Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322969.2
Sequence Length
2126 nt
GC Content
0.4102
GUUGCGCUUCAUAGACGCCGCGUGUACCCGGUUGUCCUCAGGCGCUGUCAGGAGAUUUUGGACUCUCUGCAGACUGUCCCUGGAUCUUGGGUUAAAAAUCUGUAUUCUAGACUGAACCGUGGGAAGAAAAAAUAGUCAAUCUGUGGUUUUUCUACUUGAAGGACACAAUGUUUUCCAAACUAGCACAUUUGCAGAGGUUUGCUGUACUUAGUCGCGGAGUUCAUUCUUCAGUGGCUUCUGCUACAUCUGUUGCAACUAAAAAAACAGUCCAAGGCCCUCCAACCUCUGAUGACAUUUUUGAAAGGGAAUAUAAGUAUGGUGCACACAACUACCAUCCUUUACCUGUAGCCCUGGAGAGAGGAAAAGGUAUUUACUUAUGGGAUGUAGAAGGCAGAAAAUAUUUUGACUUCCUGAGUUCUUACAGUGCUGUCAACCAAGGGCAUUGUCACCCCAAGAUUGUGAAUGCUCUGAAGAGUCAAGUGGACAAAUUGACCUUAACAUCUAGAGCUUUCUAUAAUAACGUACUUGGUGAAUAUGAGGAGUAUAUUACUAAACUUUUCAACUACCACAAAGUUCUUCCUAUGAAUACAGGAGUGGAGGCUGGAGAGACUGCCUGUAAACUAGCUCGUAAGUGGGGCUAUACCGUGAAGGGCAUUCAGAAAUACAAAGCAAAGAUUGUUUUUGCAGCUGGGAACUUCUGGGGUAGGACGUUGUCUGCUAUCUCCAGUUCCACAGACCCAACCAGUUACGAUGGUUUUGGACCAUUUAUGCCGGGAUUCGACAUCAUUCCCUAUAAUGAUCUGCCCGCACUGGAGCGUGCUCUUCAGGAUCCAAAUGUGGCUGCGUUCAUGGUAGAACCAAUUCAGGGUGAAGCAGGCGUUGUUGUUCCGGAUCCAGGUUACCUAAUGGGAGUGCGAGAGCUCUGCACCAGGCACCAGGUUCUCUUUAUUGCUGAUGAAAUACAGACAGGAUUGGCCAGAACUGGUAGAUGGCUGGCUGUUGAUUAUGAAAAUGUCAGACCUGAUAUAGUCCUCCUUGGAAAGGCCCUUUCUGGGGGCUUAUACCCUGUGUCUGCAGUGCUGUGUGAUGAUGACAUCAUGCUGACCAUUAAGCCAGGGGAGCAUGGGUCCACAUACGGUGGCAAUCCACUAGGCUGCCGAGUGGCCAUCGCAGCCCUUGAGGUUUUAGAAGAAGAAAACCUUGCUGAAAAUGCAGACAAAUUGGGCAUUAUCUUGAGAAAUGAACUCAUGAAGCUACCUUCUGAUGUUGUAACUGCCGUAAGAGGAAAAGGAUUAUUAAACGCUAUUGUCAUUAAAGAAACCAAAGAUUGGGAUGCUUGGAAGGUGUGUCUACGACUUCGAGAUAAUGGACUUCUGGCCAAGCCAACCCAUGGCGACAUUAUCAGGUUUGCGCCUCCGCUGGUGAUCAAGGAGGAUGAGCUUCGAGAGUCCAUUGAAAUUAUUAACAAGACCAUCUUGUCUUUCUGAGGGUAGCCAGCUGUUUUCAGUGGUCCCUGGGAGCCAGCUGGAGACAGGUGGUCCUGUAAAAGCUUUAUUCCUAAUGUGGGCACAUUCCACUCCCAUGAGUCUUCAAAAACUUUUUUUUUGAAUAUAUUUUUUUCAGUUGAUACAUAAUAGAACAACGUUUAUGAACCUGCCGUUUGCUUUGUAACGUAACUAAAUAAUGUAAUGGCAUCUAUAUUCAGUUGAAGUGUUUUGAUGUGCAUGUGUACUUCCUAAGGUGAAAUGCAUCUAUAUACAGACAGCCUCUAAAUCAAGUCCUUCAGUAUAAUUGAUAUAUGUUUUUAUAAUUUCCUCACUGGUAUAAGUGUUUCAUAUUUGAAAAAGUUAUCUCUGGGUAUUGCAUAAAAGGCUUCAUCUUAUAAAGUGAAAUCAUUGUUAUUGAAUUUUAGGAAGGAUUAAUGGUUAAGUGUAUAUAAAAUACUAAUAUUAAGUAAACUUCAUAUUGGCCAACACCAGGGUUGUAUUCUAUGGAUGUCAUUAUUUUGAAUUAAGAAUUAGUGUUUAACAUUCCUAAAUUGUUUUGAGUGCUUGAUUAUAAUUUGUAAAAAAUGUUUAUUUUCAAUACUUCUUUAAAUUUAAAAUAAAGCUUAUAUUUCAAAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-583.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -626.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((....(((((((........))).))))...)))))).....((((.((((((((((((((((((.(((..((((......((((.....((((.....))))...))))(((((((((....((((.....))))..)))))))))(((.((((((...)))))).))).)))).)))))))))))).............((((((((((......)))).))))))..(((.((....)).)))...........)))))))))..))))..........(((((((.......(((((((((((.((((.......)))).(((((......(((((((((((.....(((((((((((..((((((((((((((((((((..........(((((..((((........))).)..)))))...(((((((..((((.........))))))))))).(((.(((((.........))))))))..........))))))))))..........(((((....((((((((.((....)).))))))))..)))))....((((.......))))..((((((((((..((.((.((((((((((....((((((.......))))))..((.....))((.((((((((.((((.(((((((...)))))))..(((((((((...((((((((((...)))..))))))).)))))).)))..............((((((((((..............((((((((..(((((((((....(((...((.(((......))).))...)))((((((.((((((.((((.(((((....(((....)))...))))))))).))....))))..)))))).(((((((.....((((.(((((((((.(((.....)))...)))))))........(.((((...((((.(((.(((.((((....)))).)))..))).))))...)))).)....(.(((((((((((..(((..((.(((..((((((((...))))))))...(((..((((((((....((((((.....(((.(((((((..((.........))..))))))))))))))))(((((((....((((.((...)).)))))))))))((((....((((((((........))))))))))))....))))))))....)))((((((((((((..(((....))).....((((((((((((((.(((((.((......))....((.((.((((..((....))..))))..)).))..)).))).)))).)))))))))).(((...)))))))))))))))......((((...))))..))).)).)))..))))))))))))))))))...))))))).))).))))))...))))..))))..............)))))))))))))).)))))))).))..((((((((((((((......))))))).)))))))..)))))))))))).))....))))))))))...(((((.....))))))))))))))).((((((((.....)))))))).))))))))))).((((...((.((((...(((((..(((((...(((((((.((.((((...........)))).))))))))))).)))..).))))...)))).))..((((((...(((((....)))))..)))))).((((((((...((((....((((...((((((((((..(.((((.....(((((((......((((..((((......(((((....)))))....))))..))))......)))))))..(((((........))))))))).)..)))))).....))))..))))...))))...)))))))).....(((((((.(((....))).))))))).)))).)))))))))))......)))))...(((((((((((((((((.((.((...((((((..((((((((..(.(.....).)..)))))))).....))))))......)).)).)))))..)))))))))))).))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((....(((((((.{......)))},)))...)))))).,{{,((((.{{{(((((((((((((((.({{{{({{{.....|||,,.....}))},,.,,,}||,,{|...(((((((((....((((.....))))..))))))))),{(.{(((({...}))))).))}.,|||{|,||||}}}}))}}.|||||,..,}|||}{{((((,{{{{{||||.||||{....)))))...,{{,,,.........}}}))}|}}}||..,}}}..,,,,||||{{(((({...,,,,((((({{{{((.(((((,,.....,||,(((((,.{,{{(.,,,(((({{..}}.||,,,|||||...,{{{{{||||||||((((,(((({....})))}.))}},,({{{{{{,{(((((((.{......}.)))))))}((({{{{.,((((((((.(((((((((.(((((.,.......))))))))......}))))).))).))))).....,{{{{(((....((((((((.{,....,}.))))))))..,,})},..,||,|,{{{{..,,....|||||((((,,((({((.((((((((((....((((((.......)))))}..((,{{{{||(({{{{{,,....,,..(((((({...)))))))..(((((((((...((((((({({...}}),.))))))),)))))).)))..,.,,{{{.....{{||||{,{|},,,,,,..,{..{(({,,,{,..{{{{||||,..,}||||,.{|||{{,,|||,|,}||},,,})}||{{{{,,,,,|||{{|{.|||||,}}}}..}}}..,..}})),,,))))}))..})).})}})),)))},,,..{|...,))|,|}|,||||}}|}|||}}}}.}},...,))))))}}|..,.,{||||.....}}|.|||,,,||{(({,..,}}}}.},,},)))}}))},,,,,,,.,..,,|}|{(((((((((..(((..((.(((.,(((((((,...})))))))...(((..((((((((..,{,(((((,((..{{|,||||(((..{{........,||,.}||||}|}}||||}},|((((({...,|,,,.{||||))||)))))),),))||)),,,((((((((........))))))))}},,....))))))))....)))((((((((((({..,{{...,||,{{,(,,{{{{||({{,(({,{,,,,.((......}}....|{.{,.{,,,..{{....}),.,,,,.,,..{{{,...}))},.},}))}}}})))),|||,,,}}}})))))))))))......((((...))))..))).)).)))..)))))))))}}||||}}}...)))),}},,))}))))))}}})))})))))),,,,,,,......{{{|(||||}|}}||{|||||}||{|,.{((({((({{{{|||}}}}}})),)))}}}}}}}))}}))))))))))})}}..,|||||||||}},...(((((,....}}}}|||}}}})))).,(((((((,....}}))}|||,|||,,,,,|||.{{{{...({,{{,,{..,,,|..,||||,...((((({{{((.{(((...........)))}.))))))))),.}}}},}}|}||}||||,}||||||(({(((..,((({{,,,.,||||..}}}}},.((((((((...((((..{.({((...((((((((((.,(.((((....{{(((({{,....,({((..((,({{{.{.(((((....))))).}.})))),.)))).,,,,.,}}}})}}}{((({,,.....,))))})))).)..)))))).....))))..)))),..))))...)))))))).....(((((((.{((....))).))))))).,,,}.))}))))})}}...,,,)})))}||{(((((({{{{,,||||..|||||,.,|||||,.{(((((.,...{({{{.{{((..({{{|||......}},,.))))..))))))))),,,..))))))}))))),))))}}))))))},},,,
Back