Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323942.2
Sequence Length
3012 nt
GC Content
0.5687
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGCACCUUGCUCACCGCCUGCGUCGCCGUCAUCAGAGAUGUCAGCGACGCACUCCCCUGGCUGUGGCUCCCCCAACUGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGAGGCCCAGUGCUCUGGCCUGAGUUGGGUUGUGGCCUUACCCCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGUCUGCAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1204.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1248.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 558.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....)))))))))))))(((.((((..(((((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((.(((((........((((((....))))))..((((((((((.(((((.((((((((((...(.((((..(((((....)))))......(((((((....(((((((..(.(((((((((.((...(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).))(((...))).((((.((((.((.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).)..)))).)))...)))))))((((((((.......(((((.......)))))..)))))))).))))).))))))).))).))))))))))))..)))........))))).)).)).)))).)).)))))).))))))))).).))))(((...(((.(((.((((.(((((........)))))..))))))).))).....)))...((((((((.(.((((...)))).).)))))))))))))))(((((((..((((..((((((((....)))).((((((((((((((((((...(((((((((((((.((((((((((..((((..(((...))).))))..........(((((((((.....(((..(((.((.((((...((.(((.((((......)))).((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))..((((....))))))))))))).))))).....)))....))))))))).(((((((.((((((.(((.....((((........)))).)))..)))))))))....)))).....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).)))))))))........((.((((......)))).))..)))))))(((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((........((((...))))(((((.((....)))))))...((((((((((((.(((((...))))).((.(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...))....)))))..))))))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))........((((.(((.(((((..((((((..(((((.((((.((.(.((.(((...((((.((((((((((((((((..(((((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).)).))))))).)))..........))).))).)))).))).)).).))..)))).)))))..(((((((.(((...............))))))))))....((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).......(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..)))))).)))))........))).))))(((((.....(((.....))).....))))).....)))))))))))(((......))).....))))..))))..))))))).......(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.{({...((((((.(((....))).(((((((....)))))))))))))(((.((((..(((((.(((((((((((((((.((.((((..{(...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((({{{{(((........)))...))))).))))(((((((.(((({.((((((((((..,{.((({..{{{{({{,,}}}))}},...(((((((....(((((((..{.(((((((((.{(...(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).))((,...,)).((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).,..)))).)))...))))))),(((((((.......(((((.......)))))..)))))))),)}}),.))))))).))).)))))))))))),,||..,((,,..}}.}),})))).)))).)).))))))}})))))))).).)))|({{..|(((.(((.((((.{((((,....,,.))))}.|),))))).))),},..}}}...((((((((.(.((((...)))).).)))))))))))))))(((((((..((((..{{({((((....}))).((((((((((((((((((...(((((((((((({{((((((((((..((((..{((...))).))))...........((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}})))))}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|.{{(((((.((((((.(((.....,(((......,})})}.)))..))))))))},,,.,)}}.....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).)))))))))........{(.((((......)))).}}.,)))))))(((((((((...((((((((({{......,..}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((........((((...))))((({{{((....)))))))...{((((((((((({(((((...))))}.((.{.(((((((((....{((({(((.(,(({,..{{{{,{|...}))))))..,}}},}}}}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...)).,}.)))))..))))))}.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).,......}))))))))(({{.....}))}.........,.)))))))))........((((.(({.(((((..((((((..(((((.((((.,,.({(({(,(,..{(((.((({({((((((((((..{{(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......))))))}})).}}.))))))).)))..,.......))))))).))))})))})).,.},..)))).)))))..(((((({,(((...............))))))))))...{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))})}),}}....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....))))|(((((....)))))..)))))).)))))........))).))))(((((.....(((.....))).....))))).....))))))))))){{,......}||,,...}})),,))))..))))))),,,,...{((((((((......(((((...((((((((((((,........(((((({.,(((,,,.((((.....)))).,,......,}}}|{,,.....))..})})),})))).})))}}))))))))...(((((((((.......{(({.,{.....,,...})}}...)))))))))...)))))..,..))))))))}{((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))},,....}}.....,......((((.((((((({....(((((({....}))))))....{(((((({(((....)))..})))))))...........((((((.......))))))})))))))))))(((((((((((.{((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back