Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323070.1
Sequence Length
2314 nt
GC Content
0.5497
AGUUGGUGGAAAAUCACCGAGUUGGAAGGCUGCUCGGAGCAGUUGGAUUUUUCCAUUCCCUGGGAAGACCCACAGUCUCUGGGCAUUAAGCACUUAGUGAGUCUGGCACUCACUUGUUUCCGUGGGAGAGAUCCAGCCGUGGCUGUCGACAGCAGCUGCCGACUGUGCCCAAUAGAGAAGGUAUCUGGGAAAGAGCCCAGCACGGGGCCGGGGAGUGUGAGUGUGUCCUGGCACAGGCAGGCAGAAGGUGUCCAACGUGCAACUGGAGAGCGCAGAGGUGGCUCAAGUCCCCUUCCUCGCAGGAGUCUGGAAGGCUACUGCAUAGCGUUUGCCUUAGUAGAAAAUGGACCAUUUUUGAAGCCUAGGUCCCUGCAGGCCUCCUGGCUAACUCGGCUGUCAAAGCCCCUUUUCUCUGCUUUCUGAGCUGUUUCCAGGACUGAGUGGGUGCUCCCUCUGUUUCUCUGCUUUCUGAGCUGUGUCCGGGGCUCCCUCUGUUUCUCUUCCAGCCACCAGAGGACCUUCGUUCUGGAGGUGAUGGGACGACACUGUGGGUACCUGGCCCUGGUGAGUGCCUUGGCCUGCGGUGCGGACUGGGUGUUCCUUCCAGAAUCUCCACCAGAGGAAGGCUGGGAGGAGCAGAUGUGUGUCAAACUCUCGGAGAACCGUGCCCGGAAAAAAAGGCUGAAUAUUAUUAUUGUGGCUGAAGGAGCAAUUGAUACCCAAAAUAAACCCAUCACCUCUGAGAAAAUCAAAGAGCUUGUCGUCACGCAGCUGGGCUAUGACACACGUGUGACCAUCCUCGGGCACGUGCAGAGAGGAGGGACCCCUUCGGCAUUCGACAGGAUCUUGGCCAGCCGCAUGGGAGUGGAGGCAGUCAUCGCCUUGCUAGAGGCCACCCCGGACACCCCAGCUUGCGUCGUGUCACUGAACGGGAACCACGCCGUGCGCCUGCCGCUGAUGGAGUGCGUGCAGAUGACUCAGGAUGUGCAGAAGGCGAUGGACGAGAGGAGAUUUCAAGAUGCGGUUCGACUCCGAGGGAGGAGCUUUGCGGGCAACCUGAACACCUACAAGCGACUUGCCAUCAAGCUGCCGGAUGAUCAGAUCCCAAAGACCAAUUGCAACGUAGCUGUCAUCAACGUGGGGGCACCCGCGGCUGGGAUGAACGCAGCCGUACGCUCAGCUGUGCGCGUGGGCAUUGCCGACGGCCACAGGAUGCUCGCCAUCUAUGAUGGCUUUGACGGCUUCGCCAAGGGCCAGAUCAAAGAAAUCGGCUGGACAGAUGUCGGGGGCUGGACCGGCCAAGGAGGCUCCAUUCUUGGGACAAAACGCGUUCUCCCGGGGAAGUACUUGGAAGAGAUCGCCACACAGAUGCGCACGCACAGCAUCAACGCGCUGCUGAUCAUCGGUGGAUUCGAGACCUGCGACCGCAUCAAGCAGUCCGCCAGCGGAACCAAGCGGCGCGUGUUCAUCAUCGAGACCAUGGGCGGCUACUGUGGCUACCUGGCCAACAUGGGGGGGCUCGCGGCCGGAGCUGAUGCCGCAUACAUUUUCGAAGAGCCCUUCGACAUCAGGGAUCUGCAGUCCAACGUGGAGCACCUGACGGAGAAAAUGAAGACCACCAUCCAGAGAGGCCUUGUGCUCAGAAAUGAGAGCUGCAGUGAAAACUACACCACCGACUUCAUUUACCAGCUGUAUUCAGAAGAGGGCAAAGGCGUGUUUGACUGCAGGAAGAACGUGCUGGGUCACAUGCAGCAGGGUGGGGCACCCUCUCCAUUUGAUAGAAACUUUGGAACCAAAAUCUCUGCCAGAGCUAUGGAGUGGAUCACUGCAAAACUCAAGGAGGCCCGGGGCAGAGGAAAAAAAUUUACCACCGAUGAUUCCAUUUGUGUGCUGGGAAUAAGCAAAAGAAACGUUAUUUUUCAACCUGUGGCAGAGCUGAAGAAGCAAACGGAUUUUGAGCACAGGAUUCCCAAAGAACAGUGGUGGCUCAAGCUACGGCCCCUCAUGAAAAUCCUGGCCAAGUACAAGGCCAGCUAUGACGUGUCGGACUCAGGCCAGCUGGAACAUGUGCAGCCCUGGAGUGUCUGACCCAGUCCCGCCUGCAUGUGCCUGCAGCCACCGUGGACUGUCUGUUUUUGUAACACUUAAGUUAUUUUAUCAGCACUUUAUGCACGUAUUAUUGACAUUAAUACCUAAUCGGCGAGUGCCCAUCUGCCCCACCUGCUCCAGUGCGUGCUGUCUGUGGAGUGUGUCUCAUGCUUUCAGAUGUGCAUAUGAGCAGAAUUAAUUAAACAUUUGCCUAUGACUCCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-850.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -890.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 648.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((......))))))((((((((((((((((((((.((.((.((((((((.....)))))))))).)).).)))))))))....((.(((..(((((((.((((((.((((.((((((((((....)))(((.((((((((.....)))))))).).))(((((..........)))))(((((......)))))))))))).)))))))))).))((((.((((((((.(((((((.(((((((((((...(((....((.((((((.((((.(((....))).))))....((((.(((((...))))).))))...)))))).))...))).....)))).)))))))...))))..)))((((((((((....)))......((((.....))))..(((((((((.....(.((.(((((((.((((((.((((((((((((((.((((.((.((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((((..(..((.(((....(((((((((((((((((.((.((((((((((....(((.((....)).)))...))))))))))))...((((((((((((((((..(.(((......))))..)))))))))))(((.((.......)))))(((....)))(((((.........((((.((((....))))..))))...)).)))......))))).......))))))))))))...........)))))..))).))..)..))))))........(((((((..((......))))))))).))))))))))))..((((((.....))).)))....(((((....(((.((..((((......))))..)).)))....)))))))))))))))...)))).(((((..(((((((.(((.....(((.((((..((.....))..)))).)))))).))).))))....))))).)))))))))).))))))).))))..((((.(.(((.((....((((......))))....))..))).).)))))))))))..(((.((((....)))).)))........((((((((.....((..(((...((.((((((((.....(((((....)))))(((((.(.....).)))))....((....(((((..(((.(((...))).)))..)))))...))..((((((...))))))..)))))))).)).))).))((((.((.........))))))...(((((((((((((((((.((((.....))))(((....)))........(((.(((((((((......)))))..)))).)))......(((((.........))))).((((((((((.....(((.(((...((.(((.(((...........))))))))))).))).....)))))))))))))))((.((((((......(((((..((.(((((....((((..(....)..))))...))))).)).....)))))......)))))).)))))).)))))))).))))))))))))))...).)))))).)).))))))))))..............((((.(.(((((.(((((.....(((((((((.((((((...............))))))...)))))...)))).....)))))))))).).)))).)))))))......)))))))).))))(((((.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).)))))))...)))))..)))))..)))))..((((((((((............(((.((((....)))).)))...(((((((..((..((((..((((.(((((((.((((...))).).)))))))...))))..))))..)).....)))))))((((((((.((.((((........))))))(((((......((((((........)))))).)))))...((((((((((((...((((.(.....).)))))))))...))))))).((((((((.(((((......)))))....)).)))))).))))))))(((((......))))).......((((((...((..((((((.......)))))).......)))))))))).))))))))..((((((..(((((...((((((.((((((((...)))))))))))))))))))..))))))................)))).....))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((,....,))))))((((((((((((((((((({.{{{((.((((((((.....)))))))).)))}.}.)))))))))....((.(({..(((((((.((((((.((((.((((((((((....))){{{,((((((((,....)))))))},}.||(((((..........))))}(((((......)))))))))))).)))))))))).))((((.((((((((,((({{{(,(((((((((((...{{(.,,,((.((((((.({((,(({....|||.|||||||,(({(.{((({..,})))}.))}}...)))))}.))..,))},....))))}}}))))),..)))}.,}}}{{{(((((((,...)))......((((.....)))),.{{{{(((((...,,,.{(,(({{{({{{(((((.(((((((((((((({{{((,{{,((((((((((((((((((((((...(({((({,{(((,((,,(((.((((((,,......)))))).))),,,)))).)}}}..,.((((.....}}}},(((((.((((((.({{(.(.((((((.((((.((((((((((((..{.(((......)))}..)))))))))))|.((((((((((...,{,(((,,..}||.((({|,.......{((({{(((....)))},{|||,{,.,({{{..{({{,...,,........,,.}},.}|}|}|},...}},.,,|||||,}}}}}}}}}})))))))..)))))))))).}..((.(((((..((....))...)))))})|,.,({{(((,...,))).})).....,.)))))))))).).))).)))))).))))){{,,,,,,}))))}..)))))))))}..,)))),(((((.{(((((((.(((,....{{{.||||((({,,.||},...))).}})))).))).))))..}.))))).)))))))))}.)))},))}))})..{{{{.{.{((|{{,,|.((((...,,,))})|,,,}}{{|}}.},}}},)))))})..(({.{{{|,...)}}}.))).,{,{...((((((((.....,,..,,{...((.((((((((.....{{(((....)))||(((((.(.....).)))))},..((,,..(((((..(((.(((...))).))),,)))))...))..((((((...))))))..}))))))).)).|}..}|((,(,{|......}}}))))))...((((((((((((({{,{.{{((..,{{}}}|{{,.,,,))),.......(((.(((((((((......)))))..)))).)))......(((((.........))))).((((((((((..,,.,{({((({{{({.((..(((....}},,,..)})))))))),.,}),....))))))))))}}},..{.((((({..,{{.(((((,.{{.(((((.,,.((((..{.,,,|..}}))}}.))))),)),},..)))))...,..)))))).})))))}}))))))).))))))))}}))))...,))))))),))})))))))}}}.|..........,,{{{{.{.((((({(,(((.....{{{|{{(((,((((((..............,|||}}}...}}}}}.},,,,,,,.),)})},,}))},),)))},))))))}......)))))))).)))){((((.((((((...)))))).(((((((.((((...((((((..............)))))))))).)))))))...)))))..}))))..)))))..((((((((((...........,(((.((((....)))).))).,.(((((((..((..((((..((({.(((((((.((((...))).).)))))))...})))..))))..)).....))))))),(({{((({(((((({,.,|||..||||||.((((......((((((........))))))...,..}}}|{{||,{{{,||},,|||(,..,,,,|{|||}}||||..{|,}}})),||||||,|.|||||}}},,,})}))}}}})).}}}))).})}}}}},(((((......))))).......((((({..,({.,((((((.......)))))}.....}})))))))))).))))))))..((((((..(((({.,{,(((((.{(((((((...)))))))})))))))))))..))))))................)))).....))))))..
Back