Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322994.2
Sequence Length
3103 nt
GC Content
0.5002
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACAGCGGGGAGGGCGGGAGCCGGCUCUCGGGCGGCGGCGCUGAAGUUUCCUUCCCGCCGCGCUCUCACCCCGGGCUGGCGCCCCGUGCCAUGCGGGAGCGCUGGGGCGGCGGGGCAACAUGAAGGGCGGCGACAGGGCUUACACCCGAGGUCCCUCUUUGGGGUGGCUCUUUGCUAAGUGCUGCUGUUGCUUCCCGUGUAGAGAUGCAUACUCUCAUUCCUCAAGCGAGAAUGGAGGCAAGUCCGAGUCCGUGGCCAACCUGCAGGCCCAGCCCUCCCUGAACUCCAUCCACAGUUCCCCGGGUCCCAAGCGCUCCACCAACACUCUUAAGAAGUGGCUGACGAGUCCUGUGCGUCGGCUUAACAGCGGGAAGGCAGAUGGAAACAUCAAAAAGCAGAAGAAAGUUCGCGAUGGUCGGAAGAGCUUUGACCUGGGAUCUCCCAAGCCUGGGGAUGAAACAACCCCUCAGGGAGACAGCGCUGAUGAGAGCAAGAAAGGUUGGGGUGAAGAUGAGCCGGAUGAAGAGUCACACACACCCCUCCCACCACCUAUGAAGAUUUUUGACAACGACCCUACACAGGAUGAAAUGUCCUCCUCUUUGCUAGCAGCCCGGCAGGCUUCCACUGAAGUACCUACUGCUGCAGACCUUGUCAAUGCAAUAGAAAAGUUGGUCAAAAACAAGCUGAGUCUAGAAGGAAGCUCAUACCGGGGGAGCUUGAAAGACCCUGCAGGCUGCCUGAAUGAGGGGAUGGCCCCACCCACACCUCCUAAAAACCCAGAAGAAGAACAGAAAGCCAAGGCCCUGAGAGGCAGGAUGUUUGUCCUGAAUGAGCUGGUACAGACAGAGAAAGACUAUGUCAAGGAUCUGGGCAUUGUGGUGGAGGGCUUCAUGAAGAGAAUAGAAGAAAAGGGUGUCCCUGAGGAUAUGCGAGGAAAGGACAAAAUCGUGUUUGGAAAUAUUCAUCAGAUUUAUGACUGGCAUAAGGAUUUUUUCCUGGCGGAACUGGAAAAGUGUAUCCAGGAGCAAGACAGAUUGGCACAGCUCUUUAUUAAGCACGAGCGGAAGCUGCACAUCUACGUGUGGUAUUGUCAGAAUAAGCCGCGCUCAGAGUACAUCGUUGCUGAGUAUGACGCCUACUUUGAGGAGGUAAAACAGGAGAUAAAUCAGAGGCUGACACUGAGUGACUUCCUCAUCAAGCCCAUUCAGAGAAUAACAAAAUACCAGUUGCUCCUCAAGGGACCAUAUUGGAUAUCUUUCUCUAGAGGGGAAAAGAUUGUCUCAGGAGGACCGUGGAUCCAGGUGGACCCCUCUCAGACAAAAGCAGUGGAGUUAAUGUGCCUUGUUCCCAAACGCUGCAAUGACAUGAUGAAUCUAGGACGUCUGCAGGGCUUUGAGGGCACUCUGACUGCUCAGGGGAAGCUGCUGCAGCAGGACACAUUCUAUGUGAUCGAGCUGGAUGCAGGCAUGCAGUCCCGGACCAAAGAGAGGCGCGUGUUCCUCUUCGAGCAGAUUGUCAUCUUCAGUGAACUGCUCAGGAAGGGAUCCCUCACCCCUGGCUACAUGUUCAAAAGGAGCAUCAAGAUGAAUUACUUGGUCCUGGAGGAGAAUGUGGACAAUGAUCCCUGCAAGUUUGCACUCAUGAACAGAGAGACUUCUGAGAGGGUUGUUCUGCAAGCCGCCAACGCUGACAUCCAGCAGGCCUGGGUGCAGGACAUCAAUCAAGUCUUAGAAACACAGCGAGACUUUUUGAAUGCACUGCAAUCGCCCAUUGAGUAUCAACGGAAAGAAAGGAGCACAGCUGUGAUGAGGUCUCAACCUGCCAGGCUUCCCCAAGCCAGCCCCAGGCCCUACUCCUCUGUUCCUGCGGGCUCAGAGAAGCCCCCAAAGGGCUCCAGCUAUAACCCACCUCUGCCUCCCCUGAAGAUAUCUACCUCCAAUGGCAGUCCAGGGUUUGAAUACCACCAGCCUGGGGACAAGUUCGAAGCCAGCAAGAACGACCUGGGAGGCUGCAAUGGGACCUCGUCCAUGGCCGUGAUCAAAGAUUACUAUGCACUGAAGGAGAAUGAAAUCUGUGUGAGCCAAGGUGAGGUGGUCCAGGUCCUCGCCGUCAACCAGCAGAACAUGUGUCUGGUGUACCAGCCUGCCAGCGACCAUUCCCCCGCCGCCGAGGGCUGGGUCCCAGGCAGCAUCCUGGCGCCCCUCACCAAAGCCACAGCAGCAGAAAGUAGUGACGGGAGCAUCAAGUAAGUGCCUCGUUGGCUUCCCCGGGAGAGGAGUAUGAGGAUUAAAAAUAUUCAGAAACAAACAAAAGAACACAAAAAUGCAAACACAUGGUAGGGAAUUACUACUGCUUAUUCUCAACAGUACCACAGAACCAGUGUUUGAGUGCUGACACCAUAUGCAACAUGGGGCAUCCGGGCUGGAGUGAUCCAGUUUUUUAGUUGGUGGUGGCGAUGAUUUUUCUUUCCUUUUGGUUUAUAAUUUUCUGUUCAUUUUUCCCCCUUUCUCCCCCACAUUCAUUAAGAACCCUACUGAAACCCUAGGUGACAAAAGGUGUGCCUUCUGUUGCCACAUUUGACCCACCACAGGACUCACUGGACUGGACUUCUAUUUAUAUUGUAUUAAGUAACUGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUUGAUUGACACCAAAAAAUUACCUUGGCACAAAUGCCAGACCUGUGAAGGUCAGAGGCCCGCUGCUUUUCCCAGGAGGGAGGGAACUUUUUGGUUGUCUGUGGCAAUUCCUCUGUACAGAUUGUAACUUUUUAAAAAUUUCCCUUCACCCCGUCACUUGAAUAUAUGUUCAUAGUAAUUUGUAAGAUACUUCUUUUCCUUAUUUUGGUUGCAAGACCCUUCCGAACACAUUCCUGUAUAAAGUAUUUUGCACUAUUUAAAGAAACCCAUAUGGAUGAAGUCAGGAUGUGCAAUAUGAUGGCGUCACAGUGCUCAUCGUUGUACCUGUAAUGUAACUAAUCAGUUUAAAUGUACUAUUUUAAAUAUGUAAAAUAAAUUUUCACCAUGAGCAUGUUUUAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1016.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1077.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 893.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...........)))))))((((((((.(((((((((((.(.((((((((((((...((((.((...)).))))..)))........))))))))).).)))))).)))((((((.((((((((((((......).)))).)))))((.(((((((((.(.((.(((((((.((((((.((.(((((((.....))))))))))))))))))))..)).)).))))))))))))(((((....))))).(((.(((((.((....)))))))))))).)))))).))))))))))(((.(((......((((((((..(((((........)))))((((((((..((((.((((((((.((((.......))))(((((((.........)))))))......((......)).((((....)))).....((.(((.....)))))..)))).)).)).)))).)))))))).((((((......((((.((...)).))))...))))))....(((......)))......((..((((((....(((..(.......)..)))....))))))..))(((((..(((.((((((((((((...........((((((.(((((((((((((((.(((.((((((..(((((((((....))))..(((.(((((.(((..(((((.....((((......)))).......)))))))))))..)).)))((((((.........)))))).......))))).))))))(((....(((((.(((......)))...))))).......)))...................)))...)))))).)))))))))))))))......(((.......)))..........))))))))))))...))).)))))))))))))(((((..((((((.........(.((((((....)))))).)......((((....((.((((((((((((((((((((......)))..(((...((((.....))))(((((..(((((........)))))...(((......))).....((((............))))....(((((((......))))))).(((.((((((((.((...((((((((...(((((..(((((.....((..(((((((((((((....(((........((((...))))..)))....))))))))).....(((.(((((((((.......((((((((((.((((...)))).)).))))).)))..)))))).))))))......((((((..(((((.....((.(((....)))))))))).))))))..((((.(((.(((.(((.((..((((((.......................((((((((((...(((((...((((((..((((((....))))))....(((((.((((..(((((((...))))).))..)))).).))))((((((.(((((........).).)))))))))(((.((((((((((((((.......))))...))))))..))))))).)))))).)))))...))((((((.....))))))((((........)))))))))))))).))))..))))).))))))))))))))..)))))))..))).))...)).)))))).)).))))))))))).)))))...((((.....))))..)))(((((((((..((((((..(((((((...........))))))).))).)))..))))....))))).)))))))((((.((((..(((((((((.(((((((((((((((((...(((..((((((((........((((((((.......(((((..((....))..))))).(((((.....)))))........(((((....(((((.....((.((........)).))..)))))....)))))............))))))))....((((...........)))).....))))))))))).))))))))))).)))))).))).....(((((((((((.((((((((.(((...((((((((.(((....(((((((.((((((((..((.((.(.....).))))...((((((((((.(..(((((((((..(((..........))).))...)))))))..)))))))).)))))))).))))))))))...(((((((((((.(((((((((((((((.((((.......))))))))).((((((...(((...((((...((((...((((((...((((((....((((((.....((((((.(((((((.((((.(((......(((((...........))))))).)...)))))))))))..((((..(((((.((((........))))..((((((((....))))))))......)))))..))))...)))))).....)))))).........))))))...))))))...)))).)))))))...((((...((....))..))))......(((((((.((((....)))).))))))).........(((...(((......)))...))).....((((((........))))))...(((((((((....)))))))))((((........)))).........(((((....)))))(((((....))))).))))))))))))))))..(((((((.......))))))))))).))))))).....)))..))))))))................)))))))))...................)).)))))))))))..((((....)))))))))).)))).))))........))))))))))))))))........(((((((((.(((((((((.....(((.((((((((((((((...((((((..(((((((......))).)))))))))))))).......)))..))).)))).))).....)))))))))))))))))).))))))..)))))))).)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((({,.((((........)))).)))))),(((,(({(((((({,,(,((((((((.(((,,((((((((((((({{(((((..((((....)))).))))))))))((((((((({(((((((...)))))}.}}(((((.((((((.(,(((((((((((.{.((.(((((((.((((({,((.(((((((.....))))))))))))))))))))..)).)).})))))),,},,{{(((....}))}}.(((.((((,{((....)))))))))),,,.{{{({....)).)))...))))).).)))))).))))).(((((........)))))((((((((..((((.((((((((.(((({....}.})))(((((((.........)))))))......((......)).((((....)))).....((.(((.....)))))..)))).))},).)))).)))))))).((((((......((((.({...}}.))))...))))))..,,{((....,,})).....,,.})))))))).)).)))))))((((((............(((({(((((((..(((.((((((((((((......,,...((((((,(((((((((((((({.{(,.((((((.,(((((((((....}}}}|.,{,.{||||||{({{,,,||,..,}||,|||...,||||,,,....,)}}}|||,||||,,.,}}|||||{....,,|||}|}||||...,..,))}).))))})|||...|{((((.{({...,..}}}..,}}}||........}}........{{{...{{...,)).},)))))).)))))))))))))))...,.,(((.......)))..........))))))))))))...))).))))))))))))))))){{{{,((((((((((...(.((((((....)))))).)((((((((((.,((((((({,.{(({....,}},{(({{{,,,,,{{({{{...,{{{,,,,,||||{{,...,(({{{..}},...}))))||||,,..,,,,,,|{|.,,|{||,....,,|{{,,,|||,,..}))}}.,,,,,...(((((((((((.(((((((((,{,{(((((,{{.,..,,,|.||}}||,,},,|{,{{{{{((((({(((....{((,.,.....((((.,.}}}}}.))),...}}))))))}.,..,{{{.{({{{{({{,......,,.(({{{(({((((,..|||,{||,,||||{|,|..||||||.||||}|{.....||{|||}.|||||,....{{,|||}.,})),)))||||,||}},...(((({((({{{{.,{({((,{,,,,,({{{{.{{{{{..{,{........,,||||,|))}}))||,).}}})|}|}}}||||||}},|||,(((({{{(((((,((((..(((((((...))))).))..)))},|,|||}{(,(((,{{(|{........|,|,||}},}}}}{||||||,(((((({({.{({{,..|||||,.}))))},|}}|||||,|}},,,.}}}}),{{||(({(((...,,||}}}|{{{{........}))))))))}}}})}}.))}})).,,.,}})))))|||.||||}},(((.......}}},,,,}))))}}}|||{((({{{|||}.||(((...((((.....)))).))).,||,|||||}}||((((..(((((((.,........,))))))).}))}.||,.}}}},.,,,}||.((({...}))).))........||,|{{.(((((((((((((((((...(((..((((((((...,...,((((((((.......(((((..((....))..))))).(((((.....)))))........(((((....(((((.....,(.{(........}}.,,..)))))....))))).,..........)))))))).,..((((...........))))....,))))))))))).)))))))))))}}))))).|||{||...}}}}}},.,.},||}}}}}.,..,,..,}|||((((.((...(((((((.((((((((..,{.((.,.....,.)),}...{(((((((((.(..(((((((.,,.(((..........,},})).,.)))))))..)))))))},)))))))).))))))))))...))))),}))))},...,},,,((((((.((((.......))))))))))})))))))),}},)})))))},,.||,,.....,}})))........................,{|......,,,(((((.......))))))))))))))..)))))))))))...,}}))}},))}}}|||}.((((({.,,{{{{.,{({.,,}}}{(((((((....))))))),....}})))))})))),)))))))))))))))))...........)))))))))).}))))))))),))))))))}...{(({.,,,|,..,{{..||..{{{...))|,.||..||({{{(({.{{|((((||(((((({{{{,,.,,(((..,...,,)..,})|,,{{{{(({(((({,{{,{{{||,,..,||||||{{|,...}))}}}}||((((........)))}},.......(((((....)))))(((((....)))))|{(({{.....)))))),,,.((..((((((((.((((((((((((((({,((.......)))))))))...)))}...,))))).))))))))..)).,,,{{{(((({,,|,|||||,}||,,,.{(((((({{{{|,,,..........{(({{{,,,||..|,,..,,{{{......})}...)))}}))))))),}},.,,,.,....,,}},}))}}}}})))|}}}))))}}}}}.)}.))}}.}}}.||}}|)|)}|}}))))}.|,,.,..,{{{....}}}}||.,.,,}},,{|||||||,,,|}}}}}}.......},.})))))))))))}))))}.
Back