Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323631.2
Sequence Length
4010 nt
GC Content
0.4195
ACUCUUGGCGCCUUCGCGGAAGGUGCGUCCGAGCCAUGGCCGCUGCCAACCCGUGGGACCCGGCGUCCGCGCCUAACGGCGCUGGGCUAGUGCUAGGCCACUUCAUAGCUUCGGGGAUGGUCAAUCAGGAGAUGUUAAACAUGUCUAAGAAAACAGUUUCUUGUUUUGUGAACUUCACCAGACUACAGCAGAUCACAAAUAUUCAAGCUGAAAUCUACCAGAAAAACCUGGAAAUUGAACUCCUGAAACUAGAAAAAGAUACAGCAGAUGUUGUUCAUCCUUUCUUUUUGGAGAUGAAGUCUUGCUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCAUGGCCUCAAUUCUCCCGUUUCAGUCUCCCAAAACACUGCGAUUACAGCUCAGAAGUGUCAUACUCUGCAAAGCAUGAAUAAUCAUUUGGAAGCAGUGCUGAAAGAGAAGAGAUCCCUUAGGCAAAGACUGUUGAAACCCAUGUGCCAGGAAAACUUACCUAUUGAAGCUGUUUAUCACAGAUAUAUGGUACAUUUGCUGGAGUUGGCUGUGACUUUCAUUGAGAGAUUAGAAACCCACCUUGAAACAAUUAGAAAUAUUCCUCAUUUAGCUGCAAAUCUAAAGAAAAUGAACCAGGCUUUAGCAAAGAUGGAUAUAUUGGUGACUGAGACAGAAGAACUGGCAGAGAAUAUACUCAAGUGGCGUAAACAACAAAACGAAGUUUCGUCUUGUAUCCCCAAAAUAUUAGCUGAAGAAAGUUAUCUUUAUAAACAUGAUAUUAUAAUGCCUCCUUUACCUUUUACUUCUAAAGUUCAUGUCCAAACUAUUAAUGCCAAGUAGUCAUCAACUUUAUUUUUGCUUAAUUAUGUGUAGUCAUAUGAAGUCUAUUUCUAGUUGACUGUAACAUGGGUAUUAAUAGUCUUUGCUGCUGGUAAUACUGAAAGAACCUGCUUUAUAUUGGAGUAUCAAGAUCUCAGGUUCAUUAAGACCAAACUGACUUUUCCUUUGUUUUUCAUAUAUUUUUAUUCUACCUUUCAGUAAAACUAGAGAAGCUAAAAAAUAGCCAUGACAAUUUAUUAAUAUAAGUGAAUUAACCAUUUCUCAGGUGGGAAAUUCUCUUUUUUUAAAAAUGUGUGUUUAUCGUCUGGUGUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCUAACACUUGGGGAGGCUGAGGCGGGCAGAUCACUUAAACCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGUAACAUGGUGAAAUCCCAUAUCUACAAAAUAAACAAAAAAUUAGCCGACCAUGGUGGUGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUAUUCGGGAGGCUGAGGUAAGAGGAUCACCUAAGCCUGUGAGGUCAUGGUUGCAAUGAGUCAUGAUCACGCCACUGCGCUACAGCCUGGGCGACACAGUAAGACCCUGUCUCAAAAAAAAGAAGUGUGUUUCUGGCCAGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCUAGGUGGGCAGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCGAAACACCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGGCCGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCCGACCCAGAUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUUGACAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUGGUAGAAAUAUAAAAAAUUAACCGGGCAUGGUGGUGGACGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGAAUAAUCGCUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUAAGCCAAGAUCGUGCCUCUGCACUCCAACCUGGGUGAUGGAGCAAGACUCCAUCUCCAAAAAAAUAAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCAUGGUAGCAUGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCCAGAUCGUGCCACCGCACUCUAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACUCUGUCUUAAAAAAAAAAAAAAAAGGUGUUUCUGAAUUAGAAGGGUCUUCUUGAAUCUGAAAAUGUCUAUGAUGAUUAUUCCUGUGGGAAUGUCACUAAGUAUGCAGAAAAGAGUAACACAGCCAGCCUGACUUAUCCUUUGAAAGGCCUGAUUAUAAGGUUUGUCCUCAGCUGUUGCAUCUGGGAACUUAGAUAUCAGAAGGUAUCUUAGUCUGUUCUGCUGUCAUAACAGAAUUACACAAACUAAGUAUUUUAUAAUGAACAGAAGUUUAUUUGGUUGACAGGUGUGGAGGCUAGGCAGUCCAAGAACAUGGUGCCAGCAUCUAGUGAGGGUCUUGCCAUGGCAGAAGGCACCACAUGGCAAGUGAGCAUGAGAAAGAUAUAUGGGUCUAAACUUAGCCUUUUAUCAUGAGCCCACUCCCAAGAUAGCAGCACUAAUUCAUUAAUGAGGGCAAAGCCCUCCUUACCUAAUUACUUUUUAAAGGUCUCAUAACACUUUUACAAUGUCAAUUAAAUUUCCAACACUUGAACUUUGGGGGACAUAUUUAAACCUUAACAGGAGGGCUCCACUCACUGAAAAGAGUCGUUCAUGGUAGCUAACCUGUGGUUUGUGCUGAAAACCUGCUUUCUUCCUGGGAGUCUAGAAUUUUGGUACAUGGUAGGUAGAAGGUACCUACGUGACCAGCCCCCAGUAAAAACCCUGGGCACUGUAUCUCUAACAAGUUUCCCUGGUAAACAACAUUUCUCACAUGUUGUCACAAUUCAGUUGCUGGUGGAAUGAAACAACAGAUAUGUGUGACUCCACUGUUAGAGGACUCUGGAAGCUUAUACCUGGUUUCCCCCAGACUUUGCCUCUGUACCUUUUCUCUUUGCUGUUUUGCUUCAUAUGCUUUUGCUGUAAUAAAUCAUAGCUGUGUGAUGAUAUGCUGAGUCUUGUGAAUUCUCCUAGCAAAUCAUGGAACCUGGAGGUAGUCUUGGAGACCCUGGCAUACAAAGCAGUUCCUAAGUGUUUACUGGUAGCUGUAGGAAUAGGCAAAGAAGAAACAGCAAAGAAAAAGGCACACUGUGGUAUAACUUUGGAGGUUUACCUUGCAAAAUGCUCAGAUAUUUUACCUAUCAGAGGUUAUUGUGCAUAUAAUAGAGAGUGAUAUACUAACAACUGCCUCAGGAUAUACUCUUUUUAAUCAGUAUUGUAACUAACCUUGGCUUAUUUUACUUUUAGACUUGGGGUUCUAUUUUGCUUUAAAACAUGUACAUCAGUUUUGUUUUUUGUUUUGUUCUUUUCUUUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGACAGGAUCUCACUCUGUCACCCAGGUUGCUGAGAGUGUGGUGUGGCCCAAUCUUGACCUCACUGCAGCCUUGACCUCUCAGGCUCAAGUGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUAUAGGCACGCGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUCUGUAGAGACAGAGUUUUGCCAUGUUGUUGAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGGUUCAAACGACCCUCCCGCCUCAGCCUCCGAAAGUGCUGGGAGUACAGGUGUUAGCCACUGCGCCUGGCCUCAUUGUACUCCUUAACACAAGAAGACUUCAACAAUGAUAAGUAGUUGUUUAUAAGGAAGCAGGAUCAUUACCAAAAUAAAUCCUGCUAAAACAACAGGAAUCAUGUUUUAAAGCCUAGUUUGCUAAUUUUUGCUAGUAGGAUAAGAGUGAUCGUAAUAUCUCGAACAUUACAUAGACACUUAAAACCUUUAGUUGUAUUUCAUCAAAAAUCUGUUCAUACCCCACGUUGGUUUCAAAACAUACUAUGCUUUUUCUUCGUGUUAUUUCCUAUAUUCAUUUUUGUGUGUAUGUGUAUGUCACAAAUAUUGAUAUGCCUGGUUGUUUAUUUUUGUUUUCUAUUAUGCCUUUUUCAAAAUAUAAAAAUAAACUUGUAAUUUCUAACUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1376.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1442.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((...)))))))).....(((((((((....))))(((((((((.(((((((.(((.......))))))))))(((((....(((((((((........)))).)))))..(((((((((((...)))).....(((...((((((.....(((((((.((.(...........).)).))))))).....))))))...))).((((......))))........))))))).))))).....((.(((((....))))))).(((.........)))((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((.(((.......(((((((((((((((((((....((((((((((((((((((((.(((...)))))))...))).))..)))))........))))))....(((((((((((((((...(((((((((((((((.((((((((.((((.(((...(((((((.....((((.....))))..))).))))..))).))))((.(((.(.((((((((...))))).))).)...))).)).....((((((((((((..(.((((...((((((..................((......((((((((((((....((((((((((.((((...(((((...((((.........(((.(((((.....((((.((((....)))).))))........(((((((..((((((......))))))......)))))))...)))))..)))..........))))..))))).))))..................)))))))))).))))))))))))......))))))))...)))).)..))))))))))))......)))))))).))))))))))))))).(((((..((((((((((((((((((.((((....)))).)))....)))))))...((((.((((..((....)).)))).))))...................))))))))..)))))....((((.....))))......((((((((......)))))))).(((........)))))))...)))))))))))........(((((........(((((((....))))))).........)))))...)))))))))))))))).)))..........))).)))))).))))))))))))))))))))))))........................((((((((((.(((...(((...((((((((((.(((((........)))(((((.((((.........)))).)))))....((((((((((......)))))))))).((((...((......))...))))(((((.(.((((...))))...........).)))))....((((((((.((((((((.(((((((((.((((((((((((.((((((..(((((((.((.((.((((.(((((((((((((((((((((.(.((((((((((((((..((((((((((.................((((((((......))))..........((((((....)))))))))).(((.(((((((.(..(((((((..((((((.(((.(....))))))))))..)).)))))..))))))))..)))....................(((...((((((....((((....((((((....)))))).....))))......))))))....))).((((((((((((...................)))))))).))))....((((.(((((((.....))))))))))).........((((((((((((((((((((((.((((.((.((((((((((.(((((((((((..(((((((((((..((((.(((((((((.((..(((((..((((((((((((((..(((((.(.(((((((((((((((((((((..((((((..(((.((((((((((((((((((((((((((.......((((.(((((...))))).((((((.((...(((((...((((.(((((....)))))))))...............(((((((...(((((((((...............))))(((((((.(((((.((((((.((((.(((((((((..((((.(((((((....)))))))((((.(((....((((....))))....)))...))))..........(((((((....))))))).))))..))))))))).))))(((((((.......((((.((((((..(((((...(((((((((((((.............)))))))))....((((((((((.....(((((....)))))..))))).))))).))))((((((((((.(((((((((((((...(((.((((((...)))))).)))...))))).....(((((((........)))))))..(((((..(((((.(((........))).)))))..)))))....(((((...(((((..((((((((((........)))).......)).))))..))))))))))))))........)))).)))...))))))))))))...))))))))))(((((((.....))))))).....(((..(((((........)))))..)))...((((((((...((((((((((((((((((.......)))))))..........))))))).)))).......(((....)))(((....))))))))))).((((((((((((.......))))))).(((((...((((.((((.((((((.((((((((((((..((((...(((((..(((((........)))))..(((..((.(((((((.(((((..((..(((((..................)))))...))...))))).).))))))))..)))((((((((((...........))).))))))))))))..)))))))))))))))))))))).)))..).))))....)))))(((....)))((((.(((((((.((((.......)))).)))..)))).))))........)))))............))))))).)))))).)).)))..)))))))...............)))))....)))))))))))))).))))))...........((((((...(((.......)))....))))))))))........))))))))))))))))))....)))))))).)))..))))))..))))))))....))))))))))..))).).))).))..))))))))))))))..)))))..)).))))))))).))))..)))))))))))..))))))))))).)))))))))).)).)))).))))))))))))))))))))))..)))))))))).)))))))))))))).).))))))))))))))))))))).))))...))..)))))))))..)))))).)))))))))))).))))))))).)))))))).)))))))).........((((((..((((....((((((....)))..)))..))))...))))))((((((((..............))))))))...)).)))))...)))))......)))..))).))))))))))(((((.(((....(((((.(((((((.........)))))...)))))))....))))))))...))))))))................))))))..)))......((((((.((((.........((((........))))........))))))))))((((((((.......)))))))).)))))((((((((((((........................))))))))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,...((((((((...))))))))....,||(((,(((....||||(({((((((.(((((((.(((.......)))))))))){{{{{,...(((((((((........)))).)))))..({{((({((((...}))).,,,,((({,.,,,||}}}}{{((,((((.,.}}}}.}}},..{{{{.|,,,,,,,....,,..))))...,,,.((((......))))....,,,.))))))).}))}|,,...((,(((((....}}}}},||||,|,|,,,||,|}|((((|{({.((((((((((((((((((((((((.((((((.(((.......(((((((((((((((((((....((((((((((((((((((({,(({...}))))))...))).}}..}}}))........))))))....(((((((((((((((...(((((((((((((((.((((((((.((((.(((...((((,{{.....((((.....))))..,,}.))))..))).)))){(.(((.(.((((((((...))))).))).}...))).}}.....((((((((((((..(.((((...((((((........,.....,...{{...||,((((((((((((....((((((((({.{{{{...{{((({,,{(((......,},,{(.(((((.....((((.((((....)))).))))........{((((((..{,{{{(.,,...,))))}......)))))))...)))))..}}}.........,,,,,..))}}}.}}}}...,,,.....,},,..})))))))))).))))))))))))......},))))))...)))).)..))))))))))))......)))))))).))))))))))))))).(((((..((((((((((((((({{,.{{{(,,..}}}},))}....))))))}...,,{{.,{{{..{{....,,.,}})})},,...,..............,))))))))..)))))....((((.....))))......((((((((......)))))))).(((........)))))))...)))))))))))......,.((({{......,.(((((({....})))))).}.......})))).,.)))))))))))))))).)))..........))).)))))).)))))))))))))))))))))))).......,.,,,............((((((((((.(((...(((...((((((((((.{((((........)))(((((.((((.......}.)))).))))),{{.((((((((((......)))))))))).|(((...((......))...)))|,,{{{{,.{{{{.,,))}}........{|{|,.,,,}}}}}((((((((.((((((((.(((((((((.((((((((((((.((((((..(((((((.,(.((.((((.(((((((((((((((((((((.(.((((((((((((((..((((((((((.................((((((((,,,,,,}}}}.},..,},..((((({....})))))))))..||.(((((((.(..(((((((..((((((.(((,(....))))))))))..)).)))))..))))))))(((((..............,,.)))))({{.((((,,...}||||}}..((((({....}))))){{.{.||||.{,....)))))).,.|}|,((((((((((((.{{.,,........,,.},)))))))).))))....||||,(((((((.....))))))),}},.........{(((((((((((((((((((((.((((.((.((((((((((.(((((((((((..(((((((((((..((((.(((((((((.((..(((((..((((((((((((((..(((((.(.(((((((((((((((((((((..((((((..(((.((((((((((((((((((((((((((..{(((.((.{{(((((...})))}.||.||,}}},..((,({{,.(((,,(((((....)))))))))....}}}.}}{{{{((((((((.,,(((((((((..,........,}..))))(((((((.{((({.((((((.((((,{(((((((({{{{((.(((((((....))))))},|||,{(({,{,{{{,....)))),...,,},.,||||||||.,,,..,{{{{{{....)))))))}))))..}}})))|||,||||,((((,,{{,....,,|||||||||}.{{({(...(((((((((((((,,.....,,....)))))))))....(((((,{(((.....{((({....,}})),,))))).))))).)))){(((((((((.{(((({{{{{{{{...{((.((((((...)))))).)))...}}}}}.....(((((((........)))))))..(((((..(((((.(((........))).)))))..)))))....(((((...(((((..(((((((,,{,,{.....,})}.,....))).))))..)))))))))))}}}},.....}}))}.)))...}))))))}}}),...}||||}||||(((((((.....))))))),}}}}||{..(((((........))))),.}}|,.{(((((((,.,,{{{{((((({{(((((((.......))))))).......,,.}}))))},))),....,|,|{|,,.,)))}},.,,})))))))))))}}||||(((((((.......))))))).{((({.,.((((.{(((.((((((.((((((((((((..((((.,.(((({..(((((........)))))..{{(.,((.(((((((.(((((..{{..{((((.,|,......,.......)))))...}}...))))).}.))))))))..})}((((((((((.......,,.,))).)))))))})))).,)))))))))))))))))))))).)))..}.)))).,,.})))){|{....))}|{{{.,{{||{{.{{{{.....,,)})).)))||||||{|||},....,|||||||,.,,,,,,....}},)}}}.)))))).}),))),.}}})}}),,..{{,,,.,....}))}).,..,)))},}}}}}}}}}})}},.,,,.,,)),,|{(((({.,.{{{..,,,..)))....)))})))}))}}}}},..)))))))))))))))))),,,.)))))))).)))..))))))..))))))))....)))))))))},,))).).)))},)..))))))))))))))..)))))..)).))))))))).))))..)))))))))))..))))))))))).)))))))))).)).)))).))))))))))))))))))))))..)))))))))).)))))))))))))).).))))))))))))))))))))).))))...)).,,,)))))))..)))))).)))))))))))).))))))))).)))))))).)))))))).........((((((..((((....{{{(((....}))..}})..))))...))))))((((((((..{{.......},.))))))))...}}.)))))...)))))......))),.))).))))))))))(((((.(((.,..(((((.(((((((.........)))))...)))))))....)))))))).|.}}}},,,}........},......)))))),,)))......((((((.((((.........{(({........)))}........))))))))))((((((((.......)))))))),))))}((((((((((((.,,..................,,.))))))))))))...................
Back