Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323980.2
Sequence Length
3816 nt
GC Content
0.4161
AGACUGGCCGGGGUGCCCCGCAAAGAGAGACAAGGGAGAAAAAGACAGCAGGGAAAACCCCGGGGAGGAGAAGGCGAAAGAGAAGGUGGAGCUCAGAGAAGGGGGCCGGCUCCCCAGCUCCAUGUGGCCGCCGCCGCUGCGGGUCUGUGGGGGCAGAGGGCGGCGGCUCCCGGGGCAGCGCGUAGCGGGACCGAUUGCCUAAUACUCCGGCAGGGGCCGGGGCCGCAGCUGGCUCGGAUAAAUAGCCGCCCGGCUGGCCCGGAGCUGCAGGGGAGAGCGGCGGCCGCGAUCCCCACCACACCACCAGCCCGGCCGCACGGGGCACUGAGCCGGGUGCUGAGCACCGGAGGCCCCGCCGAGGCCGGGACUCAGCUGUUGGAGUCCUGUACAUAGAAUGGCUGGAUGCCUUUGGUGAAGGAAAAGGAAAAACAGCCUGGGUUGGAUCCCUGGCAAGUGGAGUUGGCUUGCUUGCAAGUCCUGUCUGCAGUCUCUGUGUCUCAUCUUUUGGAGCAAGACCUGUCACAAUCUUCAGUGGCUUCAUGGUGGCUGGAGGCCUGAUGUUGAGCAGUUUUGCUCCCAAUAUCUACUUUCUGUUUUUUUCCUAUGGCAUUGUUGUAGGUCUUGGAUGUGGUUUAUUAUACACUGCAACAGUGACCAUUACGUGCCAGUAUUUUGACGAUCGCCGAGGCCUAGCGCUUGGCCUGAUUUCAACAGGUUCAAGCGUUGGCCUUUUCAUAUAUGCUGCUCUGCAGAGGAUGCUGGUUGAGUUCUAUGGACUGGAUGGAUGCUUGCUGAUUGUGGGUGCUUUAGCUUUAAAUAUAUUAGCCUGUGGCAGUCUGAUGAGACCCCUCCAAUCUUCUGAUUGUCCUUUGCCUAAAAAAAUAGCUCCAGAAGAUCUACCAGAUAAAUACUCCAUUUACAAUGAAAAAGGAAAGAAUCUGGAAGAAAACAUAAACAUUCUUGACAAGAGCUACAGUAGUGAGGAAAAAUGCAGGAUCACGUUAGCCAAUGGUGACUGGAAACAAGACAGCCUACUUCAUAAAAACCCCACAGUGACACACACAAAAGAGCCUGAAACGUACAAAAAGAAAGUUGCAGAACAGACAUAUUUUUGCAAACAGCUUGCCAAGAGGAAGUGGCAGUUAUAUAAAAACUACUGUGGUGAAACUGUGGCUCUUUUUAAAAACAAAGUAUUUUCAGCCCUUUUCAUUGCUAUCUUACUCUUUGACAUCGGAGGGUUUCCACCUUCAUUACUUAUGGAAGAUGUAGCAAGAAGUUCAAACGUGAAAGAAGAAGAGUUUAUUAUGCCACUUAUUUCCAUUAUAGGCAUUAUGACAGCAGUUGGUAAACUGCUUUUAGGGAUACUGGCUGACUUCAAGUGGAUUAAUACCUUGUAUCUUUAUGUUGCUACCUUAAUCAUCAUGGGCCUAGCCUUGUGUGCAAUUCCAUUUGCCAAAAGCUAUGUCACAUUGGCGUUGCUUUCUGGGAUCCUAGGGUUUCUUACUGGUAAUUGGUCCAUCUUUCCAUAUGUGACCACGAAGACUGUGGGAAUUGAAAAAUUAGCCCAUGCCUAUGGGAUAUUAAUGUUCUUUGCUGGACUUGGAAAUAGCCUAGGACCACCCAUCGUUGGUUGGUUUUAUGACUGGACCCAGACCUAUGAUAUUGCAUUUUAUUUUAGUGGCUUCUGCGUCCUGCUGGGAGGUUUUAUUCUGCUGCUGGCAGCCUUGCCCUCUUGGGAUACAUGCAACAAGCAACUCCCCAAGCCAGCUCCAACAACUUUCUUGUACAAAGUUGCCUCUAAUGUUUAGAAGAAUAUUGGAAGACACUAUUUUUGCUAUUUUAUACCAUAUAGCAACGAUAUUUUAACAGAUUCUCAAGCAAAUUUUCUAGAGUCAAGACUAUUUUCUCAUAGCAAAAUUUCACAAUGACUGACUCUGAAUGAAUUAUUUUUUUUUAUAUAUCCUAUUUUUUAUGUAGUGUAUGCGUAGCCUCUAUCUCGUAUUUUUUUCUAUUUCUCCUCCCCACACCAUCAAUGGGACUAUUCUGUUUUGCUGUUAUUCACUAGUUCUUAACAUUGUAAAAAGUUUGACCAGCCUCAGAAGGCUUUCUCUGUGUAAAGAAGUAUAAUUUCUCUGCCGACUCCAUUUAAUCCACUGCAAGGCACCUAGAGAGACUGCUCCUAUUUUAAAAGUGAUGCAAGCAUCAUGAUAAGAUAUGUGUGAAGCCCACUAGGAAAUAAAUCAUUCUCUUCUCUAUGUUUGACUUGCUAGUAAACAGAAGACUUCAAGCCAGCCAGGAAAUUAAAGUGGCGACUAAAACAGCCUUAAGAAUUGCAGUGGAGCAAAUUGGUCAUUUUUUAAAAAAAUAUAUUUUAACCUACAGUCACCAGUUUUCAUUAUUCUAUUUACCUCACUGAAGUACUCGCAUGUUGUUUGGUACCCACUGAGCAACUGUUUCAGUUCCUAAGGUAUUUGCUGAGAUGUGGGUGAACUCCAAAUGGAGAAGUAGUCACUGUAGACUUUCUUCAUGGUUGACCACUCCAACCUUGCUCACUUUUGCUUCUUGGCCAUCCACUCAGCUGAUGUUUCCUGGGAAGUGCUAAUUUUACCUGUUUCCAAAUUGGAAACACAUUUCUCAAUCAUUCCGUUCUGGCAAAUGGGAAACAUCCAUUUGCUUUGGGCACAGUGGGGAUGGGCUGCAAGUUCUUGCAUAUCCUCCCAGUGAAGCAUUUAUUUGCUACUAUCAGAUUUUACCACUAUCAAAUAUAAUUCAAGGGCAGAAUUAAACGUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCUAUGCAUGCUCUAAGUCUGCAUGGGAUAUGGGAAUGGAAAAGGGCAAUAAGAAAUUAAUACCCUUAUGCAGUUGCAUUUAACCUUAAGAAAAAUGUCCUUGGGAUAAACUCCAAUGUUUAAUACAUUGAUUUUUUUUCUAAAGAAAUGGGUUUUAAACUUUGGUAUGCAUCAGAAUUCCCUAUAGAUCUUUUUGAAAAUAUAGGUACCUGGGUAUCACACAUAGAACUUUUAAUUCUGCUGGUGUAGGCUGUUGCCCAAACAUCUAUAAUUUUACUGAGCUCUUCAAGUGAUUCUGAUAACACAGCCUGGAUUGAGAAUUUUUAUAAGAUUGGCAAUGGAAAAACAUUUAUUCUUUUAAAUAAUAAUUUUUUUAAAACCCAAGAGGUCAGGGGAUUUUAUAAACCAAUAGCCAAGUGUUCUUUAAAUAGGAGGCACCCUUCCCAUUGUGCCAAAAUCAUCUUUUCAUUUAUUUUGAAAUUUGUAUGAUUAUUUUAUACUUGUAUGUUGCCUUUCUUCGAAGGCGCCUGAAGCACUUUAUAAACACAAAUCCUCACAAUACCUCUGUGAGGUAGGUAAAUAGUACUUUUCUAUGUAGUAAACCUGGAAUAUGGAGAAUUUCAUAACAGUUCAUUCUACUUAAUAAUGCAAUAAUGGAGCUCCAAGUUGUCUUGGACUUCUACACCACACUCAGACUUCUGGAAAGUUUUCUGUACCUCAUUCUUUAGUCCCUGUCAAGGUUAGUAAAUAAAAUAAGUGACAUAAAAAAAAAAAAAACUAAACUACUUGUUGUGUUGAAAGUUCCUUUUUGCCAGUUAUGUUCAGGAAACCCAAUAACCUGAAAAAGUUUGACUUUGAUGUGACAUCUUCAUAUUCAUCAAUGCUGAUAAUUGUCCAAAGGCAUCUUCACUAUGUCUGCUAAAUAACAUCCAAUGUGGGCGUUAUCUGUUGUCUAGGGGAUGAAUUUUAAGUUACAAUAAAAUAUUUUUCUUUGUUUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1115.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1186.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 1028.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((...((((....))))...)).((((((((((((((..(((((((((((......))((((((((((((..((((((((((((((((.((((((...(((((.(((((((((((((((.(((((....))))))).))))...)))))..(((((((((.((((.((((((((((((...)))((((((((((((.....(((((((....)))))))...(((((((..(((........))).)))))))((((((.((((..(((((..((((...))))..))))).((.((((((((((((((((.(.((((((.((...((((.(((...)))))))))))))))..).)))))((((((........))))))............)))))).......)))))..))...........)))))))))).((((((((((((((((((((((.....((((((..((((..((((((.((((.((((..((((((((((((.((((.(((((((.((((((((.(((....))).))))))))...(((((((((((....)))))..))))))...................(((((((((((((((((....((((.....))))..)).))))))))))).)))).....(((((((((((..........((((((.(((((((((((((.......)))).)))))))))))))))..........((((...))))))))))))))).(((((((((.......))))).))))(((((((((....((....)).....))).)))))).)))))))))))...(((....)))(((((....)))))...................))))))))))))...((((((......(((.(((........))))))....))))))(((((..........)))))))))))))))...))))..))))....))))))..((((((((((.((((((((((.........))).................(((((((..(((.((((.....................(((....((((((((.........))))))))....)))((((........))))((((.......))))..)))))))..)))))))((((((((............((((((.....((((.(((((((.((..(((.(((.....((((((....)))))).....))).))).)).)))))))))))........)))))))))))))).((((.(((((................))))).)))).(((((((....))))))).((((((....((((.(((..((((.(........))))).........)))))))))))))))))))).)).)))))...)))..)))))))))))))))(((((.((((((...)))))).)))))..)))))))((((....))))..))))))))))))...((((((((.((..........))))))))))............(((((....))))).....(((.((((..((.((((.((((...((((((((((((.(((....))).))))))))...(((....)))..(((.((((........)))).))).)))))))).)))).)).)))).))).....))))).)))).)))))))))))))((((.....(((.....)))....)))))))).)))))..(((((((.......)))))))..((((((((((....))))))))))......((((.(((((((..........))))))).))))......(((..((......(((((((((((((..((.....))..))).))).)))))))......))))).))))))(((((.........)))))............(((((((.....))))))).))))))))....))))))))..))))))))))))...........(((((((......((((((((((............)))))..)))))(((..(((.......(((((((((((((.((.(((.((((((...)))))).)))))...........(((((((((((((.(((((.(.(.((((.(.(((((((...((((((....))))))..))))))).).))..))).).))))).............((((((....(((((.((....)))))))))))))..........((((...........))))..........)))).......)))))))))(.((((((((.(((..((((((.......)))))).....))).)))))))).).......((..(((((.((((((......(((.((((((((((....))))))))))))))))))).....)))))..))(((((.((((((((..((((....))))((((((..(((((.((..(((((((((((((.......)))))...........((((((..(((((((.........)))).....(((((((((...........((((((((...))))))))))))))))).............((((((((((.....))))))))))...(((((((((((((.(((.(((((....)))))..(((((((.....((((......))))((...((.((..((((((..(((....((((((.......))))))....)))..))).))).)).))...))((((.(((((((.(((...))).))))))).))))))))..))).(((((...(((....)))...)))))((((....)))).....(((.(((((((.(((..((...(((((......)))))...))..)))..))))))).)))...((((((((((.....(((.((.(((((((((......(((.(((..(((((.(((((((...((((((((((((.(((((.......)))))...)))).))....))))))...))))))).)))))..))).)))......)))))))))..))..)))......(((((((.((((((((.((..((((......)))))).))))....)))).)))))))))))))))))...(((.(..((.((....)).))..).)))..((.((((......)))).)).))))))))))))))))..........(((((.......)))))...((((((.....)))))).........((((((....))))))))).))))))................(((((((.......)))))))(((((...((.(((........))).)).)))))....))))))))..))...))))).....))))))..............((((.((((((....))))))))))))).))))))))))......)))))))))))))....)))..)))))))))).(((((((((((........((((.((.((.(((..((.....(((..(((.....)))..))).....))..))).)).)).)))).((((((...........)))))).....)))))))))))(.((((...(((((((....)))).)))....)))))..((((((.......)))))).....(((((.((((...)))).)))))))))))))).........((((((........)))))).))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.(,,(((....))))}..,{.((((((((((((((..,((((((((((.....)))((((((((((((..(((((((((((((((({(({(((.,{(((((.(({{{{||{{||||{.(((((,,,,|||}|||,||}|||..}|||.{(({((((((,{{{{.((((({(((((({,,|||(({(({{{{(((.....(((((((...,)))})}}.|||{||||{|||||.......})))}))}}))){|||||,{|||,,|{|{{..{|||,,,))))..}}|}}.,.....,,{{{((((((((.{.((((((.((...(({{{(((...)))))))))))))))..}.)))))||((((,{{,,,{.}|||||{,,,{,,,,...(((|||..}|||,||}}}..,},.,|||...,,)))||}|}}}.((((((({((((((((((((((,(...((((((..((((..(((({(,((((.((((..{(((((((((((.(((,{(((((((.,(((((((.(((....))).)))))))}...((((({(((((....})))}.,}}}}||..,.....{{.,...{{{.((((((((((((((({{....((((.....))}}..}}.))))))))))).)))).....(((((((((((..........((((((.(((((((((((((.......))))}}))))))))))))))..........((((...))))))))))))))).,(((((,,,}}}}},})}))).}},,{{{||{,|||||,||....))}....,,},)))))).)))))))))))...(((....)))(((((....)))))...,{{......,,,....)))))))))))},,.((((((......(((.(((.......})}.)))....)))))),|||,..........,}},,))))))))}},}.))))..))))....))))))..{{,(((((((.{((((({|{({,..,,,{.|||||.,|||,.{{{{,...(((((((..(((.((((..,,...................,...,((((((((.........)))))))}.,,{||{((((........)))))}}}.........}}..)))))))..))))))){{{|||||.........,..||||||,....{(((.(((((((,{,.,(((.(({.....((((({....}))))).....,}}.)))})}.))))))))))},...,,,,|||||||}}|||}|.,(((,({{((,,,,..........,,|}}}}.}|||.(((((((....))))))).,||,|||,,|,}|,}}.,,,,}}|}})..}},,,))}}}},)))))}}))),...},....))))))}.))}})))),.,))),}))))))))))))))}(((((.((((({...}))))).)))))..))))))),,{(,,..|||}|,)))}}}||||||,,.,,,,,,.|}|,}}|||,....,,}))))}}|,......,,,,,(((((....})))).....,||,{{{,..((,({|{,{((,...{({{((((((((.(((....))).)))))))).}.||({{{.|||{{({{,(({(........)))}.))}.)),.)))).)))).}||||||||,......|||}}.}})),))}}}})}))))}{(((.....(((.....)))..,.)))))))),))}}}..(((((((.......)))))))..((((((((((....)))))))))).}....((((.(((((((..........))))))).)))).......,{{|{{|,.,,.,,{{{{{{{{{((||{,,..,,},.,)}},))).}}},,,|,....,}},)},)))))},,{{{.........,,,}|{{{,.,,,,....,{{|||,.,,,))}}})),})))))))....))))))))..))))))))))))...((,....,||(((,,....}}|,|||||||{.....,,,....|}|||..},,,|{((..(((...{...((((((((((((,.,(,(({.((((((...}}}})}.}}},{{{,,,(({{..(((((((((((((.(((((.(.(.{{{(.(.(((((((...((((((....))))))..))))))).).)}..}}}.}.))))).............((((({...{((((,{((....)))))))))))))......{,,.{({{...........))))..........)))).......)))))))))..||||{|||,{{,..,,,,{{,,.....}))),,.....}}}.,}}}||||,{..{{{,{((,{((({{,((((((......(((.((((((((((....)))))))))))))}))))},{{,.|||||{,.{(((({.,(((((((..,,((,.,{||||(({,(({{,,,,,.||}}||||||||(((((.......)))))..{{........||,,,,,||,}}}}}}}}}}}}.})})...}}|||||((((,,....,,,,,((((((({...}))))))),,,,,,,},.............((((((((({.....})))))))))..,(((((((((((((.(((.(((((....}))))..((((((({.,..((((......))))||,..((.((..((((((..(((....((((((.......))))))....)))..))).))).}}.)},,.},((((.(((((((.(((...))).))))))).))))))))..))).(((((...(((....)))...))))){(((....)))).....(((.(((((({.(((,.{{}},||{{,..{{{,||}},..,))}})}}..})))))).)))...((((((((((,,,..(((.{{.(((((((((.,....(((.(((..(((((.(((((((...((((((,(((((,(((((.......)))))...)))).},..,.))))))...))))))).)))))..))).)))....}.)))))))))..}}..))).,}...{{{((({,(((,{(((.{{,.{(((......))))}}.)))}.},})}}}.}})))})))))))))))...(((.,.,({.{{....,,.))..,.)))..((.((((......)))).)).))))))))))))))))..,,,,,,..(((((.......)))))...{{||||,....}}}})}..,...,.,((((((....)))))))}}.,}}))}................(((((((.......))))))),||||}},||}|||,.......)}}})),),})),,,|)||))))},,}}.,.,}}}}.....}}}}},......,......,((((.((((((....))))))})))}},.},}}},,|||....}})))))))))))))....)))..))})}}})}}|||,,|}}||||,...,...,,,{{(({(({{,..........{((..(((.....)))..))),,,.||,,{|||,}|.{{{||||.((((((...........))))))..{{{,|||,,}|{((((((.....}))))}},,}}}}.}})})}}}})),}.,,|})|||.}},..})))))}}|},.{{{{(,(((....||||,|}},,.,},)))))}..}}}}}.{{{{{{........}}}}}}.}))))))))))))).}.
Back