Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323000.2
Sequence Length
2980 nt
GC Content
0.4993
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACAGCGGGGAGGGCGGGAGCCGGCUCUCGGGCGGCGGCGCUGAAGUUUCCUUCCCGCCGCGCUCUCACCCCGGGCUGGCGCCCCGUGCCAUGCGGGAGCGCUGGGGCGGCGGGGCAACAUGAAGGGCGGCGACAGGGCUUACACCCGAGGUCCCUCUUUGGGGUGGCUCUUUGCUAAGUGCUGCUGUUGCUUCCCGUGUAGAGAUGCAUACUCUCAUUCCUCAAGCGAGAAUGGAGGCAAGUCCGAGUCCGUGGCCAACCUGCAGGCCCAGCCCUCCCUGAACUCCAUCCACAGUUCCCCGGGUCCCAAGCGCUCCACCAACACUCUUAAGAAGUGGCUGACGAGUCCUGUGCGUCGGCUUAACAGCGGGAAGGCAGAUGGAAACAUCAAAAAGCAGAAGAAAGUUCGCGAUGGUCGGAAGAGCUUUGACCUGGGAUCUCCCAAGCCUGGGGAUGAAACAACCCCUCAGGGAGACAGCGCUGAUGAGAAGAGCAAGAAAGGUUGGGGUGAAGAUGAGCCGGAUGAAGAGUCACACACACCCCUCCCACCACCUAUGAAGAUUUUUGACAACGACCCUACACAGGAUGAAAUGAGUCUAGAAGGAAGCUCAUACCGGGGGAGCUUGAAAGACCCUGCAGGCUGCCUGAAUGAGGGGAUGGCCCCACCCACACCUCCUAAAAACCCAGAAGAAGAACAGAAAGCCAAGGCCCUGAGAGGCAGGAUGUUUGUCCUGAAUGAGCUGGUACAGACAGAGAAAGACUAUGUCAAGGAUCUGGGCAUUGUGGUGGAGGGCUUCAUGAAGAGAAUAGAAGAAAAGGGUGUCCCUGAGGAUAUGCGAGGAAAGGACAAAAUCGUGUUUGGAAAUAUUCAUCAGAUUUAUGACUGGCAUAAGGAUUUUUUCCUGGCGGAACUGGAAAAGUGUAUCCAGGAGCAAGACAGAUUGGCACAGCUCUUUAUUAAGCACGAGCGGAAGCUGCACAUCUACGUGUGGUAUUGUCAGAAUAAGCCGCGCUCAGAGUACAUCGUUGCUGAGUAUGACGCCUACUUUGAGGAGGUAAAACAGGAGAUAAAUCAGAGGCUGACACUGAGUGACUUCCUCAUCAAGCCCAUUCAGAGAAUAACAAAAUACCAGUUGCUCCUCAAGGACUUCCUGAGAUACAGUGAGAAGGCUGGUUUGGAGUGUUCAGAUAUUGAGAAAGCAGUGGAGUUAAUGUGCCUUGUUCCCAAACGCUGCAAUGACAUGAUGAAUCUAGGACGUCUGCAGGGCUUUGAGGGCACUCUGACUGCUCAGGGGAAGCUGCUGCAGCAGGACACAUUCUAUGUGAUCGAGCUGGAUGCAGGCAUGCAGUCCCGGACCAAAGAGAGGCGCGUGUUCCUCUUCGAGCAGAUUGUCAUCUUCAGUGAACUGCUCAGGAAGGGAUCCCUCACCCCUGGCUACAUGUUCAAAAGGAGCAUCAAGAUGAAUUACUUGGUCCUGGAGGAGAAUGUGGACAAUGAUCCCUGCAAGUUUGCACUCAUGAACAGAGAGACUUCUGAGAGGGUUGUUCUGCAAGCCGCCAACGCUGACAUCCAGCAGGCCUGGGUGCAGGACAUCAAUCAAGUCUUAGAAACACAGCGAGACUUUUUGAAUGCACUGCAAUCGCCCAUUGAGUAUCAACGGAAAGAAAGGAGCACAGCUGUGAUGAGGUCUCAACCUGCCAGGCUUCCCCAAGCCAGCCCCAGGCCCUACUCCUCUGUUCCUGCGGGCUCAGAGAAGCCCCCAAAGGGCUCCAGCUAUAACCCACCUCUGCCUCCCCUGAAGAUAUCUACCUCCAAUGGCAGUCCAGGGUUUGAAUACCACCAGCCUGGGGACAAGUUCGAAGCCAGCAAGAACGACCUGGGAGGCUGCAAUGGGACCUCGUCCAUGGCCGUGAUCAAAGAUUACUAUGCACUGAAGGAGAAUGAAAUCUGUGUGAGCCAAGGUGAGGUGGUCCAGGUCCUCGCCGUCAACCAGCAGAACAUGUGUCUGGUGUACCAGCCUGCCAGCGACCAUUCCCCCGCCGCCGAGGGCUGGGUCCCAGGCAGCAUCCUGGCGCCCCUCACCAAAGCCACAGCAGCAGAAAGUAGUGACGGGAGCAUCAAGUAAGUGCCUCGUUGGCUUCCCCGGGAGAGGAGUAUGAGGAUUAAAAAUAUUCAGAAACAAACAAAAGAACACAAAAAUGCAAACACAUGGUAGGGAAUUACUACUGCUUAUUCUCAACAGUACCACAGAACCAGUGUUUGAGUGCUGACACCAUAUGCAACAUGGGGCAUCCGGGCUGGAGUGAUCCAGUUUUUUAGUUGGUGGUGGCGAUGAUUUUUCUUUCCUUUUGGUUUAUAAUUUUCUGUUCAUUUUUCCCCCUUUCUCCCCCACAUUCAUUAAGAACCCUACUGAAACCCUAGGUGACAAAAGGUGUGCCUUCUGUUGCCACAUUUGACCCACCACAGGACUCACUGGACUGGACUUCUAUUUAUAUUGUAUUAAGUAACUGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUUGAUUGACACCAAAAAAUUACCUUGGCACAAAUGCCAGACCUGUGAAGGUCAGAGGCCCGCUGCUUUUCCCAGGAGGGAGGGAACUUUUUGGUUGUCUGUGGCAAUUCCUCUGUACAGAUUGUAACUUUUUAAAAAUUUCCCUUCACCCCGUCACUUGAAUAUAUGUUCAUAGUAAUUUGUAAGAUACUUCUUUUCCUUAUUUUGGUUGCAAGACCCUUCCGAACACAUUCCUGUAUAAAGUAUUUUGCACUAUUUAAAGAAACCCAUAUGGAUGAAGUCAGGAUGUGCAAUAUGAUGGCGUCACAGUGCUCAUCGUUGUACCUGUAAUGUAACUAAUCAGUUUAAAUGUACUAUUUUAAAUAUGUAAAAUAAAUUUUCACCAUGAGCAUGUUUUAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-971.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1028.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 874.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..((((........)))).)))))).....((((((((((..(((((((((((.(....).))))))(((((.(((((..((((....)))).))))))))))((((.((((.((((.((((((((...((((((((.((((((.(.(((((((((((.(.((.(((((((.((((((.((.(((((((.....))))))))))))))))))))..)).)).))))))).....(((((....))))).(((.(((((.((....))))))))))....(((((....)).)))...))))).).)))))).))))).(((((........)))))((((((((..((((.((((((((.((((.......))))(((((((.........)))))))......((......)).((((....)))).....((.(((.....)))))..)))).)).)).)))).)))))))).((((((......((((.((...)).))))...))))))....((((.(((((((((((.........((((((....(((..(.......)..)))....))))))((((((((.........(((((((........(((....))).....((((((..........)))))).(((((((((((..((((.((((((((((..((((.....((((....)))).(((...((.((..((..((((((.............((....))((((.....)))).(((((((((..........)).)))))))......(((...))).....))))))..))..)).)).)))((((((.......)).))))....(.((((((....)))))).).....(((.((......)).)))......((((((((...((((....(((....(((((((((((.(......).)))))))...)))).((((((((.((.((((((...((((............))))....(((((((......)))))))..((((((.....(((.(.(((((((((...((((.........))))..)))))))))).))).......((......)).....))))))(((((((.(((.......)))..)))))))..............(((.(((((.(((((((((((((...((..((((......))))..)))))).)))).....)))))..)))))))).)))))).)).)))))))).....)))...))))..)))))))).))))..))))))))))))))(((....)))...((((((((((((..(((((.((((..(((((((...))))).))..)))).).))))((((((.(((((........).).)))))))))))))))..))))))....((.(((((((((...(((((....(((((((((........))((((((.(((...((((...(((((........)))))))))....))).)))))).....)))))))(((....)))(((((....(((((....)))))...((.((((...)))).))(((...((((.....)))).))).(((((((((..((((((..(((((((...........))))))).))).)))..))))....))))).)))))................)))))..(((((((((((((((((...(((..((((((((........((((((((.......(((((..((....))..))))).(((((.....)))))........(((((....(((((.....((.((........)).))..)))))....)))))............))))))))....((((...........)))).....))))))))))).))))))))))).)))))).((((((...))))))....))))))))).))......((((((((.((...(((((((.((((((((..((.((.(.....).))))...((((((((((.(..(((((((((..(((..........))).))...)))))))..)))))))).)))))))).))))))))))...)))))....))))).......((((((.((((.......))))))))))))))))))))).....((((((...........))))))...................))))))).........)))).))))........))))).)))))).))))............(((((........))))).....))).))))))))..)))).)))).))))((((((((...((((.(((((((.((((.......((((.....(((((.((((....(((.......................)))...)))).))))).....)))).....(((((((.((((....)))).))))))).))))....)))))))..))))....))))))))(((((...((((((((((((......))))))).)))))........((((((........)))))).......(((((....)))))(((((....))))))))))))))))))))))))).((..((((((((.((((((((((((((((.((.......)))))))))...))))....))))).))))))))..))..(((.(((((.((((((((((.(((((((((.....(((((...(((.(((...((((((((((..(((....(((......)))...)))..)))))))............))).))).))).)))))((((...((((((..(((((((......))).))))))))))))))...............(((((((........))))))).......)))))))...)).)))))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((({,.((((........)))).)))))),(((,(({(((((({,,(,((((((((.(((,,((((((((((((({{(((((..((((....)))).))))))))))((((((((({(((((((...)))))}.}}(((((.((((((.(,(((((((((((.{.((.(((((((.((((({,((.(((((((.....))))))))))))))))))))..)).)).})))))),,},,{{(((....}))}}.(((.((((,{((....)))))))))),,,.{{{{{....)).)))...))))).).)))))).))))).(((((........)))))((((((((..((((.((((((((.(((({....}.})))(((((((.........)))))))......((......)).((((....)))).....((.(((.....)))))..)))).))},).)))).)))))))).((((((......((((.({...}}.))))...))))))..{{,((.......}},))......,.})))))))).)).)))))))((((((............(((({(((((((..(((.((((((((((((.....(((....))).....,,,{((((....,..{||||||..,,(((.((((((..,,...}}.)))))).))),...,,((((.,,,}}}}..,,...||||{{........,,........{{{...((....)),|}|.,}}}||||{(,,,,||||}}.,,,,,}}},.,})))),........,..))))))))))))...))).))))))))))))))))),{{{,((((((((((...(.((((((....)))))).)((((((((((.,{{((((({{,((({....}}},{{{{,,,,,,,|{{{{{...{{{{,,,,{||||{{|...,(({{{..,,,...}))))||||,,..,,..,,|{|.,.||||,....,,|||,,}|||,,..}))||,{.,,,..,(((((((((((.{{{{{{{(({,{{((((({{{,...{{{|,|||,}},}},,},.|}||||||||,|||....,{{{{,.....||{(.{,||||,.}|||{.,..,})))}},..,)}},.|||,},|,{{........,(({{{{|(({(((,{((,,.,||}}}}...{{{{},}..,))))}}||}}}}|}})).....{{({{,,{{||||{{(((({..{(((({(,..,.(((((.(((((..({(................)))))))).).))))})))))|,,}}}||.{((.(((((((((((({((((..(((((((...))))).))..)))|{|{(((|{{.||||{|||,,,..,...{{({((,,.,.}|{||||||,{{(((({({.{({(,,,{{|||,.}|}||||||||||||{{,|...,,,,,}}(({{((,(((...{{||,|||{{{{........})))}))))...,}},.})}))).....}}))))|((|.|||}))|(((.....,,|||,,..||}}|||,{{,{((({{{|||}.||(((...((((.....)))).))).,||{|||||},||{{{{..{((((({.|........}})))))}.}}}},||,.}}}},.,,,}{{.((({...}))).))........{{,{{{.(((((((((((((((((...(((..((((((((...,...,((((((((.......(((((..((....))..))))).(((((.....)))))........(((((....(((((.....,(.{(........}}.,,..)))))....))))).,..........)))))))).,..((((...........))))....,))))))))))).)))))))))))}}))))).|||,||...}}}}}}..,.}}|||}}},.,..,,.,,}||||(((.((...(((((((.((((((((..,{.((.,.....,.)),}...((((((((((.(..(((((((..,.(((..........,},})).,.)))))))..)))))))},)))))))).))))))))))...))))),)))))},...,,..,((((((.((((.......))))))))))))))))))),,}}),)})))|,,,|,,.......,}})).........................||,..,,.,,.|||||,.,.,,.)))))))))})))),,))))))))))}...},,))})})},}}}))}.((((({.,,{{{{.,{{{,,.,}}{(((((((....))))))),....}})))))))))),))))))}))))))))))...........)))))))))).}))))))))),))))))))}.,.{(({,,,,|,..,{{..||..{{{...))|,.||..||({{{(({.{{{((((||(((((({{{{,,.,,(((..,...,,)..,})|,,{{{{(({(((({,{{,{{{||,,..,||||||{{|,...}))}}}}||((((........)))}},.......(((((....)))))(((((....)))))|{((({.....)))))),,,.((..((((((((.((((((((((((((({,((.......)))))))))...)))}...,))))).))))))))..)).,,,{{{(((({,,,,|||||,}||,,,.{(((((({{{{|,,,..........{(({{{,,,||..|,,..,,{{{......})}...)))}}))))))),}},.,,,.,....,,}},}))}}}}})))|}}}))))}}}}}.)}.))}}.}}}.|||||}|}}|}}))))}.|,,.,..,{{{....}}}}||.,.,}}},,{|||||||,,,|}}}}}}.......},.}))))))))))))))))}.
Back