Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323257.2
Sequence Length
3482 nt
GC Content
0.4279
AUUUACUAGGGAGCAGUUUCCCCGCGCGACAGUUCGGGAGCGCGCAGGCAGUCGCGCGCACACACGCACGCAGGCACACACACACACACACACACACACACACACACACUUUCGCACACACAAACACGCUAGGACGCUCGUCUUCGCUACUGCAUCCCCGAACCAGCAGAGCGAAGCUACUGCGGGUUCUGUUAACCUCAGCAUCGUGGGGCGAAGCAGAGCCAUUGUGCAUCAAGGAGAGGCCGGUGCCUGCGCUGCCGUCUCUGGCACCUAACCCAGCAGACCGCUCACCCCAUCGGCUGGAAUGCUUGCUGAUUCCUCUGCACACUUCUAAGGCUGAGAACCUGAGGAACCCAGCUGGAAAAUGCCGUCUGAACGCUGCCUCAGUAUUCAAGAAAUGCUGACAGGCCAGAGGCUCUGCCACUCCGAAUCUCACAAUGACAGUGUCCUGGCAGCGCUGAAUCAGCAGAGGAGUGAUGGCAUCCUCUGCGACAUCACCCUGAUUGCUGAGGAACAGAAAUUCCAUGCUCACAAGGCAGUCCUAGCAGCAUGCAGUGACUAUUUCCGGGCAAUGUUCAGUCUUUGUAUGGUGGAAAGUGGAGCUGAUGAGGUUAAUUUGCACGGUGUGACCAGCCUUGGCUUAAAGCAGGCUCUGGAGUUUGCAUACACAGGACAGAUUUUGCUGGAGCCAGGUGUGAUCCAGGAUGUGCUAGCAGCGGGCAGUCACCUACAGCUGUUGGAGCUUCUCAAUUUAUGCUCCCACUAUCUCAUCCAGCUAGCUGUGAGGUGGUUGGAACACAACUGCCACUACCAGUACAUGGACGAGCUCCUGCAAUACAUCCGCUUUGGCCUAAUGGAUGUGGAUACUCUCCAUACAGUUGCCCUGUCCCACCCCCUUGUCCAAGCAAGUGAGACUGCAACAGCCCUUGUCAACGAGGCCCUGGAAUACCACCAGAGCAUCUAUGCACAGCCUGUCUGGCAGACUCGCAGGACCAAACCACGAUUCCAGUCAGACACUCUGUAUAUCAUUGGUGGGAAAAAGCGCGAGGUCUGCAAGGUCAAGGAACUUCGGUACUUCAAUCCUGUUGAUCAGGAGAAUGCUCUCAUAGCUGCCAUUGCCAACUGGAGUGAGCUGGCUCCCAUGCCUGUGGGAAGGAGCCACCAUUGUGUGGCAGUCAUGGGGGACUUCCUGUUUGUGGCAGGAGGGGAAGUUGAGCAUGCCAGUGGCCGGACGUGUGCUGUGAGGACUGCCUGUCGCUAUGACCCCCGCAGUAAUUCCUGGGCAGAGAUAGCACCCAUGAAAAACUGCCGGGAGCAUUUUGUGCUGGGUGCCAUGGAGGAAUACCUCUAUGCAGUUGGGGGCAGAAAUGAACUGCGCCAGGUUCUGCCUACAGUUGAGCGAUAUUGCCCCAAGAAGAACAAAUGGACUUUUGUUCAGUCCUUUGACAGAUCCCUUUCAUGCCAUGCUGGAUAUGUGGCUGAUGGUCUUCUUUGGAUAUCAGGUGGAGUAACUAAUACGGCACAAUAUCAGAACAGGCUAAUGGUGUAUGAACCUAACCAGAAUAAGUGGAUAAGCCGUAGCCCCAUGCUGCAGAGAAGGGUCUACCAUUCCAUGGCUGCUGUACAAAGGAAGCUUUAUGUUCUUGGAGGCAAUGACCUAGACUACAAUAAUGACCGGAUCCUUGUGCGCCAUAUAGAUUCUUACAACAUAGACACUGACCAGUGGACACGUUGUAAUUUCAACCUGCUGACUGGCCAAAAUGAAUCUGGAGUUGCUGUCCAUAAUGGGAGAAUAUAUUUAGUUGGUGGAUAUUCAAUUUGGACAAAUGAGCCUCUGGCUUGUAUCCAGGUACUGGAUGUAAGCAGAGAAGGCAAAGAAGAAGUAUUCUAUGGGCCUACACUCCCUUUUGCUUCCAAUGGAAUAGCAGCAUGCUUCCUUCCAGCUCCAUAUUUUACAUGCCCUAACCUUCAAACUCUUCAAGUGCCUCAUCACAGGAUUGGCACCAUCUGAAAAGCCAAGCCAUCAUGAACAGGAGGAAAACAUAGCUCUGACUGUUGGAUACUGGGCAUGAAAAGACUCAGUGCUCCAUGCUUCCUUGUCUUGCUUUAUAGGUCUUAUAUUCGGAUAAAUUUAAGCAAAAAAUGAACAAUUUUCUAAAAUACGUUAUUGAAAACUCGUCACCCUUCUCAGUGUAUGUCAACAUUCAAUAUGUAUGACUUUUAUUGUGGUAUAGCUUAGUGCCAAUUUAAGGUAUAUUGUGUUCCAUGGGUCUUUAGAGCAUUCUUUGUACACUUUUUCUAAUCAGCACUGUCUUAAGACAACAUAACACUGUUAGUAAGGCAAUUUAUUGGACACAAUGGCAUCGAUGAUCUUAAAAAUAUAUAUAUUCUGUACUUAAUCCCUUUAUUAUUUAAAGCCGGGCUUGUAAUUUUUCUUUUUAAAAUUUAACAUUAUGCAGCCCUGCUCAGUAGAGACUCACUCAGCAUUAUGACAUCAUAAAUUUUUAAAUGCCAUAUUUUAUUCAAGGUGAUACGAAUAAUAAUAGACAUACACUGGAACAGCAGUUGUUGAAAUACCCAGAUUUUUCACCUUGGUUACUCUGACCUUGGGUCAGAACCUAACUUUACAGUGCUUCAGUUUUCCCACCUUUUAAGGAGGAUAAUUACUGAUUUCCACGUUAAUUUAAAAGAACAUUAUGAGGAUUAGGCGAACACUUUGUAAUACUUUGCCCAAGAAAAAGAAAAAUGUUGUUACUGAAAUUAUAAGGUAUUUUAUUGUCUUUAGAACCUUGUAAUUGAACAGGGAGAUUAUUUUUGAAGUUUAAAAAUUACUAGAUAGAAUUUGGAAACAUGUUGUGGAAUAAAUGAUUCUAAAAAGCAUGUGAAAGAGACACACAAUGAGGAAAUAGGGAGUUUCUCAAAAUCUAAACUUGUACAGGUAUCUAAACUUGCCUCAAGUAACUCUCAGAUGUCUUAUUUAAAAUCAUUUAGUGAAAAAUGACAUUUAAAGCUAAAAAAUAAUUUAGUUGUACUAAUUAUGGUACCAUAAAGUGCUUUGACAUAAAUUUGAACCUAGAAUUGGCAGUUCUAAUAAAAGUUUUUCCACUUUGUUAAAGGUUAUGUCAAUCUUGAGUGCUUGUGGAAUUCUUCACCACCAAUACAUAUUUUAUUACUAUCUCUUUUAAUAAUGCAUAGGAAUUCUUUUUUAGACUAGUUUUUGGGUUUGCUUUGUCUAUAACAAAAAAUAAAUACAACAACUUAAUAAUCACAUUUGAAAACAAAUUUAACAAGUAUAAUGUGAGUUUUUCUUUUUUCCUAACUUCCUCAGGACCUAGGUCACCUUUAUUAAAAGGAAGAAUUCACUCUUUUUUCCUUGGCAGUUUAAUCAUUCAGGAAUCCCUCUCUUAAAGGAAAUUGUUAUUUUAUUCAUGUAACCUUUUUUUGUAAUCAAAAGUGAAUAAAAACGAUCUUUUUGUCUUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1001.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1065.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 968.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((...((((.((....)).))))((((.(((((((((((((.((......)).))).............................(((((((((.((((..(((........(((((((((((((((((((((.((((............))))))))))).....))))))((((((..(((((((((((.(((((........))(((((((......((((.(((.((((((.(((....)))....))))))....(((((......((((.....((((((((((.(..(((.((....)).)))..)))))..)))))).....)))).......))))).....(((.((((...(((...((((((((.....))))))))..))))))))))...))).))))......))))))).((((((.......)))))).....((((((((((....)).)))))))).......)))))).)))))))))))))).......((((.....)))))))))))).((((((..(((((...((((((((((((((.((((.((((((((((..(((..((((((((((((......(((((.((.((.((..((((((((..((((((.((((...((((......)))).)))).)))))).))))))))..)).))))...))))).(((((((((......)))...))))))(((((............)))))....))))))).))))).)))....((((((((.....)))))))).)))))).)))).)))))))).........((((((((....)).....))))))(((.....))).....)))))))..(((((((.((((((....(((((.(.(.(((...))))))))))..))))))..((((.......)))).(((....)))((((..((((((((.((.(((..((......)).))).))..))))))))..))))........)))))))........((((((((.(((.........)))))).)))))..(((((.....))))).....(((((((.((((((((...(((.(((..((.(((...((((((....))))))...))))))))))).)))))))).))))))).(((((((((...))))))))))))))))).))))))..)))..)))).))))).))))..))))))))))))))(((..(((.(((((..(((.((((...........)))).)))..))))).)))..)))...(((((((((((((((((((....(((((.((((((..(((((........(((.((((..((((.((.....)).))))(((((...((.(((((((.((((.(((((.......))))))))).......((..(((.(((((.........)))))))).))))))))).))))))).)))).)))......((((((.....................(((......)))...(((.......)))....)))))))))))..)))))).)).))).....))..)))))))).)))((((((((((.((((((.((((.((((.((((((((((..((((((((((.....(((((..((((...))))..)))))...........((((((((((((.(.((.((((......)))).)).).))))).......((((.((((((((.((((((...(((......(((((((.....))))))))))...)))))).....((((((.((((((((((((...))))))))))))..)).))))...((((((((((.....(((........)))..((((((((...)))..))))).)))))).)))))))))))).))))..(((((((...((......((.((((.(((((..(((....))).)))))....)))).)).............(((((..(((.........)))..))))))).....)))))))..(((((.....((.....))......)))))((((.....((((.......))))......))))......(((....(((((..............)))))....)))......)))))))..((((((((.....)))).))))..))))))))))...((.....)).......)))).))))))..)))).))).)..)))))).))))))))))............))))))((((....)))).......)))))).(((((((((...(((((((((.(((((((........((((((((......................(((((.....)))))..(((((((((((.((..............)).)))))).)))))((((.(((........))).))))(((((....))))))))))))))))))))........((((((((..............((((...((((......))))))))................))))))))((((.(((((((...)))))))...))))......))).))))))........((((((((((((...((..((((.....(((((((...((((((.........((((.((((((((.....((((....))))(((((((....(((((((.(.(..(((.(((((((((((..((((.......)))))))))))))))...)))..).).)))))))..((((((((((.....(((((((((...((((.((((..(((..(((((((((.((((((((((.(((..(((........(((((((........)))))))........(((((...(((((........))))))))))..)))))).))).))).)))).)))))))))(((((.(((..(((....(((((((......)))))))((((((....))))))....((((((((((((((((.(((((...(((((((...)))))))...(((((......))))).)))))..)))))))).....)))))))))))..))).)))))..)))..)))).))))))).)))))).(((((........))))).....))))))))))..))))))))))))))).))))......................((((..(((....(((((....))))))))..)))).....((((((((((((((((.((((...(((...)))..))))...........))))))))))))))))))))))....))))).))........))))..)).)))).))))))))..((((((..(((((((((.........(((((....))))))))))))))))))))....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{(((((,.(({{{((((.((....)).))))((((.(((((((((((((.((......)).))).{.........................,.(((((((((.((((,.(((........((((((((((({(((((((((.((((............))))))))))).....))||||((((((..(((((((((({.(((({,..{{,,.||(((((((......((((.(((.((((((.{,{,...,}},.,.))))))....(((((.{....((((.....((((((((((.{..(((.({....}).)))..,))))..}))))).....)))).....,.))))).....(((.((((...,(((,,((((((((.....)))))))).,))))))))))...))).))))......))))))).((((({.......))))))..,,.((((((((((....)).)))))))),...,}.)))))),})))))))}))))),...,,.((((.....)))})))))))).((((((..{((((..,((((((((({(({{.((((.((((((((((..(((..((((((((((({......(((((.{,{({.{{,{((((((((..((((((.((((...{{((......}}},.)))).)))))).)))))))).,)}.}}}}.,.))))).{((((((((......))}...)))))}(((((............)))))....}))))))}})))).)))....((((((((.....)))))))).)))))),)))).))))}}||....,,...{((((((,,...,,....,))))))(({.....))),....}})))))..(((((((.{(((((....|||||.|.|.{{{,..)}}}|||||}..,))))),.((((.......)))).||,....}))((((..((((((((.((.(((..((......)).))).))..))))))))..))))........))))))}.....,.,((((((({.,{{.,,..,}..)))))).}}|||..(((((,,...|||||,....(((((((.((((((((...(((.{({.,((.({(,,{(((({(....}})))).,,))))))))))).)))))))).))))))).{||||||{,...})))))))))))))))}.))))))..)))..)))).))))).)))).,)))))))))))))){((..(((.(((((..(((.((((...........)))).)))..))))).)))..))}...((((((({{((((((((((...,(((((.((((((..(((((........(((.((((..((((.{{,....}}.}}}}(((((,,,{(,(((((((.((((.(((({...,,,,}|||}}}}),..,...{{..(((.(((((,.......,)))))))).))))))))}.))})})).)))).)))......{(((((....{{{{,.....,,,,..|(((......}}}...|||.......)}),},.)))))))))))..)))))).))},))},...))..)))))))).}}|((((((((((.((((((.,,((,((((,((((((((((..((((((((({.,...(((((..((((...))))..)))))......,....((((((((((((,(.((.((((......)))).)),).))))).......{,{,.((((((((.((((((.,,(,(({,...,(((({{....,))}))}))),,},)))))}.....((((((.((((((((((((...))))))))))))..)),|)))...(((((((({|.|,..(((........)))...|{|||||...))},.})))}.,})))),,})))))))))).}}}|,.(((((((...........,,.,{{,.(((((..(((....))).)))))....}}},.,},,,..,.......(((((..(((.........)))..)))))}),,...)))))))..,|{{{,,}|,|{,....)}......))}|(((((.....((((.......))))......))))),....{{{....{{{{{........,,,,,,}|}},...,}}|......}}})))},,((((((((.....)))).))))..}))))))))|.|.{{...,,)),......}))).)))))).})))).))).,..)))))).))))))))))}..........,))))))((((....)))}......{{{|||,{((,(((|,....,{{(....}}|{(((((........{{{{{{{{..........,,},........(((((.....)))))..(((((((((((,{{.......,,}}....,.},,,)),))))){(((.(((.{|...,,))).)))){((((....))))}}}}}}}}}))))))}....,,.{((((((((...{{{{.......,,{{.{{((((......)))}}))}...........}})}.))))))))}.},.(((((((...))))))).}}).))}..}}})))..{((((..{{(,.(((....})).)),..,..))))}....,.,,,,..........,......{(({(({({(((,,{.....,}|......}|||{,{{(((((((((((((({(,(,.(((.(((((((((((.,((((.......)))))))))))))))...))).,|.|.|||||||..,((((,,{{{{{.({{{{,|||}|}|,|||||{((((,((({,({{{{{|||}||{{{|||||,|({,{((({.......((((({{...,,,,,||}}}},........(((((...(((((........)))))))))),,)))))}.}}}|))).}}}}.},}}}}}}}||||..,}}}}},},,..(((((((......)))))))(((((,..,,||}}}}}}}}||||||{{{(((({{{.,,{{(((,(((((({,,.,}}||||,.,((((,..,,,.}}}|||||||||{}}|||}}},...,|}|||,}}((((.....,}},)}}),}..}},}...,,,,,.,,})},)))))}}}}}.,....}}}}..}}))))))))))||||}|||}}||||.{{|||,....)))}}...,,,,..})),)}},......,,,,((({{....,,,,},,......,.....(((((((((((((({|.{{{{...|{|,.,}}}..}}))...........}))))))))))))))),,})))))})))))))}}})}}}}.,))})}))).,)))})),|||||{.{(((({.,(((((((((.........(((((....)))))))))))))))))))),}}}}},,......
Back