Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323624.2
Sequence Length
2165 nt
GC Content
0.4587
GCACACGUGGUCCGGCGUGGUUCAGGCGGGUGUCUUCGGCCGGGCUUGGGAACAUAAAAGUUUGUUUCACCACGUAAGCCGGACCUCGCACUCCGGUCCCGGUCUCGUCGCCAAGAUGGUGAAGCCCAAGUACAAAGGACGGAGCACCAUCAACCCGUCCAAGGCCAGCACAAACCCAGAUCGAGUGCAGGGAGCAGGAGGCCAAAACAUGAGGGACCGGGCCACCAUCCGGCGCCUGAAUAUGUAUAGGCAAAAGGAGCGCAGGAACAGUCGUGGUAAAAUAAUUAAACCCCUGCAAUAUCAAUCAACGGUGGCUUCUGGCACAGUGGCAAGAGUAGAGCCAAAUAUUAAAUGGUUUGGAAACACACGUGUGAUUAAGCAGUCAUCAUUACAAAAAUUUCAAGAGGAAAUGGAUACAGUUAUGAAGGAUCCAUACAAAGUUGUCAUGAAGCAAAGCAAGUUACCAAUGUCUCUUCUCCAUGAUCGAAUCCGGCCUCAUAAAUGAAGCUCAAGAAGAGAUCUAUAAAAAGGGACAGUCCAAAAGAAUAUGGGGUGAGCUCUACAAGGUGAUAGAUUCAUCAGAUGUUGUAGUUCAAGUUCUUGAUGCUAGAGAUCCAAUGGGUACUCGUUCCCCUCACAUUGAAACUUACCUGAAGAAGGAAAAACCUUGGAAACACCUCAUUUUUGUACUUAACAAAUGUGACCUUGUUCCAACCUGGGCAACAAAACGGUGGGUUGCUGUCCUCUCCCAGGAUUAUCCAACACUUGCUUUCCAUGCAAGCCUUACUAACCCGUUUGGCAAGGGAGCAUUCAUUCAGCUUCUGCGGCAGUUUGGAAAGUUGCACACUGACAAGAAACAGAUCAGUGUUGGGUUCAUUGGCUAUCCAAAUGUUGGCAAGAGCUCUGUGAUAAAUACAUUGCGUUCUAAGAAAGUUUGCAACGUGGCUCCCAUUGCAGGUGAAACAAAGGUCUGGCAGUAUAUUACUUUGAUGCGUCGGAUAUUCCUGAUUGACUGUCCAGGUGUGGUUUACCCCUCUGAGGACUCCGAGACAGACAUUGUGCUAAAAGGAGUUGUUCAAGUAGAAAAAAUUAAGAGUCCUGAAGACCACAUUGGUGCUGUACUUGAACGAGCAAAGCCAGAAUAUAUCAGCAAAACAUACAAGAUUGAUUCUUGGGAGAAUGCUGAGGACUUUCUUGAGAAGCUCGCUUUCCGGACUGGGAAGUUACUAAAGGGUGGAGAGCCCGACUUGCAGACUGUGGGUAAGAUGGUCCUCAAUGACUGGCAGAGGGGCCGGAUUCCUUUCUUUGUCAAGCCACCCAAUGCAGAGCCACUUGUGGCCCCCCAGCUUCUACCCUCCUCAUCUUUGGAAGUUGUCCCAGAAGCAGCCCAGAACAAUCCAGGGGAGGAAGUCACAGAAACUGCAGGUGAAGGGUCAGAAUCCAUCAUUAAGGAAGAAACAGAAGAGAACAGUCACUGUGAUGCUAACACAGAGAUGCAGCAGAUUCUCACACGAGUUCGGCAGAACUUUGGUAAAAUCAACGUGGUGCCUCAGUUUUCUGGGGAUGACCUGGUUCCUGUGGAGGUGUCAGAUCUUGAGGAAGAGCUUGAGAGCUUUUCUGAUGAAGAGGAGGAGGAACAGGAGCAACAAAGAGAUGAUGCGGAAGAGUCUUCCUCGGAGCCUGAGGAGGAAAAUGUGGGAAACGACACCAAAGCCGUUAUUAAAGCACUGGAUGAGAAGAUUGCCAAAUAUCAGAAGUUUCUAGACAAAGCCAAAGCCAAAAAGUUUUCAGCAGUCAGAAUAUCCAAGGGACUGAGUGAAAAGAUAUUUGCAAAACCUGAAGAACAAAGAAAAACACUGGAAGAAGAUGUAGAUGACAGAGCACCUUCCAAAAAGGGAAAGAAGCGGAAGGCACAAAGGGAAGAGGAACAGGAACAUUCAAAUAAAGCUCCCAGGGCGCUUACAUCAAAAGAACGGAGGCGAGCAGUACGACAGCAACGGCCGAAAAAAGUUGGUGUGCGCUACUAUGAAACACACAACGUGAAAAAUAGGAACAGGAACAAAAAGAAGACCAAUGACUCAGAGGGACAGAAACACAAACGCAAAAAAUUCAGACAAAAGCAGUAAUGUUUAAAAGGUUUUUAUUAAAUUAUACAAAAACAGGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-611.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -652.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.(((((((((((((.(((((.(((.......)))..)))))((((((........)))))))))))....)))))))).))....((((((((((((((.((((((...))))))..............((((((............))))))....((.((((.............)))).))......)))))).........))))))))(((.......)))(((((....(((((((........(((((((((((......(((...........))).((((((((((.......((((((((((.((...(((((((..((....((((((........))))))....))..((((((((....))))).)))........((((....))))(((((..(.........)..)))))......)))))))...))..)).))))))))..((((((((......((((...((.(((.(((....))).)))...))...))))......))))))))..(((........)))((((((.((((........)))))))))).)))))))))).....))))))).)))).(((((((...)))).)))....(((((.(((((..............((((.....))))((.....))((((.(((((.....))))).))))..(((((((..((((((..............(((.((((((((((((.(((...)))......((((((((..((..(((..((......))..)))..((((((..((((..(((((.(((.(..(((((((.((((((((((((((........).)))))))...)).....)))).)))))))..).))).)))))..))))....(((.(((((..((.....))..))))).)))))))))....(((((....((((.((((.........((((((.(.(.(.(.((((((((.((((((.(((....(((((.(((..(((((((.(((.(((((((..((((.((.(((...(((((((((((((((((.(....(((((..(((.....)))....)))))..).))))))))))((((...(((((((..(((..............)))..)))).))).....))))(((((((.(((((((...)))(((((((.....))))))).......((((.....)))).(((((((...))))))))))).))))))).....(((((......))))))))))))(((((((...(((((.....((...)).....)))))......((((((..(((((((...(((((..(((((.......))))))))))(((.((((.((((((..(((((((..((((..(((((.((((....)))).)))))..(.......).........))))..))))))).))......((((..(....)..))))((..((((((....))))))..))...((((..((.((.((((((....)))))))).)).)))))))).))))..)))....((((..(((((((((....)))))))))....)))).)))))))...)))))).)))))))......))).))..))))..))))))))))..))))).......))..))).)))))......(((.....))).(((((......(((........))).......)))))........(((((......)))))))))))))))))))))).).).)).))))))..)))).))))....)))))..................((((((....(((.....)))......)))))).............))))))))))....))).))))).)))).)))..............))))))((((..(((((((.........(((..((.((...)).))....)))........)))))))))))..((((....(((.....)))....)))).....))))))).........))))).....)))))....................(((..((((..(((((....))))).....))))..)))...)))))))....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((.(((((((((((((.(((((.(((,....,,}))..)))))((((((........)))))))))))....)))))))).))....((((((((((((((.((((({...}))))).{{{{..,,.....((((((............))))))..{{{{.{({{....,........)))).})).,,..)))))).........))))))))(((.......)))(((((....((((((({{,..,{{(((((((((((....,.(((...........))),((((((((((.......((((((((((.((...(((((((..{{....((((((........)))))).....,..{{((((({....})))),}}}........{(((....,))){(((({.(.........}.})))))......)))))))...))..)).))))))))..((((((((......((((...((.(((.(((....))).)))...))...))))......))))))))..(((........)))((((((.(((({,...||.)))))))))).)))))))))),,,..))))))}.)))).(((((((...)))).))),,,,({{({.{{{{{...,,,.{({.....|||.,,..||||{{,,,,,,,((((.(((((.....))))).)))).{(((((((..((((((..........,...(((.((((((((((((.(((...)))......((((((((.,{{..{(({{,({,....,|||)),||||{{||,........|||||(((,({,{((((((.((((,(((((((((........).))))))),}.}......}))).)))))))}}}.)),...(((((((.((...((((((...(((((......,(((((,.{(((...))))))))}|,.......((((...((((,((,((((((.{.(.(.(.((((((({,((((((.(((....(((((.((({.(((((((.(((.(((((((..((((.((.(((....,{{{{(((((((((((.{....(((((..(((.....)))....)))))..}.)))))))))}|{{...,(((({{,...{({(({.......(((((.....)))))......))))|((((((.((({{{{...)))(((((((,...,))))))).......((((.....)))).(((((({...}))))))}))).))))))}.....|||||.,.|||||||}|}}},||{((((((...({{{{.....||.,.)}.....})))),,....((((((..(((((((.{{(((((..(((((.......)))))))}||{{,.((((.((((({..(((((((,,((((..(((((.((((....)))).))))}..,.......,.........}}||,.|||||}|.,,..}}}}|,||,.{....}.,)))},{,.((((((....)))))}||||...||||..||,{|,||{{{{....))))))}).))}},,})))).)))).,)}}|...{({{,,(((((((({....)))))))))..,})))).)))))))...)))))).}}}}}}},.....))).))..))))..)))))))))).}))))).......)).,))).)))))...,,.,,.......}}.,({|{,.,,,.{{(,.......,}}.,...,,))),}.,...,,.{{{{{......))))}))))))))))))))))).).).)).)))))}....))))))))...))))......,...........,)))))...)))))).)).))))))).,|{({{.....,))},})}}))))))))))....))),,)))),,))).)))...,..........))))))((((..{((((({.........{{(,.((.((...,|.}}..,.}))........))))))))))),.{{{{....(((.....)))....}}})}}}}})).,,...........}}}}}....,},))).,............,............,,..{{{{{....)))))..,,,))))}}......,))))))....))))).
Back