Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323609.2
Sequence Length
4782 nt
GC Content
0.4266
GGCGGACGGGCGGGCGCUUCGCCGUUUGAAUGGCUGCGGGCCCGGGCCCUCACCUCACCUGAGGUCCGGCCGCCCAGGGGUGCGCUAUGCCGUCGGGAGGUGACCAGUCGCCACCGCCCCCGCCUCCCCCUCCGGCGGCGGCAGCCUCGGAUGAGGAGGAGGAGGACGACGGCGAGGCGGAAGACGCCGCGCCGCCUGCCGAGUCGCCCACCCCUCAGAUCCAGCAGCGGUUCGACGAGCUGUGCAGCCGCCUCAACAUGGACGAGGCGGCGCGGGCCGAGGCCUGGGACAGCUACCGCAGCAUGAGCGAAAGCUACACGCUGGAGGGAAAUGAUCUUCAUUGGUUAGCAUGUGCCUUAUAUGUGGCUUGCAGAAAAUCUGUUCCAACUGUAAGCAAAGGGACAGUGGAAGGAAACUAUGUAUCUUUAACUAGAAUCCUGAAAUGUUCAGAGCAGAGCUUAAUCGAAUUUUUUAAUAAGAUGAAGAAGUGGGAAGACAUGGCAAAUCUACCCCCACAUUUCAGAGAACGUACUGAGAGAUUAGAAAGAAACUUCACUGUUUCUGCUGUAAUUUUUAAGAAAUAUGAACCCAUUUUUCAGGACAUCUUUAAAUACCCUCAAGAGGAGCAACCUCGUCAGCAGCGAGGAAGGAAACAGCGGCGACAGCCCUGUACUGUGUCUGAAAUUUUCCAUUUUUGUUGGGUGCUUUUUAUAUAUGCAAAAGGUAAUUUCCCCAUGAUUAGUGAUGAUUUGGUCAAUUCUUAUCACCUGCUGCUGUGUGCUUUGGACUUAGUUUAUGGAAAUGCACUUCAGUGUUCUAAUCGUAAAGAACUUGUGAACCCUAAUUUUAAAGGCUUAUCUGAAGAUUUUCAUGCUAAAGAUUCUAAACCUUCCUCUGACCCCCCUUGUAUCAUUGAGAAACUGUGUUCCUUACAUGAUGGCCUAGUUUUGGAAGCAAAGGGGAUAAAGGAACAUUUCUGGAAACCCUAUAUUAGGAAACUUUAUGAAAAAAAGCUCCUUAAGGGAAAAGAAGAAAAUCUCACUGGGUUUCUAGAACCUGGGAACUUUGGAGAGAGUUUUAAAGCCAUCAAUAAGGCCUAUGAGGAGUAUGUUUUAUCUGUUGGGAAUUUAGAUGAGCGGAUAUUUCUUGGAGAGGAUGCUGAGGAGGAAAUUGGGACUCUCUCAAGGUGUCUGAACGCUGGUUCAGGAACAGAGACUGCUGAAAGGGUGCAGAUGAAAAACAUCUUACAGCAGCAUUUUGACAAGUCCAAAGCACUUAGAAUCUCCACACCACUAACUGGUGUUAGGUACAUUAAGGAGAAUAGCCCUUGUGUGACUCCAGUUUCUACAGCUACGCAUAGCUUGAGUCGUCUUCACACCAUGCUGACAGGCCUCAGGAAUGCACCAAGUGAGAAACUGGAACAGAUUCUCAGGACAUGUUCCAGAGAUCCAACCCAGGCUAUUGCUAACAGACUGAAAGAAAUGUUUGAAAUAUAUUCUCAGCAUUUCCAGCCAGACGAGGAUUUCAGUAAUUGUGCUAAAGAAAUUGCCAGCAAACAUUUUCGUUUUGCGGAGAUGCUUUACUAUAAAGUAUUAGAAUCUGUUAUUGAGCAGGAACAAAAAAGACUAGGAGACAUGGAUUUAUCUGGUAUUCUGGAACAAGAUGCGUUCCACAGAUCUCUCUUGGCCUGCUGCCUUGAGGUCGUCACUUUUUCUUAUAAGCCUCCUGGGAAUUUUCCAUUUAUUACUGAAAUAUUUGAUGUGCCUCUUUAUCAUUUUUAUAAGGUGAUAGAAGUAUUCAUUAGAGCAGAAGAUGGCCUUUGUAGAGAGGUGGUAAAACACCUUAAUCAGAUUGAAGAACAGAUCUUAGAUCAUUUGGCAUGGAAACCAGAGUCUCCACUCUGGGAAAAAAUUAGAGACAAUGAAAACAGAGUUCCUACAUGUGAAGAGGUCAUGCCACCUCAGAACCUGGAAAGGGCAGAUGAAAUUUGCAUUGCUGGCUCCCCUUUGACUCCCAGAAGGGUGACUGAAGUUCGUGCUGAUACUGGAGGACUUGGAAGGAGCAUAACAUCUCCAACCACAUUAUACGAUAGGUACAGCUCCCCACCAGCCAGCACUACCAGAAGGCGGCUAUUUGUUGAGAAUGAUAGCCCCUCUGAUGGAGGGACGCCUGGGCGCAUGCCCCCACAGCCCCUAGUCAAUGCUGUCCCUGUGCAGAAUGUAUCUGGGGAGACUGUUUCUGUCACACCAGUUCCUGGACAGACUUUGGUCACCAUGGCAACCGCCACUGUCACAGCCAACAAUGGGCAAACGGUAACCAUUCCUGUGCAAGGUAUUGCCAAUGAAAAUGGAGGGAUAACAUUCUUCCCUGUCCAAGUCAAUGUUGGGGGGCAGGCACAAGCUGUGACAGGCUCCAUCCAGCCCCUCAGUGCUCAGGCCCUGGCUGGAAGUCUGAGCUCUCAACAGGUGACAGGAACAACUUUGCAAGUCCCUGGUCAAGUGGCCAUUCAACAGAUUUCCCCAGGUGGCCAACAGCAGAAGCAAGGCCAGUCUGUAACCAGCAGUAGUAAUAGACCCAGGAAGACCAGCUCUUUAUCGCUUUUCUUUAGAAAGGUAUACCAUUUAGCAGCUGUCCGCCUUCGGGAUCUCUGUGCCAAACUAGAUAUUUCAGAUGAAUUGAGGAAAAAAAUCUGGACCUGCUUUGAAUUCUCCAUAAUUCAGUGUCCUGAACUUAUGAUGGACAGACAUCUGGACCAGUUAUUAAUGUGUGCCAUUUAUGUGAUGGCAAAGGUGUAUAGAAGUGUUUUGAUAAAAGGGAAAAGAAAAAGAAGAAAUUCUGGCAGCAGUGAUAGCAGAAGCCAUCAGAAUUCUCCAACAGAACUAAACAAAGAUAGAACCAGUAGAGACUCCAGUCCAGUUAUGAGGUCAAGCAGCACCUUGCCAGUUCCACAGCCCAGCAGUGCUCCUCCCACACCUACUCGCCUCACAGGUGCCAACAGUGACAUGGAAGAAGAGGAGAGGGGAGACCUCAUUCAGUUCUACAACAACAUCUACAUCAAACAGAUUAAGACAUUUGCCAUGAAGUACUCACAGGCAAAUAUGGAUGCUCCUCCACUCUCUCCCUAUCCAUUUGUAAGAACAGGCUCCCCUCGCCGAAUACAGUUGUCUCAAAAUCAUCCUGUCUACAUUUCCCCACAUAAAAAUGAAACAAUGCUUUCUCCUCGAGAAAAGAUUUUCUAUUACUUCAGCAACAGUCCUUCAAAGAGACUGAGAGAAAUUAAUAGUAUGAUACGCACAGGAGAAACUCCUACUAAAAAGAGAGGAAUUCUUUUGGAAGAUGGAAGUGAAUCACCUGCAAAAAGAAUUUGCCCAGAAAAUCAUUCUGCCUUAUUACGCCGUCUCCAAGAUGUAGCUAAUGACCGUGGUUCCCACUGAGGUUAGUCUCUUGUAUUAAACUCUUCACAAAAUCUGUUUAGCAGCAGCCUUUAAUGCAUCUAGAUUAUGGAGCUUUUUUCCUUAAUCCAGCUGAUGAGUUACAGCCUGUUAGUAACAUGAGGGGACAUUUUGGUGAGAAAUGGGACUUAACUCCUUCCAGUGUCCUUAGAACAUUUUAAUUCAUCCCAACUGUCUUUUUUUCCCUACCAUUCAGUGAUUACUGUCAAGGCUGCUUAGAAUCCAAACUUGGAUUUUUGACUCUGGCAAAGCUUUUAGAAAUACUGCAAGAAAAUGAUGUGUACCCAAACGUGAGCAUAGGAGGCUUCUGUUGACGUACUCCAACAGAAGAACUGUGUUUCAAGUUCAAUCCUACCUGUUUUGUGGUCAGCUGUAGUCCUCAUAAAAAGCAAAACAAAAAUUAGGUAUUUUGUCCUAAAACACCUGGUAGGAGUGUGUGAUUUUUUGCAUUCCUGACAAAGGAGAGCACACCCAGGUUUGGAGGUCCUAGGUCAUUAGCCCUCGUCUCCCGUUCCCUUUGUGCACAUCUUCCCUCUCCCCAUUCGGUGUGGUGCAGUGUGAAAAGUCCUUGAUUGUUCGGGUGUGCAAUGUCUGAGUGAACCUGUAUAAGUGGAGGCACUUUAGGGCUGUAAAAUGCAUGAUUUUGUAACCCAGAUUUUGCUGUAUAUUUGUGAUAGCACUUUCUACAAUGUGAACUUUAUUAAAUACAAAACUUCCAGGCUAAACAUCCAAUAUUUUCUUUAAUGCUUUUAUAUUUUUUUAAAAUGUUAAAACCCCUAUAGCCACCUUUUGGGAAUGUUUUAAAUUCUCCAGUUUUUUGUUAUAUAGGGAUCAACCAGCUAAGAAAAGAUUUUAAUCAAGUUGAAUUGAGGGGAUUAAUAUGAAAACUUAUGACCUCUUCCUUUAGGAGGGAGUUAUCUAAAAGAAAUGUCUAUUAAGGUGAUAUAUUUAAAAAUAUUUUUGGGUGUUCCUGGCAGUUUAAAAAAAUUGGUUGGAGAAUUUAGGUUUUUAUUAGUACCAUAGUACCAUUUAUACAAAUUAGAAAAUGUUAUUUAACAGCUGAAUUAUCUAUACAUAUCUUUAUUAAUCACUAUUGUUCCAGCAGUUUUCAAGUCAAAUUAAUAAUCUUAUUAGGGAGAAAAUUCAAUUGUAAAUUGAAUCAGUAUAAACAAAGUUACUAGGUAACUUCAUAUUGCUGAGAGAAAUAUGGAACUUACAUUGUUCAAUUAGAAUAGUGUUCUGCAAAAAUAUUUAUAAAACUUCUCAAGAUACUGCUACUGUAAUUUUAUAUGAAGAUAAGUGUAUUUUUCAAUAAAGCAUUUAUAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1406.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1492.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 1081.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((((((((((((((.(((((.((((.(((.((((((((((..(((((....)))))..))..))))..)))).)))...))))))))).)))))..)).)))..)))))))))))...((((((((((((....)))..((((((((.((.((..(((..((((.((((((...........)))))))))).)))..)).)))))))..))).((.(((((......((((((.(.((((((((.........)))))))).(((((....)))))).))))))))))).)).(((((....))).)).))))))))).......((((((((((.((((.(((((........)))(((((((......((((((...........(((((((.((((((((.........(((......))).(((((((((((...((((...)))).......(((((((......)))))))(.(((.(((.........))).))).)))))))))).)).((((((.((((((((.(.((((((......))))))..).)))))))).))...))))..(((((((((((...((..........(((((((.(((......(((((((((.(.((..((((((((((.(((....))))))).......(((((..(((((((.....((((((.(....((((((.(((..((((.((.......(((((((.......)))))))......)).))))..)))))))))....).))))))...))))))).....))))).(((((........)))))...............(((((((((....((((((.(((.((((..((((..((((.(((((((((.........(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.........(((((.....((((.....((((..((((.......)))).))))..))))......)))))))))).))..)))))))))).)))))......(((((((((......(((........)))....(((((((((((((((((((((..((...((((((...(((....)))(((.((((((((((..(.((....(((((((....(((((((.(((...((((((((..........(((((((..(((.((((((((.....)))))....))).).............(((((((((.....(((..(((((..((((((((.(....(((((.((((........)))))))))..((((((((((.((.....((((..(((((((((((..((.....))..))).)).)))))).))))......))))))))))))........(((((((((....(((((((((.......(((((((((.((((((((.....(((((.......)))))(((((.((((((((((((.((.((((((((((..................((((((((.((((((((((((((((((((((((((...)))))))))....))))).....((((((...........((((((((.........(((((......((((((.......))))))))))).)))))))))))))).....((((((((((...((((..(((((.....(((((...))))))))))....))))....))))).)))))(((((((((((...)))))))))))..........))))).))))))).(((((.(((.(((((((((....(((((.....((((.((((.....)))).))))..((.(((((....(((((((....)))))))........(((.(((..((....))..))).)))))))).)))))))..))))))))).....))).)))))((((((...)))))).))))))))..((((((........))))))..)))))))))).))(((((((((.(((..(((((.(((((........................((((((.(((((((((((.((..(.((((...((((.((.(((((((..........)))))))))))))....(((((((((((((.((.((......)))).))))).....)).)))))))))).)..))....))))))).)))).))))))...((((...))))...(((....)))....((((....))))((((((((((....(((((...........)))))..(((((..(((...))).........((((((((...))))))))((((((...(((....))).))))))))))).))))))))))))))).)))))..)))))))).))))...))))))))))))))))).......((((.(((..(..........)..)))))))......((((((((...............))))))))...((....)).....))))))))....))))))))).........(((..(((.((((((..((.(((((((....))))))).....))..)).)))))))..)))...))))))))).((....((((((.((((............))))...))))))....))..((((((......)))))))))))))))......((((......)))).).))))))))........(((((((.....)))))))..)))))..))))))))))))............................))..)))))))(((.((....)).)))....((((.....)))).............))))))))...((((.((.........)).))))...))))))))))..)))))))...)))..))))).))))))))(((((...........)))))(((.........))).((((..(((((((.....)))).)))..)))).......))))))..)).)))))).))))))(((((((.(((.....)))..)))))))....))))))))).)))))))))....)))))))))))....(((.......))))))))))))).)))))...............(((((..........)))))....(((..((((((...))))))..)))..((((((.(((.....(((((((....)).)))))...)))..)))))).))))))))...(((((...))))).........))))))....(((((((.(((((..((((.......(((((.....))))).(((((.....))))).....)))).))))))))))))..............((((...))))..)))))))..)))))))).))).))))))......((((...)))).))))))))).((.((((.....))))))....))))))..))).)))))))))......))).)........)))))).......)).))))))))))).......)))))))).))))))).(((........))).............(((((((((((........((((((((...(((((((((.((((((((....))))))))....(((((........))))).((((((((.......(((((((((..(((.(.((((...((((((((((((((........))))))))(((((........)))))..(((((((((((((((((.(.......).)).........))))))))....(((((........))))).......)))))))((((((..(((((((((....)).)))))))..)))))).........((((..((((....)))).)))))))))).))))).))))))))))))...((.(.((......)).).))))))))))..(((((((((.(((...(((((..((.........))..)))))....))).)))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))(((...((((((.........))))))...)))(((((((((...............(((((.(((((...(((((((((((((((((((((((.....((((((((((...(((((((..(((((..(..((.(((.(((((((.......)))).)))(((((((.(((....((......))...))).))))))).......))).))..)..))))).)))))))........(((((.((((((....)))))).)))))...)))))))))).))))))))...........)))))))...))))))))))))).)))))........((..((((.(((((((..........((((....))))....................((((....)))).))))))).))))..))............)))).)))))...)))))))))..)))..)))))..........)))))))))))(((((((...)))))))((((((......(((((((...))))))).....))))))........))))))..(((((((((.....)))))))))))))))).........................)))))))))).........))))))((((((((.(((......)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..((((((((((((((((.((((,{((((.(((.((((((((((..(((((....)))))..))..))))..)))).)))...))))))))).)))))..)).)))}.}))))))))))...((((((((((((....)))..((((((((.((.((..(((..((((,{(((((..,....,.,.)))))))))).)))..)).))))))}..))).((.(((((......((((((.(.((((((((.........)))))))).(((((....)))))).))))))))))).)).{{(((....))).},.))))))))).....,{(((((({((,,((((.((({{,{||,.,{|||{((((((......{{{{{{.,|}}}}}}..(((((((.((((((((...,,.{{.(((......))}.{{(((((((((,,.{{{{...))}}..,,..,(((({{{....,,)}}})},({(((.(((.........))).,})})))))))))).}}.,,{,{{.{(((((((.{.((((((......))))))..}.)))))))}.))...,,}}..(((((((((((....,,,........(((((((.(((......(((((((((.(.((..((((((((((.(((....)))))))...{,,,.,{....{((((((.....{(((((.(....((((((.(((..((((.,,.......{((((((,..,,,.}})))))......}}.))))..)))))))))....).)))))},..))))))).,}}}{{||}.(((((........)))))...,}},........{((((((((....((((((.(((.((((..{(((..(({{{(((((((((.........{((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.........(((((.....((((.....((((..((((.......)))).)))).,))))......)))))))))).))..))))))))))},))))......(((((((((......(((........)))....(((((((((((((((((((((.,{,...((((((.{,((,....,,,(((.((((((((((.,(.{(....(((((((....(((((((.(((...((((((((.....{{{{{.((((((.,((((((.,,,,,.....)))))).)})))),.}))}}....,|,(((((((((,....(((..(((((,.{{{{||||}}.,|,(((({,((((........))))))))}.}((((((((((.({.,,..((((..(((((({{(((,,((.....}).,))},))))))))).))))....,,))))))))))))..,,,,,,(((((((((,,..(((((((((......,(((((((((.((((((((.....,{(((,......}}.,,(((((.((((((((((((.((.((((((((((..,,..............((((((({.(((((((((,,.})))))))|{{,{,{{,|||||}},|,...{(((({....{||||{...........((((((((..,{{,,.,{((({,,....((((((.......)))))),}}}}})))))))}}}}}}|,,,..((((((((({..,((((..{{{{{.....(((({...})))}}}}}}....)))}....})))).}))))(((((((((({...}))))))))))......},.,}}}))})},,,})}{||||}|||.(((((((((....{{{{{.....((((.,(({.....))),.))))..((.(((((....(((((((....)))))))........(((.(((..((....))..))).)))))))).)))})))..)))))))))....{||,.,,)))((((((...)))))).}))))))).{((((((,.......)))))).})))))))))),}}(((((((((({((..(((((.(((((........................((((((.(((((((((((.{{..{.((((...(((,{((.(((((((..........)))))))))))))..,.(((((((((((((.((.((......)))).))))).....)).)))))))))).}..))....))))))).)))).))))))...((((...))))...(((....)))....((((....)))}((((((((((....(((((...........)))))..(({((..{{{.,,))),........((((((({...}))))))){{{{{{...||{....})).))))}))))}}.))))))))))))))).)))))..)))))))).))))...))))))))))))))))).......((((.(((.,{.,.....,,.,..))))))).,...,((((((({.....,.........}))))))}.,.((....))...,,))))))))....}))))))))....}.,..(((..((,{((((((..{{.(((((((....))))))).....,}..)).)))))))..)))..,))))))))).},....,,,{,...((({{{{...{{...,,,,...)))))),...,}..{{{{{{......)))))))))))))))....,.{{((,.,,,.}}})}).})))}}}}........(((((((.....)))))))..)))))..)))))))))))).......,,..........{.{{,,,|||{((|.|{.|{,...|}....)),,}}}}}}}))),,....................))))))))...((((.((.........)).))))...))))))))))..)))))))...))),,))})}.)))))))),,,.,..,|||,({{{,}||,...,}.))),..,|,.((((..(((((((.....)))).)))..)))).,.....))))))..)).))))))},)))))(((((((.(((.....)))..)))))))....))))))))).)))))))))....)))))))))))....(((.......))))))))))))).))))),...,....{{{.,.{((({..........}})))..,,|,,.,((((((...)))))).,,,,..((((((.{{,.....(((((((....)).)))))...}}}..)))))).})))))),...(((((...))))).........))))))....((((((,{(((((..((({.......(((((.....))))).(((((.....))))).....})}}.)))))))))))).,...,........((((...)))).}}))))))..)))})))).))).))))))......((((...)))).))))))))}.((.((((.....))))))....))))))..))).))))))))).,....))).)........))))))........)}))))))))))).......)))))))).))))))).{{{........,,,........,,,,,{((((((((((.....,,,({{{,|||}..{((((((({.{(((((((....)))))))}.,..||{|||...}||,|,,||.((((((((,{,....(((((((({.,(((.(.((((...((((((((((((((........))))))))(((((........)))))..(((((((((((((((,,.,...,,..,.,,.........))))))))....,{(((,.,,,,,.}})))},.}|||)))))))((((((..(((((((((....)).)))))))..)))))),|,.....,((((..((((....)))).)))))))))).))))}.))))))))))))...,,,|.,{{{,,..}}.),))})))))))..(((((((((.(((,,,(((((.,((.........))..))))).}|,}}).)))).))))}.(((.((((((((.....))))))}}.))),((,,,{(((((.,.....,{||||||..,|||{,{{(((({...,,,.........(((((.(((((...((((((((({{((((,{(((((,.(((((,{,,,,,,|}}}}|}}|}}}..(((((((,,.,....((((((((.......)))).)))).....,}},,}}})))).,{{{||,,.{||{{,....}}}}...,.,)))),.,}}}||}|,}}}}||,,,.....}}||||||{((((,...}))))).||{{{((,{.(({....})).}},})))))),,.....,}}))),..}))))))))))))).))))).......,{{,,{{{{,||||{{{,|,}},,..,{{{|...,))}),||||,}}},...}}}}}}.}}}},,,.,))),))))))}.}}}}..},....,|||.,,,}))}.}}}}}...})))))}}}..}}}..,}}}}..........))))))))))|(((((({...})))))){(((((......(((((((...))))))).....)))))),||{,.,,|}}}}}..(((((((((.....)))))))))}}}}}},...,,,,........,},,,.,},,}}))))))}),........))))))||((((((.{{,......))})))))),,......
Back