)))))))}|}|||}|||({{..{{{}||}..,,.},}},}}}..}}|..((.(((((((.....)))).))).)}.}})}),,..........{{{{.,{{,,((,.((|.......|,}}..}}..}}},))))((.(((((((.((((((..(((...,.............((((((......)))))).....,{{(|{.....,,,))}}}.........)))..)))))).)))).))).)).,.)))))})).)).))).)))))))))),}}..))))))..)))))))}........))))))).)))))))).)))).})))}..}...))}|{{{..{{...{{(.{(((({...)))))))))}).))))})))))))))..,.))))))).)))))))},},})))}(((((((.((((((.......))))))})))))}..,,(((((((,(((,.....}|||,|||||}},||,,,{(({,.,((((({{{..{|||||.{},},,|,,,,(((....((((.{((((.{{}||,.{{{|||||{{{{{(((({{{{{||{.,..,(((,((((({,.((((((((((....)))))..))))),{(((....}))))))))).|||.},}}}}},.|||.{||{..(((((((....)))))))((((((((......))))).)))..................,||||,,{{|||,,,)))})})).},.....,|||},|||,,......,((((({.,,..,,..............(((((((({....}))).}}.}}},..{{,,,{{{.....,{{,(((((((((....)).))))))}..,|||{......,{{((,...}}}}..{{,...{(((,{((((((((((.......)))))))))))))))}}}))),,..,,}.{{{|||,||,{{{{.((((.{(((....)))}.))))}}||,||||,,}}}})})))},,,,,}}}}})))}))))).},,,)))))).)))))))}}))))}||,,{{|||||||...}}}))},)}})))....,|||..||,||||}.}}}|,.,|||{,........}}))))},}))}},)))),}},{(((((((((((....(({{(,((..(((........)))..))...}}))),))).))))))))}..,,,.,,................|{{{,.|,{{{,.,|||||{|||....))),}})))),})))..,,,,..,,}},,,}}))))))))|(((((((........)))))))}....}}}}}.((((((.((((......)))).))))))...