Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322971.2
Sequence Length
1718 nt
GC Content
0.4121
GUUGCGCUUCAUAGACGCCGCGUGUACCCGGUUGUCCUCAGGCGCUGUCAGAUCUGUGGUUUUUCUACUUGAAGGACACAAUGUUUUCCAAACUAGCACAUUUGCAGAGGUUUGCUGUACUUAGUCGCGGAGUUCAUUCUUCAGUGGCUUCUGCUACAUCUGUUGCAACUAAAAAAACAGUCCAAGGCCCUCCAACCUCUGAUGACAUUUUUGAAAGGGAAUAUAAGUAUGGUGCACACAACUACCAUCCUUUACCUGUAGCCCUGGAGAGAGGAAAAGCUGGGAACUUCUGGGGUAGGACGUUGUCUGCUAUCUCCAGUUCCACAGACCCAACCAGUUACGAUGGUUUUGGACCAUUUAUGCCGGGAUUCGACAUCAUUCCCUAUAAUGAUCUGCCCGCACUGGAGCGUGCUCUUCAGGAUCCAAAUGUGGCUGCGUUCAUGGUAGAACCAAUUCAGGGUGAAGCAGGCGUUGUUGUUCCGGAUCCAGGUUACCUAAUGGGAGUGCGAGAGCUCUGCACCAGGCACCAGGUUCUCUUUAUUGCUGAUGAAAUACAGACAGGAUUGGCCAGAACUGGUAGAUGGCUGGCUGUUGAUUAUGAAAAUGUCAGACCUGAUAUAGUCCUCCUUGGAAAGGCCCUUUCUGGGGGCUUAUACCCUGUGUCUGCAGUGCUGUGUGAUGAUGACAUCAUGCUGACCAUUAAGCCAGGGGAGCAUGGGUCCACAUACGGUGGCAAUCCACUAGGCUGCCGAGUGGCCAUCGCAGCCCUUGAGGUUUUAGAAGAAGAAAACCUUGCUGAAAAUGCAGACAAAUUGGGCAUUAUCUUGAGAAAUGAACUCAUGAAGCUACCUUCUGAUGUUGUAACUGCCGUAAGAGGAAAAGGAUUAUUAAACGCUAUUGUCAUUAAAGAAACCAAAGAUUGGGAUGCUUGGAAGGUGUGUCUACGACUUCGAGAUAAUGGACUUCUGGCCAAGCCAACCCAUGGCGACAUUAUCAGGUUUGCGCCUCCGCUGGUGAUCAAGGAGGAUGAGCUUCGAGAGUCCAUUGAAAUUAUUAACAAGACCAUCUUGUCUUUCUGAGGGUAGCCAGCUGUUUUCAGUGGUCCCUGGGAGCCAGCUGGAGACAGGUGGUCCUGUAAAAGCUUUAUUCCUAAUGUGGGCACAUUCCACUCCCAUGAGUCUUCAAAAACUUUUUUUUUGAAUAUAUUUUUUUCAGUUGAUACAUAAUAGAACAACGUUUAUGAACCUGCCGUUUGCUUUGUAACGUAACUAAAUAAUGUAAUGGCAUCUAUAUUCAGUUGAAGUGUUUUGAUGUGCAUGUGUACUUCCUAAGGUGAAAUGCAUCUAUAUACAGACAGCCUCUAAAUCAAGUCCUUCAGUAUAAUUGAUAUAUGUUUUUAUAAUUUCCUCACUGGUAUAAGUGUUUCAUAUUUGAAAAAGUUAUCUCUGGGUAUUGCAUAAAAGGCUUCAUCUUAUAAAGUGAAAUCAUUGUUAUUGAAUUUUAGGAAGGAUUAAUGGUUAAGUGUAUAUAAAAUACUAAUAUUAAGUAAACUUCAUAUUGGCCAACACCAGGGUUGUAUUCUAUGGAUGUCAUUAUUUUGAAUUAAGAAUUAGUGUUUAACAUUCCUAAAUUGUUUUGAGUGCUUGAUUAUAAUUUGUAAAAAAUGUUUAUUUUCAAUACUUCUUUAAAUUUAAAAUAAAGCUUAUAUUUCAAAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-464.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -501.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 546.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((....(((((((........))).))))...)))))).((((((..((((.((((((.....))))))))))..((((...))))..(((....)))((.((((((((((..(((((.((((((......)))).(((((....))))).......)).)))))....)))))...)))))))......))))))(((((((.......(((((((((((.((((.......)))).(((((......(((((((((((....(((((((((((((...((((((((.(((((..((((.((((((((((((((..((..((((....((.((..(((.((((((.((...((((((((((........)))))((((.((((..((((((((.((((.(.((.....)).).))))..)))))..))).)))).)))).(((.......)))......)))))...)).)))))).))).)).))....))))..)).(((((((.(((.....)))...))))))).....(((((........))).))((.....)).))))))).)))))))((((..((........))..)))).....))))..)))))))))))))((((((((...))))))))...(((..((((((((....((((((.....(((.(((((((..((.........))..))))))))))))))))(((((((....((((.((...)).)))))))))))((((....((((((((........))))))))))))....))))))))....)))...((((((.(((((((.((((.(((((((((((..(((((((((.....((......))....((.((.((((..((....))..))))..)).))......((((..((((((..((...(((((((....))......)))))..))..))))))...))))..)))))))))..))))...(((((((..((.....)).))))).))))))))).)))).))))..........((((((...))))))...))).))))))((((.((((((((((((((((...))).))).)))))))))).))))))).....)))))..)))))...(((((.....)))))............(((((((((((....(((((((((................(((((..(.....)..)))))....(((((((.((.((((...........)))).)))))))))..)))))))))..))))).)))))).((((((...(((((....)))))..)))))).((((((((...((((....((((...((((((((((..(.((((.....(((((((......((((..((((......(((((....)))))....))))..))))......)))))))..(((((........))))))))).)..)))))).....))))..))))...))))...)))))))).....(((((((.(((....))).)))))))......)))))))))))......)))))...(((((((((((((((((.((.((...((((((..((((((((..(.(.....).)..)))))))).....))))))......)).)).)))))..)))))))))))).))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((....(((((((.{......))),,)))...)))))).((((((..((({{((((((.....))))))))))..{{{,...,}}}..(({....})},({(((({(((((..{((((.((((((......)))).(((((....))))).......)).))))}....))))}...}}},}}}}.....))))))(((((((.......(((((((((((.((((,......}})),|((((......,{(((((((((....{((({{{{((((({,,({{{((((,(((((..{{{|.{|||||||{|||||}.|}}.,({{{{{,,,...,,||||{.,|}|}||||.,,{{{{(((,.,,....{{,|}}|.,,,|||||,{({{((({.{((({{,{({,.,,||,|,|||,..,}|||{{{{,{|{{{,||,|.|||,..|,.}}}}}}}}}})}}}}},}}}}}})))}}})}}}},}|,,.,||||||||,((({(((,{((....,}}}.,,}}}|}|}..,,,{,(((.,......})}.}}||,.,}|||,))))))).}}}})})|(({{{,,.,,.......,|||||}.},,))))..}))}}||||||}|(((((((,...}))))))}...(((..((((((((..,{,(((((,((..{{|,||||(((..{{........,||,.}||||}|}}||||}},|((((({...,|,,,.{||||))||)))))),),))||)),,,((((((((........))))))))}},,....))))))))....)))..,{{(({(,({{((((.((((.((((((({(((,,(((((((((...,.((......}}....{{.{{.{{{{..{{....))..}}}}..,..}}......{(((.{((((((..((.,.(((({,,....}},},}..))}))..))..)))))),}.)))).,))))))})),,)))}...{{(((((..{||...,)}.))))).,}))))))).)))).)))}..........((((((...}))))),,}))),))))))||||.(((((((((((((({(...))},))},)))))))))).))))))),....))))}..})))}..,|||||,....}}}||||.,,,},},..(((((((((((....(((((((((.........,,,{...{{{{{..{..,..}..}}}}},...((((({{{((.((((...........)))).)))))))))..)))))))))..))))).}))))).((((((...(((({....}))))..}))))}.((((((((...((((..{.({((...((((((((((..(.((((....{{(((({{,....,({((..((,({{{.{.(((((....))))).}.})))),.)))).,.,,.}}}}}}}}}(((({,,.....,))))))))).)..)))))).....))))..)))),..))))...)))))))).....(((((((.(((....))).)))))))....,.)))))))))},......)))))...(((((((((((({((({..{{(({,.{{((({,.{(({{{{{..,|||||.||{|..||||}||,.....}}}},)}},..,}))))))))))..)))))))))))}.))))))))))))))))))
Back