Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323317.2
Sequence Length
4727 nt
GC Content
0.5420
AGUGCCAGCCGCCAGUGGUCGCACUUGGAGGGUCUCGCCGCCAGUGGAAGGAGCCACCGCCCCCGCCCGACCAUGGCCGAGGAGCUGGUCUUAGAGAGGUGUGAUCUGGAGCUGGAGACCAAUGGCCGAGACCACCACACGGCCGACCUGUGCCGGGAGAAGCUGGUGGUGCGACGGGGCCAGCCCUUCUGGCUGACCCUGCACUUUGAGGGCCGCAACUACGAGGCCAGUGUAGACAGUCUCACCUUCAGUGUCGUGACCGCGGAUGCUGUGUACCUGGACUCGGAAGAGGAGCGGCAGGAGUAUGUCCUCACCCAGCAGGGCUUUAUCUACCAGGGCUCGGCCAAGUUCAUCAAGAACAUACCUUGGAAUUUUGGGCAGUUUGAAGAUGGGAUCCUAGACAUCUGCCUGAUCCUUCUAGAUGUCAACCCCAAGUUCCUGAAGAACGCCGGCCGUGACUGCUCCCGCCGCAGCAGCCCCGUCUACGUGGGCCGGGUGGUGAGUGGCAUGGUCAACUGCAACGAUGACCAGGGUGUGCUGCUGGGACGCUGGGACAACAACUACGGGGACGGCGUCAGCCCCAUGUCCUGGAUCGGCAGCGUGGACAUCCUGCGGCGCUGGAAGAACCACGGCUGCCAGCGCGUCAAGUAUGGCCAGUGCUGGGUCUUCGCCGCCGUGGCCUGCACAGUGCUGAGGUGCCUGGGCAUCCCUACCCGCGUCGUGACCAACUACAACUCGGCCCAUGACCAGAACAGCAACCUUCUCAUCGAGUACUUCCGCAAUGAGUUUGGGGAGAUCCAGGGUGACAAGAGCGAGAUGAUCUGGAACUUCCACUGCUGGGUGGAGUCGUGGAUGACCAGGCCGGACCUGCAGCCGGGGUACGAGGGCUGGCAGGCCCUGGACCCAACGCCCCAGGAGAAGAGCGAAGGGACGUACUGCUGUGGCCCAGUUCCAGUUCGUGCCAUCAAGGAGGGCGACCUGAGCACCAAGUACGAUGCGCCCUUUGUCUUUGCGGAGGUCAAUGCCGACGUGGUAGACUGGAUCCAGCAGGACGAUGGGUCUGUGCACAAAUCCAUCAACCGUUCCCUGAUCGUUGGGCUGAAGAUCAGCACUAAGAGCGUGGGCCGAGACGAGCGGGAGGAUAUCACCCACACCUACAAAUACCCAGAGGGGUCCUCAGAGGAGAGGGAGGCCUUCACAAGGGCGAACCACCUGAACAAACUGGCCGAGAAGGAGGAGACAGGGAUGGCCAUGCGGAUCCGUGUGGGCCAGAGCAUGAACAUGGGCAGUGACUUUGACGUCUUUGCCCACAUCACCAACAACACCGCUGAGGAGUACGUCUGCCGCCUCCUGCUCUGUGCCCGCACCGUCAGCUACAAUGGGAUCUUGGGGCCCGAGUGUGGCACCAAGUACCUGCUCAACCUCAACCUGGAGCCUUUCUCUGAGAAGAGCGUUCCUCUUUGCAUCCUCUAUGAGAAAUACCGUGACUGCCUUACGGAGUCCAACCUCAUCAAGGUGCGGGCCCUCCUCGUGGAGCCAGUUAUCAACAGCUACCUGCUGGCUGAGAGGGACCUCUACCUGGAGAAUCCAGAAAUCAAGAUCCGGAUCCUUGGGGAGCCCAAGCAGAAACGCAAGCUGGUGGCUGAGGUGUCCCUGCAGAACCCGCUCCCUGUGGCCCUGGAAGGCUGCACCUUCACUGUGGAGGGGGCCGGCCUGACUGAGGAGCAGAAGACGGUGGAGAUCCCAGACCCCGUGGAGGCAGGGGAGGAAGUUAAGGUGAGAAUGGACCUGCUGCCGCUCCACAUGGGCCUCCACAAGCUGGUGGUGAACUUCGAGAGCGACAAGCUGAAGGCUGUGAAGGGCUUCCGGAAUGUCAUCAUUGGCCCCGCCUAAGGGACCCCUGCUCCCAGCCUGCUGAGAGCCCCCACCUUGAUCCCAAUCCUUAUCCCAAGCUAGUGAGCAAAAUAUGCCCCUUCUUGGGCCCCAGACCCCAGGGCAGGGUGGGCAGCCUAUGGGGGCUCUCGGAAAUGGAAUGUGCCCCUGGCCCAUCUCAGCCUCCUGAGCCUGUGGGUCCCCACUCACCCCCUUUGCUGUGAGGAAUGCUCUGUGCCAGAAACAGUGGGAGCCCUGACCUUGGCUGACUGGGGCUGGGGUGAGAGAGGAAAGACCUACAUUCCCUCUCCUGCCCAGAUGCCCUUUGGAAAGCCAUUGACCACCCACCAUAUUGUUUGAUCUACUUCAUAGCUCCUUGGAGCAGGCAAAAAAGGGACAGCAUGCCCCUUGGCUGGAUCAGGGAAUCCAGCUCCCUAGACUGCAUCCCGUACCUCUUCCCAUGACUGCACCCAGCUCCAGGGGCCCUUGGGACAGCCAGAGCUGGGUGGGGACAGUGAUAGGCCCAAGGUCCCCUCCACAUCCCAGCAGCCCAAGCUUAAUAGCCCUCCCCCUCAACCUCACCAUUGUGAAGCACCUACUAUGUGCUGGGUGCCUCCCACACUUGCUGGGGCUCACGGGGCCUCCAACCCAUUUAAUCACCAUGGGAAACUGUUGUGGGCGCUGCUUCCAGGAUAAGGAGACUGAGGCUUAGAGAGAGGAGGCAGCCCCCUCCACACCAGUGGCCUCGUGGUUAUUAGCAAGGCUGGGUAAUGUGAAGGCCCAAGAGCAGAGUCUGGGCCUCUGACUCUGAGUCCACUGCUCCAUUUAUAACCCCAGCCUGACCUGAGACUGUCGGAGAGGCUGUCUGGGGCCUUUAUCAAAAAAAGACUCAGCCAAGACAAGGAGGUAGAGAGGGGACUGGGGGACUGGGAGUCAGAGCCCUGGCUGGGUUCAGGUCCCACGUCUGGCCAGGCACUGCCUUCUCCUCUCUGGGCCUUUGUUUCCUUGUUGGUCAGAGGAGUGAUUGAACCAGCUCAUCUCCAAGGAUCCUCUCCACUCCAUGUUUGCAAUGCUUUUAUAUGGCCCAGCCUUGUAAAUAACCACAAGGUCCACUCCCUGCUCCACGAAGCCUUAAGCCAUAGGCCCAGGAUAUUUCUGAGAGUGAAACCAUGACUGUGACCACCUUCUGUCCCCAGCCCUGUCCUGGUUCCUUCCUAUGCCCAGGUACCACCCUUCAGACCCCAGUUCUAGGGGAGAAGAGCCCUGGACACCCCUGCUCUACCCAUGAGCCUGCCCGCUGCAAUGCCUAGACUUCCCAACAGCCUUAGCUGCCAGUGCUGGUCACUAACCAACAAGGUUGGCACCCCAGCUACCCCUUCUUUGCAGGGCUAAGGCCCCCAAACAUAGCCCCUGCCCCGGAGGAAGCUUGGGGAACCCAUGAGUUGUCAGCUUUGACUUUAUCUCCUGCUCUUUCUACAUGACUGGGCCUCCCUUGGGCUGGAAGAAUUGGGGAUUCUCUAUUGGAGGUGAGAUCACAGCCUCCAGGGCCCCCCAAAUCCCAGGGAAGGACUUGGAGAGAAUCAUGCUGUUGCAUUUAGAACUUUCUGCUUUGCACAGGAAAGAGUCACACAAUUAAUCAACAUGUAUAUUUUCUCUAUACAUAGAGCUCUAUUUCUCUACGGUUUUAUAAAAGCCUUGGGUUCCAACCAGGCAGUAGAUGUGCUUCUGAACCGCAAGGAGCAAACACUGAAAUAAAAUAGUUUAUUUUUCACACUCAAACUAGGUCUGGUCUGUUCCUUUAUGAGUUUGGAGGGAGAUGGGUAGGUGAGCUCGCUCACACCUGGACCCCCACUUCCUGCCUAGGAGUCUUUCCUGAGCCUCAGCCCUGUCCCUGCGUUUAAACUUUACUGGCAUUCAAGGUCCUACACAGGCUGGCUCCAUCUCCGGCCCCUUCCACCAACAGUCUGUUUUUGGGCCACAAUUAACUUCCUGUAUCCCCAGAACACCCUGCGUAGUUGUCUACCUCUUGGCUUUUGUGUAUGUAGUUCCCUGAGCCUGGAGUGCCCCUCCUUUUCUUUCCCUGCUUGGCAAACUCCUACUCAUCCUAUAAUGCUUAACACCAAAGUCACCUCUUCUGUGAAACCUUCCUUGAUAUCUUUUCGGGUCCCCAGAGUCCUGGAAUAUGGACCAAUUCAAACAUUUAUCACAGUAAAUUUUACUUCCACGUUGGCCUAUCUGUCCCCUUCUCCAUCCUAUCUGAAGCCCUCGAGGCAGGGACCACGUAUCUCUUAAAUACACUAAUAAAUGCUGAAUUGGUAAAUGAAUGUUUCCUAACUCAACUCCCACAAGACCUGUGCUGUCCCAUAGAAAUAAUACAUGAGCCACAAAUGCAAGCCACAUAUGUAAUUUAGAAUUUUCUAGUGACCACAUUGAAAACAGUAAAAAAGCCAUAGGUGGAAUUAGCUUUAAUAAUGUAUUUUAUUUAAUCCAAUAUAUCCAAAACAUUAUUUCAACAUGUAAUCAAUAUAAGAAUUAGUAAGGUAUUUGACCUUCUUAUUUUUGUACUCAAUCUUUGAAAUGUGGUGUGUGUUUUAUACUGACAGCAGGUCUCAAUUUGAACUAGCUGCAUUUCAAGUGCUCGGUAGCCAGUCUGGCUAGUACUGGAUGAAGCAGGUCUAGACUGCGAUUCCGUGGAUGUGCAGACUUGGUCAUUCAUCUCAUUCCCCACCAUCGAAGCACUCAUGAGUAUCUGUUGAAUGAAUAGAUGAUGGGGACAGUCCCCACCCUUGGGAAGUCAUGUAGAAAGACAUGACAUGCACAUAAAAAAUAAAUCAAAAUAAAAACAUGACAUCACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1734.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1815.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 1301.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.....((((.((((((....(((.((......)).)))((((..((.((....)))))))).))))))))))(((((((..(((.(((.(((((.(((((..(((((((.(.(((((.((((((((....((((.((....))))))..(((((..(((((.(((.....((((((((((.....(((((...(((((((.....((((.(......).))))))))))).))))).........((((.(.((((..((((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((..((((.........(((((((.........(((((((((..(...((((.....))))...(((((((((..((((..((((((((.((((......((((((((...((....))))))))))...)))).((((.....))))...(((((((.(((((((((((......((((((....)).))))..))))).)))))))))))))...............((((((((.((((((.....((((((((........((((.(.......))))).)))))))).....))))).).))))))))((((((((..((..(((((((..(((((((((((....))))..))))))).........))))))).))...)))))))).(((((((((((((.(((.(((((.((((............(((((((((((..(......((...(((.(((((..(...((((.(((.....))).))))...)..))))).))).))...((((((.(((((.((((((....))))))((((.(.((((((...(((..((((..((..((((.(.((((((....)))))).)))))...))..)))).(((((.(((((((.(((((((((.(((....((((.((.((((.((........)))))).)))))).))))))).).)))))))))))))))).))).)))).)).)))))..(((.((.(((((...(((((((.....)))).)))....))))))).))))))))..))))))((((((((...))))).))).)..)))))))))))))))))))))))......(((.(.(((......((((....))))......))).).))).((((......(((........))).........))))..((((((((((.(((((((((....((.(((..((((((((((((((.(((...(((((((.(((......))).)))))))..)))...............(((((..((.....)).))))))))))).)))))))).))).)).......(((((((((((...(((((.((.((...)).)))))))..)))....(((((....(((((((.(.((((.(((((((((.((...(((((((((.....((((((.....)))))).((((.((((.....))))..))))....)))))))))...........((((.....)))))).))))))))))))).).))))))))))))....))))))))(((((((((((((......((......)).(((((((..((((((....))).)))....((((((.(.(((((((((((((((((........(((((((((((((.(((((.(((((((((.((((((((.((..........))))))((((((.((((.((.(((..((((........))))))).)).))))......))))))((((..((((((((.........(((.....)))...((((..(((((((.((.((...((((....))))(((......)))(((((.((.(((((((..(((((((((((((.......((((.((((....(((((..((.(.(((.....))).))).)))))((((.........)))))))))))).......)))))))))))))....)).(((.(((...))).))).((((((....(((.....((((.((((((.....((((......)))).....((((...))))...)))))).))))....)))))))))))))))).)))))(((((.((((.(.....).)))))))))....)).)).)))))))....))))......)).))))))..))))........))))...)))))))))..)))))....(((((.((...)).)))))((((((((......)))))))).((((.((((..((((.((((...(((((.(...((.(((.......))))).).)))))((((....))))))))))))))))..)))).....))))))))))))).....))))))...(((....))).....(((.((((.((.((((.(((((((.((((.((.(((.((((.....))))))).)).)))))))...(((........)))......)))).))))))....)))).)))......))))))(((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((...((((((((((....))))))).....((((((((...((((((((((..((((((....(((((.((.......)))))))))))))............((((((..((.((.....))))..))))))....)))))))))).........))))))))..........)))...)))))).((((.(((((((((.((.((((((.....)))))).))))))).))))..))))...))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))).))))))).....)))))))..)))))))))))))........((((((..((...))....))))))....(((((((........)))))))))).)))))))))).....((((........))))((((((((...(((((.(((....)))..))..(((........)))..)))...)))))))).))))))..)))))))))))))...)))))))))))))))))))))..)..)))))))))....))))))).....))))..)))))).((......))((((((((.....((((....))))...(((((((...((((((.....))))))....))))).)).(((((...(((((((((.(.........).))).))))))...)))))..((((((((((((((.(((..((((....)))).....)))..((((((((..(((((((((((((.(((((((.(((.......((((...((((...((((((.........)))))))))))))))))...))))))).))).)))))......)))))((((.(((..((((....))))...)))))))))))))))................(((((((.......)))))))((((........))))..((((((...)))))).))))))))..))))))(((.....(((((((........)))))))...)))((((((((....)))))))).............))))))))...)))))))).)))))))))(((((.(.((((...((((...(((((.....((((.......((((....))))))))....)))))))))))))).)))))............)))))))))))..))))).)))).))))))))))))).)))))..))))).....(((..((((((.(((..(((..........)))..))).))))))..))).((((....)))).)))))))).))).)).).))))))).((((...((((((((.....................)))..)))))..))))......................)))))..))))).))).))))))))))..........(((......((((...(((((((..(((((((((..(((((((...(((..((((.......((((.((((...(((((.(((((............)))).....).))))))).)))))).......))))..))).))))))).)))))))))......)))))))...))))....)))...((((((..((((((....((..((((.((((..((((((...((((.((((.((((...((((...(((((.((((....)))))))))...)))).....)))).))))..)).))...((((((((..........................))))))))...............(((((((((.((.(((((.....))))))).))))))))).((((...))))..))))))..)))).)))).)))))))))))))).....(((...((((((((.((.((((((....(((((...)))))))))))(((....((((.......))))...)))...)).)))))).))...)))..........((((((.((((....((.(((..((...))..))).))....)))).)))))).....((((....))))..(((((((......)))))))..))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.,{{.(((,,(((((({,{,{((,((((,{{,||.|||{{|{..{{.{{,.,.||}||||,,|}}}}}}))}({(({{|..(((,{((,(((((,({{{,,,(((((((.{,{((({.((((({{{,{{{{{(.((((,..{{{|.},})||.{..||||||||||.{.{((((,(((((.....}}}}|.}||||{,,,...,{((((,(..,,.{{{|}||||,|||,{{{||,{{.,,.{{{,,,,.,})),,}.|)|.))))},)))}}||,|}}((.,({({,{((((((({,(..({{{......(((((((.........(((((((((..{,..((((.....))))...(((((((((..((((..((((((((.,((({{,{..((((((((,,,(,{{{,|,|||,|||,...||||.(((({...,|,||{{{(((((((.(((((((((((......((((((....)).)))).}))))).)))))))))))))..{{{,......,..||||||||.||,{,|}}}}.,||||,,,,},.}},.||||}|||.,.},)}},,,))))}}))}))|||||||,|{,}}|||}|({{{||{|},,{..||||{{|,||(((((((({,.,,,,|||,,}}||}}|,......),))}}))),)),}.)})))))).(((((((((((((.(((.(((((.((((............(((((((((((.,(......{{...(((.(((((..,.,,((((.(((.....))),)))).,.|..))))).})).}}..,,{{{||,||{{(,{({{((,,..})))))|{(,|{|||||{{}||{({..((((..((..((((.(.((((((....)))))).)))))...))..)))).{{(({{(((((((.(((((((((.{((....((({{((.((((.((......}.}})))).)))))).))})))).}.))))))))))))))))|||}.|||}..,|})},},}|||.||}|||{|},,||||{{{{{{{{||,|{,,,.,,.))))))).,))))))),,)}))))|{{(((((...))))).)},.}..)))))))))))))))))))))))......(((.,.(((......((((....))))......))).}.))).((((,,....{((,....,,.}}),,.......)))),.((((((((((.(((((({((((,((,{(({,.((((((((((((((,,({...(((((((.(((......))).)))))))..}},...........,..|(((((..{{.....}}.))))))))))).)))))))).}}}.}}.....,,(((((((((((,,.((({{.((,{{...}}.}}})))}..}}}}...(((((....((((((,.(.((((.(((((((((.((...(((((((((.....((((((.....}))))).({{{.((((.....)))).,))))....)))))))))...........((((.....)))))).))))))))))))).}.})))))))))))....))))))))(((((((((((((.,....((......||.((((((({{((((((....))).)))..,,(((({({(.(((((((((((((({((........(((((((((((((,(((((.(((((((((.(((({{(({((.....,|,..}}}}||((((((.,((({(,.(((..((((........))))})}.,}.)))).,....))))))||{{,,((((((((..,,{{,..(((.....|||,,,{{({,,{({{((({{(,((,..({({,|.,}|||(((......))){{{{(.((,(((({{{..(((((((((((((.......((({,((((...,(((((..((.(.(((.....))),})).)))))|{((.........)))})))))))).......)))))))))))))....||..,,.{{{...|||||||{((((||..,}|}|...}}||||}((((((.....{{{{.,,...|||}....}||{{.,,,}),...)))))),|}|}....,,|)))),.}}))))).))))}(((((.((((.,.....,.)))))))))..,})).}}.)))))))}}..))))..,...))})})))}..,,)},}|.....))))...))))))))),,)))))....(((((.{,...,}.)))))((((((((......)))))))).{{{{.{{||,.|||{...,,,,.,{,,..|..,.((((((((((..{{,|{{,..,)).,.,)).)))))))))))))}))))..)))),,...)))))))))))))...,,||}|||...(((....)))....,((,.,,,(.({,{((,.((({,(({((((....{{|.||||,,,..}})))),.}).)))))}}...|||}.......|||,,....,,,,.))))).....)))).))),)},}}))))))(((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((,{{,(({((((((....))))))}.....((((((((..,((((((((((..((((((....((((,,((.......)))))))))))))............((((((..((,((.....))))..))))))....)))))))))).........))))))))........}.))).}.)))))).((((.(((((((((.({.((((((.....)))))).)}))))).))))..))))...))))))))),})))))))))))).)))))))))))))))).))))))).....)))))))..)))))))))))))........,||{||||||...}|,...,}}}}},,..||{{|||,,,.....}))))))}}}.)))))))))).....((((........))))((((((({...((({{{(({,...,,}.,}},,{,,..,.,}},,}}.,)))...)))))))).)))))),.)))))))))))))...))))))))))))))))))))),.}..)))))))))....))))))){,,,,|||}|||,,}},,}}},}...|}|,||.|||||,..((((....))))...({(((((...((((((.....))))))....))))},...(((((...(((((((((.(.........).))))))))))...)))))..((((((((((((({.(({..((({....)))).....}}}.,({((((((,.{{{{{{{{{{{((,(({{(((.{{{.....,{((((..,({{,..{((((((,......,.)))))))))),,))))),.,))))))).})}.}}|||{{{{,,|||||(((,,({(,.{(({....}}||,..}}}}}})})}))}}}................{((((((.......))))))|((((........)))}|.((((((...}))))).})))))))..)))))),{{,{.,,(((((((........))))))}..,,}}|(((((({....}))))))},{{.{{{({....{{|.|.,,...,..))}...}}))).)))||||||||||||||(((((....)))))....}|}}..,.}},})))}}},(((({...,))))).}}}}}||||,|||}},|||,,.........,,,)))},,,,,))},,.,,)),))}))))))),}},)))))},},,}}.....(((..((((((.(((..(((..........)))..))).))))))..))).{|{|,,,.}})),})}})))),))),)}.},)))}}}}.{(((...((((({{{.,..,............}...))),.,))))..)))}........,|,....,,...,}))))}..)}}}}}))).}))})))})),..,..,,,,||{,|,,..({{{.,,||{{{{(..(((((((((..(((((((...(((..((((.......(((,,((((...(((((.{((((............)))).....).))))))).)))))).......))))..))).))))))).)))))))))..,||,||||}}}|..}}}}....,}}...((((({.,((((((...,((,.,,{({((((..((((((...((,,.((((.((((...((((...(((((.((((....)))))))))...)))).....)))).))))..,,.))...{(((((((.,,.,,,.,.......,}.,...,,.)))))))}.......,.......(((((((((.((.(((((.....))))))).))))))))).{{{,...})))..)))))),}))))})))).,,)))))))))))).....|||.,|||{{||||||{,{(((({.,.{(((({...})))))})}}|((({{,.,((({{{{..,||||{..,,)}))),,}),,))}))}),))}}))}......((((((.((((....((.(((..{{...}}..))).))....)))).))))))...,,(({|....}))),.(((((((......)))))))..))))....................................
Back