Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323906.2
Sequence Length
2760 nt
GC Content
0.4551
GCCAUUUUGUUGCCUCUGUUUCUCCACGAGGGGGGGUUAAAGGCCCCCAAAACAUGCACACAUGAAAAGGGCAAAAAGUAACCGUCCUUGACAGGGAGUCUUAACUAGAGAAGGAAACGGGACUAAACUGGCGGGCUCCGUGGAAGCGUGGCCGGCAGCGUCCCGGACGAGGAGAUGUCUUUGGUGGACUUGGGAAAGAGGUUGCUAGAAGCAGCAAGAAAAGGCCAAGAUGAUGAAGUGAGAACGUUGAUGGCAAAUGGCGCCCCAUUCACCACAGACUGGCUUGGAACAUCACCCCUCCACCUUGCAGCUCAAUAUGGUCAUUAUUCCACAGCAGAAGUACUCCUUCGAGCAGGUGUUAGCAGGGAUGCCCGGACUAAAGUAGACAGGACCCCCUUGCACAUGGCUGCAGCCGAUGGACAUGCGCACAUCGUGGAACUGCUUGUUCGGAAUGGUGCAGAUGUGAAUGCCAAGGACAUGCUGAAGAUGACAGCUUUGCAUUGGGCCACAGAGCGCCACCAUCGAGAUGUCGUAGAGUUACUUAUCAAAUAUGGAGCUGAUGUCCAUGCUUUCAGCAAAUUUGAUAAAUCAGCCUUUGACAUAGCUCUGGAGAAAAACAAUGCUGAGAUUUUGGUCAUCCUCCAGGAAGCAAUGCAGAAUCAGGUGAAUGUUAAUCCAGAGAGAGCCAACCCUGUGACUGACCCUGUGAGUAUGGCUGCUCCAUUCAUCUUCACGUCGGGUGAGGUUGUUAACCUCGCAAGCCUUAUUUCUUCAACCAACACCAAAACAACCUCAGGUGACCCCCAUGCCUCAACAGUACAGUUUUCAAAUUCUACCACCUCAGUGCUGGCUACCCUUGCAGCUCUUGCUGAGGCAUCAGUCCCCCUCUCCAACUCACACAGAGCCACAGCCAAUACAGAGGAAAUUAUAGAAGGAAAUUCCGUUGACUCAUCAAUCCAGCAAGUAAUGGGGAGUGGAGGCCAGAGGGUCAUCACCAUAGUGACUGAUGGAGUCCCUCUGGGUAAUAUCCAAACUUCAAUCCCUACUGGAGGCAUUGGCCAGCCAUUUAUUGUAACUGUGCAAGAUGGACAGCAAGUUCUAACUGUACCUGCUGGUAAGGUUGCAGAGGAGACUGUAAUUAAAGAGGAAGAAGAAGAGAAGUUGCCACUAACAAAGAAACCAAGGAUAGGAGAGAAGACAAACAGUGUGGAGGAAAGCAAGGAAGGCAAUGAAAGAGAGCUACUACAGCAACAACUCCAGGAGGCCAAUCGAAGAGCCCAGGAAUACCGACACCAGCUCCUAAAGAAAGAGCAGGAAGCAGAACAGUACCGUCUUAAGCUGGAGGCCAUAGCCCGACAGCAGCCCAAUGGAGUUGAUUUCACCAUGGUUGAAGAGGUGGCUGAGAGUCUCUCUCUGUCACCCAGGCUGGAGCGCAGUGGCAUGAUCUUGGCUCAUUGCAACCUCUGUCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCUGAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACGCGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUACAGACGGGAUUUCACCAUAUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUGAUCCACCCUCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACGCCCAGCCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUCUCACCAGUAUGAUGAUGACCAUUUUAAGAAAGCUUGUGUGGCUCUCUCCUAUCAUUACAGACCUCCAGAGCUGGAAAAUUUGAUGCAUUUACUGAACUCUUCCUGAAAGUUUAAUAUGGAGUGGGAAUCAGUUUUUGUCCUAAUUUAUUAGAGAAGGCUUCCUCUUCUCUACUCCUUGUGCAAACCCAUCUCUGGAUAGCUAGAAAAGGAACUUCAGAAUGGACUAUAUGUGAUGACCACCUGUAUGCACUCUAGGCUCUUAUCUGUCUCUAUUUUAUGUGGUGACUAUAUCUCAGAAGUACUACCCCUUCUGAGUAGUACUAUUAUUUCCUAUGCCAAUUUUUUUUAAGUCUCUGAUGCUGCCCUUUUUAAAUUUUUGUCUUAUUUUUUAGCCUCUUUAGUAUUAGGGGGUGAGGUGACAUUCCUAGACUCUACAGUAGCAGUUUGGCAUGUUAGUGACAGGAAAUUGUGAUUCCCUAUCUCCCCCUCCUCCUACCUUUUCUGCUUUUGUGAUUCCAUUGUUCCUAUCUCAUUGAGGCUUUCCCAGGCAUUCGAAUUUAGUUAGUAGGUCAUUUCUAAUCUCUGGGCCUUGUCUUUUCUCUCUCCGUUCCCCUCCUUCCCUACCACAUAUUUUUUGUUUAUUCUGAGGUGGUUUGUUUCUGAAAGUUAAUCUAGGUCACCUUCUAUAUCCUGUGCUUUCUAGUUGGCUUUAGACAUCUUGUUCUAGCAACAAUGAUGGUAGCAGCUCUCUCCCUGACCUUGCCCCAUGUGCUGUCCUUCUGUCAAGGCCAUUUGUGUGUGUACUGCGGCAGGUGUGUGUGUGGGGGGAUGCGCCCAGACUGUUCUCACAAUGUCCUCAGUUUUUCAGGUUGUCUGACAGCUUUAUGUACAGCGUAUUUUUAGAAAAACUUAAAUAUACUUCUUUAUUUAGGGUUUUAUUCUGAUGAGCAAGUUUGUGUGUAUAUGUGUGUAUGAGCAUUUGUAUGUAUAUAUACUUAUACAGAUCUAUAUUAUAUAUACAGUUUUUGUACUAUCAUUUAAAAUAAAAAUGUUUCUCAAUAAAAUGUCAAAGCCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -860.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 715.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((((((((((((((((......)).))))(((((((...)))))))....((((((((((((..((((((...........))))))....(((.(((.........(((((((.((((((....(((.(((.(..(((....))).).))).))).))))))((((.(((((((.....(((((((((((.......((((((...)))))).........))))).(((((...((((...(((..(((..(((((....)))))..)))..)))...))))...)))))....)))))).............(((........))).(((((..((((((......(((((.((((((((((..((((((((..((((((..(((....)))(.((((((((.((((((...)).).))))).))).))).).))))))))))))..((((((...((((....((((.(.((.((((.......))))..))).))))..))))..))))))........((((((.((.(((..(((((((((.....(((((.((....))..)))))..)))))))))...))))).))))))..(((((((....((((.((((..(((((((..(.(((....))).).....))))))).))))..))))..)))))))...))...)))))...))))))))))))))))..))))).....))))))).))))((((((((((...))))))))...))...)))))))................(((...)))))).)))(((((((..((((((.......................))))))((.......))(((....))))))))))..((((((((.....((.((((((..(((.(((.(((((((((((.....(((((((((......(((((....))))).(((((....(((((((((((((.((((((((((((((..........))))))...)))))))).)....)))..)))).....((....)).(((....)))..(((((..(((((....)))))))))).(((((.((.(.....).)).)))))(((((((((..((((((.((((..................(((((....(((((((((((((((.....((.((((.(((.((...(((.(.(.((((((((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((..((((((((...(((........((((...((..........)).)))).........(((..((..((......)).))..)))..((((..(((....)))...)))).)))...))))))))...(((...((((.(((((((((((.(((((...))))).)))))).((((((.((.(((((.((.(((.(((((......(((.....)))...))))).))).)).).....))))))))))))..((((..((((((......(((.((((((......((((.(((((((((....((((............(((((((.(((((.(((..........))).)).))).))....)))))))))...))))))))).)))))))))).)))......))))))..))))..........)))))..))))...)))...................)).)))))))))))))....)))))...).)))((((((.((((((...((((..(((.((((((.((..((((............((((.((((((((.(((((((((((((....(((((((((.....)))))))))......(((((...((((.((((((...((......))...))))))))))..((((.(((.....))).)))))))))...((((........)))).........((((((.(((...((((((((........)))))))))))))))))........(((((((..................((((((..............((((.....(((((.(((((........))))).))))).))))...............))))))..)))))))))))).))))))))....))))))))...))))...................(((((.((((................)))).))))).....)))).....)).)))))).)))..))))))))))..)))))).))))).)))))))))).).)))...)).))).)))))).....)))))))))........))))))...))))).((((((((.(((((.(((............)))...)))))))))))))...(((((((((.....))))).))))...))))))).)))..)))))))))))))).)))))))))))))).....)).))))))).))..))).)))...)))))).))))))))))((((.(((((((((((((.((((.(((.((((((((((((((.((((((......))).))))).))))...))))))))((((((........)))))))))...)))).))).)))).)))))).)))).)))))))))))).(((......((((((((((..((((......)))).)))))))))).....))).....(((((.......))))).....)))))))))).)........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((((((((((((({(......}).))))(((((({...}))))))....((((((((((({..((((((...........))))))..,.(((.(((....{{.,.,.,{,...((((((....(((.(,({((.(((....))).))))},))).))))))..,((((...(((.(((((((...(((({,{{{{{((((({...|||}||{{{...((({...((((,(((((({((...(((..(((..(((((....)))))..)))..))),,|}}||{,.}}}}...,,)}},.},}}}.))},....(((........))).(((((..((((((......(((((.((((((((((.{({((((((..((((((.,(((....})}{|((((((((.{{{|{{..,}}.}.))})}.))).))).,.))))))))))))..((((((...((((...,((({.{.{{.((((.......))))..}}}.))}),,))))..))))))........((((((.((.(((..(((((((((.{,,,(((({.{|.,..||..}})))..)))))))))...))))).))))))..(((((((....((((.{(((..(((((((..,.(((....))).}.....))))))).))),..))))..)))))))...),,}.)))))...))))))))))))))))..)))))....,}}.}}}}|}}}}.,((((((({...})))))))..))))}.})))))},,,,..)))))))))).)))).}},))).))}(((((((,.((((((.{...................,.)))))){(.......)){((....))))))))))..,{((((((,..,.((.((((({..(((.(((.{,(((((((((.....(((((((((......(((((....))))).(((({....,((((({,(((((.(((((((({({(((,,,....,..))))))...)))))))).,....)))}..}}}}..|,{|....)),(((....)))..(((((,.{((((....)))))))))).(((((.((.(.....}.)).))))){{{{((({{{((.{{{{,||||,,,....{{((,,{.,{,{((({,(({((,({{{{{,{(,{{{,,,.(((.,(((((((((({{{(({({(.((({((((((({(({(((.{((((.((((((((((.(((((..{{((({{{,{,(((,,,,,,..{{{,.,.((,....|{,..((.((({,,.......|}|}.}|..{{.,....|,..,|}}},..((((..(((....)}),..)))).|||...|||}}}}}...{{{,,,||||}|,,{.((((((.(((((...))))).)))))),(((({{(((.((((({((.,{{.{{{{{|.}},}||,..},,})}.,.}})))})}},))}},,.,.}}))}}}|}}}},.{{{(..{(((((......(((.{({(({.....,((((.({{{{||||,,..((({.....,......(((((((.|(({{.{({......}...))}.)).}}}.,,...,))))))))}...))}}))))}.}}}})))))}.)))......))))))..)))}...,,,,.....,||{{|,||...,},}),,}}.......}}}}},))},))))))))))))....))}}}.,,{...{(((,,,.||||,..,,|||,..,...,.(((({({.,,,.|,.}}}}}}....((((.((((((((,((((((((((((,....(((((((((.....}))))))))..,,..(((((...((((.((((((...((......))...))))))))))..((((.(((.....))).)))))))))...|||{........|||,,,,,.....||||{|||((,..((((((((........))))))))}))))}}}}.......,(((((((..............,,{,((((({......,,......{{{{.....,{{{{.(((((........))))).))))},)})).....,||,......))))})}.)))))))))))).)))))))},,..))))))))...))))...........}}}}}}.}}}}}}},|,.,,,}}}}}},....,,,,,,.|||||,..,{{|||.{{{.||,,|||},.,,}.,}},,,))),)}},))))))}}))))))},,,)))))))..)}}{||{|||.,,,,,,{{{.......))).......}}))}))},,.}}|{{{{{((((((.(((((.(((............)))...)))))))))))))))}(((((((({.....))))).))))}}.))))))))))),})}}))))})))))}.)))))))))))))).....)).))))))).,}..))).)))..,))))}),)}))))))|{((((.(((((((((((((.((((.(({.((((((((((((((,,,,|||,,,.,,|||.}})))}),.....))))))))((((((........)))))))))...)))).))).)))),}))))).))))})))))))))))).{{{.,{{{,((((((((((..({{{......)))).)))))))))){{,,,{{|..,......|,..}}},))))},....)))))))))).}........
Back