Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323069.2
Sequence Length
2621 nt
GC Content
0.5780
AUUGCCUGCUGCGCACCCGGACGUGCGGCUCCCCUCGGCCUCCUCGCCAUGGACGCGGACGACUCCCGGGCCCCCAAGGGCUCCUUGCGGAAGUUCCUGGAGCACCUCUCCGGGGCCGGCAAGGCCAUCGGCGUGCUGACCAGCGGCGGGGAUGCUCAAGGUAUGAACGCUGCCGUCCGUGCCGUGGUGCGCAUGGGUAUCUACGUGGGGGCCAAGGUGUACUUCAUCUACGAGGGCUACCAGGGCAUGGUGGACGGAGGCUCAAACAUCGCAGAGGCCGACUGGGAGAGUGUCUCCAGCAUCCUGCAAGUGGGCGGGACGAUCAUUGGCAGUGCGCGGUGCCAGGCCUUCCGCACGCGGGAAGGCCGCCUGAAGGCUGCUUGCAACCUGCUGCAGCGCGGCAUCACCAACCUGUGUGUGAUCGGCGGGGACGGGAGCCUCACCGGGGCCAACCUCUUCCGGAAGGAGUGGAGUGGGCUGCUGGAGGAGCUGGCCAGGAACGAUCGAUAAGGAGGCCGUGCAGAAGUACGCCUACCUCAACGUGGUGGGCAUGGUGGGCUCCAUCGACAAUGAUUUCUGCGGCACCGACAUGACCAUCGGCACGGACUCCGCCCUGCACAGGAUCAUCGAGGUCGUCGACGCCAUCAUGACCACGGCCCAGAGCCACCAGAGGACCUUCGUUCUGGAGGUGAUGGGACGACACUGUGGGUACCUGGCCCUGGUGAGUGCCUUGGCCUGCGGUGCGGACUGGGUGUUCCUUCCAGAAUCUCCACCAGAGGAAGGCUGGGAGGAGCAGAUGUGUGUCAAACUCUCGGAGAACCGUGCCCGGAAAAAAAGGCUGAAUAUUAUUAUUGUGGCUGAAGGAGCAAUUGAUACCCAAAAUAAACCCAUCACCUCUGAGAAAAUCAAAGAGCUUGUCGUCACGCAGCUGGGCUAUGACACACGUGUGACCAUCCUCGGGCACGUGCAGAGAGGAGGGACCCCUUCGGCAUUCGACAGGAUCUUGGCCAGCCGCAUGGGAGUGGAGGCAGUCAUCGCCUUGCUAGAGGCCACCCCGGACACCCCAGCUUGCGUCGUGUCACUGAACGGGAACCACGCCGUGCGCCUGCCGCUGAUGGAGUGCGUGCAGAUGACUCAGGAUGUGCAGAAGGCGAUGGACGAGAGGAGAUUUCAAGAUGCGGUUCGACUCCGAGGGAGGAGCUUUGCGGGCAACCUGAACACCUACAAGCGACUUGCCAUCAAGCUGCCGGAUGAUCAGAUCCCAAAGACCAAUUGCAACGUAGCUGUCAUCAACGUGGGGGCACCCGCGGCUGGGAUGAACGCAGCCGUACGCUCAGCUGUGCGCGUGGGCAUUGCCGACGGCCACAGGAUGCUCGCCAUCUAUGAUGGCUUUGACGGCUUCGCCAAGGGCCAGAUCAAAGAAAUCGGCUGGACAGAUGUCGGGGGCUGGACCGGCCAAGGAGGCUCCAUUCUUGGGACAAAACGCGUUCUCCCGGGGAAGUACUUGGAAGAGAUCGCCACACAGAUGCGCACGCACAGCAUCAACGCGCUGCUGAUCAUCGGUGGAUUCGAGGCCUACCUGGGACUCCUGGAGCUGUCAGCCGCCCGGGAGAAGCACGAGGAGUUCUGUGUCCCCAUGGUCAUGGUUCCCGCUACUGUGUCCAACAAUGUGCCGGGUUCCGAUUUCAGCAUCGGGGCAGACACCGCCCUGAACACUAUCACCGACACCUGCGACCGCAUCAAGCAGUCCGCCAGCGGAACCAAGCGGCGCGUGUUCAUCAUCGAGACCAUGGGCGGCUACUGUGGCUACCUGGCCAACAUGGGGGGGCUCGCGGCCGGAGCUGAUGCCGCAUACAUUUUCGAAGAGCCCUUCGACAUCAGGGAUCUGCAGUCCAACGUGGAGCACCUGACGGAGAAAAUGAAGACCACCAUCCAGAGAGGCCUUGUGCUCAGAAAUGAGAGCUGCAGUGAAAACUACACCACCGACUUCAUUUACCAGCUGUAUUCAGAAGAGGGCAAAGGCGUGUUUGACUGCAGGAAGAACGUGCUGGGUCACAUGCAGCAGGGUGGGGCACCCUCUCCAUUUGAUAGAAACUUUGGAACCAAAAUCUCUGCCAGAGCUAUGGAGUGGAUCACUGCAAAACUCAAGGAGGCCCGGGGCAGAGGAAAAAAAUUUACCACCGAUGAUUCCAUUUGUGUGCUGGGAAUAAGCAAAAGAAACGUUAUUUUUCAACCUGUGGCAGAGCUGAAGAAGCAAACGGAUUUUGAGCACAGGAUUCCCAAAGAACAGUGGUGGCUCAAGCUACGGCCCCUCAUGAAAAUCCUGGCCAAGUACAAGGCCAGCUAUGACGUGUCGGACUCAGGCCAGCUGGAACAUGUGCAGCCCUGGAGUGUCUGACCCAGUCCCGCCUGCAUGUGCCUGCAGCCACCGUGGACUGUCUGUUUUUGUAACACUUAAGUUAUUUUAUCAGCACUUUAUGCACGUAUUAUUGACAUUAAUACCUAAUCGGCGAGUGCCCAUCUGCCCCACCUGCUCCAGUGCGUGCUGUCUGUGGAGUGUGUCUCAUGCUUUCAGAUGUGCAUAUGAGCAGAAUUAAUUAAACAUUUGCCUAUGACUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1022.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1064.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 724.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.((((((((((((((.(((((((.(((.(((.((((((((.(((.((.(((....)))))((((((..((((((((..((....))....))))).)))....))))))((((..(((...))).))))..)))..)))))))).)))..)))...))..)))))))))))......)))))))))))))).....(((((((((..((((..((((......))))..))))..)))..(((((..(.((((....((((.((((.((..(((((((..((...((((((..((((((......))))))(.((((.(((((((((((((((...((((((((.......))))))))...(((..((((((((((......))))).))))).)))....(((((..(((((((((((((..(((.(.....((((((.....(((((((((.((............)).)))))))))..(((((((.((..(((((..((((.((((((....))))(((((((.......))))))).....)).)))))))))..(((((......(((..((((..((((.((((((.((......)).)))..........)))))))))))..))))))))..((((((((((..(((.((((((........)))))).)))..))))......)))))))).)))))))..(((((.((((((.((.(.(.((((((.((((.((((((((((((..(.(((......))))..)))))))))))).((((((((((......(((....))).((((.........(((((...........((((((.((..((((..(((((..............................)))))...)))).)))))))))))))))))..))))))))))....((.(((((..((....))...)))))))....((((((.....))).))).......)))))))))).).))).)))))).)))))(((((....)))))..))))))...))))..))).))))).)))))...))))).....))))))))).)))))).)))).).(.((((((.(((((((((((.(((.(..(((((......((.(((..((..............))..)))))........)))))..).))).))))).........(((.((((((.......((...((((......))))...)).......)))).)).)))))))))...(((((....)))))(((((.(.....).))))))))))).)..(((((..(((.(((...))).)))..)))))((((.....))))...(((..((((((((((((......))))).).))))))..)))(((((.(((..(((....((((((.((((((.....))))(((....)))........(((.(((((((((......)))))..)))).)))((((((((((.((((((...........))).))).((((((((((((...((((((((..(((((((((((.(.(((.((..((....))..))))).).)))))))..((((((((((((((.((((...(((....)))...((((.((((((((((((((.........(((((((.......)))))))................(((((((.((.....)).)).)).))))))))))...)))))))))))....)))).))))))))).))).))..(((((....)))))..(((((((((((((((((..........))))).............))))))(((..(.(((((..(((((........)))))...))))).)..)))........)).))))))))..))))))))..((((....))))..(((((((.(((..(((.((.((..((((...(((.....)))....))))..))....)).)))))).))))))).......((.(((((((...(((((.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).)))))))...)))))...........))))))).))................)))))))))))).)))))))))).(((((((..((..((((..((((.(((((((.((((...))).).)))))))...))))..))))..)).....))))))).......((.(((((....))))).))((..((((......((((((........))))))......))))..)).....))))))))...)))))).)))))))))))...))..)))))))))..)))))))))))).)..)))))(((.(..(((((.....(((((......))))).....))).))....).)))((((((.......))))))......(((....)))......))))))((((((..(((((...((((((.((((((((...)))))))))))))))))))..))))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.((((((((((((((.(((((((.(((.(((.((((((((.(((.((,(((....|}}|}((((((..((((((((..{{,,..}}.},.))))).)))....)))))){{{,,.{{{..,))),)})}..)))..)))))))).))},.)))...)}..)}})))))})),.,,,.)))))))))))))).....(((((({{...(({(,,({{{...{{(((((((...(((..((((((((..(.((((....((((.((({.((,.(((((((..((...(((((({,((((((,..,{,}}||||{{((((,(((((((((((((((,,.((((((((.......)))))))){{{,{,..(((((,{(((....,,,))))}}}))).}}.....{((((..(((((((((({((.{(((.{{{({,(((((((({,{(({((((,,.,||}|,||{||.||||,||||,||}|||{((((((.{(,.(((({..((((.((((((....))))(((((((.......))))))).....}).))))})))}..,{|||,}|,|||||,||{,,.,{{{{.,||||,,{{,,}}}}))}),|.{,|}.||.}||.||||||,|,.,.,,))))},||{||(((((..(((.((((((........)))))).)))..))))..,...)))))))).}}))))),,|||((.((((((.({{(.(.((((((.((((.((((((((((((..{.(((......)))}..)))))))))))|.((((((((((...,,,(((,,..|||.((((|,.......{((({{(((....})}}{{|||,{,.,({{{..{((,,...,,...........}}..||}|}}},...}},...,||||,|}}}}}}})})))))))..)))))))))).}..((.(((((..((....))...)))))})|..,({{(((,...,))).})).....,.)))))))))).).))).)))))).))}}}(((((....)))))..,})})|.,,}))}.,,,..})))},}))))...})))).....})))))))}||}}}}|,||||{|{({(({(({{(,((.,{{{({,({({({.,,((({{({{.(({((({.{..{{{,.,.{{{,|{}}..||||,.....}}})}}}}},}.))).)}))),,.,)}.,..||..))}})))))..,},}}}{|||},,}..}))),...,.,}}.))))},}}},||||||}}}..,{{(((....)))||(((((,(.,,..}.))))))),}||.},,|{{||.,{((.(((...))).)))},}))))}}})),.{(((((...))))))((((({(((({......))))).}.))))),.....(((((.(({..{{({...((((((.(({{((,,,|,}}}}{|,}}}}))),.......(((.(((((((((......)))))..)))).)))((((((((((.{{{,((...{{......))),))).((((((((((((...((((((((..((((({(((((,(.(({.{{..{{,,,,)),,),}||,|.}}}}}}},,|{({((((((((((,{(((..,(((....|||,,,{{{,,((((((((((((((.........(((((((.......)))))))................{{(((((.((.....)).))}})}.}})))))))...))))))))))}....,,,}.))))))))),))).,,.||{(({....))))}.,||||||(((((((((((,.........))))).............)))))){((..(.(((((..(((((........)))))...))))).)..))}........,}.,)}}))))..)))))))).,((({....}}}).,{((((((,({,.,.{{.{{.((..((((...(((.....)))....))))..))....)),})|})),}}}}||}.......{|,{{{{{||.,,|||{(.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).))))))).,.)))))...|||..,},))))))).))................)))))))))))).)))))))))).(((((((..((..((((..((({.(((((((.((((...))).).)))))))...})))..))))..)).....))))))).......((.(((((....))))).))((..((((......((((((........))))))......))))..)).....)))))))).,.,}}))).)))))))))))...))..))))))),,}})))))))))))).)..))))))))..)))...)))))))||{{......}}},,.......(({,....}}}..((((((.......))))))......||{}}}})))}....,))))))((((((..(((({.,,,(((((.{(((((((...)))))))})))))))))))..))))))...........,,,......,,,.......
Back